SOXF-transkriptionsfaktorer
SOXF-transkriptionsfaktorer är en grupp av proteiner som binder till DNA och hjälper till att kontrollera genuttrycket, särskilt under utvecklingen av hjärtat och blodkärlen. De aktiverar eller stänger av målgeners transkription genom att binda till specifika sekvenser i dess promotor- och enhancerregioner. SOXF-transkriptionsfaktorerna inkluderar SOX7, SOX17 och SOX18. De spelar en viktig roll i cellens differentiering, överlevnad och proliferation, samt håller balansen mellan celldelning och apoptos under fostertiden.
Transkriptionsfaktorer
Transkription, genetisk
Paracoccus
Paracoccus definieras vanligtvis som ett släkte av gramnegativa, aeroba, encelliga bakterier som tillhör familjen Rhodobacteraceae inom proteobakteriesläktet. Dessa bakterier är kemoorganotrofa och kan oxidera en rad olika organiska substrat för sin växteenergi. De flesta arterna av Paracoccus är också fototrofa, vilket betyder att de kan använda ljus som energikälla genom fotosyntes. Släktet innehåller ett antal arter, varav den mest välkända är Paracoccus denitrificans, som är en modellorganism för studier av denitrifikation och cellulär respiration.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Tiosulfater
Sp1-transkriptionsfaktor
Sp1-transkriptionsfaktoren är en typ av proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar transkriptionen av genuttryck för målgener. Sp1 står för Specificity protein 1, och dessa transkriptionsfaktorer har en central roll i basal transkription och regulering av cellytiska processer som celldelning, differentiering och apoptos.
Reglering av genuttryck
Molekylsekvensdata
Bassekvens
Bindningsplatser
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
bHLH-proteiner
"bHLH-proteiner (basic helix-loop-helix proteins) är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller ett välbevarat domän bestående av en basisk region följt av en aminosyrasekvens med två α-helixar som är separerade av en variabel loop. De spelar en central roll i reguleringen av cellulär differensiering, proliferation och apoptos under embryonal utveckling och adulthood."
RNA, budbärar
"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Cellkärneproteiner
Transkriptionsfaktor AP-1
Transcription factor AP-1 is a protein complex that binds to specific DNA sequences, known as AP-1 sites, and regulates the transcription of target genes involved in various cellular processes such as proliferation, differentiation, and apoptosis.
Periplasmiska proteiner
Repressorproteiner
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Forkhead-transkriptionsfaktorer
Forkhead-transkriptionsfaktorer (FOX) är en familj av proteiner som fungerar som transkriptionsfaktorer, vilket innebär att de binder till DNA och reglerar genuttrycket. De har fått sitt namn på grund av ett välbevarat domän som liknar en förks (fork) i en gaffel. Dessa proteiner spelar en viktig roll i cellulär differentiering, celldelning, apoptos och homeostas, samt är involverade i åldrande och cancerutveckling.
Homeodomänproteiner
Proteiner som kodas av homeoboxgener och som uppvisar strukturella likheter med vissa prokaryota och eukaryota DNA-bindande proteiner. Homeodomänproteiner medverkar i regleringen av genuttryck i samband med morfogenes och utveckling.
Reglering av genuttryck, utveckling
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Aminosyrasekvens
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
bZIP-proteiner
bZIP (basic region leucine zipper) proteiner är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller en conserved basisk region och en leucin Zinkfinger-domän, vilken medierar dimerisering och DNA-bindning. De är involverade i reguleringen av olika cellulära processer, inklusive celldelning, differentiering, apoptos och respons på stress.
Transkriptionsfaktor AP-2
Transkriptionsfaktor AP-2 är ett protein som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar genuttrycket av målgenen under fostertid och i vuxna djur, inklusive celldifferentiering, cellytfunktion och cellcykelkontroll.
Mutation
Cellkärna
Flavoproteiner
Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.
Celldifferentiering
Transfektion
Transfektion är en process där DNA, RNA eller andra molekyler överförs till eukaryota celler, ofta med syfte att introducera en specifik gen så att cellen kan producera ett protein som kodas av den genen. Detta kan göras för forskningsändamål, till exempel för att studera proteinet och dess funktion, eller för medicinska ändamål, till exempel för att ersätta en defekt gen hos en patient med ärftlig sjukdom. Transfektion kan ske med olika metoder, såsom elektroporering, kemisk transfektion eller viralvektorbaserad transfektion.
