Serine Proteases
'Serine proteases' är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som bryter ned specifika proteinbindningar genom att klyva peptidbindningar med serin aminosyrans sidokedja som katalytisk aktiv centrum. De spelar viktiga roller i olika fysiologiska processer, såsom blodkoagulering, immunförsvar och digestion.
Serinendopeptidaser
Serin
I en enkel medicinsk definition är serin (Ser) en essentiell aminosyra som spelar en viktig roll i många kroppsliga processer, såsom proteinsyntes, cellsignaleringsvägar och neurotransmission. Serin är också en prekursor till andra biologiskt aktiva ämnen, inklusive neurotransmittorerna glycin och GABA (gamma-aminobutyriska syran). Det kan bildas i kroppen genom metabolismen av andra aminosyror, såsom glycin och metionin, men den diätära behovet täcks vanligtvis genom konsumtionen av proteinrika livsmedel.
Serinproteinashämmare
"Serinproteinashämmare är en typ av enzyminhibitorer som specificerat binder till och hämmar aktiviteten hos serinproteas, en grupp enzym som katalyserar nedbrytningen av proteiner med serinrestar i sin aktiva plats."
Proteashämmare
Aminosyrasekvens
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Peptidhydrolaser
HIV-proteas
Ett HIV-enzym som efter translation är nödvändigt för klyning av gag- och gag/pol-prekursorpolyproteiner till funktionella beståndsdelar för virussammansättningen. HIV-proteas är ett asparginproteas som kodas från aminoänden av pol-genen. EC 3.4.23.16.
Endopeptidaser
En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.
MASP-proteaser
Serumserinproteaser som medverkar vid komplementaktivering. De aktiveras vid komplexbildning med mannosbindande lektin och benämns därför "Mannose-binding protein-Associated Serine Proteases" (MASP-proteaser). De klyver komplement C4 och komplement C2 till C4b2a, den klassiska aktiveringsvägens C3-konvertas (EC 3.4.21.43). EC 3.4.21.104.
Serpiner
En serpin (serine proteinase inhibitor) är ett slags proteiner som fungerar som inhibitorer för serinproteas, en grupp enzymer som bryter ned andra proteiner genom att klippa sönder specifika peptidbindningar. Serpiner spelar en viktig roll i regleringen av olika fysiologiska processer, såsom blodkoagulering, inflammation och immunförsvar. Genom att hämma serinproteasens verksamhet kan serpiner hjälpa till att kontrollera dessa processer och förhindra överdrivna eller oregelbundna reaktioner i kroppen.
Protease Nexins
Protease nexins are a group of proteins that regulate the activity of proteases, which are enzymes that break down other proteins. Protease nexins bind to and inhibit specific proteases, helping to control their activity within the body. This regulation is important for maintaining proper biological processes and preventing excessive protein degradation, which can contribute to various diseases.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Subtilisiner
Subtilisiner är ett enzym som bryter ned proteiner genom att klippa sönder specifika peptidbindningar, vilket resulterar i kortare peptider och enskilda aminosyror som slutprodukter. Detta enzym uttrycks av bakterien Bacillus subtilis och har potentialen att användas inom medicinska tillämpningar, såsom behandling av proteinaggregationssjukdomar som Alzheimers sjukdom och Parkinsonism.
Cathepsin G
Cathepsin G är ett enzym som tillhör de proteolytiska enzymerna, och är beläget inuti vissa vita blodkroppar (neutrofila granulocyter). Det har förmågan att bryta ned proteiner, peptider och andra biologiskt aktiva molekyler. Cathepsin G spelar en roll i immunförsvaret genom att hjälpa till att eliminera patogena mikroorganismer som invaderat kroppen.
Proteas La
Kymotrypsin
Ett serinendopeptidas som utsöndras av bukspottkörteln i form av zymogenet kymotrypsinogen och som med bukspottkörtelvätskan förs till tolvfingertarmen där det aktiveras av trypsin. Det klyver selekti vt aromatiska aminosyror på karboxylsidan. EC 3.4.21.1.
Cysteine Proteases
Fenylmetylsulfonylfluorid
Fenylmetylsulfonylfluorid (PMSF) är ett proteasinhibitor molekyл, som används inom biokemi och molekylärbiologi för att hбsta tillbaka dеgraderingen av proteiner under exempelvis västern blus-förberedelse (Western blotting) och proteinfraktionering. PMSF irreversibelt inhiberar serinproteas, genom att reagera med serinen i aktiva centret hos enzymerna. Det bör användas just innan proteinextraktion eller andra metoder som involverar proteinfrånställning, eftersom det lбttar snabbt ned i vattenlцsning och inte kan passera genom cellytorna.
Bassekvens
Cysteinendopeptidaser
Endopeptidaser som vid katalys använder cystein. Denna enzymgrupp inaktiveras av sulfhydrylreagentia. EC 3.4.22.
Trypsin
Trypsin är ett enzym som produceras i bukspottskörteln och spjälkar proteiner i mag-tarmsystemet genom att bryta ned dem till mindre peptider och aminosyror, vilket underlättar deras absorption i kroppen.
