Proteiner från någon arkeart.
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.
Den genetiska massan hos arkéer.
Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
"Arkeavirus" är ett samlingsnamn för en grupp av virus som upptäcktes år 2014. Dessa virus har en unik dubbelmembranstruktur och en stor DNA-genom, vilket skiljer dem från andra kända virus. Arkeaviruset infekterar endast arkéer, en grupp enkelt byggda mikroorganismer som lever i extrema miljöer, till exempel mycket heta eller sura förhållanden. Det är fortfarande lite känt om arkeaviruset och dess potentiala inflytande på ekosystemen där arkéerna lever.
De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos arkéer.
'Sulfolobus' är ett släkte av arkéer som tillhör den termofila och acidofila gruppen. De lever vanligtvis i heta källor med ett pH runt 2-4 och temperaturer upp till 90°C. 'Sulfolobus' är kända för sin förmåga att använda svavelkomplex som elektronacceptorer under cellandning, vilket gör dem till extremofila organismer. Släktet innehåller flera arter, däribland 'Sulfolobus acidocaldarius' och 'Sulfolobus solfataricus'.
En familj anaeroba, kockoida eller stavformade Methanobacteriales. Cellmembranen består huvudsakligen av polyisoprenoid-kolväten länkade med eter till glycerol. Bakterierna återfinns i anaeroba miljöer överallt i naturen.
En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.
Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.
Strukturella enheter i kärnan av arkaiska celler, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.
Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.
'Sulfolobus solfataricus' är en term som används inom mikrobiologin och refererar till en extremofil archaeabakterie som lever under mycket höga temperaturer och sura förhållanden. Den hör till släktet 'Sulfolobus' och finns naturligt i heta källor med svavelhaltig ånga, såsom dem som kan påträffas i områden med geotermisk aktivitet, som exempelvis Solfatara i Italien. Bakterien är termoacidofil, vilket betyder att den trivs bäst vid höga temperaturer (över 80 grader Celsius) och lågt pH (under 3). Den har en unik metabolism som tillåter den att oxidera svavelvätesgaser till svavelsyra för att producera energi. 'Sulfolobus solfataricus' är även känd för sin förmåga att reparera DNA-skador orsakade av höga temperaturer
En art saltälskande arkéer som lever i Döda havet.
'Pyrococcus furiosus' är en extremofil archaeabakterie som lever under höga temperaturer (100°C eller högre) och har potential att producera industriellt användbar termostabilt enzym. Denna mikroorganism hittas vanligtvis i marina hydrotermiska ventar och utgör ett viktigt forskningsobjekt inom områdena bioenergi, extremofil biologi och evolution.
"Archaeal large ribosomal subunit" refers to the larger of the two components that make up the archaeal ribosome, which is the complex molecular machine responsible for protein synthesis in archaea. The large ribosomal subunit plays a crucial role in the elongation phase of translation, where it helps catalyze the formation of peptide bonds between amino acids to build new proteins.
'Pyrococcus abyssi' is a species of archaea that is thermophilic and piezophilic, meaning it thrives in high-temperature and high-pressure environments. It was first isolated from hydrothermal vent deposits in the deep sea. This microorganism's genome has been sequenced and it is known to play a role in biogeochemical cycles due to its ability to metabolize carbohydrates and proteins under extreme conditions.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
En art extremt termofila, svavelreducerande arkebakterier. Den växer vid en temperatur på högst 95 grader C i marina, geotermiska områden.
Ett släkte anaeroba, oregelbundet klotformade Methanosarcinales med orörliga medlemmar. De bildar inte endosporer. Dessa arkéer får sin energi genom att bilda metan från acetat, metanol, mono-, di- och trimetylamin, och möjligen kolmonoxid. De påträffas i sötvatten och havsmiljöer.
"Sulfolobus acidocaldarius" är en term inom mikrobiologin och den refererar till en typ av arké, en grupp encelliga organismer som inte är niacinbaserade som bakterier och eukaryoter. Denna art hör till den extremofila undergruppen sulfolobus och lever i mycket heta och sura miljöer, såsom varma källor. "Sulfolobus acidocaldarius" är thermoacidophil, vilket betyder att den trivs vid höga temperaturer (50-80°C) och lågt pH (2-4). Denna art spelar ingen direkt medicinsk roll, men studier av dess extremofila egenskaper har gett insikter inom områden som DNA-replikering, reparation och proteinföldning under extrema förhållanden.
*Pyrococcus horikoshii* är en extremofil archaea som lever under mycket höga temperaturer (upp till 105°C) och har därför fått sitt namn ifrån grekiskans *pyr* (eld) och latinets *coccus* (kula). Den är en obligat anaerob, vilket betyder att den inte kan leva i närvaro av syre. Dess genetiska information har varit värdefullt för forskare då det bland annat har lett till upptäckten av nya enzymer och proteiner som fungerar under extrema förhållanden.
I en enda mening kan 'Acidianus' definieras som ett genus av extremofila arkéer som tillhör den termofila och acidofila gruppen sulfurales. Dessa organismer förekommer naturligt i heta källor med lågt pH, ofta över 70°C och vid mycket låga pH-värden, ned till pH 2. De är också autotrofa, vilket betyder att de kan producera sin egen mat genom att oxidera svavelväte (H2S) till svavel (S) och vatten (H2O).
Det enklaste, mättade kolvätet (CH4).
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
Nanoarchaeota er en archaeal domæne som omfatter meget små, termofile arkeriae med en estimated genoms storrelse på 490.000 bp. Den type arkei som gav navn til denne gruppen, Nanoarchaeum equitans, lever som en obligat symbiont på en anden arkei, Ignicoccus hospitalis. Det er fortsatt uklart hvordan medlemmene av denne gruppen interagerer med deres miljø og hvilken slags roller de spiller i de økosystemer de lever i.
