RNA, dubbelsträngatRNARNA, viraltRNA, Small InterferingRNA EditingRNA-virusRNA-splitsningRNA-interferensNukleinsyrakonfigurationBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.RNA, ribosomaltDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).RNA, bakterielltMolekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.DNA, enkelsträngat: En enkel kedja av deoxiribonukleinsyra som förekommer i vissa bakterier och virus. Den uppträder vanligtvis som en ring med kovalent slutning.RNA, budbärareIF-2-kinas: Ett dsRNA-aktiverat, cAMP-oberoende serin/treoninkinas som induceras av interferon. I närvaro av dsRNA och ATP autofosforylerar eIF-2-kinas på ett flertal serin- och treoninrester. Det fosforylerade enzymet katalyserar fosforyleringen av eIF-2's alfaunderenhet, vilket leder till att proteinsyntesen hämmas. EC 2.7.10.-.Poly I-CRNA-helikaserRNA, svampAntisens-RNARNA, katalytisktRNA-bindande proteinerRNA-polymeras IIRNA FoldingVirus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.DEAD-box RNA HelicasesRNA Processing, Post-TranscriptionalNukleinsyradenaturationAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.RNA-stabilitetReoviridaeRNA-prekursorerRNA, transferKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Genom, viralt: Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.RNA, UntranslatedRNA, växtCellinjeOligonukleotiderRibonukleaserRNA, smått nukleärtPlasmiderNukleinsyrahybridiseringBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.VirusförökningRibonukleas IIIProteinbindningRNA CapsRNA-sekvensanalysMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Hela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Interferoner: Proteiner som utsöndras av celler hos ryggradsdjur som svar på en rad olika stimulerande ämnen. De förmedlar resistens mot många olika virusarter, hämmar förökning av normala och maligna celler, hämmar förökning av intracellulära parasiter, förstärker fagocytos genom makrofager och granulocyter, förstärker NK-cellers verkan och uppvisar ett flertal immunmodulerande funktioner.RNA, protozoisktBakteriofag phi 6: En virulent bakteriofag och enda medlemmen av släktet Cystovirus som infekterar Pseudomonasarter. Viruspartikeln har ett segmenterat genom bestående av tre delar dubbelsträngat DNA, samt ett unikt lip idhaltigt membran.Toll-liknadne receptor 3Transkription, genetiskAdenosindeaminas: Ett enzym som katalyserar hydrolys av adenosin till inosin med eliminering av ammoniak. Enzymet uppvisar stora vävnads- och artsvariationer, och har därför använts i genetiska studier och som diagnost iskt verktyg. EC 3.5.4.4.ProteinbiosyntesKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.DNA-virus: Virusarter, vars nukleinsyra (arvsmassa) består av DNA (deoxiribonukleinsyra).Genetiska mallar: Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.SubstratspecificitetDNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.RNA, tumörVirusproteinerVäxtvirusRNA-ligas (ATP)Bakteriofager: Virus som infekterar bakterieceller.Endoribonukleaser: En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.Genavstängning: Avbrytande eller undertryckande av en gens uttrycksfunktion på transkriptions- eller translationsnivå.Molekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.OligoribonukleotiderRNA-virusinfektionerDNA-helicaser: Enzymer som underlättar upptvinning av duplex-DNA under replikationsfasen genom att binda till enkelsträngade DNA-områden eller till korta sträckor av duplex-DNA som tillfälligt är öppna. EC 5.99.-.DNA, cirkulärt: Kovalent slutna DNA-ringar i bakterier, många virusarter, mitokondrier och plastider. Plasmider är små molekyler av dubbelsträngat, cirkulärt DNA. Små, spridda DNA-ringar har även påträffats hos ett flertal eukaryota organismer och antas vara homologa med kromosom-DNA och ha förmåga att inkluderas i, och uteslutas ur, kromosomalt DNA. Cirkulärt DNA uppstår genom slingbildning och uteslutning av DNA-fragment, och innehåller en konstant region av my-segmentets tunga kedja och 3'-delen av my-segmentets växlingsregion. Denna DNA-variant är en normal produkt av omkastning bland gensegment som kodar för de variabla regionerna i immunglobulinets lätta och tunga kedjor och T-cellreceptorn.Saccharomyces cerevisiaeDNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.gRNADeoxiribonukleaser: Enzymer som katalyserar verkan av hydrolaser på esterbindningar i DNA. EC 3.1.