ATP-beroende proteaser
ATP-beroende proteaser är en typ av enzymer som klyver och bryter ned proteiner i kroppen, och som aktiveras med hjälp av den energirika molekylen ATP (Adenosintrifosfat).
Kallikreiner
Proteolytiska enzymer i serinendopeptidasfamiljen som finns i normalt blod och urin. Kallikreiner har specifikt kraftfull kärlvidgande och blodtryckssänkande effekt, och de ökar kärlgenomsläppligheten och påverkar glatt muskulatur. Hos män är de fruktsamhetshämmande. Det finns tre kända former: plasmakallikrein (EC 3.4.21.34), vävnadskallikrein (EC 3.4.21.35) och prostataspecifikt antigen (EC 3.4.21.77).
Subtilisin
Subtilisin är ett enzym som tillhör serineproteasklassen och produceras av bakterien Bacillus subtilis. Det fungerar genom att bryta ned proteiner till mindre peptider eller enskilda aminosyror, vilket underlättar nedbrytningen och återvinningen av näringsämnen i naturen. Subtilisin är känt för sin termostabilitet och specifika katalytiska aktivitet, vilket gör det användbart inom en rad industriella tillämpningar, såsom tvättmedel, livsmedelsförädling och medicinsk diagnostik.
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Trypsinhämmare
En trypsinhibitor, eller Trypsinhämmare, är ett protein som binds till och nedsätter aktiviteten hos enzymet trypsin, som är involverat i protein- och peptidnedbrytning i kroppen.
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Proteinase Inhibitory Proteins, Secretory
Proteinase Inhibitory Proteins, Secretory (PIPS) are a group of proteins that play a crucial role in regulating the activity of proteinases, which are enzymes that break down other proteins. PIPS are produced by various cells and secreted into extracellular spaces, where they inhibit proteinases to prevent excessive protein degradation and maintain tissue homeostasis.
Pankreatisk elastas
"Pancreatic elastase" refers to an enzyme that is produced and released by the pancreas, one of several digestive enzymes that help break down food in the small intestine. Specifically, pancreatic elastase helps digest proteins by breaking down the elastic fibers that are found in connective tissue. It is often measured in stool samples as a way to assess exocrine pancreatic function, since low levels of pancreatic elastase in the stool can indicate impaired digestion and possible pancreatic disease.
Katepsiner
En grupp lysomala proteinaser eller endopeptidaser som finns i vattenbaserade extrakt i en rad djurvävnader. De har bäst verkan vid surt pH.
Aprotinin
En enkelkedjad polypeptid från bovin vävnad och bestående av 58 aminosyrarester. Den hämmar proteolytiska enzym som kymotrypsin, kallikrein, plasmin och trypsin, och används för behanding av blödninga r förenade med höga plasminhalter. Substansen används också vid risk för stora blodförluster i samband med öppen hjärtkirurgi.
Leukocytelastas
Kloning, molekylär
Bindningsplatser
Isoflurofat
Modeller, molekylära
Cathepsin C
Cathepsin C, också känt som dipeptidylpeptidas I (DPP-I), är ett enzym som tillhör de cysteinproteasklasserna och finns naturligt i många olika celltyper hos djur. Det spelar en viktig roll inom immunförsvaret genom att aktivera andra proteaser, men kan också vara involverat i celldöd och sjukdomsprocesser som cancer och neurodegenerativa tillstånd när det finns en överproduktion eller mutation av Cathepsin C.
Periplasmiska proteiner
Periplasmiska proteiner är proteinmolekyler som lokaliseras i det periplasmiska rummet, ett kompartment mellan cellmembranet och yttre membranet hos grampositiva bakterier och vissa gramnegativa bakteriers yttre membran.
Serpin E2
'Serpin E2', også kendt som 'Neuroserpin', er et protein som tilhører serinprotease inhibitor (SERPIN) familien og spiller en rolle i reguleringen af neuroinflammation og neurale celledød. Dets specifikke funktion inkluderer at forhindre overaktivitet hos en type enzymer kaldet tisse-serinproteaser, som er involveret i degradationen af proteiner i centralnervesystemet. Mutationer i SERPIN E2/Neuroserpin-generne har været associeret med neurologiske lidelser såsom de generelle serpin-relaterede sygdomme og specifikt en form for arvelig cerebral autosomal dominant hjerneblødning kaldet 'autosomal dominante cerebrale hjerneblødning med type 2 neuroserpin'.
Kymaser
En familj neutrala serinproteaser med kymotrypsinliknande verkan. Kymaser finns främst i mastcellernas sekretoriska korn och frigörs under mastcellernas degranulering. EC 3.4.21.39.
Proteinstruktur, tertiär
Mutation
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Polyakrylamidgelelektrofores
Granzymer
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Komplement 1s
Enzymaktivering
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Molekylvikt
Mutagenes, riktad
Oligopeptider
Oligopeptider är korta peptidmolekyler bestående av två till tio aminosyror som är länkade till varandra via peptidbindningar. De bildas ofta genom proteolys, en nedbrytande process där proteiner splittras upp i mindre peptidfragment eller enskilda aminosyror. Oligopeptider har diverse funktioner inom levande organismers cellulära signalering och reglering av biologiska processer.
