ProteinerProteinstruktur, sekundärModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.ProteinkonfigurationDatabaser, protein: Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.Protein-sekvensanalysStructural Homology, ProteinProteinstruktur, tertiärMjukvara: Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.ProteinveckningAlgoritmer: En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.Bioinformatik: Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser. SekvensinpassningAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Internet: Ett löst samordnat, världsomfattande datornätverk. De nätverk som utgör Internet är sammankopplade via ett flertal stamnätverk. Internet har sitt ursprung i det amerikanska statliga ARPAnet-projektet, som utvecklades för att underlätta informationsutbyte.Datorsimulering: Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.Modeller, kemiska: Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Användare-datorgränssnittNukleär magnetisk resonans, biomolekularRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Vätebindning: En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.Datorgrafik: Tabeller, ritningar eller annan bildpresentation, framställda med hjälp av datorteknik.TermodynamikBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Aminosyror: Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.Evolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.Sekvenshomologi, aminosyraMolecular Dynamics SimulationStruktur-aktivitet-relationProteinbindningLösningsmedelHydrophobic and Hydrophilic InteractionsMagnetisk resonansspektroskopi: Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).Molekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Kristallografi: Den vetenskapsgren som ägnar sig åt den geometriska beskrivningen av kristaller och deras inre struktur.Proteinstruktur, kvartärFaktadatabaser: Strukturerade samlingar av mer eller mindre fullständiga faktauppgifter, ofta inom bestämda ämnesområden och med funktioner för automatisk hantering av informationen. De kan ha formen av uppslagsböcker, statistikdatabaser, samlingar av kemiska och fysikaliska data osv. Begreppet faktadatabas skall inte förväxlas med bibliografisk databas.ProteindenaturationMuramidasElectrostaticsEnzymer: Biologiska molekyler som har katalytisk verkan. De finns naturligt, men kan även syntetiseras. Enzymer utgörs vanligtvis av proteiner, dock har katalytiska RNA- och katalytiska DNA-molekyler påvisats.Ligander: Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.Kunskapsdatabaser: Samlingar av fakta, antaganden, tro och heuristik som utnyttjas i kombination med databaser för att erhålla önskade resultat, som t ex en diagnos, en tolkning, eller en lösning till ett problem.Artificiell intelligens: Datorbaserade system utvecklade för att utföra processer som normalt är förknippade med mänsklig intelligens, som t ex språkförståelse, inlärning, argumentering, problemlösning osv.Informationslagring och -återvinning: En gren av data- eller biblioteksvetenskap inriktad på lagring, sökning, återvinning och urval av information inom ett visst ämnesområde eller viss frågeställning.Kartläggning av proteininteraktionDatabasadministrativa system: Dataprogram avsedda för lagring, hantering och kontroll av data för speciella ändamål.Protein engineeringAminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.ProteinstabilitetCirkulär dikroism: En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Membranproteiner: Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.Bevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.MyoglobinProtein Interaction Domains and MotifsVattenBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.RöntgendiffraktionMonte Carlo-metod: En statistisk metod för approximativ lösning av ett matematiskt problem genom att studera fördelningen av någon slumpmässig variabel, ofta datorgenererad. Namnet anspelar på den slumpmässighet som är typisk för de hasardspel som utövas på Monte Carlos kasinon.Kristallisering: Bildande av kristallina ämnen ur lösningar eller smältor.Mönsterigenkännande, automatiseratModeller, statistiska: Statistiska framställningar eller analyser som, när de tillämpas på data och visar sig passa, kan utnyttjas för att bekräfta de antaganden och parametrar som används i analysen. Exempel på statistiska modeller är den linjära, den binomiala, den polynomiala, dubbelparametermodellen osv.ProteomikPeptiderKlusteranalys: En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.TemperaturNeurala nätverk (Datorer)Genomik: Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.LösningarKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Entropi: Termodynamisk tillståndsfunktion (beroende enbart av tryck och tremperatur) av grundläggande betydelse inom fysik och kemi, och ett mått på den värmeenergi i ett system som inte omsätts i arbete. I alla spontana och irreversibla, naturliga värmeflödesprocesser ökar entropin.Resultats reproducerbarhetFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.Kemi, fysikaliskFenomen inom fysikalisk kemiBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Modeller, teoretiska: Teoretiska framställningar som efterliknar hur system, processer eller fenomen uppför sig eller verkar. De kan omfatta bruk av matematiska beräkningar, datorer och andra elektroniska hjälpmedel.Disulfider: Kemiska grupper med de kovalenta disulfidbindningarna -S-S-. Svavelatomerna kan binda till såväl oorganiska som organiska molekyldelar.Kinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Aminosyrasubstitution: Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.Automatisering: Styrning av operativa processer med mekanisk eller elektronisk teknik istället för med den mänskliga faktorn.BöjlighetInfrarödspektrofotometri: Spektrofotometri i det infraröda området, oftast för kemisk analys genom mätning av absorptionsspektra baserade på molekylers rotations- eller vibrationsenerginivåer.