Kruppelproteinliknande transkriptionsfaktorer
En familj zinkfinger-transkriptionsfaktorer som delar homologi med Kruppelprotein hos Drosophila. De innehåller en väl bevarad mellansekvens av sju aminosyror mellan zinkfingrarna.
Transkriptionsfaktorer, TFII
Transkriptionsfaktorer, TFII, refererar till en grupp proteiner som är involverade i initieringen av transkriptionen av protein kodande gener inom eukaryota celler. De bildar en komplex multi-protein struktur tillsammans med RNA polymeras II och andra cofaktorer för att binda till promotorregionen av genen och initiera transkriptionen av DNA till mRNA. TFII-komplexet består av flera olika underenheter, TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF och TFIIH, som var och en har en specifik roll i initieringen av transkriptionen.
Kromatinimmunprecipitation
En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.
Rapportörgener
YYY1-transkriptionsfaktor
The YYY1-transcription factor is a protein that regulates gene expression by binding to specific DNA sequences, known as enhancers, in the genome and promoting the initiation of transcription of nearby genes into messenger RNA (mRNA). This process plays a crucial role in various biological processes, including cell growth, differentiation, and survival.
Hela-celler
STAT3-transkriptionsfaktor
"STAT3 (Signal Transducer and Activator of Transcription 3) är ett transkriptionellt faktorprotein som aktiveras av cytokiner och tillväxtfaktorer, vilket leder till nukleär translokation och reglering av genuttryck relaterat till cellproliferation, överlevnad och immunrespons."
GATA4-transkriptionsfaktor
GATA4 är ett transkriptionellt faktorprotein som binder till GATA-bindningssekvenser i DNA och reglerar genuttrycket av gener involverade i hjärt- och lungutveckling, hepatocellulär differentiering och andra fysiologiska processer.
Transkriptionsfaktor TFIID
Transcription Factor TFIID is a protein complex that plays a crucial role in the initiation of gene transcription by recognizing and binding to the promoter region of DNA, thereby recruiting RNA polymerase II and other necessary factors for the transcription process.
Celler, odlade
Aktiverande transkriptionsfaktor 3
Activating Transcription Factor 3 (ATF3) är ett protein som fungerar som en transkriptionell faktor, vilket betyder att det binder till DNA och regulerar genuttrycket. ATF3 aktiveras i respons på cellulär stress och kan agera som både en positiv och negativ regulerande faktor för olika gener. Det är involverat i en mängd cellulära processer, inklusive celldelning, apoptos (programmerad celldöd) och immunresponser.
NFATC-transkriptionsfaktorer
NFATC (Nuclear Factor of Activated T-cells, Cytoplasmic) transkriptionsfaktorer är en grupp av relaterade proteiner som spelar en viktig roll i den adaptiva immunresponsen hos däggdjur. De aktiveras genom kalciumsignaler och calcineurin-beroende nukleär translocation, vilket resulterar i att de binder till specifika DNA-sekvenser och regulerar genuttrycket av cytokiner och andra immunregulatoriska gener. NFATC-transkriptionsfaktorer inkluderar flera isoformer, såsom NFATC1, NFATC2, NFATC3 och NFATC4, som har olika funktioner och uttrycksmönster i olika celltyper. De är involverade i regleringen av immunresponsen, celldifferentiering, celldelning och apoptos.
Sp3-transkriptionsfaktor
Som en enda mening: "Sp3 är ett så kallat Sp-transkriptionsfaktorprotein som binder till specifika DNA-sekvenser och fungerar som en negativ regulerande transkriptionsfaktor, vilket innebär att det kan hämma genuttryck av målgener."
Transcription Initiation Site
Transcription Initiation Site (TIS) refererar till den specifika positionen på DNA:t där transkriptionen av ett gener avses att starta. Det är platsen där RNA-polymeras binds till DNA-strecket och börjar syntetisera en mRNA-molekyl under genuttryck. I eukaryota celler kan TIS också benämnas cap site, eftersom den första nukleotiden i den transkriberade RNA-strängen ofta har en modifiering som kallas en 5'-kap.