Trombin
Fibrinolysin
Gabexat
En serinproteinashämmare som används för behandling av pankreatit, spridd blodlevring (DIC), och som antikoagulant vid hemodialys. Medlet hämmar de hydrolytiska effekterna av trombin, plasmin och kallikrein, men inte kymotrypsin och aprotinin.
Alfa 1-antitrypsin
Alfa 1-antitrypsin (AAT) är ett protein som produceras i levern och har till uppgift att skydda lungorna från inflammation och skada. Det gör detta genom att neutralisera en grupp enzymer, inklusive neutrofil elastas, som kan orsaka skada på lungvävnaden vid överdriven aktivering under inflammatoriska tillstånd. AAT är också känt som serumproteinaseinhibitor och ingår i akutfasresponsen. Genetisk mutation eller nedsatt produktion av AAT kan leda till en sjukdomsbild som kallas Alfa 1-antitrypsinbrist, vilket ökar risken för lungsjukdomar såsom kronisk obstruktiv lungsjukdom (KOL) och emfysem.
Komplement 1r
Kolibakterie
Proteolysis
Proteolysis är ett biokemiskt fenomen där proteiner bryts ned i mindre peptidfragment eller enskilda aminosyror med hjälp av enzymatiska katalysatorer som kallas proteaser. Detta process är väsentlig för många fysiologiska processer, inklusive cellcykeln, signaltransduktion och immunförsvaret, men den kan också vara skadlig vid patologiska tillstånd som neurodegenerativa sjukdomar och cancer.
Peptidfragment
Ett peptidfragment är en kort sekvens av aminosyror som har beeneds klippt isär från ett större peptid eller protein.
Cysteinproteinashämmare
Exogena eller endogena föreningar som hämmar cysteinendopeptidaser.
Fosforylering
Antipain
En oligopeptid från olika bakterier som verkar som en proteashämmare.
Tryptaser
Tryptase är ett enzym som frisätts från mastceller under olika fysiologiska och patologiska tillstånd, särskilt vid allergisk reaktion, och används som ett markör för mastcellaktivering.
Virala icke-strukturella proteiner
"Virala icke-strukturella protein" (Viral non-structural proteins, VNS) är proteiner som inte utgör en del av virions struktur och därför saknar direkta funktioner i virusets infektionscykel. Istället har de ofta regulatoriska funktioner inom värdcellen och bidrar till undertryckandet av cellens immunförsvar, modifiering av celldelningen eller inhibering av apoptos (programmerad celldöd). Dessa proteiner syntetiseras vanligen först efter att viruset infekterat värdcellen och dess genetiskt material har integrerats i cellens genetiska maskinarium.
DNA, komplementärt
Endopeptidas Clp
Ett ATP-beroende proteas som finns i prokaryoter, kloroplaster och mitokondrier. Det är ett komplex av ett antal underenheter som har betydelse för nedbrytningen av många onormala proteiner. EC 3.4.21.92.
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."
Tosyllysine Chloromethyl Ketone
Tosyllysine Chloromethyl Ketone (TLCK) är ett kemiskt ämne som används som en irreversibel inhibitor av serinproteas, särskilt trypsin och plasmin. Det gör det genom att reagera covalent med serinresten i aktiva centrumet hos dessa enzymer, vilket förhindrar deras förmåga att katalysera proteolytiska reaktioner.
Trypsinhämmare, Kunitz Soybean
Katalys
Membranproteiner
Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.
Enteropeptidas
Ett specialiserat proteolytiskt enzym som utsöndras av tarmceller. Det omvandlar trypsinogen till dess aktiva form trypsin genom att ta bort N-terminalpeptiden. EC 3.4.21.9.
Peptider
"Peptider är korta aminosyrekedjor som bildas genom att flera aminosyror binds samman med peptidbindningar, vilket skapar en polymer med biologisk aktivitet."
Urinary Plasminogen Activator
'Urinary Plasminogen Activator' (u-PA) refers to a specific type of enzyme found in urine that is capable of activating plasminogen, a zymogen, into the proteolytic enzyme plasmin. Plasmin plays a crucial role in the breakdown of blood clots and the degradation of the extracellular matrix, making u-PA an essential component in processes such as fibrinolysis, tissue remodeling, and cell migration.
Myeloblastin
Myeloblastin, också känt som proteinase 3 (PR3), är ett enzym som produceras och utsöndras av neutrofila granulocyter, en typ av vita blodkroppar. Det spelar en viktig roll i immunförsvaret genom att hjälpa till att bryta ned och eliminera invaderande mikroorganismer. Myeloblastin kan också vara involverat i inflammatoriska processer och har visats påträffas vid vissa autoimmuna sjukdomar, såsom Wegenerers granulomatos.