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Molekylkonfiguration: Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.Protein UnfoldingKryoelektronmikroskopi: Elektronmikroskopering av prov som snabbt fryses ned. Avbildning av djupfrysta, hydrerade molekyler och organeller återger objektet på ett sätt som bäst överenstämmer med en bild av den levande materian, utan kemisk fixering eller färgning.Cystein: En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.Enzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.Matematiska begreppDataanalys: Datorstödd analys och behandling av problem inom ett visst område.Väte: Det första grundämnet i det periodiska systemet. Väte har kemiskt tecken H (Hydrogen), atomnummer 1 och atomvikt 1. Det förekommer normalt i form av en färglös, luktfri och smaklös gas, vätgas, med formeln H2. Vätejoner är protoner. Förutom den vanliga isotopen H1 finns den stabila isotopen deuterium (D) och den instabila radioisotopen tritium (T).Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Deuterium utbyte mätningMarkov-kedja: Inom sannolikhetsteorin, speciellt teorin för stokastiska processer, modell för beskrivning av ett system som hoppar mellan olika tillstånd på så vis att framtiden beror av det förflutna endast genom nuet (2008-02-07 Källa Nationalencyklopedin http://www.ne.se/jsp/search/article.jsp?i_art_id=251446).Biofysiska fenomenBiofysikTryptofanElektroner: Stabila elementarpartiklar med den minsta, kända negativa laddningen. Elektroner ingår i alla grundämnen. De kallas även negatroner. Positivt laddade elektroner kallas positroner. Elektronernas antal, energinivå och placering runt atomkärnor avgör grundämnens kemiska identitet. Strålflöden av elektroner kallas katodstrålar eller betastrålar, en högenergistrålning som uppstår vid kärnsönderfall.Hemerytrin: Ett järnprotein som inte är av hemtyp och som består av åtta tillsynes identiska underenheter, vilka var och en innehåller två järnatomer. Det binder en syremolekyl till varje par av järnatomer och fungerar som respiratoriskt protein.SynkrotronerMolecular Sequence AnnotationBakteriofag T4: Virulent bakteriofag och typarten för släktet T4-liknande fager, inom familjen Myoviridae. Den infekterar E. coli och är den mest kända av denna fagtyp. Virionet innehåller linjärt, dubbelsträngat DNA , med terminal redundans och cirkulärt permuterat.NormalfördelningMasspektrometri: En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.PeptidfragmentNötkreatur: Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.YtegenskaperEscherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Scattering, Small AngleRubredoxinerSystemintegrationOnline-systemKvantteori: Teori om att strålning och absorption av energi sker i bestämda mängder som kallas kvanta (E), vilka varierar i storlek och definieras av ekvationen E=hv, där h är Plancks konstant och v strålningens frekvens.Rekombinanta proteinerLäkemedelsdesign: Den molekylära utformningen av läkemedel för specifika ändamål (såsom DNA-bindning, enzymhämning, verkan mot tumörer osv), baserad på kännedom om molekylära egenskaper, som t ex funktionella gruppers aktivitet, molekylgeometri, elektronstruktur och information om analoga molekyler. Läkemedelsdesign bygger på datorstödd molekylär modelleringsteknik och omfattar inte farmakokinetik, dosanalys eller analys av läkemedelsadministrering.ProgrammeringsspråkFluorescensspektrometri: Mätning av intensitet och kvalitet hos fluorescerande ljus.FTIRDatatolkning, statistisk: Tillämpning av statistiska metoder för analys av specifika, observerade eller antagna, fakta från en bestämd studie.Vätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Pankreatisk ribonukleasKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.SekvensanalysBakteriorodopsiner: Rodopsinproteiner i purpurmembranet hos Halobacterium halobium och andra halofila bakterier. Bakteriorodopsiner fungerar som energiomvandlare, idet de konverterar ljusenergi till elektrokemisk energi via protonpumpar.KronetrarProteomDimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Aminosyror, aromatiskaProlinUpprepade sekvenser, aminosyraApoproteiner: Polypeptidkedjor utan den prostetiska grupp som är nödvändig för att bilda ett aktivt holoprotein.Protein MultimerizationMjukvarudesign: Utformning av specifikationer och instruktioner för datorprogram.LäkemedelshållbarhetDatabaser: Strukturerade samlingar av dokument, med standardiserade format och innehåll, som lagras i någon maskinläsbar form.