Position-Specific Scoring Matrices (PSSMs) är inom bioinformatik en typ av matris som används för att beskriva och jämföra protein- eller DNA-sekvenser. Varje rad i matrisen representerar en position i sekvensen, och varje kolumn representerar en specifik aminosyra eller nukleotid.

Protein-sekvensanalys är en metod inom bioinformatik och proteomik som innebär att bestämma, jämföra och analysera sekvenser av aminosyror i proteinmolekyler, för att fastställa deras struktur, funktion, evolutionärt ursprung och relaterade egenskaper.

Nätverksliknande ämne i det extracellulära utrymmet och i förbindelse med cellytans basalmembran. Det främjar cellförökningen och erbjuder en stödstruktur för celler och lysat i odlingsskålar.

En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.

Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.

Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser.

Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.

I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.

Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

Support Vector Machines (SVM) is a type of supervised machine learning algorithm used for classification or regression analysis, based on the concept of finding the optimal hyperplane that separates data points into different classes with the largest margin possible, making it particularly effective in high dimensional spaces and when dealing with datasets that are not linearly separable.

De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Ett löst samordnat, världsomfattande datornätverk. De nätverk som utgör Internet är sammankopplade via ett flertal stamnätverk. Internet har sitt ursprung i det amerikanska statliga ARPAnet-projektet, som utvecklades för att underlätta informationsutbyte.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.

Makromolekylära organiska föreningar som innehåller kol, väte, syre, kväve och, vanligtvis, svavel. Dessa makromolekyler (proteiner) bildar ett invecklat nätverk, i vilket celler bäddas in och bygger upp vävnader. Variationer makromolekylerna emellan och deras ordning avgör typ av extracellulär matrix, där varje typ anpassas till vävnadens funktionella krav. De två huvudklasserna av makromolekyler är glykosaminoglykaner, som oftast är kopplade till proteiner (proteoglykaner), och fibrösa proteiner (t ex kollagen, elastin, fibronektiner och laminin).

Ett utsöndrat endopeptidas som är homologt med interstitiellt kollagenas, men med en extra, fibronektinliknande domän. EC 3.4.24.24.

En familj zinkberoende metalloendopeptidaser som medverkar till nedbrytningen av komponenter i den extracellulära matrisen. EC 3.4.24.-.

Statistiska framställningar eller analyser som, när de tillämpas på data och visar sig passa, kan utnyttjas för att bekräfta de antaganden och parametrar som används i analysen. Exempel på statistiska modeller är den linjära, den binomiala, den polynomiala, dubbelparametermodellen osv.

Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.

"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.

Datorbaserade system utvecklade för att utföra processer som normalt är förknippade med mänsklig intelligens, som t ex språkförståelse, inlärning, argumentering, problemlösning osv.

Det grundläggande, strukturella ramverk i cellkärnan som står för många av cellkärnans arkitektoniska drag, inklusive kärnhinnan med kärnporerna, kärnkroppar, samt en utbredd, fibrig och kornig struktur i kärnans inre.

En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.

Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.

Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.

En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).

Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.

Ett släkte små, tvåvingade flugor (bananfluga, fruktfluga) med ungefär 900 kända arter. Inga andra arter av organismer är så väl undersökta i genetiskt och cellbiologiskt hänseende som dessa.

I can provide a medical definition for "benmatrix" in one sentence:

Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.

Utvecklingen av anatomiska strukturer i formandet av en- eller flercelliga organismer. Morfogenesen leder till formförändringar av en del av, delar av eller hela organismen.

A user-computer interface, also known as human-computer interaction or user interface, refers to the space where humans and computers interact, including both hardware and software components. This interface is designed to allow users to effectively and efficiently communicate with the computer system to accomplish tasks by inputting commands and receiving output in a intuitive and understandable manner.

Ett av metalloproteinasenzymerna, som i huvudsak är ansvarigt för klyvning av fibrillärt kollagen. Det kan bryta ned interstitiella kollagener av typ I, II och III. EC 3.4.24.7.

Matrix metalloproteinase inhibitors (MMPIs) are a class of pharmaceutical compounds that work to reduce the activity of matrix metalloproteinases (MMPs), which are a family of enzymes involved in breaking down the extracellular matrix (ECM) in the body. MMPs play important roles in various physiological processes, such as tissue remodeling and wound healing, but when they become overactive, they can contribute to the development of various diseases, including cancer, arthritis, and cardiovascular disease. MMPIs are designed to block the activity of these enzymes, thereby slowing or preventing the progression of these diseases.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.

Speciella databaser för fakta om gener och genprodukter.

Ett extracellulärt endopeptidas (MMP-3; stromelysin 1; proteoglykanas) i däggdjursvävnader som liknar matrismetalloproteinas 1. Det bryter ned proteoglykan, fibronektin, kollagen typ III, IV, V och IX, och aktiverar prokollagenas. EC 3.4.24.17.

"Reproducibility of results" refererer til evnen til at gentage en eksperimentel eller observationel fremgangsmåde under lignende forsøgsbetingelser og få sammenlignelige eller ens resultater, støttende påstanden om en given hypotese eller effekt i medicinsk forskning.

Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.

I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

En flugart som används mycket i genetisk forskning pga sina stora kromosomer.

Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.

I en enkel mening kan "nukleinsyrakonfiguration" referera till den specifika rymden eller position som en nukleotid eller ett baspar tar upp i en nukleinsyra, såsom DNA eller RNA. Detta inkluderar vilken sida av strängen varje nukleotid befinner sig på, och i vilket läge de är rotade. I DNA utgörs konfigurationen ofta av en dubbelhelix med antiparallella strängar, där varje baspar består av en adenin (A) som parar sig med en timin (T), och en guanin (G) som parar sig med en cytosin (C). I RNA är konfigurationen ofta en enkelsträngad helix, där uracil (U) ersätter timin (T) som basparningspartner till adenin (A).