Ett rike av Archaea, omfattande metanbildande organismer, Halobacteriales (saltbakterier), Archaeoglobales (sulfatreducerande), samt de termofila Thermococcales och Thermoplasmales.
Pyrococcus är ett släkte av archaea, som tillhör den termofila gruppen hypertermofila arkéer. Dessa encelliga organismer trivs i extrema höga temperaturer, upp till 105 °C, och förekommer naturligt i marina hydrotermiska ventilationssystem (MHVS) på oceanens botten. Pyrococcus-arterna är kemoorganotrofa och får sin energi genom att oxidera organiska ämnen under anoxisk respiration eller genom fermentation av sockerarter. Släktet Pyrococcus innehåller flera arter, däribland P. furiosus, P. abyssi och P. woesei, som alla är viktiga modellorganismer inom forskningen om arkéers extremofila livsvillkor och deras användning i bioteknologin.
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Thermoplasma är ett genus av arkéer som lever under extremt höga temperaturer och syrorikt miljöer, såsom svavelkällor. De saknar cellvägg och har istället en yttre membran skapad av eterlipider. Thermoplasma är termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer upp till 60°C. Dessa arkéer spelar en viktig roll i studiet av extrema livsvillkor och extremofila organismer.
Föreningar där en eller fler hydroxylgrupper av glycerol har eterbindning med en mättad eller omättad alifatisk alkohol. En eller två av glycerolhydroxylgrupperna kan vara förestrade. Dessa ämnen har påträffats i olika typer av djurvävnad.
Thermoproteaceae is a family of archaea within the order Thermoproteales and the phylum Crenarchaeota. These extremophilic organisms are typically found in hot environments such as volcanic vents and hot springs, with optimum growth temperatures ranging from 75 to 105°C. They are characterized by their rod-shaped or filamentous morphology and the presence of a unique type of flagella called archaellum, which they use for movement. Thermoproteaceae species obtain energy through either chemolithotrophic or organotrophic metabolism, with some being sulfur-dependent. They play important roles in global carbon and sulfur cycling in extreme environments.
Avlagringar på land eller i vatten av fragmenterat, fast, oorganiskt material, som lösgörs genom vittring eller nötning av berggrunden eller genom vulkanisk verksamhet, och som transporteras av luft, vatten eller is.
Ett släkte anaeroba, stavformade metanbakterier (Methanobacteriaceae). Bakterierna är orörliga och nyttjar ammoniak som enda kvävekälla. Dessa metanbildande bakterier finns i sjösediment, jord, avloppsvatten och i djurs tarmflora.
En ordning anaeroba metanproducerande organismer i riket Euryarchaeota. Det finns två familjer: Methanosarcinaceae och Methanosaetaceae.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
En ordning anaeroba, kockoida eller stavformade metanbildande bakterier inom riket Euryarchaeota. De är orörliga, katabolyserar inte kolhydrater, proteinämnen eller organiska föreningar andra än formiater eller kolmonoxid, och har stor utbredning i naturen.
"Small archaeal ribosomal subunit" refers to the smaller of the two components that make up the archaeal ribosome, a complex molecular machine responsible for protein synthesis in archaea. The small subunit is primarily involved in decoding the mRNA (messenger RNA) sequence and positioning tRNAs (transfer RNAs) during translation. Its structure includes the binding site for the tRNA and the key functional components, such as the 16S rRNA and associated proteins, necessary for accurate decoding of genetic information during protein synthesis in archaea.
Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
En familj inom Thermoproteales, bestående av anaeroba kocker, som fakultativt utnyttjar peptider, proteiner eller kolhydrater genom svavelomsättning eller jäsning. Det finns fyra släkten: Desulfurococcus, Pyrodictium, Staphylothermus och Thermodiscus.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
'Saltvatten' är en medicinsk term som refererar till vatten med en högre koncentration av salt än vad som finns i vanligt dricksvatten, vilket normalt är mellan 0,5 och 3,5%. Detta är oftast ett ökat innehåll av natriumklorid (NaCl), men kan också innefatta andra slag av salter. Saltvatten kan användas terapeutiskt för att behandla vissa medicinska tillstånd, såsom hudinflammationer och mag-tarmsjukdomar.
I en enkel medicinsk kontext kan "nitrification" definieras som den process där ammonium (AMM) eller ammoniak (NH3) omvandlas till nitrit (NO2-) och sedan till nitrat (NO3-) av specifika bakterier. Denna process är viktig i naturen för att bryta ned organiskt material, men den kan också ha relevans inom medicinen vid behandling av avfallsvatten från exempelvis dialysbehandlingar och för att reducera föroreningar i vattenförsörjning.
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
En familj anaeroba Methanococcales, vars medlemmar kan förflytta sig med hjälp av flageller. Dessa metanbildande organismer nyttjar koldioxid som elektronacceptor.
Sulfolobus is a genus of extremophilic archaea belonging to the order Sulfolobales, which are characterized by their ability to thrive in harsh environments with high temperatures (50-90°C) and acidic pH levels (1-6). These organisms are found in various hot and acidic habitats such as volcanic springs, sulfur-rich mudpots, and acid mine drainage sites. They obtain energy through the oxidation of sulfur compounds and can play a significant role in the global sulfur cycle. Sulfolobus species are also known for their unique cell membrane structure and unusual tRNA processing mechanisms.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
Ett rike inom domänen Archaea, omfattande termofila organismer från den heta källan Obsidian Pool i Yellowstone nationalpark, vilka tiullhör de mest primitiva livsformer som finns. De har genomgått en mycket liten evolutionsförändring.