Celler, odlade
Secretory Leukocyte Peptidase Inhibitor
'Secretory Leukocyte Protease Inhibitor' (SLPI) är ett protein som produceras av flera olika celltyper, inklusive slemproducerande celler i andningsvägarna och huden. SLPI har en viktig funktion i att skydda kroppen från överdrivet inflammatoriska svar och skada på vävnader genom att neutralisera proteaser som frisätts av neutrofila granulocyter under inflammation. Proteaserna kan orsaka skada på vävnader om de inte kontrolleras, och SLPI hjälper till att begränsa denna skada genom att binda till och inaktivera dem. Därutöver har SLPI också visat sig ha en anti-bakteriens verkan och kan bidra till att försvara kroppen mot infektioner.
Enzymstabilitet
Vävnadskallikreiner
Komplementaktivering, mannosbindande lektin
Komplementaktivering utlöst av samverkan mellan mikrobiella polysackarider och mannosbindande lektin i serum, vilket leder till aktivering av mannosbindande proteinassocierade serinproteaser (MASP). Precis som vid det klassiska förloppet klyver MASPar komplement C4 och C2 till C3-konvertas (C4B2A) och därpå följande C5-konvertas (C4B2A3B), vilket ger spjälkning av komplement C5 och sammanfogning av membranattackkomplex.
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Bensamidiner
Tosylphenylalanyl Chloromethyl Ketone
Tosylphenylalanyl Chloromethyl Ketone (TPCK) är ett kemiskt ämne som används som en inhibitor av proteaser, specifikt serinproteas. Det är en modifierad peptid med en tosylgrupp (p-toluen sulfon grupp), fenylalanin och en klorometylketongrupp. TPCK fungerar genom att reagera covalent med serinen i aktiva centrumet hos serinproteas, vilket blockerar dess proteolytiska aktivitet.
Blotting, Western
Protein C-hämmare
Protein C-hämmare, även känd som aktiverad protein C-resistens (APC-resistens), är ett tillstånd där individens blodplättor har en nedsatt respons till den aktiverade formen av proteinet C, vilket ökar risken för tromboser. Detta orsakas vanligtvis av en mutation i genen för faktor V (F5), kallad Factor V Leiden-mutationen, som gör att protein C inte kan spjälka upp faktorn V korrekt och därmed stör blodets koagulationskaskad.
Serin-C-palmitoyltransferas
Serin-C-palmitoyltransferase (SCPT) är ett enzymkomplex som katalyserar den första steget i biosyntesen av lipider med en fettacylerad serinresidue, så kallade lipoater. Detta enzymkomplex består av två subenheter, SCPT1 och SCPT2, som tillsammans katalyserar överföringen av en palmitoylgrupp från palmitoyl-CoA till serinresten på ett acceptorsubstrat. Denna reaktion är viktig för cellens energihushållning och signaltransduktion, och störningar i SCPT-aktiviteten har visats vara associerade med flera olika sjukdomstillstånd, inklusive neurodegenerativa sjukdomar.
Proteinprekursorer
Protein precursors, also known as proproteins or preproproteins, are inactive forms of proteins that undergo post-translational modification to become active. These precursors contain additional sequences of amino acids, called signal peptides, which direct the protein to specific cellular compartments for processing. During processing, enzymes remove the signal peptide and may cleave the protein into smaller functional units. The resulting mature protein can then perform its intended function in the body.
Aminosyror
Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.
PAR-2-receptor
Protease-activated receptor 2 (PAR-2) är en typ av G-proteinkopplad receptor som aktiveras av serinproteaser, såsom trypsin och thrombin. När PAR-2 aktiveras, ledde det till en aktiviering av intracellulära signaltransduktionsvägar som involverar flera olika cellulära processer, inklusive inflammation, smärta, celldelning och migration. PAR-2 har visat sig vara viktigt i en rad fysiologiska och patofysiologiska processer, såsom smärtperception, lungfunktion, immunförsvar och cancer.
Pepstatiner
Pepstatiner är en grupp proteaser, enzymer som bryter ned proteiner, som hämmas av pepsin-inhibitorer och har sin aktivitet optimalförhöjd vid lågt pH. De är aspartylproteaser och förekommer naturligt hos djur, växter och mikroorganismer. Pepstatiner används inom forskning för att studera proteas och deras mekanismer.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Katekoloxidas
Ett enzym tillhörande oxidoreduktasklassen som katalyserar reaktionen mellan katekol och syre, vilken ger bensokinon och vatten. Enzymet består av ett komplex av kopparhaltiga proteiner som verkar ock så på substituerade katekoler. EC 1.10.3.1.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Kumariner
Syntetiska eller naturligt förekommande ämnen besläktade med kumarin, kumarsyrans deltalakton. Kumarin i sig förekommer i tonkabönan. De olika kumarinerna har föreslagits att kunna användas för en rad olika ändamål, som tex som antikoagulanter, farmaceutiska hjälpmedel, indikatorsubstanser och reagens, fotoreaktiva ämnen och antitumörmedel.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Aminosyrasubstitution
Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.
