Ribonukleotider
Ribonucleotider är building blocks, eller byggstenar, i RNA (Ribonukleinsyra), en viktig biomolekyl som spelar en central roll i cellens proteinsyntes och genuttryck. Varje ribonukleotid består av en ribos och en nucleotidbas – adenin, uracil, guanin eller cytosin – bundna till varandra via en fosfatgrupp.
Deoxiribonukleotider
Ribonukleotidreduktaser
En ribonukleotidreduktase (RNR) är ett enzym som katalyserar den nukleotidreduktionen som krävs för syntesen av deoxyribonukleotider, vilket är en essentiell process för DNA-replikation och -reparation. RNR konverterar ribonukleosiddifosfater till deoxyribonukleosiddifosfater genom att reducera deras hydroxylgrupp på 2'-kolatomen till en hydrogen, vilket förändrar ribos till deoxiribos. Dessa deoxyribonukleotider används sedan som byggstenar för DNA-syntesen. RNR spelar därför en central roll i cellcykeln och celldelningen, och dess reglering och aktivitet är noga kontrollerad för att säkerställa korrekt DNA-replikation och -reparation.
Ribonukleas H
Ribonuclease H (RNase H) är ett enzym som bryter ned RNA-delarna i RNA-DNA hybridmolekyler, vilket är en viktig process i DNA-replikation och -reparation.
Cytidintrifosfat
Purinnukleotider
Purine nucleotides are organic compounds that consist of a purine base, a sugar molecule (ribose or deoxyribose), and one or more phosphate groups. Purines include adenine and guanine, which are important components of DNA and RNA, as well as energy-carrying molecules such as ATP (adenosine triphosphate) and GTP (guanosine triphosphate). These nucleotides play crucial roles in various cellular processes, including energy metabolism, signaling, and biosynthesis.
RNA
RNA, eller Ribonukleinsyra, är ett biologiskt molekyll som består av en lång kedja av nukleotider. Det spelar en central roll i cellens proteinsyntes genom att transkribera DNA:t till mRNA (messenger RNA), som sedan kan översättas till protein av ribosomer. RNA förekommer också i andra funktioner, såsom reglering av genuttryck och katabolism av signalsubstanser.
Uridinmonofosfat
Uridinmonofosfat (UMP) är ett nukleotid som består av en pentos sugar (ribos) kovalent bundet till en fosfatgrupp och nucleobasen uracil. Det är en building block i RNA-syntesen och har en central roll i cellens energimetabolism och näringsöverföring.
Cytosinnukleotider
Guanosine Monophosphate
Guanosine monophosphate (GMP) är en nukleotid som består av en fosfatgrupp, sockermolekylen ribosa och nucleobasen guanin. GMP är en viktig bestanddel i DNA och RNA, och fungerar också som en signalkemikalie inom celler. Det spelar en central roll i energitransporten inom celler genom att vara en komponent i molekylen ATP (adenosintrifosfat). GMP kan också verka som neurotransmittor och ha betydelse för blodkärlsfunktionen.
Biogenes
Ribonukleaser
En ribonukleas (RNas) är ett enzym som bryter ned RNA-molekyler i mindre segment genom att hydrolysavspjälka fosfodiesterbindningarna mellan dess nucleotider. Det finns olika typer av ribonukleaser, inklusive RNas A, RNas B och RNas C, som är specifika för att klyva specifika sekvenser i RNA-molekyler. Dessa enzymer spelar viktiga roller i cellulär regulering, såsom proteinsyntes, RNA-modifiering och immunförsvar.
Nukleotider
Nukleotider är de grundläggande byggstenarna i DNA och RNA, molekyler som lagrar genetisk information och kodar för proteiner. En nukleotid består av en pentos-socker (ribosa eller deoxyribosa), en fosfatgrupp och en nitrogenbas. Nitrogenbaserna kan vara adenin, guanin, cytosin och uracil i RNA eller thymin i DNA. Nukleotider kopplas samman med varandra genom fosfatbrückor mellan sockerstrukturerna och bildar på så sätt långa polymerkedjor.
