Armadillo Domain Proteins
'Armadillo Domain Proteins' are a group of structural proteins characterized by the presence of one or more armadillo repeats, which are ~42-44 amino acid long motifs that fold into a helical structure. These proteins play crucial roles in various cellular processes such as signal transduction, cytoskeleton organization and regulation of gene expression. Examples of armadillo domain proteins include β-catenin, p120 catenin, and plakophilin, which are involved in the Wnt signaling pathway and cell adhesion.
Armadiller
Xenarthra
Xenarthra är ett taxonomiskt inråde (i allmänhet betraktat som en superordning) av däggdjur som består av två nu levande ordningar: pilgiftsgrodor (Vermilingua) och bältdjur (Cingulata). Dessa djur kännetecknas av sina unika morfologiska egenskaper, såsom deras xenartrier (extra artikulationer mellan ryggkotorna i deras ryggrad), som har gett gruppen dess namn. Pilgiftsgrodor är kända för sina långa, smala nosar och långa, rörliga tungor, medan bältdjur är kända för de pansarliknande plattorna som täcker deras kroppar. Xenarthra inkluderar också en mängd utdöda grupper av däggdjur, och denna grupp har en lång evolutionär historia som sträcker sig tillbaka till tidig krit
Wnt1-protein
Wnt1 är ett protein som tillhör Wnt-signalsystemet och spelar en viktig roll i embryonal utveckling, celltillväxt och celldifferentiering hos flera olika djur, inklusive människor. Proteinet är involverat i signalering mellan celler och kan påverka genuttrycket i målcellen. Wnt1-proteinet har bland annat visats påverka celldelning, celldifferentiering och celldöd samt vara involverat i cancerutveckling när det uttrycks felaktigt.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
LIM Domain Proteins
'LIM domain proteins' are a group of transcription factors and signal transduction molecules characterized by the presence of one or more LIM domains, which are cysteine-rich zinc-binding motifs. These proteins play crucial roles in various cellular processes such as gene regulation, cell proliferation, differentiation, and migration, through their ability to interact with other proteins and modulate their activities.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Transkriptionsfaktorer
Mycobacterium leprae
'Mycobacterium leprae' är ett stavformigt, obligat intracellulärt bakteriem som orsakar lepra (Hansens sjukdom), en kronisk infektionssjukdom som primärt påverkar huden, nerverna och andningsvägarna. Bakterien upptäcktes av Gerhard Armauer Hansen 1873 och är nära besläktad med 'Mycobacterium tuberculosis', orsaken till tuberkulos.
Molekylsekvensdata
Cytoskelettproteiner
Plakofiliner
Plakofiliner är proteiner som spelar en viktig roll i cellens skelett och hör till en grupp av strukturproteiner som kallas för desmosomala plakoglobiner. De återfinns huvudsakligen i de intermediära filamenten i cellkärnan, men även i desmosomer och adherens junctioner, vilket är speciella strukturer som hjälper till att fästa celler ihop med varandra. Plakofiliner bidrar till att stabilisera dessa strukturer och underlättar kommunikationen mellan cellerna. De har också visat sig ha en viktig roll i celldifferentiering, celldelning och celldöd.
Gammakatenin
Gammakatenin är ett protein som utgör en del av den strukturella komponenten i mellanfilament i cellens cytoskelett, och spelar därför en viktig roll i att ge cellen stabilitet och form. Det är ett så kallat intermediärt filamentprotein och förekommer i flera olika typer av celler, framför allt epitelceller. Gammakatenin kan även ingå i andra proteinkomplex, till exempel desmosomer, som är ansvariga för celldelning och kontakt mellan celler.
Drosophila
Proteinstruktur, tertiär
Fas-Associated Death Domain Protein
Fas-Associated Death Domain Protein, ofta förkortat som FADD, är ett proteIN som spelar en viktig roll inom cellens apoptos, eller programmerad celldöd. Det tillhör dödsdomäneproteinfamiljen och aktiveras när det binder till Fas-receptorn på cellens yta vid påbörjan av apoptosprocessen. FADD fungerar som en adaptorprotein genom att rekrytera och aktivera caspas, en grupp enzymer involverade i celldödens exekvering. Proteinet är alltså en central komponent i cellers förmåga att undergå kontrollerad apoptos, vilket är av stor betydelse för att upprätthålla homeostas och undvika onkogen utveckling.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Aminosyrasekvens
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Kateniner
Kateniner är en typ av protein som spelar en viktig roll i regleringen av cellens cytoskelett, särskilt i relation till att stabilisera och organisera mikrotubuli. De hjälper också till att kontrollera celldelning och cellyta genom att interagera med andra proteiner som är involverade i dessa processer. Kateniner kan vara involverade i patologiska tillstånd, såsom cancer och neurologiska sjukdomar, då de deras regleringsmekanismer störs.