"Biologisk mångfald" refererar till den genetiska, arterliga och ekologiska variationen som finns bland levande organismer, inklusive alla deras interaktioner med varandra och deras fysiska omgivning.
En art saltälskande arkéer som återfinns i saltsjöar. Vissa stammar bildar under anaeroba förhållanden en lila hinna.
Ett släkte av Halobacteriaceae som särskiljer sig från övriga släkten i familjen genom närvaro av specifika derivat av TGD-2-polära lipider. Haloarcula lever i neutrala, salta miljöer, som t ex saltsjöar, marina saltgårdar och salta jordar.
En familj anaeroba Methanosarcinales, vars celler är mesofila eller termofila och uppträder som oregelbundet klotformade eller som höljeförsedda stavar. Dessa metanproducerande organismer återfinns i alla anaeroba miljöer, som t ex sjösediment, anaeroba reningsanläggningar och mag-tarmkanaler. Det finns fyra släkten: Methanosarcina, Methanolobus, Methanothrix och Methanococcoides.
Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.
Halorubrum är ett släkte av archaeer inom domänen Eukaryota som tillhör klassen Halobacteria och fylumet Euryarchaeota. Dessa organismer är extremofila, vilket betyder att de trivs i mycket saltrika miljöer, såsom saltsjöar och saltrika sjöbottnar. De flesta arter av Halorubrum kräver minst 15% salt för att kunna växa och reproduceras. Dessa archaeer har en speciell typ av cellmembran som består av unika lipider, etersyror, vilket gör dem anpassade till att leva i höga saltkoncentrationer. Halorubrum-arterna är också kända för sin förmåga att producera bakteriorodopsin, ett protein som möjliggör direkt solenergiomvandling till kemisk energi i cellen.
Vattenflöden, uppvärmda genom geotermisk påverkan. Varma källor i dagen har använts för balneoterapi.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."
Thermosomes are large protein complexes found in eukaryotic cells that play a role in the regulation of intracellular protein homeostasis by assisting in the folding and assembly of newly synthesized proteins, as well as helping to refold and degrade misfolded proteins. They are composed of several chaperone proteins, including heat shock proteins (HSPs), and are thought to function as part of a larger network of protein quality control systems within the cell. Thermosomes are also known to be involved in various cellular processes such as signal transduction, protein trafficking, and the regulation of the cell cycle.
"Microbial Consortia" refererar till en grupp eller en samling av olika mikroorganismer, som normalt förekommer tillsammans i ett specifikt ekologiskt sammanhang och har potentialen att interagera och påverka varandra och sin gemensamma miljö. Dessa mikroorganismer kan vara bakterier, archaeer, svampar, protozoer eller virus, och de kan leva i en symbiotisk, kommensalistisk eller patogenisk relation med varandra. Microbial Consortia kan hittas i en rad olika miljöer, inklusive jord, vatten, luft, djursamhällen och människokroppen. De har potentialen att spela en viktig roll i närings Cykler, biogeokemi, sjukdomsutveckling och bioteknologi.
Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.
Transfer RNA (tRNA) är ett slags RNA-molekyler som spelar en central roll i den genetiska koden och proteinsyntesen. Varje tRNA-molekyl bär en specifik aminosyra, och under proteinsyntesen matchas varje tRNA med en komplementär mRNA-sekvens (ett kodon) i ribosomen för att korrekt infoga den rätta aminosyran i den nya peptidkedjan som byggs upp.
Eukaryota, eller eukaryoter, är en domän inom livets systematik som innefattar alla organismer med cellkärna, till skillnad från prokaryoter som saknar cellkärna. Till eukaryoter räknas djur, växter, svampar och enzymer (protister). Dessa organismers celler har ofta ett komplext uppbyggande jämfört med prokaryota celler, med olika organeller som är specialiserade för olika funktioner.
En ordning anaeroba, högt specialiserade, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. Bakterierna är icke-rörliga eller rörliga, med kockoida, pseudosarkina eller stavformade celler. Bland familjerna märks Methanomicrobiaceae, Methanocorpusculaceae och Methanospirillaceae.
Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.
En familj extremt saltälskande arkéer som lever i miljöer med höga salthalter, så som saltsjöar, saltavlagringar eller salt fisk. Bakterierna är antingen obligat aeroba eller fakultativt anaeroba och indelas i sex släkten: Haloarcula, Halobacterium, Halococcus, Haloferax, Natronobacterium och Natronococcus.
Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.
Ribonuclease P (RNase P) är ett ribozym, det vill säga ett enzym som består av en RNA-molekyl snarare än en proteinmolekyl, och som katalyserar klipningen av pre-tRNA till att bilda den mognade tRNA-molekylen. Detta är en nödvändig process för syntesen av proteiner i celler. Ribonuclease P finns hos de flesta levande organismer, inklusive bakterier, arkéer och eukaryoter.
Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
"Vattenmikrobiologi" är ett område inom mikrobiologin som handlar om studiet av mikroskopiska livsformer, såsom bakterier, archaea, alger, svampar och protozoer, i vattenmiljöer. Detta inkluderar såväl sötvatten som saltvatten, och kan omfatta studier av mikroorganismernas förekomst, aktivitet, interaktion med varandra och med miljön, samt deras roll i vattnets ekosystem och globala näringscykel. Vattenmikrobiologi har betydelse för att förstå och lösa problem relaterade till vattenkvalitet, hälsan hos vattenlevande organismer och människor, och klimatförändringar.