Aspartic Acid Endopeptidases
Aspartic acid endopeptidases are a type of enzyme that cleaves peptide bonds within proteins, specifically at sites where the peptide bond is adjacent to an aspartic acid residue. They are also known as aspartyl proteases or acid proteases. These enzymes play important roles in various biological processes, including protein degradation and activation, and have been implicated in several diseases, such as HIV and cancer. Examples of aspartic acid endopeptidases include renin, cathepsin D, and the HIV protease.
Agkistrodon
DNA-primrar
Nötkreatur
Viperidae
Trypsinhämmare, Kazal bukspottkörtel
Apoptos
En av de två formerna av celldöd. Till skillnad från den patologiska processen nekros är apoptos en biologiskt programmerad process, ansvarig för en fysiologisk likvidering av celler. Denna typ av cel ldöd tjänar som en motvikt mot mitos och utgör ett led i regleringen av vävnaders tillväxt och storlek.
Ubiquitin-Specific Proteases
Ubiquitin-Specific Proteases (USPs) är en familj av enzymer som katalyserar den reversibla processen av ubiquitinavskiljning från proteiner. Ubiquitin är ett proteinmolekyl som kan fogas till andra proteiner för att markera dem för nedbrytning eller reglera deras funktion. USPs hydrolyserar de peptidbindningarna mellan ubiquitinmolekylen och det målproteinet, vilket leder till avskiljandet av ubiquitinet och återställandet av den ursprungliga proteinstrukturen. USPs spelar därför en viktig roll i regleringen av proteinkaotosi, signaltransduktion, DNA-reparation och andra cellulära processer.
Dipeptidyl-Peptidases and Tripeptidyl-Peptidases
Dipeptidyl-Peptidases (DPPs) and Tripeptidyl-Peptidases (TPPs) are types of enzymes that break down peptides, which are chains of amino acids. DPPs cleave dipeptides, which are two amino acids, from the N-terminus (the end with a free amino group) of a peptide or protein. TPPs, on the other hand, cleave tripeptides, which are three amino acids, from the N-terminus of a peptide or protein. These enzymes play important roles in regulating various physiological processes, including digestion, immune function, and blood sugar control. Inhibition of certain DPPs (such as DPP-4) has been shown to be beneficial in the treatment of type 2 diabetes, as it increases the levels of incretin hormones which promote insulin secretion and decrease glucagon secretion.
Metalloproteaser
Plasminogen
Plasminogen är ett protein som förekommer naturligt i människokroppen och har en viktig roll i blodets koagulationssystem. Det fungerar som en proenzym, vilket betyder att det i sig självt inte är aktivt, men kan omvandlas till ett enzym som kallas plasmin. Plasmin bryter ned fibrin, ett protein som bildas under blodkoagulationen och utgör en del av blodproppen. På så sätt hjälper plasminogen till att lösa upp blodproppar och underlätta blodflödet.
Bensoylargininnitroanilid
(+-)-N-(4-((aminoiminometyl)amino)-1-(((4-nitrofenyl)amino)karbonyl)butyl)bensamid. Ett kromogent (färgalstrande) substrat som medger direkt mätning av peptidhydrolasaktivitet, t ex papain och trypsin , genom kolorimetri. Substratet frigör p-nitroanilin som kromogen produkt.
Arthropod Proteins
Arthropod proteins refer to the proteins that are found in arthropods, which make up the phylum Arthropoda and include insects, crustaceans, spiders, scorpions, mites, and centipedes, among others. These proteins are essential for the structure, function, and regulation of various cellular processes within these organisms. They play crucial roles in the immune system, muscle contraction, nerve impulse transmission, and other biological functions. Arthropod proteins can also have potential applications in medicine, agriculture, and industry, such as in the development of new drugs, diagnostic tools, and biomaterials. However, it is important to note that some arthropod proteins may cause allergic reactions or other adverse effects in humans, particularly in individuals who are sensitive to insect venoms, dust mites, or certain types of seafood.
Gelkromatografi
Proteiner
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Reglering av genuttryck, enzymer
Mannosbindande lektin
Kungskrabba
En underklass leddjur (Xiphosura) som omfattar det nordamerikanska (Limulus) och asiatiska (Tachypleus) släktet av kungskrabba.
Moraceae
Cellmembran
Furin
Ett proproteinkonvertas med specificitet för prekursorsubstanserna till proalbumin, komplement 3C och von Willebrands faktor. Enzymet klyver specifikt bindningar nära parade argininbestånd, separerade med två aminosyror. EC 3.4.21.75.
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Kymotrypsinogen
Prekursor till kymotrypsin.
Trypsinogen
Trypsinogen är ett proenzym, även känt som zymogen, som bildas i bukspottkörteln och transporteras via gallgången till tolvfingertarmen. När trypsinogen aktiveras genom att spjälkas av enteropeptidaser i duodenum konverteras det till trypsin, ett enzym som hjälper till att bryta ner proteiner i mag-tarmkanalen under digestionen.
