'Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats' (CRISPR) refererar till ett naturligt förekommande immunsystem hos vissa bakterier och arkéer, som fungerar som en adaptiv immunförsvarsmekanism mot främmande DNA, såsom från virusangrepp. CRISPR-systemet består av korta, upprepade DNA-sekvenser (palindromiska repetitioner) som alternerar med korta icke-upprepade sekvenser (spacers), ofta interspersade med cas-gener (CRISPR associated genes). Detta system möjliggör för cellen att 'minnas' och skydda sig mot tidigare upplevda infektioner genom att klippa bort och integrera en del av främmande DNA-sekvensen i sitt eget genos, vilket ger upphov till en specifik immunitet. CRISPR-Cas-systemet har blivit en revolutionerande teknik inom molekylär
Inverted repeated sequences (IRS) in a genetic context refer to segments of DNA where a specific pattern of nucleotides occurs in reverse complementary orientation, essentially forming a palindrome. These sequences can be functional elements in the genome, playing roles in gene regulation, chromosomal rearrangements, or as targets for various molecular mechanisms. However, they can also pose challenges during DNA replication and repair processes, potentially leading to genomic instability if not properly managed by cellular maintenance systems.
CRISPR-associated proteins (Cas) refer to a family of proteins that are involved in the CRISPR-Cas system, which is a defense mechanism used by bacteria and archaea to protect themselves against foreign genetic elements such as viruses and plasmids. The most well-known Cas protein is Cas9, which is used in gene editing technologies due to its ability to cleave DNA at specific sequences defined by a guide RNA. However, there are many other Cas proteins that have different functions and mechanisms of action in the CRISPR-Cas system. In general, Cas proteins play a crucial role in recognizing and processing foreign DNA or RNA, and targeting it for destruction.
CRISPR-Cas systems are adaptive immune mechanisms in bacteria and archaea that provide protection against foreign genetic elements, such as viruses and plasmids. They consist of two main components: a Cas (CRISPR-associated) protein and a guided RNA (crRNA), which is derived from a CRISPR array in the host genome. The crRNA contains a sequence complementary to a target DNA or RNA, and the Cas protein uses this guide to recognize and cleave the target, thereby neutralizing the foreign genetic element. CRISPR-Cas systems have been adapted for use in molecular biology as powerful tools for genome editing and gene regulation.
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
'Streptococcus thermophilus' är en grampositiv, katals- och oxidasnegativ bakterie som tillhör α-hämgrupperingen inom släktet Streptococcus. Denna art föredrar att växa vid högre temperaturer (35-48°C) och är vanligen termofil, men inte obligat termofil. 'Streptococcus thermophilus' används ofta inom livsmedelsindustrin, särskilt i yoghurt- och osttillverkning, på grund av dess förmåga att producera syra och ge specifik smak till slutprodukten. Den är också en vanlig del av människans normala tarmflora.
RNA cleavage refers to the breaking of phosphodiester bonds in RNA molecules, resulting in the separation of the RNA chain into two or more fragments. This process can occur naturally as part of RNA maturation, regulation, or degradation, and it can also be induced experimentally for research purposes. Cleavage of RNA can be carried out by enzymes called ribonucleases (RNases), which specifically recognize and cut RNA molecules at specific sequences or structures. Additionally, RNA cleavage can occur non-enzymatically through chemical reactions, such as those induced by hydroxyl radicals, reactive oxygen species, or alkylating agents.
I en enda mening kan 'gRNA' (guide RNA) definieras som en typ av RNA-molekyl som används inom CRISPR-Cas9-systemet för att guida systemets aktivitet och specificera vilket DNA-segment som ska tas bort eller redigeras. gRNA-molekylen innehåller en specifik sekvens som matchar delen av DNA-molekylen som ska redigeras, och den interagerar med Cas9-enzymet för att skapa en skärande verkan på det angivna stället i DNA-molekylen.
Allt DNA som befinner sig mellan genkodande DNA, inklusive otolkade regioner, 5'- och 3'-omgivande regioner, introner, icke-funktionella pseudogener och icke-funktionella, repetitiva sekvenser. Detta DNA antingen kan eller kan inte koda för reglerfunktioner.
"Arkeavirus" är ett samlingsnamn för en grupp av virus som upptäcktes år 2014. Dessa virus har en unik dubbelmembranstruktur och en stor DNA-genom, vilket skiljer dem från andra kända virus. Arkeaviruset infekterar endast arkéer, en grupp enkelt byggda mikroorganismer som lever i extrema miljöer, till exempel mycket heta eller sura förhållanden. Det är fortfarande lite känt om arkeaviruset och dess potentiala inflytande på ekosystemen där arkéerna lever.