-.Virusgener: Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.DNA-brott, dubbelsträngadeRNA-polymeras IIIOligodeoxiribonukleotiderDNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Basparsbildning: Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.Gradientcentrifugering: Separation av partiklar efter täthet genom gradientsortering. Vid jämvikt avsätts varje partikel vid gradienten motsvarande dess densitet.Proteinstruktur, tertiärCellkärna: En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.Kapsid: Det skyddande proteinhöljet runt ett virus nukleinsyra. Det kan ha spiralformad eller ikosaedrisk symmetri och består av strukturella enheter som kallas kapsomerer.Rec A-rekombinaserRNA, ribosomalt, 28SEndonukleaser: Enzymer som katalyserar hydrolys av de inre bindningarna och därmed bildandet av polynukleotider eller oligonukleotider från ribonukleotid- eller deoxiribonukleotid-kedjor. EC 3.1.-.eIF-2: Eukaryot initieringsfaktor i proteinsyntesen. Faktorn består av tre underenheter: alfa, beta och gamma. När initieringen kommit igång bildar eIF-2 ett trippelkomplex med Met-tRNAi och GTP (guanosintrifosfat). Syn. eukaryot initieringsfaktor 2.PolyribonukleotiderPolynukleotiderSekvenshomologi, aminosyrabeta-interferon: Ett typ I-interferon som produceras av fibroblaster som svar på stimulering från levande eller inaktiverat virus eller dubbelsträngat RNA. Det är en cytokin med antiviral, antiproliferativ och immunmodulerande verkan.RNA-polymeras IRNA, nukleärtTotiviridaePromotorregioner, genetikNF90-proteiner2`5`-oligoadenylatsyntetas: Ett enzym som katalyserar omvandlingen av ATP till en rad (2´-5´)-bundna oligoadenylater och pyrofosfat i närvaro av dubbelsträngat RNA. Dessa oligonukleotider aktiverar endoribonukleas (RNas L) som k lyver enkelsträngat RNA. Interferon kan inducera dessa reaktioner. EC 2.7.7.-.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Kloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.Poly A-URNA CleavageRekombination, genetiskUridinOpen Reading FramesDNA-restriktionsenzymer: Enzymer som ingår i restriktions-/modifieringssystemen. De katalyserar endonukleolytisk klyvning av DNA-sekvenser som saknar det artspecifika metyleringsmönstret i värdcellens DNA. Spjälkningen ger slumpartade eller specifika dubbelsträngade fragment med 5'-fosfatavslutningar. Restriktionsenzymernas uppgift är att förstöra allt främmande DNA som tränger in i värdcellen. De flesta har iakttagits i bakteriella system, men några få har påvisats i eukaryota organismer. De används även som verktyg för systematisk kartläggning av kromosomer, för bestämning av bassekvenser i DNA, och de har möjliggjort spjälkning och utbyte av gener från en organism till genomet i en annan. EC 3.1.21.-.Nucleic Acid HeteroduplexesEndonukleaser specifika för enkelsträngat DNA och RNA: Enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av enkelsträngat DNA eller RNA, utan att beröra dubbelsträngade områden. De är särskilt användbara i laboratoriet för framställning av "avhuggna" DNA-molekyler från DNA med enkelsträngade ändar och för känsliga gentekniker för påvisande av enkelsträngat DNA och RNA. EC 3.1.30.Poly AExonukleaser: Enzymer som katalyserar frisättande av mononukleotider genom hydrolys av ändbindningarna på deoxiribonukleotid- eller ribonukleotidkedjor. EC 3.1.-.Superhelix-DNA: Ringformat, supertvinnat duplex-DNA som isolerats från virus, bakterier och mitokondrier. Denna superhelixform av DNA har tillgång till fri energi. Under transkriptionsfasen är omfattningen av RNA-initiering proportionell mot superhelixgraden hos DNA:t.PolymeraskedjereaktionReglering av genuttryck: De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.RNA-transportTransfektionRNA, ribosomalt, 23SRekombinanta proteinerRibonukleoproteinerAgargelelektrofores: En typ av elektrofores där agar eller agarosgel används som diffusionsmedium.RNA, satellitTranskriptionsfaktorerRNA-replikasDNA-reparation: Rekonstruktion av en sammanhängande, dubbelsträngad DNA-molekyl utan felparning utifrån en molekyl med skadade områden. De viktigaste typerna av reparationsmekanismer är: excisionsreparation, där defekta områden i en sträng tas ut och återsyntetiseras med hjälp av den information som de komplementära basparen i den hela strängen innehåller; ljusåteraktiveringsreparation, som innebär att de nedbrytande och mutagena effekterna av UV-strålning elimineras; samt postreplikationsreparation, där de primära skadorna inte repareras, men där gapen i en dotterdubbelsträng fylls med delar av den andra, oskadade duplexdottern. Excisionsreparation och postreplikationsreparation kallas ibland för "mörk reparation", eftersom de inte kräver ljus.RNA, ribosomalt, 18STemperaturBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Elektronmikroskopi: Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.CellkärneproteinerPolydeoxiribonukleotiderRNA, heterogent nukleärtInterkalatorerCellfritt system: Fraktionerat cellextrakt med bibehållen biologisk funktion. Först sedan en subcellulär fraktion isolerats genom ultracentrifugering eller annan separationsteknik kan ett förlopp utan inverkan av alla komplexa reaktioner i en cell studeras. Cellfria system har utbredd användning