NF-kappa B
NF-κB (Nuclear Factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en central roll i reguleringen av immunresponsen, inflammation och cellcykeln. I vila finns NF-κB komplexat med dess inhibitor IκB och hålls inaktiverat i cytoplasman. När cellen aktiveras genom olika signaltransduktionsvägar får IκB en signalserie av fosforyleringar som leder till att det degraderas, vilket frigör NF-κB att transloeras in i kärnan där det binder till specifika DNA-sekvenser och påverkar transkriptionen av målgener.
Svavel
Svavel (S) är ett icke-metalliskt grundämne som förekommer naturligt i naturen och är en essentiell näringsämne för levande organismer. Det är ett giftigt, illaluktande, gulaktigt gas vid rumstemperatur och omvandlas till en fast, vit substans under lägre temperaturer. Svavel förekommer i proteiner och som svavelkväveföreningar i levande växter och djur. Det används också inom industrin för att producera svavelsyra, kemikalier, gummi, pesticider och som desinfektionsmedel.
Omvänt transkriptaspolymeraskedjereaktion
En omvänd transkriptaspolymerasekedjereaktion (RT-PCR) är en molekylärbiologisk metod som används för att kopiera komplementär DNA (cDNA) från ett given RNA-molekyl, vilket möjliggör dess detektering och analys.
Zinkfingrar
'Zinkfingrar' är ett medicinskt termer som refererar till små, tunna plattor gjorda av zinkmetall, som används inom tandvården för att understödja och skydda sårade, känsliga eller utsatta tandrotar. De placeras vanligtvis i direkt kontakt med rotarna under en restaurativ behandling och kan hjälpa till att förebygga fortsatt nedbrytning och infektion.
Paired Box Transcription Factors
'Paired Box Transcription Factors' (PBTF) are a family of transcription factors characterized by the presence of a highly conserved DNA-binding domain known as the "paired box" or "PD" domain. This domain is typically composed of approximately 120 amino acids and mediates dimerization, allowing PBTFs to bind to specific DNA sequences and regulate gene expression.
EMSA
Aktiverande transkriptionsfaktor 2
Activating Transcription Factor 2 (ATF-2) är ett protein som fungerar som en aktivator av genuttryck genom att binda till specifika DNA-sekvenser och verka tillsammans med andra transkriptionsfaktorer för att initiera transkriptionen av målgener.
Transkriptionsfaktor TFIIB
Transkriptionsfaktor TFIIB är ett protein som spelar en viktig roll i initieringen av transkription, det process där DNA kopieras till mRNA, genom att hjälpa till att rekrytera RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av ett genetiskt segment.
Förstärkare, genetiska
Regulatoriska sekvenser, nukleinsyra
Regulatoriska sekvenser inom nukleinsyramolekyler refererar till specifika DNA-sekvenser som kontrollerar genuttryck och -regulering genom att interagera med proteiner, såsom transskriptionsfaktorer och enzym, för att modulera transkriptionen av gener till mRNA. Dessa sekvenser inkluderar promotor- och enhancersekvenser, silencersekvenser, intron-exonspecifika sekvenser och andra cis-regulatoriska element som påverkar genuttrycket i rymden och tiden.
E2F1-transkriptionsfaktorer
E2F1 är en transkriptionsfaktor som är involverad i regleringen av cellcykelns progression och apoptos, eller programmerad celldöd. E2F1 hör till den familj av transkriptionsfaktorer som binder till DNA-sekvensen som kallas E2F-bindningssites och aktiverar eller repressar transkriptionen av målgener som är involverade i cellcykelkontroll, differentiering, apoptos och DNA-reparation. E2F1 har bland annat en roll i att initiera celldelning genom att aktivera genuttryck för G1/S-övergången.
RNA-polymeras II
RNA-polymerase II är ett enzym som katalyserar transkriptionen av DNA till RNA, specifikt för protein kodande gener i eukaryota celler.
Genuttrycksmönster
Kloning, molekylär
BHLHLZ-transkriptionsfaktorer
BHLH (Basic Helix-Loop-Helix) transcription factors are a group of regulatory proteins that bind to DNA and play crucial roles in various biological processes, including cell differentiation, development, and circadian rhythm regulation. They contain a highly conserved basic region for DNA binding and an HLH motif for dimerization, which allows them to form homodimers or heterodimers with other BHLH proteins. These interactions enable them to regulate gene expression by activating or repressing transcription of their target genes.