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Amider: Organiska föreningar med en -CO-NH2-radikal. Amider erhålls från syror genom ersättning av -OH med -NH2 och från ammoniak genom ersättning av H med en acylgrupp.Fourieranalys: Den matematiska teorin (Jean-Baptiste-Joseph Fourier, 1807) för Fourierserier och Fourierintegraler för reell- eller komplexvärda funktioner av en eller flera reella variabler. Grundläggande för teorin är att sådana funktioner under allmänna förutsättningar kan byggas upp av sinus- och cosinusfunktioner (enkla svängningar) (Källa: Nationalencyklopedin 2003-09-04). Den har många tillämpningsområden inom biomedicin, t ex vid röntgenkristallografisk analys av DNA-spiralen och andra molekyler, inkl viruspartiklar, och för den modifierade projektionsalgoritm som allmänt används för framställning av datortomografibilder.Mjukvarutester: Verifiering av mjukvara för överensstämmelse med en standard.Rörlighet: Fysisk rörlighet, dvs en kropps eller ett föremåls lägesändring till följd av en yttre kraft. Begreppet skall skiljas från "rörelse" (kroppsrörelse), en process som beror på biologisk aktivitet.Joner: En atom eller atomgrupp som har en positiv eller negativ elektrisk laddning, till följd av upptag (negativ laddning) eller förlust (positiv laddning) av en eller fler elektroner. Atomer med positiv laddning kallas katjoner; de med negativ laddning kallas anjoner.PunktmutationVarm temperatur: En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.MultiproteinkomplexTriosfosfatisomerasBiokemi: Den gren av kemin som omfattar kemiska processer och däri ingående ämnen hos levande organismer.Databaser, genetiska: Speciella databaser för fakta om gener och genprodukter.EnergiöverföringPyrococcus furiosusSubstratspecificitetMetalloproteiner: Proteiner som har en eller fler hårt bundna metalljoner i sin struktur.ProtonerModeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurExoner: De delar av en genetisk kopia som återstår sedan intronerna avlägsnats och som sammanflätas till budbärare eller strukturellt RNA.Spektralanalys, RamanLipidlager, dubbla: Lipidlager med en tjocklek av två molekyler. Dubbellagersystem används ofta som modeller för biologiska membran.National Institute of General Medical Sciences (U.S.)Visning av data: Den visuella presentationen av data i ett människa-maskinsystem, såsom visning av data från en dator på en bildskärm av t ex katodstråletyp.Histidin: En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.Kväveisotoper: Stabila kväveatomer med samma atomnummer som grundämnet kväve, men annan atomvikt. N-15 är en stabil kväveisotop.UbikvitinLöslighetKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Tungt väte: Deuterium är en stabil väteisotop med kemiskt tecken 2H eller D. Atomen har en proton och en neutron i kärnan och är sålunda ungefär två gånger så tung som väteatomen.TrypsinMultigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.Databaser, nukleinsyror: Specialdatabaser med information om nukleinsyror, såsom bassekvenser, SNPS (nukleotidpolymorfism), nukleinsyrakonformation och andra egenskaper. Information om DNA-fragment i gen- eller genombibliotek samlas oftast i DNA-databaser.Genuppsättning: En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNASpektrofotometriMiceller: Partiklar bestående av molekylaggregat som hålls löst samman av sekundära bindningar. Ytan på miceller består vanligen av amfifatiska föreningar, så orienterade att de minimerar energiutbytet mellan micellen och dess omgivning. Vätskor som innehåller stora mängder suspenderade miceller kallas emulsioner.Missensmutation: En mutation där ett kodon muterats så att det kodar för upptagande av en främmande aminosyra. Utbytet kan resultera i en inaktiv eller instabil produkt.Glykosylering: Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.Vridning, mekaniskLaktalbumin: Näringsrikt protein i mjölkvassla.Protein-fotavtryckMutantproteinerDNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.PeptidbibliotekOxidation-reduktionKodon: En uppsättning av tre nukleotider i en proteinkodningssekvens som anger de enskilda aminosyrorna eller en termineringssignal (terminatorkodon). De flesta kodon är universella, men vissa organismer producerar inte transfer-RNA, som utgör komplement till alla kodon. Sådana kodon kallas obestämda (nonsenskodon).Elektronspinnresonansspektrografi: En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.Metaller: Elektropositiva grundämnen som kännetecknas av böjlighet, smidbarhet, glans och värmelednings- och elektrisk ledningsförmåga. De kan ersätta vätejonen i syror och bilda baser med hydroxylradikaler.Proteinmodifiering, posttranslationellMolecular Docking SimulationSannolikhetModeller, strukturella: Modeller, oftast i liten skala, som visar struktur, konstruktion eller utseende hos något.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Alloster reglering: En aktivators eller hämmares inverkan på t ex ett enzyms aktivitet genom att binda till annan plats på enzymet än dess aktiva centrum.NeutronerAspartataminotransferas, mitokondriell: Ett aspartataminotransferas som återfinns i mitokondrierna.Matematisk analys, datorstödd: Datorstödd tolkning och analys av olika matematiska funktioner, relaterade till en bestämd problemställning.Hem: Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.UrinämneMakromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.Rengöringsmedel: Medel för kemisk rengöring, vanligtvis bestående av långkedjade alifatiska baser eller syror, vilka utövar sina rengörande (fettlösande) och antimikrobiella effekter genom ytverkan som hänger samman med medlens såväl hydrofila som hydrofoba egenskaper. Syn. detergentia.Variation (Genetics)VäxtproteinerAsparagin: En icke-essentiell aminosyra som ingår i protein, och som förekommer i bl a sparris; därav namnet.