Faktor Xa
Kalpain
Ett cysteinproteinas som finns i många vävnader. Det hydrolyserar en rad olika endogena proteiner, inkl. neuropeptider, cytoskelettproteiner, proteiner i glatt muskulatur, hjärtmuskelvävnad, lever, blodplättar och erytrocyter. Man känner till två underklasser med hög resp. låg känslighet för kalcium. Enzymet tar bort Z-skivorna och M-linjerna från myofibriller, aktiverar fosforylaskinas och nukleotidoberoende proteinkinas.
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Proproteinkonvertaser
En Proproteinkonvertas (PPK) är ett enzym som aktiverar proteiner genom att klippa bort en propeptidsekvens och på så sätt konverterar proproteinet till dess aktiva form.
Fosfoserin
Fosforsyraestern av serin.
Aminosyraklorometylketoner
Komplementfaktor D
Proteinstruktur, sekundär
Cathepsin L
Cathepsin L är ett enzym som tillhör gruppen cysteinproteas, vilka är proteaser (enzimer som bryter ner protein) som använder sig av en cysteinrest i sin aktiva sida för att katalysera nedbrytningen av andra proteiner. Cathepsin L är specifikt ett endopeptidasc, vilket betyder att det klipper sönder peptidbindningar inuti proteinens primära struktur. Detta enzym är främst beläget i lysosomer och aktiveras vid lägre pH-värden, vilket gör att det spelar en viktig roll i intracellulär proteinsönderfall och nedbrytning av exogena ämnen som tagits upp av cellen. Dessutom har cathepsin L visat sig ha en roll i flera patologiska tillstånd, såsom cancersjukdomar, neurodegenerativa sjukdomar och inflammatoriska tillstånd.
Högtrycksvätskekromatografi
Faktor XIIa
Den aktiverade formen av koagulationsfaktor XII. I ett inledande skede i den inre koagulationsprocessen spjälkar kallikrein (tillsammans med kofaktorn högmolekylviktskininogen) faktor XII till XIIa. Faktor XIIa bryts därpå ned ännu mer av kallikrein, plasmin och trypsin i mindre faktor XII-fragment (Hagemanfaktorfragment). Dessa fragment ökar prekallikrein-kallikreinaktiviteten, men minskar prokoagulantverkan hos faktor XII.
Kaseiner
Genuttryck
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
Karboxipeptidaser
Enzymer som verkar på polypeptiders fria C-ände genom att frigöra en enkel aminosyrarest. Beroende på sin katalytiska mekanism delas de vidare in i karboxipeptidaser av serintyp (EC 3.4.16), metalloka rboxipeptidaser (EC 3.4.17) och karboxipeptidaser av cysteintyp (EC 3.4.18). EC 3.4.-.
Serin-O-acetyltransferas
'Serin-O-acetyltransferase' (SAT) er ein viktig enzym i syntesen av glycin, som er en grunnleggjande aminosyre. SAT katalyserer overføringa av en acetylgruve fra acetyl-CoA til en serin-rest i en reaksjon som fører til danningen av den intermedierte forbindelsen S-acetylert serin. Denne forbindelsen blir deretter omsatt til glycin og acetat i et senere steg i syntesen. SAT finnes i flere former, og noen av dem er involvert i reguleringen av neurotransmittersyntese i hjerna.
Glycinhydroximetyltransferas
Ett pyridoxalfosfatenzym som katalyserar reaktionen mellan glycin och 5,10-metylentetrahydrofolat till serin. Det katalyserar även reaktionen mellan glycin och acetaldehyd till L-treonin. EC 2.1.2.1.
Tumörceller, odlade
Protein-serin-treoninkinaser
Protein-serin-treonin kinases are a type of enzyme that plays a crucial role in various cellular processes by adding phosphate groups to serine and threonine residues on target proteins. This post-translational modification can activate or inhibit the function of these proteins, thereby regulating signal transduction pathways involved in cell growth, differentiation, metabolism, and survival. Dysregulation of protein-serin-treonin kinases has been implicated in numerous diseases, including cancer, diabetes, and neurodegenerative disorders.
Blodkoagulation
Den serie av processer som äger rum när blodets många koagulationsfaktorer samverkar och slutligen leder till bildandet av en olöslig fibrintromb. Förloppet kan indelas i tre steg: 1) aktivering av de n inre och yttre protrombinkonverteringsprocessen; 2) bildande av trombin; 3) bildande av stabila fibrinpolymerer.
Trypsinhämmare, Bowman-Birk Soybean
En Trypsinhämmare från Sojaböna av Bowman-Birk-typ är ett proteaser inhibitor som specificerat binder till och hämmer trypsinkautomasker, förhindrar således nedbrytningen av proteiner i mag-tarmkanalen och minskar på så sätt proteinabsorptionen.
Cricetinae
RNA-helikaser
Kaspaser
En familj intracellulära cysteinproteinaser. De har en nyckelroll vid inflammationer och apoptos hos däggdjur, och är specifika för asparaginsyra vid position P1. De indelas i två klasser, utifrån län gden på N-terminalprodomänerna. Kaspas-1, -2, -4, -5, -8 och -10 har långa prodomäner, medan kaspas-3, -6, -7 och -9 har korta. EC 3.4.22.-.
