Argonaute Proteins
Argonaute proteins are a family of conserved nucleic acid-binding proteins that play crucial roles in gene regulation, particularly in the RNA interference (RNAi) pathway and the related microRNA (miRNA) pathway. These proteins are characterized by the presence of a PAZ domain, which binds to the 3' end of small RNAs, and a PIWI domain, which contains an endonuclease active site for cleavage of target RNAs. Argonaute proteins use small RNAs as guides to recognize and cleave complementary mRNA sequences, thereby suppressing gene expression at the post-transcriptional level. They also contribute to other cellular processes such as transposon silencing, DNA damage repair, and epigenetic regulation.
eIF
RNA-Induced Silencing Complex
RNA-induced silencing complex (RISC) är ett protein-RNA-komplex som spelar en central roll i RNAi-mechanismen, en naturlig process som reglerar genuttrycket i eukaryota celler. RISC innehåller en guide-RNA, ofta en liten interfererande RNA (siRNA) eller ett miRNA (microRNA), och en aktiv del av komplexet som katalyserar klövning av komplementärt RNA, vilket leder till dess degradering eller översättningshämmning. På så sätt bidrar RISC till nedreglering av specifika gener och på så vis kontrollerar proteinexpressionen i cellen.
RNA-interferens
RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.
Ribonukleas III
Ribonuclease III (RNase III) er en type endonuklease, enzym som klipper RNA-molekyler innenfor specifike sekvenser, og den spesielt kutter dobbeltstrenget RNA (dsRNA) til små, regelbunde fragmenter. I mennesker er dette enzym kodet for av RNASEN3-genet og fungerer i reguleringen av genuttrykk og RNA-processing mekanismer.
MikroRNA
Små, dubbelsträngade, icke proteinkodande RNA, med en längd av 21-25 nukleotider, vilka genereras från enkelsträngade mikroRNA-gentranskript av samma ribonukleas III Dicer som producerar små stör-RNA (små interferens-RNA). De utgör en del av RISC och undertrycker translationen av mål-RNA genom att binda till en homolog 3'UTR-region med ofullständig passning. stRNA let-7 och lin-4 från C. elegans är de två första miRNA som påvisats och tillhör en klass miRNA som medverkar i utvecklingstajming.
RNA, Small Interfering
"Small interfering RNA (siRNA) is a type of small RNA molecule, typically 20-25 nucleotides in length, that plays a crucial role in the RNA interference (RNAi) pathway. siRNAs are formed from double-stranded RNA precursors and function to silence specific genes post-transcriptionally by targeting and degrading complementary messenger RNA (mRNA) molecules, thereby preventing protein synthesis."
Alfaamanitin
Alpha-amanitin är ett cykliskt peptidtoxin som produceras av flera giftiga svampar i släktet Amanita, inklusive knutskaftad flugsvamp och panterflugsvamp. Det är en stark inhibitor av RNA-polymeras II, en enzym som spelar en central roll i transkriptionen av DNA till mRNA i eukaryota celler. Alpha-amanitin binder till och stannar upp denna process, vilket stoppar syntesen av proteiner och kan leda till celldöd. Det används i forskning för att studera transkription och har potential som en möjlig behandling för vissa typer av cancer, men det är mycket giftigt och måste hanteras med stor försiktighet.
eIF-2
Eukaryot initieringsfaktor i proteinsyntesen. Faktorn består av tre underenheter: alfa, beta och gamma. När initieringen kommit igång bildar eIF-2 ett trippelkomplex med Met-tRNAi och GTP (guanosintrifosfat). Syn. eukaryot initieringsfaktor 2.