Desmoplakiner
Desmoplakin är ett protein som spelar en viktig roll i hållfastheten hos celler i olika typer av vävnader, framför allt i huden och hjärtat. Proteinet är en central komponent i de strukturer som kallas desmosomer, som bildas mellan två intilliggande celler och fungerar som "klebefläcker" som håller cellerna samman. Desmoplakin bidrar till att fästa dessa desmosomer vid cellens cytoskelett, vilket är ett nätverk av proteiner som ger cellen form och integritet. Mutationer i gener för desmoplakin kan orsaka olika arvsmassaburna sjukdomar, till exempel diverse former av epidermolys os och kardiomyopatier.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Bindningsplatser
Two-Hybrid System Techniques
Two-hybrid system techniques are a group of genetic methods used in molecular biology to detect and study protein-protein interactions within living cells. These techniques are based on the modular nature of transcription factors, which consist of two separate domains: one for DNA binding and another for transcription activation. In a two-hybrid system, these two domains are split and linked to two proteins of interest (target proteins). When the target proteins interact, the functional transcription factor is reconstituted, leading to the expression of a reporter gene. The activity of the reporter gene serves as an indicator of protein-protein interaction, allowing researchers to identify and analyze specific interactions between proteins in a high-throughput manner.
MADS-domänproteiner
En superfamilj av proteiner som alla har en starkt konserverad MADS-domänsekvens. Akronymen MADS kommer av de fyra först identifierade medlemmarna, MCM1-protein, AGAMOUS-protein, DEFICIENS-protein och serumresponsfaktor. Många MADS-domänproteiner har påvisats hos arter inom alla eukaryota riken. De spelar en viktig roll i utvecklingsprocessen, i synnerhet hos växter, där de är av stor betydelse för blombildningen.
Betakatenin
Beta-catenin är ett protein som spelar en viktig roll i cellers signalsystem och regulering av celldelning. Det är en central komponent i Wnt-signalslingapaden, där det kontrollerar genuttryck relaterat till celldelning, cellyta och celldifferentiering. I associering med E-cadherin är betakatenin också involverat i cell-cell-kontakten och interaktioner mellan celler.
src-domäner
I medicinsk kontext, refererar "source domains" (eller "src-domäner") till specifika områden i hjärnan som är aktiverade under en given mentala upplevelse eller kognitiv process och bidrar till att informera andra relaterade hjärnregioner. Dessa domäner kan vara involverade i inmatning, tolkning och integrering av sensoryperception, emotionella tillstånd, minnen eller andra kognitiva funktioner som är relevanta för upplevelsen. Detta koncept används ofta inom forskningsområden som neurovetenskap, psykiatri och kognitionsvetenskap för att undersöka neurala nätverk och deras roll i hjärnfunktioner och beteende.
Protein Interaction Domains and Motifs
Protein Interaction Domains and Motifs refer to specific regions within a protein's three-dimensional structure that are involved in mediating interactions with other proteins or molecules. These domains and motifs are often characterized by their unique sequence patterns, size, and structural features, which enable them to recognize and bind to specific partners with high affinity and selectivity. By understanding the properties of these interaction sites, researchers can gain insights into the functional roles of proteins in various cellular processes and diseases, and develop novel therapeutic strategies that target protein-protein interactions.
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Spetälska
En kronisk, granulomatös infektion som orsakas av Mycobacterium leprae. De granulomatösa såren uppträder i huden, slemhinnorna och de perifera nerverna. Två huvudtyper finns, den lepromatösa och den tuberkuloida.
Kloning, molekylär
Aminosyramönster
Membranproteiner
Adaptorproteiner, signalöverförande
Bassekvens
Mutation
PDZ-domäner
PDZ-domäner är strukturella motiv bestående av cirka 80-90 aminosyror, som förekommer i många proteininteraktiva molekyler och är involverade i celldelning, cellsignalering och celladhesion. De namngavs efter de tre proteiner där de först identifierades: PSD-95, DLG och ZO-1. PDZ-domäner binder specifikt till C-terminala sequense av andra proteiner, vilket möjliggör formationen av multiproteinkomplex med olika funktioner i cellen.
Alfakatenin
Alpha-catenin är ett protein som spelar en viktig roll inom cellens adherens junctions, strukturer som medierar cellextraknipning och sammanhållning. Det interagerar med både cadheriner (adhesionsmolekyler) och actinfilament i cytoskelettet, och fungerar som en bindande länk mellan dem. Alpha-catenin bidrar också till att reglera cellulär signaltransduktion och kan påverka celldelning och cellyttväxling.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Kadheriner
En grupp funktionellt likaratade glykoproteiner som ansvarar för den kalciumberoende cell-till-cell-vidhäftningen. De delas in i underklasserna E-, P- och N-kadheriner, med distinkt immunologisk speci ficitet och fördelning i vävnaderna. De åstadkommer celladhesion via en homofil mekanism. Dessa föreningar har betydelse för uppbyggnaden av vävnader och hela kroppen.