Arkeproteiner: Proteiner från någon arkeart.Arke-RNAArke-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.Arkegener: Den genetiska massan hos arkéer.Arkegenom: Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.Arkeer: Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.ArkevirusReglering av genuttryck, arkeisk: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos arkéer.SulfolobusMethanobacteriaceae: En familj anaeroba, kockoida eller stavformade Methanobacteriales. Cellmembranen består huvudsakligen av polyisoprenoid-kolväten länkade med eter till glycerol. Bakterierna återfinns i anaeroba miljöer överallt i naturen.Methanococcales: En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.Crenarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.Arkekromosomer: Strukturella enheter i kärnan av arkaiska celler, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.Methanococcus: Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.Sulfolobus solfataricusHaloferax volcanii: En art saltälskande arkéer som lever i Döda havet.Pyrococcus furiosusRibosome Subunits, Large, ArchaealPyrococcus abyssiFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Archaeoglobus fulgidus: En art extremt termofila, svavelreducerande arkebakterier. Den växer vid en temperatur på högst 95 grader C i marina, geotermiska områden.Methanosarcina: Ett släkte anaeroba, oregelbundet klotformade Methanosarcinales med orörliga medlemmar. De bildar inte endosporer. Dessa arkéer får sin energi genom att bilda metan från acetat, metanol, mono-, di- och trimetylamin, och möjligen kolmonoxid. De påträffas i sötvatten och havsmiljöer.Sulfolobus acidocaldariusPyrococcus horikoshiiAcidianusMetan: Det enklaste, mättade kolvätet (CH4).Bakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.NanoarchaeotaEuryarchaeota: Ett rike av Archaea, omfattande metanbildande organismer, Halobacteriales (saltbakterier), Archaeoglobales (sulfatreducerande), samt de termofila Thermococcales och Thermoplasmales.PyrococcusRNA, ribosomalt, 16SAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.ThermoplasmaGlyceryletrar: Föreningar där en eller fler hydroxylgrupper av glycerol har eterbindning med en mättad eller omättad alifatisk alkohol. En eller två av glycerolhydroxylgrupperna kan vara förestrade. Dessa ämnen har påträffats i olika typer av djurvävnad.ThermoproteaceaeGeologiska sediment: Avlagringar på land eller i vatten av fragmenterat, fast, oorganiskt material, som lösgörs genom vittring eller nötning av berggrunden eller genom vulkanisk verksamhet, och som transporteras av luft, vatten eller is.Methanobacterium: Ett släkte anaeroba, stavformade metanbakterier (Methanobacteriaceae). Bakterierna är orörliga och nyttjar ammoniak som enda kvävekälla. Dessa metanbildande bakterier finns i sjösediment, jord, avloppsvatten och i djurs tarmflora.Methanosarcinales: En ordning anaeroba metanproducerande organismer i riket Euryarchaeota. Det finns två familjer: Methanosarcinaceae och Methanosaetaceae.SekvensinpassningMethanobacteriales: En ordning anaeroba, kockoida eller stavformade metanbildande bakterier inom riket Euryarchaeota. De är orörliga, katabolyserar inte kolhydrater, proteinämnen eller organiska föreningar andra än formiater eller kolmonoxid, och har stor utbredning i naturen.Ribosome Subunits, Small, ArchaealEvolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Desulfurococcaceae: En familj inom Thermoproteales, bestående av anaeroba kocker, som fakultativt utnyttjar peptider, proteiner eller kolhydrater genom svavelomsättning eller jäsning. Det finns fyra släkten: Desulfurococcus, Pyrodictium, Staphylothermus och Thermodiscus.Sekvenshomologi, aminosyraSaltvattenNitrificationRibosom-DNA: DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.Eukaryota celler: Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Methanococcaceae: En familj anaeroba Methanococcales, vars medlemmar kan förflytta sig med hjälp av flageller. Dessa metanbildande organismer nyttjar koldioxid som elektronacceptor.SulfolobalesRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Korarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea, omfattande termofila organismer från den heta källan Obsidian Pool i Yellowstone nationalpark, vilka tiullhör de mest primitiva livsformer som finns. De har genomgått en mycket liten evolutionsförändring.Biologisk mångfaldHalobacterium salinarum: En art saltälskande arkéer som återfinns i saltsjöar. Vissa stammar bildar under anaeroba förhållanden en lila