'Sulfolobus solfataricus' är en term som används inom mikrobiologin och refererar till en extremofil archaeabakterie som lever under mycket höga temperaturer och sura förhållanden. Den hör till släktet 'Sulfolobus' och finns naturligt i heta källor med svavelhaltig ånga, såsom dem som kan påträffas i områden med geotermisk aktivitet, som exempelvis Solfatara i Italien. Bakterien är termoacidofil, vilket betyder att den trivs bäst vid höga temperaturer (över 80 grader Celsius) och lågt pH (under 3). Den har en unik metabolism som tillåter den att oxidera svavelvätesgaser till svavelsyra för att producera energi. 'Sulfolobus solfataricus' är även känd för sin förmåga att reparera DNA-skador orsakade av höga temperaturer
"DNA-klyvning" refererer til den proces, hvor et DNA-molekyle klippes itu af et specifikt sted ved hjælp af et enzym kaldet en restriktionsenzym. Denne proces anvendes hyppigt i molekylærbiologi og genetisk engineering til at skære DNA-strenge op, så de kan manipuleres og for eksempel indsætte i andre organismer eller plasmider. Restriktionsenzymet krydser DNA-strengen på et bestemt sted, der kendes som en restriktionssite, hvor det specifikke sekvens af basepar er tilstede. Det resulterende DNA-fragment kan derefter anvendes i forskellige molekylærbiologiske teknikker som kloning og sekventering.
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
Kopior av omflyttningsbara (transponerbara) element, spridda i genomet, av vilka några fortfarande är aktiva och ofta kallas hoppande gener. Det finns två klasser av sådana komponenter. Klass 1-element (retroelement, som t ex retrotransposoner, retrovirus, långa och korta spridda nukleotidsegment) ändrar läge genom omvänd transkription av en RNA-intermediär. Klass II-element (omflyttningsbara DNA-segment, som t ex transposoner, Tn-element, infogningssekvenssegment och rörliga genpaket av bakterieintegroner) byter plats direkt från ett läge i DNA till ett annat.
'Upprepade sekvenser, nukleinsyra' refererar till en del av DNA- eller RNA-molekyler som innehåller en upprepad sekvens av nucleotider som upprepas minst två gånger i rad. Dessa upprepningar kan vara identiska eller något varierande, och de kan variera i längd från några få baspar upp till tusentals baspar. Upprepade sekvenser kan förekomma på flera olika sätt, inklusive direkt upprepning (till exempel 'AAAA'), inverterad upprepning ('ATAT' följt av 'ATAT') och komplext upprepande ('AGGA' följt av 'CTTC'). Upprepade sekvenser kan spela en viktig roll i genetisk styrning, evolution och sjukdom.
Virus som infekterar bakterieceller.
Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
"Bakteriellt RNA" refererar till RNA (Ribonukleinsyra) som förekommer hos bakterier. Detta inkluderar olika typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa molekyler spelar viktiga rollar i protein syntesen hos bakterier.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
Proteiner från någon arkeart.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.
Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.
Riktad modifiering av genuppsättningen hos en levande organism genom ändring av DNA, utbyte av genetiskt material med hjälp av t ex virus, transplantation av cellkärnor, transplantation av cellhybrider osv.
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Trinukleotidupprepningar, eller trinukleotidreklameringar, refererar till ett medicinskt fenomen där vissa sekvenser av tre nukleotider upprepas i en given gen, vilket kan resultera i förändringar i genstrukturen och eventuell påverkan på genfunktionen.
"Tandem-upprepade sekvenser refererar till en genetisk region där samma nukleotidsekvens upprepas mer än en gång i rad, vanligtvis i samma orientering, och med minst 15 baspar per upprepad sekvens."
Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).
"Expanderande trinukleotidupprepningar (ETN) refererar till ett medicinskt fenomen där upprepningar av tre nukleotider i DNA-sekvensen blir allt fler, vilket kan leda till genetiska störningar och neurologiska symtom som exempelvis spasmer, ataxi och kognitiva funktionsnedsättningar."
Tandemmatriser av måttligt repetitiva (5-50 repetitioner), korta (10-60 baser) DNA-sekvenser spridda genom genomet och ansamlade nära telomererna. Graden av repetition uppgår till två till flera hundra vid varje locus (genplats). Genplatser finns i tusental, men varje plats uppvisar en distinkt repetitionsenhet. Minisatellitupprepningar kallas ofta tandemrepetitionsvariabler.
Proteindomäner innehållande långa 33-aminosyrasekvenser som ofta uppträder radvis. Denna sekvensupprepning upptäcktes i ankyrin och hänger ihop med samverkan med anjonbytaren (band 3 protein) och spel ar möjligen en roll vid igenkännandet på molekylär nivå i olika proteiner.
'Upprepade sekvenser av aminosyror refererar till en sträcka av DNA eller protein där samma sekvens av baspar eller aminosyror upprepas minst två gånger i rad.'
En typ enkla di-, tri-, tetra- och pentanukleotid-tandemupprepningar, vanligtvis kortare än 100 baser. De är spridda i de eukromatiska armarna av de flesta kromosomer. De kallas även STR (short tandem repeats; korta tandemupprepningar).
Uppslagsböcker med informativa artiklar inom alla kunskapsfält (allmänna uppslagsverk), oftast med alfabetiskt ordnade uppslagsord eller ämnesord, eller uppslagsverk inom ett speciellt ämnesområde. Syn. uppslagsböcker; uppslagsverk.
'Streptococcus pyogenes' är en gram-positiv, beta-hemolytisk bakteriestam som orsakar diverse infektionssjukdomar hos människor, till exempel halsfluss, impetigo, cellulitis och rheumatisk feber. Den kan också vara involverad i allvarligare komplikationer som sepsis, toxic shock-syndrom och akuta reumatiska febersjukdomar. Särskilt känd är bakterien för att producera en toxin som kan orsaka skinn- och blodförgiftning samt Scarlet Fever.