DNA-sekvensanalys
Sekvenshomologi, nukleinsyra
Sekvenshomologi hos nukleinsyror refererar till den grad av likhet mellan två eller flera nukleotidsekvenser, vanligtvis inom ett genetiskt sammanhang. Denna likhet kan bero på att sekvenserna har en gemensam evolutionär historia och därmed delar en gemensam förfader, vilket indikerar en evolutionär relation mellan dem. Sekvenshomologi används ofta för att undersöka evolutionära samband och funktionella egenskaper hos gener och andra genetiska element.
Peptidkartläggning
Peptidkartläggning, även kallat peptidmappning, är en biokemisk metod som används för att bestämma aminosyrasequensen hos ett okänt peptidmolekyul genom att successivt bryta ned det i kortare fragment med hjälp av proteaser och sedan bestämma sekvensen av varje fragment genom till exempel Edman degradering eller masspektrometri.
Plasmakallikrein
Plasmasemial kallikrein (ofta bara kallad plasmakallikrein) är ett enzym som bildas i levern och finns fritt cirkulerande i plasma. Det är en serinprotease som aktiverar flera olika substanser inklusive faktor XII (Hagemanfaktorn), prekalikrein och high molecular weight kininogen (HMWK) i det coagulationskaskadsystemet och komplement systemet. När plasmakallikrein aktiveras bildas det ettzymkomplex kallat kalleikininogen-kallikreinkomplexet, som spjälkar kininogen till kininer såsom bradykinin, vilket orsakar inflammation och smärta. Plasmakallikreinet har också en roll i nedbrytningen av fibrin i tromboser och kan vara involverat i patofysiologiska processer såsom cancer, autoimmuna sjukdomar och neurodegenerativa tillstånd.
Enzymhämmare
Enzyminhibitorer är substanser som sänker eller helt stoppar en enzymes aktivitet genom att binda till enzymet. Detta resulterar i försening eller minskning av den kemiska reaktionen som enzymet annars skulle ha katalyserat. Enzymer är proteinmolekyler som accelererar biologiska reaktioner inom celler, och deras aktivitet kan regleras genom olika mekanismer, däribland användning av enzyminhibitorer.
Antitrombiner
En endogen familj av proteiner tillhörande serpinsuperfamiljen som neutraliserar effekterna av trombin. Sex naturligt förekommande antitrombiner har identifierats och betecknas med de romerska siffror na I - VI. Antitrombin I och III tycks vara de med störst betydelse.
Jonbytarkromatografi
Trombinreceptorer
Trombinreceptorer är proteiner på cellytan som binder till thrombin, ett enzym involverat i blodets koagulering. När trombin binder till receptorerna aktiveras de och utlöser signaltransduktion ledande till cellrespons såsom cellproliferation, migration och sekretion av cytokiner. Trombinreceptorer deltar därför i reguleringen av blodkoagulering, inflammation och angiogenes.
Tidsfaktorer
"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.
Sulfoner
I en enkel medicinsk kontext kan 'sulfoner' definieras som organiska föreningar som innehåller en sulfongrupp (-SO2-). Sulfoner är vanligen reaktiva och starkt elektronavtagande, vilket gör dem användbara i olika kemiska reaktioner. I vissa fall kan sulfoner användas inom medicinen som en del av läkemedelsmolekyler, där de kan påverka läkemedlets farmakologiska egenskaper, till exempel genom att påverka dess löslighet, stabilitet eller farmakokinetik.
Leupeptiner
En grupp acylerade oligopeptider som produceras av Actinomycetes och som verkar som proteashämmare. De hämmar i varierande grad trypsin, plasmin, kallikreiner, papain och katepsiner.
Alfa 1-antikymotrypsin
Alfa 1-antitrypsin (AAT) är ett protein som produceras i levern och har som funktion att skydda lungorna från inflammation och skada genom att neutralisera neutrofil proteaser, särskilt enzymer som kallas elastaser. Dessa enzymer kan bryta ned strukturella protein i lungorna och orsaka emfysem om de inte kontrolleras av AAT. Genetiska mutationer eller nedsatt produktion av AAT kan leda till ett för lågt proteinnivå, vilket kan öka risken för lungsjukdomar som kronisk obstruktiv lungsjukdom (COPD) och emfysem.
Faktor VIIa
Den aktiverade formen av koagulationsfaktor VII. Den aktiverar faktor X i den yttre blodkoaguleringsprocessen.
Affinitetskromatografi
PAR-1-receptor
Protease-activated receptor 1 (PAR-1) är ett G-proteinkopplat receptor (GPCR) som aktiveras av serinproteaser som trombin och aktiverar signaltransduktionsvägar som leder till cellulär respons såsom celldelning, migration, inflammation och blodkoagulation. PAR-1 är involverat i flera fysiologiska processer, men har också visats överaktiveras i patologiska tillstånd som cancer och sjukdomar relaterade till hjärtat och kärlen.