MEF2 Transcription Factors
MEF2 (Myocyte Enhancer Factor 2) transcription factors are a family of proteins that regulate gene expression in various cell types, including muscle and neuronal cells. They function by binding to specific DNA sequences called MEF2-binding sites, located within the promoter or enhancer regions of target genes. Once bound, MEF2 transcription factors can either activate or repress gene transcription, depending on the context and interactions with other regulatory proteins.
Rekombinanta fusionsproteiner
Rekombinanta fusionsproteiner är proteiner som skapats genom att kombinera genetiska sekvenser från två eller fler olika proteinmolekyler, vilket resulterar i en hybridprotein med unika funktionella egenskaper. Genetisk manipulation används för att fusionera generna på ett sådant sätt att de uttrycks som ett enda proteinskapsel i värdenorganismen. Dessa tekniker används ofta inom biomedicinsk forskning för att undersöka proteininteraktioner, skapa nya diagnostiska verktyg och utveckla terapeutiska läkemedel.
Plasmider
En plasmid är en liten, cirkulär dubbelsträngad DNA-molekyl som kan replikera självständigt och förekommer hos bakterier och andra encelliga organismer. Plasmider kan överföras mellan celler och innehåller ofta gener som ger resistens mot antibiotika eller kodar för toxiner. De används också i molekylärbiologi som vektorer för kloning av gener.
GATA3-transkriptionsfaktor
GATA3 är ett transkriptionellt faktorprotein som binder till GATA-bindningssites i DNA och reglerar genuttrycket hos flera gener involverade i immunresponser, cellcykeln och celldifferentiering, särskilt i hormonproducerande celler och T-lymfocyter.
GATA1-transkriptionsfaktor
GATA1 är ett transkriptionsfaktorprotein som binder till GATA-sekvensen inom DNA och reglerar genuttrycket hos flera gener involverade i hematopoies, särskilt de röda blodcellernas differentiering och utveckling.
GATA2-transkriptionsfaktor
GATA2-transkriptionsfaktorn är ett protein som binder till specifika sekvenser av DNA och hjälper att styra aktiviteten hos gener relaterade till blodcellers differentiering, proliferation och överlevnad.
Genuttryck
Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.
Reglering av genuttryck, svampar
TCF-transkriptionsfaktorer
TCF (T-cell factor) transcription factors are a group of proteins that play crucial roles in regulating gene expression, particularly during embryonic development and tissue maintenance. They function as downstream effectors of the Wnt signaling pathway, binding to specific DNA sequences in the promoter regions of target genes and modulating their transcription. TCF transcription factors can either activate or repress gene transcription depending on the cellular context and interacting proteins, including β-catenin. Dysregulation of TCF-transcription factors has been implicated in various diseases, such as cancer, developmental disorders, and neurodegenerative conditions.
GATA-transkriptionsfaktorer
GATA-transkriptionsfaktorer är en grupp av transkriptionsfaktorer som innehåller en välbevarad DNA-bindningsdomän, känd som GATA-domänen, och binder till GATA-sekvensen i DNA för att reglera genuttrycket hos målgener. De är involverade i olika biologiska processer, inklusive cell Differentiering, proliferation och apoptos.
Mikroftalmiassocierad transkriptionsfaktor
En basal transkriptionsfaktor för spiral-ögla-spiral-leucinblixtlås som reglerar celldifferentiering och utveckling av en rad olika celltyper, inklusive melanocyter, osteoklaster och näthinnepigmentepitel. Mutationer i MTF-protein har satts i samband med osteopetros (marmorbensjuka) och Waardenburgs syndrom.
Luciferaser
Enzym som oxiderar vissa luminiscerande ämnen så att de avger ljus (fysisk luminiscens). Luciferaser från olika organismer har utvecklats olika under evolutionen. EC 1.13.12 (?).
STAT1-transkriptionsfaktor
Proteinstruktur, tertiär
Aktiverande transkriptionsfaktorer
Aktiverande transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och aktiverar genuttrycket genom att rekrytera andra proteiner till promotorregionen, vilket initierar transkriptionen av målgenen.
Transkriptionsfaktor ReIA
En transkriptionsfaktor är ett protein som binder till DNA och reglerar genuttrycket genom att påverka transkriptionen av gener till mRNA. ReIA (även känd som NF-1) är en specifik transkriptionsfaktor som aktiveras i monocyter och macrofager vid inflammation och infektion. Den binder till specifika DNA-sekvenser, kända som gamma-interferonaktiverade sekvenser (GAS), och reglerar uttrycket av gener involverade i immunförsvaret och inflammatoriska svar.