inom cellbiologin.TotivirusVirala icke-strukturella proteinerMask-RNA: Ribonukleinsyra i maskar som har såväl regler- och katalytisk roll som medverkan i proteinsyntes.Celler, odlade: Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.Kolifager: Virus med Escherichia coli som värdorganism.Sekvenshomologi, nukleinsyraVirionOmvänt transkriptaspolymeraskedjereaktionRNA, Spliced LeaderDNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.RNA, ribosomalt, 16SInterferoninducerare: Medel som sätter igång produktion och frisättning av interferoner. Hit hör mitogener, lipopolysackarider och de syntetiska polymererna Poly A-U och Poly I-C. RNA-Induced Silencing ComplexDNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.Fosforisotoper: Stabila fosforatomer med samma atomnummer som grundämnet fosfor, men med annan atomvikt.Endodeoxiribonukleaser: En grupp enzymer som katalyserar den endonukleolytiska delningen av DNA. De omfattar enzymklasserna EC 3.1.21.-, EC 3.1.23.- (DNA-restriktionsenzymer), EC 3.1.24.- (DNA-restriktionsenzymer) och EC 3.1.25.-.RotavirusFosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.Adenosintrifosfataser: En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.Modeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Etidium: Ett medel mot trypanosomer och eventuellt virus med utbredd användning inom experimentell cellbiologi och biokemi. Etidium har ett flertal experimentellt användbara egenskaper, som t ex förmåga att binda till nukleinsyror, icke-kompetitiv blockering av nikotinacetylkolinreceptorer, och fluorescens. Det används vanligen i bromidform.Encefalomyokarditvirus: Typarten av Cardiovirus som ger upphov till encefalomyelit och hjärtmuskelinflammation hos gnagare, grisar och apor. Hos människor har infektion med CNS-påverkan, men utan myokardit, rapporterats.2-aminopurin: Purin som är en isomer till adenin (6-aminopurin).Struktur-aktivitet-relationEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Bassammansättning: Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.Inosin: En purinnukleosid med hypoxantin bundet med N9-väteatomen till kol C1 i ribos. Den utgör ett mellanleed i nedbrytningen av puriner och purinnukleosider till urinsyra samt i purinsparande reaktionsförlopp. Den finns också i antikodonet hos vissa tRNA-molekyler.Killer Factors, YeastFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.PeptidnukleinsyrorDNA-skador: Läkemedels- eller strålningsframkallade skador på DNA som medför avvikelser från den normala dubbelspiralkonformationen. Till dessa hör strukturella förvrängningar som stör replikation och transkription, samt punktmutationer som splittrar baspar och ger skadliga effekter på efterföljande generationer genom ändringar i DNA-sekvensen. Om skadan är av mindre omfattning kan den repareras (DNA-reparation), men stor skada kan leda till apoptos (celldöd).NukleinsyrorExodeoxiribonukleaser: En familj av enzymer som katalyserar den exonukleolytiska klyvningen av DNA. Den inkluderar medlemmar av klassen EC 3.1.11 som ger 5'-fosfomonoestrar som spjälkningsprodukter. EC 3.1.-.Kapsidproteiner: Proteiner som bildar viruskapsider.VirusRekombinanta fusionsproteinerVirussammansättningMutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Insektsvirus: Virus som angriper insekter. Den största familjen är Baculoviridae.Argonaute ProteinsReglering av genuttryck, virus: De processer genom vilka cytoplasmatiska faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos virus.TritiumRibosomerArke-RNANukleinsyrarenaturationBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.Adenosintrifosfat: Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.Poly CMagnesium: Ett lätt, silverfärgat, metalliskt grundämne. Det har kemiskt tecken Mg, atomnummer 12 och atomvikt 24,31. Dess salter är nödvändiga i näringskedjan, då de behövs för många enzymers verkan, särskilt för sådana som deltar i oxidativ fosforylering. Magnesium ingår i såväl intra- som extracellulära vätskor och utsöndras via urin och avföring. Brist på ämnet ger upphov till nervretning, med stelkramp, kärlvidgning, kramper, darrningar, depression och psykotiska beteenden.NukleotiderDNA-paketeringSaccharomyces cerevisiae ProteinsGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.Poly UGener: Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Hydrolys: Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.Daktinomycin: Ett antibiotikum med anticancereffekt från Streptomyces parvullus. Det binder till DNA och hämmar RNA-syntes (transkription), där förlängning av kedjan är känsligare än början, slut eller frisläppande. Till följd av nedsatt mRNA-produktion avtar också proteinsyntesen efter dactinomycinbehandling.IRF-3-transkriptionsfaktorDimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Proteinkonfiguration