Ribonukleosiddifosfatreduktas
A Ribonucleotide Reductase (RNR) is a crucial enzyme in DNA synthesis and repair, responsible for catalyzing the conversion of ribonucleotides to deoxyribonucleotides by reducing the 2'-hydroxyl group of the ribose sugar to a hydrogen, creating the building blocks necessary for DNA replication and repair.
Cytidinmonofosfat
Guanosin
En purinnukleosid bestående av guanin bundet via sitt N9-kväve till C1-kolet i ribos. Guanosin ingår i RNA, och dess nukleotider har stor betydelse i ämnesomsättningen.
Oligoribonukleotider
Oligoribonukleotider (ORNs) är korta en- eller flerfaldigt polymeriserade molekyler av ribonukleotider, som utgör byggstenarna i RNA. ORNs kan variera i längd från några få upp till hundratals nukleotider och har en rad olika funktioner inom cellen, till exempel som delar i regleringen av genuttryck och proteinsyntes. De kan även ha en roll i celldefens och sjukdomsprocesser, såsom virusinfektioner och neurologiska störningar.
Fosforibosylpyrofosfat
Nyckelämnet för biosyntesen av histidin, tryptofan, purin- och pyrimidinnukleotider.
DNA-polymeras II
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Den egna molekylaktiviteten uppgår till endast 5% av motsvarande aktivitet i DNA-polymeras I. Enzymet har 3'-5'-exonukleasaktivitet, kan ha som mall endast DNA med gap eller enkelsträngade ändsekvenser med färre än 100 nukleotider, och hämmas av sulfhydrylföreningar. EC 2.7.7.7.
Ribonukleosider
Ribonucleosides are organic compounds that consist of a ribose sugar molecule bonded to a nitrogenous base, specifically adenine, guanine, uracil, or cytosine in the case of RNA. They play a crucial role in various biological processes, such as encoding genetic information, catalyzing chemical reactions, and serving as cofactors for enzymes.
DNA-styrt DNA-polymeras
DNA-beroende DNA-polymeras i bakterier, djur- och växtceller. Under replikationsförloppet katalyserar dessa enzymer anslutningen av deoxiribonukleotidrester till änden av en DNA-sträng i närvaro av DNA som mallprimer. De har även exonukleasverkan och spelar därför en roll vid DNA-reparation. EC 2.7.7.7.
Substratspecificitet
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Uracilnukleotider
"Uracilnukleotider" är en typ av nukleotider som innehåller den nucleobasen uracil. De förekommer naturligt i RNA, men inte i DNA där thymin används istället. Uracilnukleotider bygger upp strukturen hos enskilda nukleotider i en RNA-molekyl, tillsammans med en pentos (ribos) sockerstruktur och en fosfatgrupp.
Exonukleaser
Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.
Guaninnukleotider
Föreningar av guanosin och fosfatgrupper. De vanligaste är GMP (guanosinmonofosfat), GDP (guanosindifosfat) och GTP (guanosintrifosfat).
Ribos
Ribosomes are complex molecular machines found within cells that translate messenger RNA (mRNA) into proteins during the process of protein synthesis. They consist of two subunits, one large and one small, composed of ribosomal RNA (rRNA) and proteins. Ribosomes play a crucial role in maintaining cellular function and survival by producing the necessary proteins required for various biological processes.
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Pyrimidinnukleotider
Pyrimidinnukleotider är molekyler som består av en pyrimidinbas (tymin eller cytosin), en pentos fosfatbacke (ribose eller deoxyribose) och en fosfatgrupp. De är en del av nukleinsyrorna DNA och RNA, där de bildar baspar med purinnukleotider genom komplementär basparning (tymin med adenin och cytosin med guanin).
