Superhelix-DNA
Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
DNA, cirkulärt
Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.
DNA-topoisomeraser, typ I
DNA-topoisomeraser som katalyserar ATP-beroende klyvning av den ena av de två DNA-strängarna, genomföring av den obrutna strängen genom brottpunkten och återförening av den kluvna strängen. Typ 1-DNA-topoisomeraser minskar belastningen på DNA-strukturen genom att relaxera superhelixvindlingarna och knutringarna i DNA-spiralen. EC 5.99.1.2.
Etidium
Ett medel mot trypanosomer och eventuellt virus med utbredd användning inom experimentell cellbiologi och biokemi. Etidium har ett flertal experimentellt användbara egenskaper, som t ex förmåga att binda till nukleinsyror, icke-kompetitiv blockering av nikotinacetylkolinreceptorer, och fluorescens. Det används vanligen i bromidform.
Osmiumtetroxid
Osmiumtetroxid är en giftig, kristallin förening med formeln OsO4. Den används primärt inom elektronmikroskopi för att färga fettsyror och andra lipider i biologiska preparat, då den bildar en svart eller mörkbrun färg vid kontakt med dubbelbindningar i olefiner. Osmiumtetroxid är starkt oxiderande och kan orsaka allvarliga skador på hud, ögon och luftvägar.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Simianvirus 40
"Simian Virus 40 (SV40) is a DNA tumor virus that is found in some species of monkeys and is known to cause cancerous and noncancerous transformations in human cells in vitro. It has been studied extensively as a model for viral oncogenesis."
Endonukleaser
Deoxiribonukleaser
Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.
Kolibakterie
Endonukleaser specifika för enkelsträngat DNA och RNA
Enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av enkelsträngat DNA eller RNA, utan att beröra dubbelsträngade områden. De är särskilt användbara i laboratoriet för framställning av "avhuggna" DNA-molekyler från DNA med enkelsträngade ändar och för känsliga gentekniker för påvisande av enkelsträngat DNA och RNA. EC 3.1.30.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Nukleinsyradenaturation
Nukleinsyredegeneration (eller nukleinsyrenaturation) refererer til den proces, hvor dobbeltstrenget DNA eller RNA bliver omdannet til en enkeltstrenget molekyle som følge af ophevelse af de hydrogenbindinger, der holder strengene sammen. Denne proces kan forekomme under høje temperaturer eller pH-værdier, og den kan også være medvirkende til genetisk materiales skade under cellestress eller sygdomme.
Karbodiimider
En medicinsk definition av "karbodiimider" är kemiska verbinder som används för att koppla tillsammans proteiner och peptider, ofta i samband med att man skapar konjugat till läkemedel eller andra bioaktiva substanser. Karbodiimider aktiverar karboxylsyror så att de kan reagera med aminogrupper och bilda en amidosbindning. Denna reaktion används ofta för att koppla ett läkemedel till ett protein, vilket kan förbättra dess farmakokinetiska egenskaper, såsom halveringstid och distributionsvolym. Ett exempel på ett karbodiimid som används inom medicinen är EDC (1-ethyl-3-(3-dimetylaminopropyl)karbodiimid).
Polydeoxiribonukleotider
Polydeoxyribonucleotides are long, synthetic chains of deoxyribonucleotides that are often used in research and medical settings as a component of nucleic acid-based therapies or for the study of DNA structure and function. They can be chemically synthesized with specific sequences to target and manipulate specific genes or genetic elements.
Bromsuccinimid
Histoner
Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.
Osmolaritet
Osmolaritet är ett mått på koncentrationen av osmotiskt aktiva partiklar, vanligtvis lösta joner och molekyler, per liter i en lösning. Det specificerar den totala mängden små partiklar som bidrar till osmosen, ett fenomen där vatten diffunderar över en semipermeabel membran från en region med lägre salthalt till en region med högre salthalt för att nå jämvikt. Osmolaritet uttrycks vanligtvis i osmol/L (osmoler per liter).