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
Pyrobaculum är ett släkte av archaeer inom den termofila och extremt alkalitoleranta ordningen Sulfolobales. Dessa archaeer förekommer naturligt i hypertermiska områden som varma källor och har en optimal tillväxttemperatur på över 100°C, vilket gör dem till några av de termofilaste organismerna som är kända. Pyrobaculum-arterna är stavformade och kan reducera svavel till svaveldioxid. De är också kända för sin förmåga att använda kolmonoxid som energikälla.
En ordning ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier i Euryarchaeotariket. Den enda familjen Archaeoglobaceae har ett släkte, Archaeoglobus.
Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.
En färglös, alkalisk gas. Den bildas i kroppen vid nedbrytning av organiskt material i samband med ett stort antal metaboliskt viktiga reaktioner.
Thermoproteus är ett släkte av arkéer som lever under extremt höga temperaturer, upp till 105°C, och tillhör den termofila gruppen. Dessa organismer förekommer vanligtvis i heta källor med neutral pH och reducerade förhållanden. De är strikt anaeroba och har en speciell typ av cellmembran som gör att de kan tåla höga temperaturer. Släktet innehåller endast två arter, nämligen T. neutrophilus och T. tenax.
Ett släkte ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier, tillhörande familjen Archaeoglobaceae.
Thermoproteales är en ordning av arkéer som tillhör klassen Thermococci within domänen Archea. Dessa organismer är extremofila, det vill säga de trivs under mycket extrema miljöförhållanden jämfört med de flesta andra levande varelser. I synnerhet är Thermoproteales termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer, ofta över 80 grader Celsius. De flesta arterna inom denna ordning lever i heta källor eller andra extrema miljöer som till exempel svavelkällor och dylikt. Thermoproteales är anaeroba, det vill säga de saknar syrebehov och trivs bäst i syrefria miljöer. De flesta arterna är också autotrofa, vilket betyder att de kan producera sin egen näring genom fotosyntes eller kemosyntes.
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
I en enkel medicinsk definition kan 'biota' definieras som:
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Prokaryotic initiation factors are a set of proteins required for the accurate and efficient initiation of protein synthesis in prokaryotic organisms, such as bacteria, by facilitating the binding of messenger RNA (mRNA) to the small ribosomal subunit and promoting the formation of the initiation complex.
En ordning extremt saltälskande arkéer, inom riket Euryarchaeota. De förekommer överallt i naturen där salthalten är hög och är kemoorganotrofa, utnyttjande aminosyror eller kolväten som kolkälla.
En klass av sekvensbesläktade molekylära chaperoner i bakterier, mitokondrier och plastider. Chaperoniner är rikligt förekommande, grundläggande proteiner som ökar i mängd i samband med stresstillstån d, såsom värmechock, bakteriell infektion av makrofager och ökad cellulär mängd av oveckade proteiner. Bakteriella chaperoniner verkar som viktiga immunogener vid bakterieinfektioner hos människa pga sin anhopning under infektionsstress. Två av medlemmarna av denna chaperonklass är chaperonin 10 och chaperonin 60.
I en enda mening kan 'gRNA' (guide RNA) definieras som en typ av RNA-molekyl som används inom CRISPR-Cas9-systemet för att guida systemets aktivitet och specificera vilket DNA-segment som ska tas bort eller redigeras. gRNA-molekylen innehåller en specifik sekvens som matchar delen av DNA-molekylen som ska redigeras, och den interagerar med Cas9-enzymet för att skapa en skärande verkan på det angivna stället i DNA-molekylen.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Pseudouridin (Ψ) är en modifierad nukleosid som förekommer naturligt i RNA. Det bildas genom en isomerisering av uridin, där den cykliska sockermolekylen omvandlas från en furanosform till en pyranform. Denna modifikation påverkar RNAs stabilitet, struktur och funktion, och förekommer i alla livsformer.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
I'm sorry for any confusion, but "Wyoming" is a proper noun and refers to a state in the United States, specifically the 44th state to join the union. It doesn't have a medical definition.
En art saltälskande arkéer som utmärker sig genom att producera syra från socker. Arten benämndes tidigare Halobacterium marismortui.
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
"Oxidoreduktaser är ett enzym som katalyserar oxidation-reduktionreaktioner, där elektroner överförs från ett molekylärt substrat, det reducerade substratet, till en acceptor, det oxiderade substratet."
Transkriptionsfaktor TFIIB är ett protein som spelar en viktig roll i initieringen av transkription, det process där DNA kopieras till mRNA, genom att hjälpa till att rekrytera RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av ett genetiskt segment.
Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.
Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.
"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."
'Protein structural homology' refers to the similarity in the three-dimensional structure of proteins, which can imply a common evolutionary origin and functional relationship between them. This structural similarity is often determined by comparing the folding patterns and spatial arrangements of their constituent elements, such as alpha helices and beta sheets. It is important to note that structural homology does not necessarily mean sequence homology, where proteins share a significant similarity in their amino acid sequences.
"Bakteriellt RNA" refererar till RNA (Ribonukleinsyra) som förekommer hos bakterier. Detta inkluderar olika typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa molekyler spelar viktiga rollar i protein syntesen hos bakterier.
Pyrodictiaceae är en familj av arkéer inom den termofila och acidofila ordningen Thermoproteales. Dessa extremofila organismers cellmembran består av eterlipider istället för esterlipider, och de kan gro under mycket höga temperaturer, upp till 105-110°C, i samband med varma svavelkällor eller djuphavs hydrotermiska ventilationssystem. Pyrodictiaceae innehåller släktena Pyrodictium, Pyrococcus och Hyperthermus.