hinna.Haloarcula: Ett släkte av Halobacteriaceae som särskiljer sig från övriga släkten i familjen genom närvaro av specifika derivat av TGD-2-polära lipider. Haloarcula lever i neutrala, salta miljöer, som t ex saltsjöar, marina saltgårdar och salta jordar.Methanosarcinaceae: En familj anaeroba Methanosarcinales, vars celler är mesofila eller termofila och uppträder som oregelbundet klotformade eller som höljeförsedda stavar. Dessa metanproducerande organismer återfinns i alla anaeroba miljöer, som t ex sjösediment, anaeroba reningsanläggningar och mag-tarmkanaler. Det finns fyra släkten: Methanosarcina, Methanolobus, Methanothrix och Methanococcoides.Jordmikrobiologi: Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.HalorubrumVarma källor: Vattenflöden, uppvärmda genom geotermisk påverkan. Varma källor i dagen har använts för balneoterapi.Proteinstruktur, tertiärThermosomesMicrobial ConsortiarRNA-gener: Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.RNA, transferEukaryotaMethanomicrobiales: En ordning anaeroba, högt specialiserade, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. Bakterierna är icke-rörliga eller rörliga, med kockoida, pseudosarkina eller stavformade celler. Bland familjerna märks Methanomicrobiaceae, Methanocorpusculaceae och Methanospirillaceae.Protein-underenheterHalobacteriaceae: En familj extremt saltälskande arkéer som lever i miljöer med höga salthalter, så som saltsjöar, saltavlagringar eller salt fisk. Bakterierna är antingen obligat aeroba eller fakultativt anaeroba och indelas i sex släkten: Haloarcula, Halobacterium, Halococcus, Haloferax, Natronobacterium och Natronococcus.Genom, bakteriellt: Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.Ribonukleas PGenöverföring, horisontell: Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).NukleinsyrakonfigurationVattenmikrobiologiBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.PyrobaculumArchaeoglobales: En ordning ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier i Euryarchaeotariket. Den enda familjen Archaeoglobaceae har ett släkte, Archaeoglobus.Ekosystem: Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.Ammoniak: En färglös, alkalisk gas. Den bildas i kroppen vid nedbrytning av organiskt material i samband med ett stort antal metaboliskt viktiga reaktioner.ThermoproteusArchaeoglobus: Ett släkte ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier, tillhörande familjen Archaeoglobaceae.ThermoprotealesSubstratspecificitetBiotaProteinkonfigurationTemperaturKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Prokaryotiska initieringsfaktorerHalobacteriales: En ordning extremt saltälskande arkéer, inom riket Euryarchaeota. De förekommer överallt i naturen där salthalten är hög och är kemoorganotrofa, utnyttjande aminosyror eller kolväten som kolkälla.Chaperonineer: En klass av sekvensbesläktade molekylära chaperoner i bakterier, mitokondrier och plastider. Chaperoniner är rikligt förekommande, grundläggande proteiner som ökar i mängd i samband med stresstillstån d, såsom värmechock, bakteriell infektion av makrofager och ökad cellulär mängd av oveckade proteiner. Bakteriella chaperoniner verkar som viktiga immunogener vid bakterieinfektioner hos människa pga sin anhopning under infektionsstress. Två av medlemmarna av denna chaperonklass är chaperonin 10 och chaperonin 60.gRNAKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.PseudouridinBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.WyomingHaloarcula marismortui: En art saltälskande arkéer som utmärker sig genom att producera syra från socker. Arten benämndes tidigare Halobacterium marismortui.ProteinbindningBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.OxidoreduktaserTranskriptionsfaktor TFIIBHolliday junction-resolvaser: Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.Enzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.Proteinstruktur, sekundärStructural Homology, ProteinRNA, bakterielltPyrodictiaceaeHydrothermal VentsDenaturing Gradient Gel ElectrophoresisSalthaltJord: Det lösa ytmaterialet på jorden som utgör grogrunden för växter.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Bakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Rekombinanta proteinerRNA, ribosomaltProteinstruktur, kvartärDimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.tRNA-metyltransferaserAdenosintrifosfataser: En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.Haloferax: Ett släkte ytterst saltälskande Halobacteriaceae som är kemoheterotropa och strikt aeroba. De återfinns i neutrala salta miljöer, som t ex saltsjöar (särskilt Döda havet) och marina saltgårdar.RNA, transfer, TrpLeucin-tRNA-ligas: Ett enzym som aktiverar leucin med sitt specifika tRNA. EC 6.1.1.4.