Mastceller
Granulerade celler som återfinns i nästan alla vävnader, men rikligast i hud och mag-tarmkanalen. Liksom basofiler innehåller mastceller stora mängder histamin och heparin. Men till skillnad från basofiler stannar mastcellerna i vävnaderna och cirkulerar inte i blodet. Mastceller som härrör från stamceller i benmärgen regleras av stamcellsfaktorn.
Batroxobin
Modeller, biologiska
Cellytereceptorer
Cellytereceptorer är proteiner på cellytan som binder specifika signalmolekyler, såsom hormoner och neurotransmittor, och aktiverar intracellulära signaltransduktionsvägar som leder till en biologisk respons i cellen.
Komplement 1-hämmare
Föreningar som hämmar, motverkar eller inaktiverar komplement 1. En välkänd hämmare är ett serumglykoprotein som antas vara alfa-2-neuroaminoglykoprotein. Det hämmar den aktiverade (esteras)formen av komplement 1, likaså de kininproducerande systemen, koagulations- och fibrinolyssystemen. Brist på denna hämmare har påvisats hos patienter med hereditära angioneurotiska ödem.
Hela-celler
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Faktor X
Tenebrio
Virusproteiner
"Virusproteiner" refererer til proteiner som produceres af et virus for å fullføre sin infeksjonsprosess og reproducerer seg i værtsorganismen. Disse proteinet kan ha ulike funksjoner, såsom å binde til værtscellene for å fremme infeksjonen, å beskytte virusgenomet under overføringen mellom værter eller å hjelpe med replikasjonen av viruset.
Karbamater
Kollektiner
En klass lektiner av C-typ som inriktar sig på kolvätestrukturer på angripande patogener. Bindande av kollektiner till mikroorganismer leder till agglutination och påskyndad eliminering. Kollektiner bildar trimerer som kan förena sig till större oligomerer. Varje kollektinpolypeptidkedja utgörs av fyra områden: en ganska kort N-termineringsregion, en kollagenliknande region, en alfahelixformad region och ett kolvätebindande område.
Protein C
Protein C är ett protein i blodplasm som fungerar som en naturlig antikoagulant, hämmer blodets tendency att koagulera eller bilda blodproppar. Det aktiveras av ett annat protein, thrombin, och när det aktiveras, tar det bort klistermolekyler från ytan av endotelceller (celler som liningar blodkärlen) och oskadade celler, vilket förhindrar att blodplättar adhererar till ytan och bildar klumpar. Protein C är viktigt för att hålla blodet i rörelse och undvika onödiga blodproppar.
Faktor XIa
Den aktiverade formen av faktor XI. I den inre koagulationsprocessen aktiveras faktor XI till att bilda XIa av faktor XIIa i närvaro av kofaktorn högmolekylviktskininogen (HMWK). Därpå aktiverar faktor XIa faktor IX att bilda IXa i närvaro av kalcium.
Glykoproteiner
Konjugerade protein-kolväteföreningar, omfattande bl a muciner, mukoida och amyloida glykoproteiner.
Antitrombin III
Möss, inavlade C57BL
"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.
Neutrofila leukocyter
Neutrofila leukocyter, eller neutrofiler, är en typ av vit blodkropp (leukocyt) som spelar en viktig roll i kroppens immunförsvar. De utgör den största andelen av de cirkulerande vita blodkropparna och hjälper till att skydda kroppen mot infektioner genom att fagocytera, det vill säga svälja och förstöra främmande partiklar såsom bakterier och svampar. Neutrofilerna innehåller en speciell typ av proteiner, kallade neutrofila granuler, som kan släppas ut för att döda patogener. När ett infektionshot uppfattas av kroppen ökar produktionen och aktiveringen av neutrofiler, vilket kan leda till en ökning av deras antal i blodet, kallat neutrofili.
Dos-responskurva, läkemedel
Kaniner
Dipeptidyl Peptidase 4
Dipeptidyl Peptidase 4 (DPP-4) är ett enzym som spjälkar ned vissa typer av hormoner och peptider, inklusive glucagonliknande peptid-1 (GLP-1) och glukos-avhängig insulinotropisk polypeptid (GIP). Dessa hormoner har en viktig roll i regleringen av blodsockernivåerna efter måltider. Genom att spjälka ned dessa hormoner, minskar DPP-4-aktiviteten deras verkan och påverkar därmed insulinsekreTIONen och glukagonutsöndringen, vilket kan ha en påverkan på blodsockernivåerna.
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Treonin
Treonin är en essentiell aminosyra, vilket betyder att det måste införas genom kosten eftersom kroppen inte kan syntetisera den själv i tillräckliga mängder. Det är en av de 20 standardaminosyrorna som är byggstenar i proteiner och har beteckningen Thr eller T i treställiga kodonsekvensen TTT, TTC, TCT och TCC. Treonin har en hydroxylgrupp (–OH) som kan fosforyleras, vilket är viktigt för cellsignalering och reglering av proteinkinaser.