Faktorer som medverkar i reglering av klyvningen och polyadenyleringen av budbärar-RNA intill platsen för RNA 3'-polyadenyleringssignalerna.

Polyadenylering är ett posttranskriptionellt modifieringssteg i eukaryota celler, där en poly(A)-svans bestående av en lång kedja av adenin (A)-nukleotider tillfogas 3'-slutet av mRNA-molekyler. Denna process underlättar stabiliteten och translationsprocessen av mRNA, samt hjälper till att exportera det från nucleus till cytoplasma.

Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor (CPSF) is a protein complex that plays a crucial role in the post-transcriptional regulation of eukaryotic gene expression. Specifically, CPSF is involved in the cleavage and polyadenylation of pre-messenger RNA (pre-mRNA) during the processing of nascent transcripts into mature mRNAs.

"RNA 3' End Processing" refererer til den biokjemiske proces, hvor der foretages modifikationer og klipning af det tresidede ende (3'-ende) af et RNA-molekyle (ribonukleinsyre). Denne proces omfatter typisk tilføjelse af en specifik gruppe af nukleotider, såsom adeniner (A-hale), eller andre modifikationer som hydroxyl-, methyl- eller andre funktionelle grupper. Disse ændringer kan have indvirkning på RNA-molekylets stabilitet, transport, traduction og/eller interaktion med andre molekyler.

En medicinsk kontext definieras 'Polynukleotidadylesteras' som ett enzym som katalyserar den nukleofila attacken av 5'-fosfatgruppen på en polynukleotidkedja till 3'-hydroxylgruppen på en annan polynukleotidkedja, vilket resulterar i en fosfoestersyrabindning mellan dem. Detta enzym är involverat i olika biologiska processer, inklusive DNA-reparation och RNA-syntes.

I en enkel medicinsk definition, refererar "Poly A" till en sekvens av adenin (A) baser som förekommer vid 3'-slutet av eukaryota messenger RNA (mRNA) strängar. Denna sekvens kallas även för poly(A)-svansen och är vanligtvis mellan 50 och 250 nukleotider lång. Poly(A)-svansen hjälper till att stabilisera mRNA, underlätta transporten av mRNA från nucleus till cytoplasma och bidra till translationsinitieringen.

CstF ( Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor) är ett protein som spelar en viktig roll i processen av transkriptionell termination och poly-A-syntes, vilket är nödvändigt för mRNAs stabilitet och translasjon i eukaryota celler. CstF består av flera subenheter, inklusive CstF-50, CstF-64, CstF-77 och CstF-80. Dessa subenheter bildar en komplex som binder till ett specifikt signalsystem i 3'-slutet av pre-mRNA, vilket styr polyadenylasjonsreaktionen.

RNA-prekursorer är initialt transkriberade RNA-molekyler som ännu inte har blivit fullständigt processade och kan innehålla intronsekvenser som ska tas bort innan det resulterande, mognare RNA-molekylen kan användas i proteintranslering eller regulering av genuttryck.

Post-transcriptional RNA processing refers to the modifications and regulations that occur to RNA molecules after they have been transcribed from DNA. These processes include capping, splicing, and tailing, which are essential for stabilizing and enabling the mature RNA to perform its functions in protein synthesis or gene regulation. Additionally, post-transcriptional RNA processing can also involve various forms of editing, such as base modifications and insertion/deletion of nucleotides, that further diversify and refine the information encoded in the RNA.

RNA-binding proteins (RBPs) are a type of protein that selectively interact with RNA molecules, playing crucial roles in post-transcriptional regulation of gene expression. They can bind to various structural elements within RNA, such as double-stranded RNA, single-stranded RNA, hairpins, and other secondary structures, influencing RNA processing, stability, localization, and translation. The specificity of RNA-protein interactions is determined by the recognition of distinct RNA sequences and/or structural motifs through the modular domains present in RBPs.

RNA 3' polyadenylation signals are sequences in messenger RNA (mRNA) that signal the addition of a string of adenine nucleotides, called a poly(A) tail, to the 3' end of the mRNA molecule during processing. This process is essential for the stability, export, and translation of mRNAs in eukaryotic cells. The canonical polyadenylation signal consists of the conserved hexamer sequence AAUAAA, typically located about 10-30 nucleotides upstream of the poly(A) site. Other less conserved sequences, such as U/GU-rich elements, can also contribute to the recognition and binding of the polyadenylation machinery.

Små nukleäre Ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe med sammansatta av proteiner och RNA-molekyler som spelar en viktig roll i processandet av nyss transkriberad RNA i cellkärnan. U7 snRNP är ett specifikt snRNP som deltar i splicingen av histon-specifika RNA-transkript genom att binda till en speciell sekvens (U7 snRNA) och interagera med andra proteiner för att klippa bort icke-kodande intronsekvenser.

"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."

RNA (Ribonucleic acid) är ett nukleinsyremedel som spelar en central roll i den genetiska informationens flöde och proteinsyntes inom celler hos levande organismer, inklusive svampar. RNA består av en lång kedja av nukleotider som innehåller fyra olika baser: adenin (A), uracil (U), cytosin (C) och guanin (G). I svampar, liksom i andra eukaryota organismer, finns det tre huvudsakliga typer av RNA: messenger RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer RNA (tRNA). Dessa olika RNA-typer har specifika funktioner i cellen, exempelvis att transportera genetisk information från DNA till ribosomen där proteinsyntesen sker eller att utgöra en del av ribosomerna där proteiner syntetiseras.