Hydrothermal vents are fissures on the ocean floor that release geothermally heated water into the ocean. They are often found near volcanically active areas, where seawater seeps into the ocean crust and is heated by magma, causing it to rise back to the surface due to its lower density. The water emerging from these vents can reach temperatures up to 400°C (752°F), although it cools rapidly upon contact with the cold ocean water. Hydrothermal vents create unique ecosystems that are home to various extremophile organisms, many of which rely on chemosynthesis rather than photosynthesis for energy production.
Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) är en molekylärbiologisk metod använd för att separera och jämföra DNA-fragment med samma längd men olika bassekvens, till exempel PCR-amplifierade genregioner. I DGGE-metoden appliceras ett gradient av denatureringsmedel (till exempel formamid och varierande temperatur) över en polyakrylamidgel, vilket leder till att dubbelstrupet DNA delvis denatureras och separeras baserat på dess melting behavior. När temperaturen eller koncentrationen av denatureringsmedlet ökar når det en punkt där en specifik baspar match delvis förlorar sin sekundärstruktur, vilket resulterar i en saktare migration genom gelen under elektrofores. På så sätt möjliggör DGGE separation av DNA-fragment med endast en eller ett fåtal baspar skillnad, och kan användas för att upptäcka genet
"Salthalt" refererer til mængden af opløst salt, typisk natriumklorid (NaCl), i et vandløb, havvand eller i kroppen hos levende organismer. Salthalten angives som regel i enheden ppm (parts per million) eller i promille (%o). I medicinsk sammenhæng er saltholdigheden af kroppens væskebalance vigtig, da for store ændringer kan have negativ indvirkning på cellerne og føre til forstyrrelser i kroppen.
Det lösa ytmaterialet på jorden som utgör grogrunden för växter.
Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Ribosomalt RNA (rRNA) är den typ av RNA som utgör en viktig komponent i ribosomer, de cellulära organeller där proteinsyntesen sker i levande celler. rRNA-molekyler fungerar som strukturella stommar och katalytiska center för ribosomen, underlättar bindningen av aminosyror och bildandet av peptidbindningar under proteinsyntesen.
"Kvartära proteinstrukturen refererar till den rumsliga organisationen hos komplexa proteinmolekyler, vilket inkluderar både den enskilda proteinkedjans sekundära och tertiära struktur samt positionen och orienteringen av eventuella subuniteter eller ligander i ett multiomeriskt proteinprotein."
Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.
tRNA-metyltransferaser är en typ av enzym som metylerar, det vill säga överför en metylgrupp till, specifika baser i transfer RNA (tRNA)-molekyler. Dessa modifieringar hjälper till att stabilisera tRNAs tredimensionella struktur och är viktiga för korrekt proteintranslering.
En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.
Ett släkte ytterst saltälskande Halobacteriaceae som är kemoheterotropa och strikt aeroba. De återfinns i neutrala salta miljöer, som t ex saltsjöar (särskilt Döda havet) och marina saltgårdar.
Transfer RNA (tRNA) for tryptophan (Trp) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran tryptofan från den genetiska koden i mRNA till ribosomen under processen av proteintranslering.
Ett enzym som aktiverar leucin med sitt specifika tRNA. EC 6.1.1.4.
Den genetiska massan hos bakterier.
Ett växtsläkte (måror) i familjen Rubiaceae. Bland kända arter i Sverige kan nämnas gulmåra (G. verum), vitmåra (G. boreale) och backmåra (G. suecicum).
En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.
"Smått nukleolära RNA (snRNA) är en typ av icke-kodande RNA som deltar i posttranskriptionell modifiering av andra RNA-molekyler, främst medan de är lokaliserade till det små nukleolära domänerna inom kärnan."
I en enkel medicinsk kontext, kan autotrofa processer definieras som metaboliska processer där organismer producerar sin egen föda med hjälp av kemiska eller solenergi. Detta innebär att de kan syntetisera organiska molekyler från antingen oorganiska källor (som i kemiautotrofi) eller genom fotosyntes, där de använder solljus som energikälla för att omvandla koldioxid och vatten till syre och glukos. Autotrofa processer är av central betydelse för primärproduktionen i ekosystem, eftersom de autotrofa organismerna, som huvudsakligen utgörs av växter, alger och visst batterium, bildar grunden för näringskedjan.
"Oil and gas fields" refer to geographical areas containing significant subterranean accumulations of hydrocarbons, including crude oil and natural gas, that are economically viable for extraction and exploitation through drilling and well completion operations. These fields can vary in size, depth, and complexity, and their exploration and production require a combination of geological, engineering, and technological expertise to ensure sustainable and safe resource management.
Vatten med obetydliga salthalter, t ex åar och insjöar.
Någon av de ligaser som katalyserar den ATP-förmedlade bindningen mellan en aminosyra och en tRNA och därmed aktiverar ett steg i proteinsyntesen. De enskilda enzymen är starkt specifika för en viss a minosyra och dess motsvarande tRNA.
Fysiologisk aktivitet hos bakterier.
I en medicinsk kontext kan "Stilla havet" referera till den stilla, lugna och ofta används som ett jämförelse med en del av människokroppen, nämligen bukhålan (abdomen). Termen "Stilla havet" används för att beskriva en situation där det inte finns någon synlig eller påträffad patologisk aktivitet i ett organ eller ett område inne i kroppen, särskilt inre organ. Det kan användas i bilddiagnostiska rapporter som ultraljud, CT-scan eller MRI för att beskriva en situation där inga avvikande fynd har konstaterats.
Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
tRNA-aminoacyling, eller tRNA-syrebaseret aminosyreesterifikation, er en biokemisk reaktion, hvor en specifik aminosyre kovalent forbindes med sit tilhørende transfer RNA (tRNA) molekyle. Denne proces katalyseres af enzymer kaldet aminoacyl-tRNAsynthetaser og spiller en essentiel rolle i den centrale dogme for molekylærbiologi, idet den forbinder genetisk information fra DNA og RNA med de relevante aminosyrer under proteinsyntesen. Hvert tRNA-molekyle har et specifikt anticodon, der kan parre sig med en komplementært kodon på mRNA, hvilket sikrer at den korrekte aminosyre bliver indlemmet i det voksende peptidkæde under proteinsyntesen.
En familj anaeroba Methanomicrobiales med kockoida till raka eller något krokiga, stavformade medlemmar. Det finns sex släkten.
Group II chaperonins are large, barrel-shaped protein complexes that assist in the folding of other proteins within the cell. They are found in eukaryotic cells, including those of humans, as well as in archaea. In eukaryotes, the major group II chaperonin is known as CCT (Chaperonin Containing TCP-1), and it is composed of eight different subunits that form a double-ring structure. The protein substrates are bound inside the central cavity of the barrel and undergo folding with the help of ATP hydrolysis. Group II chaperonins play crucial roles in various cellular processes, such as protein quality control, assembly of protein complexes, and regulation of cell cycle progression.
Antigena substanser från arkebakterier.
I en mening kan "Open Reading Frames" (ORF) definieras som en sekvens av DNA eller RNA som har potentialen att koda för ett protein. ORF börjar med en startkodon, vanligtvis AUG, och fortsätter till nästa stoppkodon (UAG, UAA eller UGA). Den resulterande aminosyrasekvensen kan potentiellt vara kapabel till att bilda ett protein om den översätts korrekt. Det är värt att notera att inte alla ORF:er leder nödvändigtvis till produktionen av ett funktionellt protein, eftersom det kan finnas flera skäl till varför translationen kan misslyckas eller ge upphov till en icke-funktionell peptid.
Immunglobuliner som inducerats av antigena komponenter hos arkebakterier (archaea).
En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.
I medicinsk kontext, refererar "lesions" till skador eller skadliga förändringar av vävnader eller organ i kroppen. Dessa kan vara orsakade av olika faktorer som trauma, infektion, cancer, genetiska störningar eller åldrande. Lesions kan variera i storlek, djup och svårighetsgrad och de kan ha lokaliserats till en viss plats i kroppen eller spridas över flera områden. De kan orsaka symtom beroende på deras storlek, plats och funktionell påverkan på omgivande vävnader. Vissa lesions kan behandlas med mediciner, operationer eller strålbehandling, medan andra kan vara icke-curabla och kräva livslång övervakning och vård.
Combretaceae är en familj av blommande växter, även känd som släktgruppen kombretacea, som innehåller cirka 600 arter fördelade över omkring 15-30 släkten. De flesta av dessa växter finns i tropiska och subtropiska regioner världen över. Familjen består av träd, buskar och klättrande växter med enklare blommor arrangerade i ax eller klaseartade inflorescenser. Många arter inom Combretaceae har medicinsk användning, exempelvis kvercitrin som utvinns från barken av Terminalia ferdinandiana och har antioxidativa egenskaper.
Plankton är en samlingsbeteckning för de organismar som lever i ett suspended state och drifts med vattnets strömningar i sjöar, hav och andra vattenmiljöer. Plankton består av både vegetativt plankton (fitoplankton) och djurplankton (zooplankton) och kan variera i storlek från mycket små encelleda alger och bakterier till större djursamhällen som kräftdjur och blötdjur. Plankton utgör en viktig del av näringskedjan i vattenmiljöer, då de bildar föda för många andra marina djur, inklusive fiskar och valar.
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Elektronmikroskopering av prov som snabbt fryses ned. Avbildning av djupfrysta, hydrerade molekyler och organeller återger objektet på ett sätt som bäst överenstämmer med en bild av den levande materian, utan kemisk fixering eller färgning.
A 'TATA-box binding protein' (TBP) is a crucial transcription factor that recognizes and binds to the TATA box, a specific DNA sequence located in the promoter region of many genes. This protein plays a critical role in initiating gene transcription by appropriately positioning the RNA polymerase II complex for accurate and efficient transcription.
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
En polymerase chain reaction (PCR) är en laboratorieteknik som verkar genom att kopiera en specifik DNA-sekvens i ett exponentiellt tempo, vilket möjliggör detaljerad analys av mycket små mängder av ursprungligt DNA. PCR utförs genom att upprepade gånger höja temperaturen och sänka den igen, vilket låter enzymet polymeras skapa kopior av DNA-sekvensen med hjälp av två specifika primers. Detta möjliggör identifiering och analys av specifika DNA-sekvenser i forskning, diagnostik och forensiska tillämpningar.
CRISPR-associated proteins (Cas) refer to a family of proteins that are involved in the CRISPR-Cas system, which is a defense mechanism used by bacteria and archaea to protect themselves against foreign genetic elements such as viruses and plasmids. The most well-known Cas protein is Cas9, which is used in gene editing technologies due to its ability to cleave DNA at specific sequences defined by a guide RNA. However, there are many other Cas proteins that have different functions and mechanisms of action in the CRISPR-Cas system. In general, Cas proteins play a crucial role in recognizing and processing foreign DNA or RNA, and targeting it for destruction.