IMP-dehydrogenas
Deoxiribonukleaser
Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.
Uridin
Uridin är ett nucleosid som består av en pyrimidinbas (uracil) kovalent bundet till en femtoribos (ribose) via en beta-N1-glykosidbindning. Det förekommer naturligt i RNA och har en central roll i cellers proteinsyntes som en del av transfer-RNA (tRNA).
Puriner
I en enkel medicinsk definition kan puriner definieras som en grupp av organiska föreningar som inkluderar baserna adenin och guanin, vilka är viktiga beståndsdelar i nukleotider och nukleotidkvävesyror. Dessa molekyler har en central roll i cellers energimetabolism, signaltransduktion och DNA- och RNA-syntes. Puriner kan också fungera som signalsubstanser som frisätts från celler under vissa fysiologiska och patofysiologiska tillstånd, och de har potentialen att modulera immunresponsen och inflammationen.
Hypoxantiner
Bassekvens
Cytidin
Deoxiadenosiner
Genetiska mallar
Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.
Tyminnukleotider
Tyminnukleotider, eller tidigare kända som deoxyribothymidinmonofosfat (dTMP), är en typ av nukleotid som primärt förekommer i DNA-molekyler. Varje tyminnukleotid består av en sockermolekyl, en fosfatgrupp och en bas, i detta fall thymin. Thymin bildar specifika par med adenin genom komplementär basparning, vilket är en viktig del av DNA-replikation och transkription.
Amidofosforibosyltransferas
Ett enzym med verkan i de tidiga stadierna av purinnukleotidbiosyntesen, som katalyserar bildandet av 5-fosforibosylamin från glutamin och fosforibosylpyrofosfat. EC 2.4.2.14.
Nukleotidaser
Nukleotidaser är en grupp av enzymer som bryter ned nukleotider, de building blocken för DNA och RNA, till enskilda nukleosidmonofosfater. Denna process katalyseras genom att nukleotidaserna hydrolyserar fosfoestrarbindningarna mellan nucleosiden och de två eller tre fosfatgrupperna i nukleotider. Det finns olika typer av nukleotidaser, inklusive 5'-nukleotidaser, 3'-nukleotidaser och apurinska/apyrimidiniska nukleotidaser, som är specialiserade på att bryta ned specifika typer av nukleotider. Nukleotidaser har en viktig roll i cellulär metabolism genom att reglera nivåerna av nukleotider och frisätta byggstenar för syntesen av andra molekyler.
Oligonukleotider
"Oligonukleotider" refererar till korta, syntetiska eller naturliga sekvenser av nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA. Oligonukleotider kan vara upp till 20-25 nukleotider långa och används ofta inom molekylärbiologi för att undersöka specifika gener eller funktioner på genetisk nivå. De kan också användas som medicinska terapeutika, till exempel i form av antisense-oligonukleotider eller RNA-interferens, för att störta specifika proteiner som är involverade i sjukdomsprocesser.
Kolibakterie
Nukleinsyradenaturation
Nukleinsyredegeneration (eller nukleinsyrenaturation) refererer til den proces, hvor dobbeltstrenget DNA eller RNA bliver omdannet til en enkeltstrenget molekyle som følge af ophevelse af de hydrogenbindinger, der holder strengene sammen. Denne proces kan forekomme under høje temperaturer eller pH-værdier, og den kan også være medvirkende til genetisk materiales skade under cellestress eller sygdomme.
Hydroxiurea
Ett medel mot cancer som hämmar DNA-syntes genom att blockera ribonukleosiddifosfatreduktas.
Adenosinmonofosfat
DNA-primas
Ett RNA-polymeras som är beroende av enkelsträngat DNA och som sätter igång DNA-syntes genom att syntetisera oligoribonukleotidprimrar. EC 2.7.7.-.
Nukleinsyrakonfiguration
I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).