DNA, enkelsträngat
Bassekvens
Nukleosomer
Nukleosomer är de basala enheterna i kromatin, som består av DNA wrapped around histonproteinkärnor. Varje nukleosom innehåller 146 baspar DNA och två varianter av Histonoktamer (H3, H4)2(H2A, H2B)2. Nukleosomer är viktiga för kompaktiseringen av DNA i kromatin och regleringen av genuttryck genom att påverka tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och andra proteiner som binder till DNA.
Tyrotricin
Tyrothricin är ett naturligt förekommande peptidantibiotikum som utvinns från bakterien Bacillus brevis. Det består av två huvudsakliga komponenter, gramicidin och tyrocidin, som tillsammans har bredspektrum antibiotisk verksamhet mot grampositiva och vissa gramnegativa bakterier samt vissa svampar. Tyrothricin används huvudsakligen topisk till behandling av infektioner i hud, slemhinnor och sår.
Gradientcentrifugering
Novobiocin
Novobiocin är ett antibiotikum som verkar bakteriostatiskt, det vill säga att det hindrar bakteriers tillväxt och förökning, genom att störa deras proteinsyntes. Det produceras av Streptomyces niveus och är aktivt mot grampositiva bakterier, inklusive stafylokocker och enterokocker. Novobiocin har också visat sig ha viss verkan mot mykoplasma och chlamydia. Det används kliniskt för behandling av infektioner orsakade av dessa mikroorganismer, men på grund av sina biverkningar och begränsade spektrum används det inte lika ofta som andra antibiotika.
Nukleoproteiner
Nukleoproteiner är proteiner som har en nära association med nukleinsyra, det vill säga DNA eller RNA. Denna association kan vara permanent eller tillfällig och kan involvera icke-kovalenta bindningar mellan proteinets aminosyrarestser och fosfatgrupperna i nukleinsyran. Nukleoproteiner har ofta en strukturell roll, där de hjälper till att ge stabilitet och form åt nukleinsyrorna, men de kan också ha en funktionell roll i cellulära processer som replikation, transkription och translation. Ett exempel på ett nukleoprotein är kapsidproteinet hos en virus, som omger och skyddar virala genomet.
DNA-topoisomeraser, typ II
Molekylsekvensdata
Koksalt
Deoxiribonukleas BamHl
Kromatin
Elektronmikroskopi
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.
Acetaldehyd
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Dietylpyrokarbonat
Modeller, molekylära
Haemophilus
DNA-restriktionsenzymer
Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.
Polyomavirus
Polyomavirus är ett släkte av små, icke-veloppade DNA-virus som infekterar däggdjur, inklusive människor. De orsakar oftast asymptomatiska infektioner hos vuxna, men kan leda till allvarliga sjukdomar hos immunosuppicerade individer. Mänskliga polyomavirus innefattar JC-virus och BK-virus, som kan orsaka progressiv multifokala leukoencefalopati (PML) respektive nefropati.
Bakteriofag phi X 174
Typarten för släktet Microvirus. Den är en prototyp av små, virulenta DNA-colifager med en enda spiralsträng av cirkulärt DNA som i samband med infektion konverteras till en dubbelsträngad, replikerba r form genom enzymverkan i värdcellen.
Molekylvikt
Transkription, genetisk
Genetiska mallar
Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.
Bindningsplatser
TNas
Ett enzym som katalyserar endonukleolytisk klyvning till 3'-fosfomononukleotid- och 3'-fosfoligonukleotidslutproduktrer. Det kan orsaka hydrolys av dubbel- och enkelsträngat DNA eller RNA. EC 3.1.31.1.
Termodynamik
Termodynamik är en gren inom fysiken som deals med studiet av system och processer där energiförändringar sker, och hur denna energi omvandlas och överförs mellan system. Termodynamiken beskriver tre lagar (eller principier) som ger oss insikt i hur energin i ett system kan förändras under en process. Dessa lagar är:
Modeller, kemiska
DNA, rekombinant
Biologiskt aktivt DNA som sammansatts in vitro av DNA-segment från olika källor. Det innehåller sammanfogningspunkten för en heteroduplexregion, där två olika DNA-molekyler är förenade.