E2F-transkriptionsfaktorer
E2F-transkriptionsfaktorer är en grupp av proteiner som binder till DNA och reglerar genuttryck, främst involverade i cellcykelkontroll och celldifferentiering.
Tumörcellinje
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Fosforylering
Helix-ögla-helixmotiv
Upprepade supersekundära strukturer med 20 aminosyror, hopveckade till två alfaspiraler som sammanbinds med ett ovridet öglesegment. De återfinns i många sekvensspecifika DNA-bindande proteiner och kalciumbindande proteiner.
Kromatin
Saccharomyces cerevisiae
DNA-mikromatrisanalys
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Reglering av genuttryck, växter
GATA6-transkriptionsfaktor
GATA6 är ett transkriptionellt faktorprotein som binder till specifika sekvenser i DNA och regulerar genuttrycket hos flera gener involverade i organutveckling, differentiering och homeostas. I en enda mening:
Aktiverande transkriptionsfaktor 4
Activating Transcription Factor 4 (ATF4) är ett protein som fungerar som en transkriptionell faktor, involverad i regleringen av genuttryck under cellulär stress och homöstas.
Modeller, biologiska
Transcription Factor 7-Like 1 Protein
Transcription Factor 7-Like 1 Protein (TCF7L1) is a protein that functions as a transcription factor, playing a crucial role in the Wnt signaling pathway, which is essential for proper embryonic development and tissue homeostasis in adults. TCF7L1 regulates gene expression by binding to specific DNA sequences and collaborating with β-catenin to control the transcription of target genes involved in various cellular processes, including cell proliferation, differentiation, and survival.
Aktiverande transkriptionsfaktor 1
Activating Transcription Factor 1 (ATF1) är ett protein som fungerar som en aktiverande transkriptionsfaktor, vilket innebär att det binder till DNA och stimulerar transkriptionen av specifika gener. ATF1 är involverat i reguleringen av olika cellulära processer, såsom celldelning, differentiering och apoptos. Det gör detta genom att interagera med andra proteiner och bilda komplexa transkriptionsfaktorer som binder till specifika DNA-sekvenser och reglerar genuttrycket.
cAMP-responsivt elementbindande protein
Sekvenshomologi, aminosyra
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Transkriptionsfaktor TFIIIA
Transkriptionsfaktor TFIIIA är ett protein som binder specifikt till DNA och aktiverar transkriptionen av genen 5S rRNA genom att rekrytera RNA-polymeras III.
Protonkogenproteiner
Proton pump inhibitor proteins, also known as protono pumpare, refer to a group of protein pumps found primarily in the parietal cells of the stomach that play a key role in regulating gastric acid secretion. These proteins are responsible for transporting hydrogen ions (protons) from the cytoplasm of the cell into the lumen of the stomach, where they combine with chloride ions to form hydrochloric acid. By inhibiting the function of these proton pumps, medications known as proton pump inhibitors can reduce gastric acid secretion and alleviate symptoms associated with acid-related disorders such as gastroesophageal reflux disease (GERD) and peptic ulcers.
Blotting, Western
Möss, knockout
Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.
TATA-box
The TATA-box is a cis-acting DNA sequence element, typically located between -30 and -100 base pairs upstream of the transcription start site in eukaryotic protein-coding genes, which serves as a binding site for the TATA-binding protein (TBP) and plays a crucial role in the initiation of transcription by RNA polymerase II.
NF1-transkriptionsfaktorer
Neurofibromin 1 (NF1) transcription factors are proteins that regulate the expression of the NF1 gene by binding to its DNA regulatory regions, thereby playing a crucial role in the development and maintenance of the nervous system and other tissues by controlling cell growth, differentiation, and survival.