"Artsspecificitet" refererer til de unikke aspekter, karakteristika og kontekster, der er forbundet med kunstformer som teater, musik, maleri, litteratur osv. Det understreger, at hver kunstform har sine egne regler, historie, teoretiske perspektiver, teknikker og udtryksformer, som bør respekteres og forstås for at opnå en dybere forståelse af det pågældende værk eller frembringelse.
"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."
Bakteriofagen PRD1 är ett virus som infekterar och replicerar i gramnegativa bakterier, särskilt inom arten *Salmonella*. Viruset har en dubbelsträngat DNA-genom och en icosahedral symmetrisk kapsid. PRD1 är välstuderad som ett exempel på en grupp av bakteriofager med liknande egenskaper, kända som "PRD1-lika virus", och har använts som ett modellsystem för att undersöka grundläggande aspekter av bakteriovirusstruktur, genombildning och livscykel.
En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.
En hydrogensulfitreduktas är ett enzym som katalyserar reduktionen av hydrogenioner (protoner) och svaveldioxid till sulfiter i levande celler. Detta enzym spelar en viktig roll i det biologiska svavelföreningskretsloppet hos vissa bakterier, där det hjälper till att regenerera svavelkomponenter som kan användas för syntes av organisk svavel. Hydrogensulfitreduktaser innehåller ofta kobolt eller nickel i sin aktiva sida och är vanligt förekommande i sulfidoxiderande bakterier, vilka utnyttjar svavel som energikälla under anaeroba förhållanden.
Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.
En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.
Metagenom är studiet och analysen av samtliga genomer innehållna i ett specifikt miljöprover, vilket kan innefatta allt från jord, vatten och luft till levande organismer så som mikroorganismer. Detta inkluderar kända arter, tidigare okända arter samt virus, plasmider och andra genetiska element. Metagenomik ger forskarna en unik möjlighet att undersöka mikrobiella gemenskaper i sin naturliga miljö utan behov av isolering och kultivering av renar kulturer, vilket kan ge en mer representativ bild av den biologiska mångfalden i ett visst ekosystem.
En art icke-rörliga, halofila arkéer. Deras livsmiljöer utgörs av sötvatten- och havssediment, laguner med spillning och vommen hos klövdjur.
En livsmiljö utan syrgas.
Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.
DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Ett släkte av Halobacteriaceae som kräver hög salthalt för sin tillväxt. Tvådelning sker genom hopsnörning.
En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.
Serin-tRNA-ligase, även känt som Seryl-tRNAsynthetas, är ett enzym som katalyserar den sista steget i syntesen av serin-tRNA, vilket är en nödvändig komponent i den genetiska koden för proteintranslering. Detta enzym katalyserar kopplingen av aminosyran serin till dess specifika transfer-RNA (tRNA) via en esterbindning. Denna reaktion är viktig för att säkerställa korrekt dekodning och syntes av proteiner i cellen.
Den kontinent som täcker jordens sydpol. Antarktis är ett fastlandsområde med en yta på drygt 14 milj km2 och omfattande Västantarktis,
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Ribosomproteiner är proteiner som har en strukturell roll i ribosomen, den organell som syntetiserar protein i cellen. De hjälper till att bilda ribosomens centrala region där translationen av RNA till protein sker. Ribosomproteinerna bidrar också till att stabilisera ribosomens tertiära struktur och underlättar kopplingen mellan transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA) under proteinsyntesen.
En grupp proteobakterier bestående av morfologiskt olika, anaeroba sulfidbildare. Vissa av dessa har bakteriolytiska egenskaper och tros livnära sig på bakterier.
Transfer RNA (tRNA) för glutamin (Gln) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran glutamin till ribosomen under processen av proteintranslering. Detta sker genom att tRNAMolekylen kopplas till glutamin via en speciell bindning, känd som peptidbindning, i enlighet med den genetiska koden specificerad i mRNA (messenger RNA).
"Sekvenshomologi" refererar till den grad av likhet mellan två eller flera DNA-, RNA- eller proteinsekvenser som indikerar ett evolutionärt relaterat ursprung. Högre sekvenshomologi antyder närmare evolutionär släktskap mellan de jämförda biomolekylerna.
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
"Protein multimerization" refererar till processen där ett protein eller ett subenhet av ett protein interagerar och sammanlänkar med identiska proteiner eller subenheter för att bilda en större, komplex struktur som består av flera likadana monomera enheter. Denna process kan involvera icke-kovalenta interaktioner såsom vätebindningar, saltbrobryggor och hydrofoba effekter, eller kovalenta bindningar som disulfidbindningar. Multimerization av proteiner är viktigt för deras funktionella aktivitet, stabilitet, sammansättning och reglering inom celler.
Svavel (S) är ett icke-metalliskt grundämne som förekommer naturligt i naturen och är en essentiell näringsämne för levande organismer. Det är ett giftigt, illaluktande, gulaktigt gas vid rumstemperatur och omvandlas till en fast, vit substans under lägre temperaturer. Svavel förekommer i proteiner och som svavelkväveföreningar i levande växter och djur. Det används också inom industrin för att producera svavelsyra, kemikalier, gummi, pesticider och som desinfektionsmedel.
Sensoriska rodopsiner är ljuskänsliga proteiner som involverade i regleringen av vissa djurs beteende i samband med ljusexponering, exempelvis hos ryggradslösa djur och hos groddjur, där de fungerar som ljusteknisk receptorer i den så kallade känsliga cellen.
Transfer RNA (tRNA) Tyr refererar till ett specifikt transfer RNA molekyl som transporterar och assimilerar tyrosin (Tyr), en av de 20 standard aminosyra building blocks, till ribosomen under processen av protein syntes i celler.
Mångfaldigande av en DNA-molekyl.