Rec A-rekombinaser
Tvådimensionell gelelektrofores
DNA-styrt RNA-polymeraser
Atomkraftmikroskopi
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Bräss
I medicinsk kontext, refererar "bräss" till det övre fronteriala området på bröstkorgen, ovanför revbenen och under nyckelbenen. Det innehåller strukturer som överhornstarmen, lymfknutgrupper och blodkärl. Brässet är också känt som den fronteriala mediastinum och skiljs från bakre mediastinum av det bröstben som bildar ryggen på bröstkorgen.
Magnesium
Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.
Polyakrylamidgelelektrofores
Restriktionskartläggning
Restriktionskartläggning är en molekylärbiologisk metod som används för att bestämma den exakta ordningen av gener och andra sekvenser på ett DNA-molekyl, genom att karta positionerna för specifika restriktionsenzymer som kan klippa sönder DNA-strängarna vid vissa sekvensspecifika ställen.
Korsbindningsreagens
Föreningar med två reaktiva grupper, oftast i motsatta ändar av molekylen, som förmår reagera med och bilda bryggor mellan aminosyrasidokedjor i proteiner. Därmed kan lägena för naturligt förekommande reaktiva områden i proteiner identifieras. Korsbindinde ämnen kan även användas för andra makromolekyler, som t ex glykoproteiner, nukleinsyror osv.
Proteinstruktur, sekundär
Strålningsspridning
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Pseudomonas
Pseudomonas är ett släkte gramnegativa, aeroba stavformade bakterier, vanligtvis icke-sporbildande, som förekommer vitt spridd i naturen, särskilt i fuktiga miljöer. Några arter av släktet Pseudomonas kan orsaka infektioner hos människor och djur, framför allt Pseudomonas aeruginosa, som är känd för sin förmåga att utveckla antibiotikaresistens och orsaka livshotande sjukdomar, särskilt hos immunförsvagna individer.
Gener
Upprepade sekvenser, nukleinsyra
'Upprepade sekvenser, nukleinsyra' refererar till en del av DNA- eller RNA-molekyler som innehåller en upprepad sekvens av nucleotider som upprepas minst två gånger i rad. Dessa upprepningar kan vara identiska eller något varierande, och de kan variera i längd från några få baspar upp till tusentals baspar. Upprepade sekvenser kan förekomma på flera olika sätt, inklusive direkt upprepning (till exempel 'AAAA'), inverterad upprepning ('ATAT' följt av 'ATAT') och komplext upprepande ('AGGA' följt av 'CTTC'). Upprepade sekvenser kan spela en viktig roll i genetisk styrning, evolution och sjukdom.
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Oligodeoxiribonukleotider
Rekombination, genetisk
"Genetisk rekombination är ett naturligt fenomen där gener kombineras och omordnas på något sätt för att bilda ny DNA-sekvens. Detta kan ske genom olika mekanismer, till exempel crossing over under meios eller via specifika enzymer som kan klippa och klistra ihop DNA-strängar på nya sätt. Genetisk rekombination är viktig för genetisk variation och evolution."
DNA-helicaser
Cellkärna
Ultraviolett strålning
"Ultraviolett strålning (UV-strålning) är en form av elektromagnetisk strålning som har kortare våglängd än synligt ljus och längre våglängd än rent röntgenstrålning, vilket gör den osynlig för människan. UV-strålning delas in i tre typer: UVA, UVB och UVC, beroende på deras relativa våglängder och energier. Denna strålning produceras naturligt av solen, men kan också genereras syntetiskt genom artificiella källor. Överexponering av UV-strålning kan leda till skador på huden, ögonen och immunförsvaret, samt öka risken för hudcancer."
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Proteinstruktur, tertiär
Virusproteiner
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
Kycklingar
Makromolekylära substanser
Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.