Genavstängning
RNA-bindande proteiner
RNA-binding proteins (RBPs) are a type of protein that selectively interact with RNA molecules, playing crucial roles in post-transcriptional regulation of gene expression. They can bind to various structural elements within RNA, such as double-stranded RNA, single-stranded RNA, hairpins, and other secondary structures, influencing RNA processing, stability, localization, and translation. The specificity of RNA-protein interactions is determined by the recognition of distinct RNA sequences and/or structural motifs through the modular domains present in RBPs.
gRNA
I en enda mening kan 'gRNA' (guide RNA) definieras som en typ av RNA-molekyl som används inom CRISPR-Cas9-systemet för att guida systemets aktivitet och specificera vilket DNA-segment som ska tas bort eller redigeras. gRNA-molekylen innehåller en specifik sekvens som matchar delen av DNA-molekylen som ska redigeras, och den interagerar med Cas9-enzymet för att skapa en skärande verkan på det angivna stället i DNA-molekylen.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
RNA-stabilitet
RNA-stabilitet refererar till hur länge ett RNA-molekyl kan bibehålla sin struktur och funktion inne i en cell, innan det bryts ned eller avlägsnas. Faktorer som påverkar RNA-stabilitet inkluderar sekvensspecifika interaktioner, modifieringar av RNA-baser, och aktiviteter hos enzymer som kan bryta ned RNA. Hög RNA-stabilitet är viktig för att säkerställa att tillräckligt med funktionellt RNA finns tillgängligt för att utföra sina cellulära uppgifter, medan låg stabilitet kan leda till nedsatt proteinuttryck och cellulär dysfunktion.
Caenorhabditis elegans-proteiner
"Caenorhabditis elegans (C. elegans) proteins are a specific set of biological molecules composed of amino acids, encoded by the genes present in the genome of C. elegans, a widely studied free-living nematode species used as a model organism in various research fields including molecular biology, genetics, and developmental biology."
Peptidinitieringsfaktorer
Peptidil-dipeptid A og B, eller PDP-A og PDP-B, også kjent som "peptidiniseringsfaktorer", er enklere enzymer som spiller en viktig rolle i reguleringen av blodtrykket og andre fysiologiske funksjoner. De aktiverer angiotensin II, som stimulerer vasokonstriksjon og øker aldosteronsekretionen fra bindevæv i nyrene for å regulere vann- og elektrolytbalansen i kroppen. Peptidiniseringsfaktorer er et mål for behandling av hypertensjon og hjerteforebygging.
RNA, dubbelsträngat
Proteinstruktur, tertiär
Caenorhabditis elegans
Drosophila melanogaster
RNA Processing, Post-Transcriptional
Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.
RNA, budbärar
Immunprecipitation
Molekylsekvensdata
Drosophila
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Mutation
Bassekvens
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Reglering av genuttryck
Aminosyrasekvens
RNA, växt
RNA Cleavage
RNA cleavage refers to the breaking of phosphodiester bonds in RNA molecules, resulting in the separation of the RNA chain into two or more fragments. This process can occur naturally as part of RNA maturation, regulation, or degradation, and it can also be induced experimentally for research purposes. Cleavage of RNA can be carried out by enzymes called ribonucleases (RNases), which specifically recognize and cut RNA molecules at specific sequences or structures. Additionally, RNA cleavage can occur non-enzymatically through chemical reactions, such as those induced by hydroxyl radicals, reactive oxygen species, or alkylating agents.
Bindningsplatser
Mask-RNA
Arabidopsisproteiner
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
Encyklopedier, principer
Toll-liknadne receptor 3
Toll-like receptor 3 (TLR3) is a type of protein known as a pattern recognition receptor, which plays a crucial role in the innate immune system's response to pathogens. TLR3 is expressed on the surface of various cells, including immune cells such as dendritic cells and macrophages. It recognizes double-stranded RNA (dsRNA), a genetic material found in some viruses, and activates signaling pathways that lead to the production of inflammatory cytokines and interferons, which help to coordinate an immune response against the virus. TLR3 also plays a role in the development of adaptive immunity by promoting the maturation and activation of dendritic cells, which present viral antigens to T-cells.
Poly I-C
Poly I-C är ett syntetiskt dubbelsträngat RNA-analog av viralt RNA som används som immun adjuvans och antiviralt medel inom forskning. Det stimulerar immunsystemet genom att aktivera toll-like receptor 3 (TLR3) och melanom differentiation associated gene 5 (MDA5), vilket leder till produktion av typer I och III interferoner och andra cytokiner, vilket i sin tur ger ett starkt immunologiskt svar. Poly I-C används ofta som modellsubstans för att studera antiviral respons och autoimmuna sjukdomar.
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.