Modeller, genetiska
Tumörceller, odlade
Nedreglering
Protonkogenproteiner c-jun
'Protoncogenproteinet c-Jun' är ett transkriptionellt aktiveringsfaktorprotein som spelar en viktig roll i cellcykeln, celldifferentiering och programmerad celldöd (apoptos). Det är en del av activator protein 1 (AP-1) transkriptionsfaktor komplexet och kan påverka uttrycket av gener som är involverade i cellproliferation, differentiering, inflammation och cancer. Fostrets onkogen c-jun kodas av protoonkogenet JUN.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
Protonkogenproteiner c-ets
Protoncogenproteiner c-Ets refererar till en familj av transkriptionsfaktorer som innehåller ett välbevarat DNA-bindningsdomän, känt som ETS-domänen. Dessa proteiner spelar en viktig roll i cellcykeln, celldifferentiering och apoptos (programmerad celldöd). Vissa c-Ets-protoncogener kan bli överaktiva orsakade av genetiska mutationer eller abnorma regulering, vilket kan leda till onkogenes och cancerutveckling.
Möss, genetiskt förändrade
Uppreglering
I en enkel medicinsk definition kan 'uppreglering' (aktivering) syfta på den process där en cell, ett enzym eller ett signalsystem ökar sin aktivitet eller verkan i organismen. Detta sker ofta som svar på olika inre eller yttre signaler och kan vara en del av normala fysiologiska processer eller en patofysiologisk process vid sjukdom. Exempelvis kan uppgifter om cellskador, infektioner eller hormonella signalsystem aktivera genuttryck och proteinsyntes som leder till uppreglering av vissa proteiner eller signalvägar för att hantera dessa situationer.
Sekvensinpassning
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Fenotyp
C-EBP
En klass av proteiner som ursprungligen påvisades för sin förmåga att binda till DNA-sekvensen CCAAT. Det typiska CCAAT-förstärkarebindande proteinet bildar dimerer och består av en aktiveringsdomän, en DNA-bindande grundregion och en leucinrik dimeriseringsdomän (leucinzipper). CCAAT-bindande faktor är en strukturellt distinkt typ av CCAAT-förstärkarebindande protein (C/EBP), bestående av en trim er av tre olika underenheter.
Transkriptionsfaktor TFIIH
Transkriptionsfaktor TFIIH är ett proteincomplex som spelar en central roll i transkriptionen av DNA till mRNA genom att verka som helikas och ATPas, bidra till öppning av DNA-dubbelspiralen och rekrytering av andra transkriptionsfaktorer under initieringen av transkription.
Möss, inavlade C57BL
"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.
SOX9-transkriptionsfaktorer
SOX9 är ett transkriptionellt faktorprotein som binder till DNA och reglerar genuttrycket av målgener relaterade till utvecklingen av bland annat skelett, hjärta, lungor och reproduktiva system hos däggdjur.
Transkriptionsfaktor TFIIA
Transkriptionsfaktor TFIIA är ett protein som hjälper till att initiera transkriptionen av gener genom att underlätta bindningen av RNA-polymeras II till promotorregionen vid början av genen, vilket är en nödvändig första steg i uttrycket av genetisk information till proteiner. TFIIA gör detta genom att interagera med den generella transkriptionsfaktorn TFIIB och den proximala sequensen vid -30 bp från transkriptionsstartplatsen, vilket stabiliserar initieringskomplexet och underlättar RNA-polymeras II:s bindning.
DNA-styrt RNA-polymeraser
Konsensussekvens
En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.
Histoner
Små kromosomproteiner (ca 12-20 kD) med öppen, oveckad struktur och kopplade till cellkärnors DNA med jonbindning. Klassificeringen i olika typer (histon I, histon II osv) är baserad på mängdförhållandet mellan arginin och lysin i var och en av typerna.
Reglering av genuttryck, bakterier
STAT5-transkriptionsfaktor
"STAT5 (Signal Transducer and Activator of Transcription 5) är ett transkriptionsfaktorprotein som spelar en central roll i cellsignalering och regulering av genuttryck, särskilt vid cytokin- och tillväxtfaktorsignalering. När aktiverat, dimeriseras STAT5 och transloceras till cellkärnan där det binder till specifika DNA-sekvenser och regulerar transkriptionen av målgenområdena."
Transkriptionsfaktor DP!
Transkriptionsfaktor DP (DP-transkriptionsfaktorn) är ett protein som bildar en komplex med retinoid X receptor (RXR) och binder till DNA för att regulera genuttryck, särskilt involverad i cellcykelkontroll och differentiering.