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.Galium: Ett växtsläkte (måror) i familjen Rubiaceae. Bland kända arter i Sverige kan nämnas gulmåra (G. verum), vitmåra (G. boreale) och backmåra (G. suecicum).Varm temperatur: En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.RNA, smått nukleolärtAutotrofa processerOil and Gas FieldsSötvatten: Vatten med obetydliga salthalter, t ex åar och insjöar.Aminoacyl-tRNA-syntetaser: Någon av de ligaser som katalyserar den ATP-förmedlade bindningen mellan en aminosyra och en tRNA och därmed aktiverar ett steg i proteinsyntesen. De enskilda enzymen är starkt specifika för en viss a minosyra och dess motsvarande tRNA.Bakteriefysiologi: Fysiologisk aktivitet hos bakterier.Stilla havetDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.ProteinveckningtRNA-aminoacyleringMethanomicrobiaceae: En familj anaeroba Methanomicrobiales med kockoida till raka eller något krokiga, stavformade medlemmar. Det finns sex släkten.Group II ChaperoninsArkeantigener: Antigena substanser från arkebakterier.Open Reading FramesArkeantikroppar: Immunglobuliner som inducerats av antigena komponenter hos arkebakterier (archaea).Klusteranalys: En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.LakesCombretaceaePlanktonTranskription, genetiskKryoelektronmikroskopi: Elektronmikroskopering av prov som snabbt fryses ned. Avbildning av djupfrysta, hydrerade molekyler och organeller återger objektet på ett sätt som bäst överenstämmer med en bild av den levande materian, utan kemisk fixering eller färgning.TATA-boxbindande proteinSekvenshomologi, nukleinsyraPolymeraskedjereaktionCRISPR-Associated ProteinsArtsspecificitetOxidation-reduktionBakteriofag PRD1DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.HydrogensulfitreduktasGenomik: Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.Multigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.MetagenomeMethanosarcina barkeri: En art icke-rörliga, halofila arkéer. Deras livsmiljöer utgörs av sötvatten- och havssediment, laguner med spillning och vommen hos klövdjur.Anaerobios: En livsmiljö utan syrgas.Aminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.DNA-styrt DNA-polymeras: DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Halobacterium: Ett släkte av Halobacteriaceae som kräver hög salthalt för sin tillväxt. Tvådelning sker genom hopsnörning.Endoribonukleaser: En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.Serin-tRNA-ligasAntarktis: Den kontinent som täcker jordens sydpol. Antarktis är ett fastlandsområde med en yta på drygt 14 milj km2 och omfattande Västantarktis, DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).RibosomproteinerDeltaproteobakterier: En grupp proteobakterier bestående av morfologiskt olika, anaeroba sulfidbildare. Vissa av dessa har bakteriolytiska egenskaper och tros livnära sig på bakterier.RNA, transfer, GlnSekvenshomologiKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Protein MultimerizationSvavelSensoriska rodopsinerRNA, transfer, TyrDNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.Genordning: Genernas ordningsföljd på en kromosom.Intramolekylära transferaser: Enzymer av isomersklass som katalyserar överföringen av acyl-, fosfo-, amin- eller andra grupper från en position inom en molekyl till en annan. EC 5.4.RNA, transfer, AsnKemoautotrofiFerredoxiner: Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.Ribonukleoproteiner, små nukleoläraThermotoga maritimaVätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Lysin-tRNA-ligas: Ett enzym som aktiverar lysin med dess specifika tRNA. EC 6.1.1.6.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Kinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.ProteobakterierRhizosphereTyrosin-tRNA ligasDNA-helicaser: Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.Peptidförlängningsfaktor 1BiokatalysReplikationsoriginNatronobacteriumBioreaktorer: Anläggningar för framställning av produkter genom utnyttjande av syntesförmågan eller den kemiska omvandlingsförmågan hos biologiska system. Det kan röra sig om vanliga fermentorer, cellkulturperfusio n eller enzymbioreaktorer. För framställning av proteiner och enzymer används oftast rekombinanta mikroorganismer, däggdjursceller, insektceller eller växtceller.Biosyntetiska banor