Genernas ordningsföljd på en kromosom.
Enzymer av isomersklass som katalyserar överföringen av acyl-, fosfo-, amin- eller andra grupper från en position inom en molekyl till en annan. EC 5.4.
Transfer RNA (tRNA) för asparagin (Asn) är ett specifikt RNA-molekyl som transporterar aminosyran asparagin till ribosomen under processen av proteintranslering. Tillsammans med andra tRNA-molekyler och ribosomerna hjälper asparagins tRNA till att bygga upp en peptidkedja genom att koppla asparagin till rätt sekvens av baser i mRNA, vilket är den molekyl som leder proteinet som ska syntetiseras.
Kemoautotrofi är en typ av autotroft metabolism hos levande organismer, där de tillverkar sin egen organiska materia från anorganiska källor med hjälp av kemiska reaktioner. Detta skiljer sig från fototrofi, där organismer använder ljus som energikälla istället för kemi.
Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.
Små nukleolära ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe molekyler bestående av proteiner och en typ av RNA-molekyler kallade små nukleära RNA (snRNA), som spelar en viktig roll i processandet av rRNA (ribosomalt RNA) under transkriptionen och deltagande i splicingen av pre-mRNA (förbearbetad messenger RNA) i eukaryota celler.
*Thermotoga maritima* är en termofil, anaerob och strikt heterotrof arkae-bakterie som lever i extrema höga temperaturer upp till 90°C, ofta hittad i marina hydrotermiska ventar. Den har en unik cellmembranstruktur med en yttre lipidmonoschicht och en inre peptidoglykanlagrad membran som skyddar den från höga temperaturer och högt tryck. *Thermotoga maritima* använder sig av ett bredt spektrum av organiska ämnen som kolkälla genom att oxidera dem till koldioxid och acetat, vilket gör den till en potentialt intressant producent av bioenergi.
Ett mått på en lösnings surhetsgrad.
Ett enzym som aktiverar lysin med dess specifika tRNA. EC 6.1.1.6.
Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Proteobacteria är en fylum (division) av gramnegativa bakterier, inklusive en mångfald artar med olika egenskaper och former. De flesta proteobakterier lever som frisättande individer eller i symbiotiska associationer med andra organismer. Flera är viktiga patogener hos människor, djur och växter. Proteobacteria innehåller även en stor andel artar som spelar nyckelroller i naturens närings- och energicykler, till exempel syrefixerande bakterier och fotosyntetiserande cyanobakterier.
I medicinsk kontext används begreppet "rhizosfär" sällan, men inom områden som jordbruk, miljövetenskap och mikrobiologi refererar det till den speciella miljön runt och i direkt kontakt med rothårsregionen hos växter. Rhizosfären är ett aktivt ekosystem där växtrotar, mikroorganismer, djur, näringsämnen och jordpartiklar interagerar. Denna miljö påverkas av utsöndringen av organiska ämnen från växtrötarna som skapar näringsriktiga förhållanden som stödjer en hög mikrobiell diversitet och aktivitet.
Tyrosyl-tRNA synthetase (Tyr-tRNA ligase) is an enzyme that catalyzes the attachment of tyrosine to its corresponding transfer RNA (tRNA) molecule during protein biosynthesis, ensuring the fidelity of the genetic code.
Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.
Peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase (PAM), även känt som peptidförlängningsfaktor 1, är ett enzymkomplex involverat i posttranslationell modifiering av peptider genom att katalysera konverteringen av peptidylglycin till den aktiva peptidhormonformen genom alpha-amidering, vilket ökar stabiliteten och biologisk aktiviteten hos peptiden.
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
I molekylærbiologi, refererer "replikationsorigin" specifikt til den position på en delt genetisk materiale (såsom en DNA-molekyle) hvor replikationen begynder under celledelingen. Det er typisk et kort sekvensområde, der indeholder nøglesequencer, som rekrutterer og aktiverer enzymer, der udfører processen med at skabe to identiske kopier af originalmaterialet. Replikationsoriginen er essentiel for cellens evne til at fordoble sit genetiske materiale korrekt og sikre arvemassens overførsel fra modercellen til dattercellerne under celldelingen.
Natronobacterium är ett släkte av archaeer inom domänen Eukaryota. Dessa archaeer är extremofiler, vilket betyder att de trivs i mycket extrema miljöer som är fientliga för de flesta andra levande organismer. Natronobacterium-arkeerna är halofila, vilket innebär att de föredrar höga saltkoncentrationer och är alkalitoleranta, vilket betyder att de trivs i basiska miljöer med pH-värden upp till 10. De flesta arter inom släktet Natronobacterium har kräver en saltkoncentration på minst 20% för att kunna växa och reproduceras. Dessa archaeer förekommer naturligt i salthaltiga sjöar, som till exempel den saltsjön Magadi i Kenya, och i saltrika sediment i gruvor. De spelar möjligen en viktig roll i nedbrytningen av organiskt material under anaeroba förhå
Anläggningar för framställning av produkter genom utnyttjande av syntesförmågan eller den kemiska omvandlingsförmågan hos biologiska system. Det kan röra sig om vanliga fermentorer, cellkulturperfusio n eller enzymbioreaktorer. För framställning av proteiner och enzymer används oftast rekombinanta mikroorganismer, däggdjursceller, insektceller eller växtceller.
"Biosynthetic pathways refer to the series of biochemical reactions in cells that lead to the production of specific molecules, such as proteins, lipids, or carbohydrates, from simpler precursors."
Marinbiologi är ett forskningsfält som handlar om studiet av organismer och ekosystem som lever i marina (havs) miljöer.