DNA-styrt RNA-polymeraser
En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.
DNA-polymeras I
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i prokaryoter och som möjligen förekommer hos högre organismer. Det uppvisar såväl 3'-5'- som 5'-3'-exonukleasaktivitet, men kan inte använda naturligt förekommande dubbelsträngat DNA som mönsterprimer. Det hämmas inte av sulfhydrylföreningar och är verksamt i både DNA-syntes och -reparation. EC 2.7.7.7.
Molekylsekvensdata
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
RNA-nukleotidyltransferaser
RNA-nukleotidyltransferaser är en grupp enzymer som katalyserar additionen av nukleotider till 3'-slutet av en RNA-molekyl. Denna process kallas nukleotidylering och är en viktig biokemisk reaktion i biosyntesen av olika typer av RNA, inklusive messenger-RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och transfer-RNA (tRNA). Dessa enzymer spelar därför en central roll i regleringen av cellens proteinsyntes och genuttryck.
Basparsmissförhållanden
Förekomst av en icke-komplementär bas i dubbelsträngat DNA orsakad av spontan deaminering av cytosin eller adenin, felaktig passning under homolog rekombination, eller fel i DNA-replikationen. Upprepa de, sekvensiella felanpassningar av baspar resulterar i heteroduplex-DNA.
RNA, bakteriellt
DNA-ligaser
Poly(deoxiribonukleotid):poly(deoxiribonukleotid)-ligaser. Enzymer som katalyserar hopkopplingen av redan bildade deoxiribonukleotider med fosfodiesterlänkning vid genetiska processer i samband med reparation av enkelsträngsbrott i duplex-DNA. EC 6.5.1.1 (ATP) och EC 6.5.1.2 (NAD).
Nucleic Acid Heteroduplexes
En nucleotidheterodupleks (Nucleic Acid Heteroduplex) är en dubbelsträngad molekyl bestående av två komplementära enskilda DNA- eller RNA-strängar som bildar vätebindningar mellan varandra. Molekylen kan innehålla olika sekvenssekvenser på de två strängarna, och dessa skillnader kallas för mutationer eller polymorfismler. Nucleotidheterodupleksen kan bildas naturligt under DNA-replikering eller transkription, eller konstlats i laboratoriet för att undersöka komplementariteten mellan två olika nukleotidsekvenser. Dessa heteroduplekser spelar en viktig roll inom genetisk forskning och medicinsk diagnostik, särskilt vid studier av genetiska sjukdomar och cancer.
Uridintrifosfat
DNA-polymeras III
Ett DNA-beroende DNA-polymeras som påvisats i E.coli och andra lägre organismer. Det kan förekomma hos högre organismer. Namnet används även för den mer komplexa varianten DNA-polymeras III* (pol III*), som har 15 gånger högre biologisk aktivitet än DNA-polymeras I vid DNA-syntes. Enzymet har både 3'-5'- och 5'-3'-exonukleasaktivitet, hämmas av sulfhydrylföreningar och har samma mönsterprimerberoende som DNA-polymeras II. EC 2.7.7.7.
Katalys
Mutation
Kolisotoper
Adenosintrifosfat
Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.
DNA-reparation
Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.
Mangan
Metalliskt grundämne med kemiskt tecken Mn, atomnummer 25 och atomvikt 54,94. Det är anrikat i cellmitokondrier, främst i hypofysen, levern, bukspottkörteln, njurarna och skelettvävnaden. Det påverkar syntesen av mukopolysackarider, stimulerar produktionen av kolesterol och fettsyror i levern, och utgör en kofaktor för många enzymer, bl a arginas och alkalinfosfatas i levern.
Guanosintrifosfat
Modeller, molekylära
Tunnskiktskromatografi
DNA, cirkulärt
Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.