Sekvensen vid 3´-änden av budbärar-RNA som inte kodar för något. Detta område innehåller transkriptions- och translationsreglerande sekvenser.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.

RNA-polymerase II är ett enzym som katalyserar transkriptionen av DNA till RNA, specifikt för protein kodande gener i eukaryota celler.

'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.

Ribonukleoproteiner (RNPs) är komplexe av RNA (ribonukleinsyra) och protein som spelar viktiga roller inom cellens biologiska processer, såsom RNA-syntes, transport, lagrande och nedbrytning. Exempel på olika typer av RNPs inkluderar ribosomer, splicesosomer, snRNPs (små jämna nucleära ribonukleoproteiner) och mRNPs (messenger RNA-ribonukleoproteiner).

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Alla proteiner som förekommer i svampar.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

RNA-splitsning, eller RNA-splicing, är ett posttranskriptionellt process där intronsekvenser (icke-kodande sekvenser) exciseras och exonsekvenser (kodande sekvenser) sammanfogas i en RNA-molekyl, vilket resulterar i ett mognare, funktionellt RNA-transkript som kan antingen vara ett messenger RNA (mRNA) för proteintranslering eller ett icke-kodande RNA med viktiga regulatoriska funktioner.

Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.

RNA-stabilitet refererar till hur länge ett RNA-molekyl kan bibehålla sin struktur och funktion inne i en cell, innan det bryts ned eller avlägsnas. Faktorer som påverkar RNA-stabilitet inkluderar sekvensspecifika interaktioner, modifieringar av RNA-baser, och aktiviteter hos enzymer som kan bryta ned RNA. Hög RNA-stabilitet är viktig för att säkerställa att tillräckligt med funktionellt RNA finns tillgängligt för att utföra sina cellulära uppgifter, medan låg stabilitet kan leda till nedsatt proteinuttryck och cellulär dysfunktion.

Små nukleäre Ribonukleoproteiner (snRNPs) är komplexe med sammansatta av RNA och protein som deltar i processingen av pre-mRNA i cellkärnan, och U1 är en typ av snRNP. Den specifika uppsättningen små nukleära Ribonukleoproteiner kallas för spliceosomer och de är involverade i splicingprocessen där intronsekvenser tas bort från pre-mRNA och exonsekvenserna sammanfogas för att bilda ett mognat mRNA. U1 snRNP har en speciell roll i initieringen av splicingprocessen genom att binda till startsekvensen för splicingen, känd som 5'-splice site, och hjälper till att stabilisera spliceosomen under dess sammansättning.

Retrovirusassocierade DNA-sekvenser (mos) som ursprungligen isolerades från Moloneys mussarkomvirus (Mo-MSV). Protoonkogenen mos (c-mos) kodar för ett protein i serinkinasfamiljen. Det finns ännu inga tecken på att den humana c-mos kan transformeras eller spelar en roll i cancer hos människa. Hos möss, däremot, kan en aktivering äga rum när den retrovirusliknande, intracisternala A-partikeln tar plats nära c-mossekvensen. Hos människa är c-mosgenen belägen på plats 8q22 på den långa armen på kromosom 8.

RNA isoforms, also known as alternative splicing variants, refer to different forms of RNA (Ribonucleic acid) that are generated from a single gene through the process of alternative splicing. During this process, introns (non-coding sequences) are removed and exons (coding sequences) are joined together in various combinations to form different RNA transcripts. These transcripts can then be translated into proteins with distinct structures and functions, or they may function as non-coding RNAs. RNA isoforms contribute to the diversity of the proteome and play important roles in regulating gene expression and cellular processes.

Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.

Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.

RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.

Regulatoriska sekvenser i RNA (Ribonukleinsyra) refererar till specifika delar av RNA-molekyler som kontrollerar och påverkar genuttrycket genom att påverka transkription, splicing, stabilitet eller translations effektivitet. Dessa sekvenser inkluderar exempelvis intron-exonsstrukturen, 5'- och 3'-UTR (oförgrenade regioner), poly(A)-svansen, uppslitningsställen, bindningsplatser för miRNA och andra regulatoriska RNA-molekyler.

Den del av cellen som innehåller cytosolen och andra strukturer än cellkärnan, mitokondrierna och större vakuoler.

Proteinbiosyntese refererer til den proces, hvor celler syntetiserer proteiner baseret på informationen i DNA-molekylet. Denne proces foregår i to etaper: transkription og translation. Under transkriptionen konverteres DNA-sekvensen til en komplementær mRNA-sekvens, der derefter transporteres ud af cellkernen. I den efterfølgende translation skaber ribosomerne forbindelsen mellem aminosyrerne i overensstemmelse med sekvensen af nukleotider i mRNA-molekylet, hvilket resulterer i dannelse af et protein. Proteinbiosyntesen er en essentiel livsfunktion for alle levende organismer.

"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.

Bildande av multipla proteinisoformer utifrån en enda gen. Alternativ splitsning innefattar sammanfogning av icke-konsekutiva exoner under tillkomsten av några, men inte alla, av genens transkript. En viss exon kan sålunda förenas med vilken som helst av flera andra exoner för att bilda budbärar-RNA. De alternativa formerna producerar proteiner som har en gemensam del och en avvikande del.