In situ-hybridisering
Arabidopsisproteiner
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
DNA-fotavtryck
En metod för bestämning av sekvensspecificitet för proteiner som binder till DNA. Vid DNA-fotavtryck används något DNA-nedbrytande medel (kemikalie eller nukleas), som klyver alla basparen. Vid bindningsställena för proteinet i fråga sker ingen klyvning.
Bevarad sekvens
En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.
T-Box Domain Proteins
T-box domain proteins are a family of transcription factors that play crucial roles in regulating embryonic development and organogenesis across various species, including humans. These proteins contain a highly conserved DNA-binding domain, known as the T-box, which specifically binds to T-box binding elements (TBE) in the promoter or enhancer regions of their target genes. The T-box domain proteins are involved in diverse biological processes such as mesoderm and endoderm formation, heart development, limb formation, and neural tube closure. Mutations in these proteins can lead to several congenital disorders and developmental abnormalities.
DNA, komplementärt
Leucinblixtlås
DNA-bindande motiv som bildas genom att två alfahelixsträngar flätas ihop på en längd av ungefär åtta varv och sedan grenar isär i Y-liknande strukturer. Leuciner i upprepningar av sju hamnar på samma sida av spiralerna och intill varandra på stjälken ("blixtlåset"). De DNA-bindande restsekvenserna sitter i Y-förgreningen.
Oct-1-transcriptionsfaktor
The Oct-1 transcription factor is a protein involved in the regulation of gene expression, specifically binding to the octamer motif in the DNA and promoting or inhibiting transcription of adjacent genes, thereby playing crucial roles in various biological processes including cell growth, differentiation, and apoptosis.
Regulatoriska element, transkriptionella
"Transcriptional regulatory elements are DNA sequences that bind to proteins or protein complexes known as transcription factors, which control the initiation, rate, and termination of gene transcription into messenger RNA (mRNA). These elements include promoters, enhancers, silencers, and insulators, and they play a crucial role in determining the spatial and temporal expression patterns of genes during development and homeostasis."
Reglering av genuttryck, enzymer
Arabidopsis
Rekombinanta proteiner
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Reglering av genuttryck, tumörer
TATA-boxbindande protein
A 'TATA-box binding protein' (TBP) is a crucial transcription factor that recognizes and binds to the TATA box, a specific DNA sequence located in the promoter region of many genes. This protein plays a critical role in initiating gene transcription by appropriately positioning the RNA polymerase II complex for accurate and efficient transcription.
Erythroid-Specific DNA-Binding Factors
Erythroid-specific DNA-binding factors are transcription factors that bind to specific sequences of DNA in the regulatory regions of genes that are involved in erythropoiesis, the process of red blood cell production. These transcription factors play a crucial role in regulating the expression of genes that are necessary for the development, differentiation, and function of erythroid cells. Examples of erythroid-specific DNA-binding factors include GATA-1, NFE2, and KLF1, which are essential for normal erythropoiesis and have been implicated in various inherited and acquired disorders of red blood cell production.
Two-Hybrid System Techniques
Two-hybrid system techniques are a group of genetic methods used in molecular biology to detect and study protein-protein interactions within living cells. These techniques are based on the modular nature of transcription factors, which consist of two separate domains: one for DNA binding and another for transcription activation. In a two-hybrid system, these two domains are split and linked to two proteins of interest (target proteins). When the target proteins interact, the functional transcription factor is reconstituted, leading to the expression of a reporter gene. The activity of the reporter gene serves as an indicator of protein-protein interaction, allowing researchers to identify and analyze specific interactions between proteins in a high-throughput manner.
Drosophila
Transkriptionsfaktorer, TFIII
Transkriptionsfaktor III (TFIII) är ett samlingsnamn för en grupp av proteiner som spelar en viktig roll i processen med transkription av DNA till mRNA inom genetisk expressión. TFIII hjälper till att initiera transkriptionen av gener genom att binda till specifika sekvenser av DNA, och aktivera eller stänga av genuttrycket beroende på cellens behov.
GA-bindingprotein
GA-bindingsproteinet (GA-BP) är ett protein som binder till retinoatermoseradikaler, som är derivat av vitamin A och spelar en viktig roll i utvecklingen och homeostasen hos ögats synceller. GA-BP deltar i regleringen av transkriptionen av genuttryck relaterade till ögonens utveckling och funktion. Detta protein kan också vara involverat i andra cellulära processer, såsom celldelning och apoptos.