Cellfritt system
Kemi
I en enkel medicinsk kontext kan 'kemi' definieras som studiet och användandet av kemiska substance och deras reaktioner för att förstå, behandla eller förebygga sjukdomar. Detta inkluderar bland annat utvecklingen av läkemedel, toxikologi och farmakokinetik. Kemi är en grundläggande vetenskap som är intimt förknippad med många aspekter av medicinen.
Kemiska fenomen
"Kemiska fenomen" refererar till de observationer och händelser som sker när materia bestående av atomer och molekyler interagerar på ett sätt som resulterar i förändringar orsakade av kemiska reaktioner, inklusive bildning och brytande av kemiska bindningar, förskjutningar i elektronfördelning och energiflyt.
Tritium
Tritium, symbolized as ^{3}H, is a radioactive isotope of hydrogen with a half-life of approximately 12.3 years. It consists of one proton and two neutrons in its nucleus. Tritium is commonly used in research and in the production of self-luminous compounds, such as in glow-in-the-dark watches and exit signs. When tritium decays, it emits a low-energy beta particle, which can be utilized in various applications, including nuclear medicine and scientific research. However, exposure to tritium should be limited due to its radioactive nature, as it can pose potential health risks if ingested, inhaled, or absorbed through the skin.
Bindningsplatser
Transkription, genetisk
Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.
Saccharomyces cerevisiae
Adenosin
Gradientcentrifugering
Pyrimidiner
I en enkel medicinsk definition är pyrimidiner en typ av kemisk förening som innehåller en aromatisk ringstruktur bestående av två kolatomer och två kväveatomer, vilket är en del av flera viktiga biomolekyler. De förekommer naturligt i nukleotider, som är byggstenarna i DNA och RNA, där de utgör baserna cytosin och tymin (i DNA) och uracil (i RNA). Pyrimidiner har en betydande roll inom genetiken och är viktiga för replikationen, transkriptionen och translationen av genetisk information.
Tymidin
Tymidin är en naturligt förekommande nukleosid som består av pyrimidinbasen tymin och den femvärda sockerarten deoxiribos. Tymidin spelar en viktig roll i DNA-syntesen och är ett av de fyra building blocken (nukleotiderna) som bygger upp DNA-molekylen.
DNA-primrar
Mitokondrie-DNA
Dubbelsträngat DNA i mitokondrier. Hos eukaryoter är mitokondriegenomet cirkelformat och kodar för ribosom-RNA, transfer-RNA och ca 10 proteiner.
Magnesium
Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.
Oligodeoxiribonukleotider
"Oligodeoxiribonukleotider (ODNs) är korta syntetiska enkelsträngade DNA-molekyler, som består av mellan några få upp till hundratals nukleotider."
RNA, viralt
"Viralt RNA" refererer til RNA-molekyler som er en del av strukturen eller funksjonen på et virus. Virus er små infektiøse partikler som består av genetisk materiale (RNA eller DNA) emballert i et proteinhylle. Viralt RNA kan være enten en del av viruset selv, som ses i positive-sense enkelstrengede RNA-viruser og negative-sense enkelstrengede RNA-viruser, eller det kan være et mellemledd i replikasjonen av retrovirus, som har RNA-genomer. Viralt RNA kan også være involvert i syntesen av proteiner for viruset.
Aminosyrasekvens
Nukleinsyrahybridisering
Nukleinsyrahybridisering är en laboratorieteknik där två komplementära enheter av DNA eller RNA kombineras genom att deras komplementära baspar bildar vätebindningar med varandra, vilket resulterar i en dubbelhelix. Denna metod används ofta för att identifiera och undersöka specifika sekvenser av nukleinsyror, såsom genetisk material från organismer, virus eller muterade gener.
Magnetisk resonansspektroskopi
Struktur-aktivitet-relation
"Structure-activity relationship (SAR) refers to the correlation between the chemical structure of a drug or molecule and its biological activity, describing how changes in the molecular structure can affect its ability to interact with biological targets and produce a desired pharmacological response."