De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under en organisms utvecklingsstadier.

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.

Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.

I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

"Sensitivitet och specificitet är två viktiga begrepp inom diagnostisk medicin, där sensitivitet definieras som sannolikheten för ett positivt testresultat bland de individer som har sjukdomen, medan specificitet definieras som sannolikheten för ett negativt testresultat bland de individer som inte har sjukdomen."

Ett transmembranöst, domänbärande matrismetalloproteinas (MMP-14; MTMMP-1). Det syntetiseras som en inaktiv zymogen, som aktiveras genom inverkan av proproteinkonvertaser som t ex furin. MMP-14 spelar en direkt roll vid klyvning av proteiner i det pericellulära grannskapet. Dessutom kan det verka indirekt genom att enzymatiskt aktivera proproteinformen av MMP-15. EC 3.4.24.80.

Den minsta medlemmen bland matrismetalloproteinaserna. Den har betydelse för förloppet vid tumörutveckling. Andra benämningar är MMP-7; matrilysin; uterint metalloendopeptidas. EC 3.4.24.23.

Ett utsöndrat matrismetalloproteinas (kollagenas 3; MMP-13) som spelar en fysiologisk roll vid nedbrytning av extracellulär matris i skelettvävnad. Det syntetiseras som en inaktiv prekursor, som aktiveras genom proteolytisk klyvning av dess N-terminalpropeptid. EC?

'Saccharomyces cerevisiae' är en art av jästsvamp som tillhör kungariket svampar, och är vanligt förekommande i naturen på frukt, grönsaker och jord. Den är en enkelcellig eukaryot organism med en diameter på omkring 5-10 Mikrometer.

Ett polypeptidämne som innehåller ungefär en tredjedel av allt protein i ett däggdjur. Det utgör huvudbeståndsdelen av hud och bindväv, och den organiska delen av ben- och tandsubstans. Olika former av kollagen produceras i kroppen, men alla består av tre alfapolypeptidkedjor ordnade i en trippelspiral. Kollagen skiljer sig från andra fibrösa proteiner, som t ex elastin, genom sitt innehåll av prolin, hydroxiprolin och hydroxilysin, avsaknad av tryptofan, samt särskilt genom sitt höga innehåll av polargrupper, ansvariga för proteinets svällande egenskaper.

Glykoproteiner som finns på cellytor, särskilt i fibrillära strukturer. Proteinerna går förlorade eller reduceras när cellerna påverkas av virus eller kemiska ämnen. De är mycket känsliga för proteolys och utgör substrat för aktiverad koagulationsfaktor VIII. De former som förekommer i plasma kallas köldolösliga globuliner.

Matrismetalloproteinaser som är bundna till cellmembranet, antingen via transmembrandomäner eller via glykosylfosfatidylinositolförankringar. Matrismetalloproteinaser av membrantyp kan utöva sin verkan i den pericellulära omgivningen genom att påverka cellmigrationsförloppet. EC 3.4.24.

Ett utsöndrat matrixmetalloproteinas (metalloelastas; makrofagelastas; MMP-12) som produceras i höga halter av makrofager och kan ha betydelse i samband med inflammation och sårläkning. EC 3.4.24.65.

Endopeptidaser som har en metall som zink som katalytisk komponent.

Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.

TIMP-1, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 1, är ett protein som hämmer ned verksamheten hos en grupp enzymer som kallas metalloproteinaser (MMP). Dessa enzymer bryter ner extracellulär matrix, och TIMP-1 hjälper till att reglera deras aktivitet för att underlätta homeostas i kroppen. TIMP-1 har också visat sig ha anti-inflammatoriska och cellcytoprotektiva egenskaper.

En underordnad klass matrismetalloproteinaser som utsöndras i den pericellulära omgivningen.

"Viral matrix proteins" refer to a class of structural proteins found in the viral particle, or capsid, of many viruses. These proteins are typically located just inside the viral envelope and provide support and stability to the virion. They also play important roles in the virus's replication cycle, such as assisting in the assembly of new virions and interacting with host cell components during infection. The matrix protein can vary in structure and function depending on the type of virus, but generally, they are considered crucial for the viral life cycle.

TIMP står för Tissue Inhibitor of Metalloproteinases, som är en grupp av proteinaser som reglerar nedbrytningen av extracellulär matrix (ECM) i kroppen. De hämmar metallproteinaser, en typ av enzymer som bryter ner proteiner i ECM, och hjälper till att kontrollera balansen mellan nedbrytning och uppbyggnad av ECM. TIMPs har också visat sig ha andra funktioner, såsom cellcykellreglering och signaltransduktion.

Enzymer som katalyserar nedbrytningen av kollagen genom verkan på peptidbindningarna. EC 3.4.24.-.

TIMP-2, eller Tissue Inhibitor of Metalloproteinases 2, är ett protein som reglerar metallproteinaser, en typ av enzymer som bryter ner extracellulär matrix. TIMP-2 hjälper till att balansera nedbrytningen och återbildningen av extracellulär matrix i kroppen. Det har också visat sig ha en roll i celldelning och apoptos, eller programmerad celldöd.

Stort, icke-kollagent glykoprotein med antigena egenskaper. Proteinet finns i basalmembranets ljusa hinna och binder epitelceller till basalmembranet. Iakttagelser gör gällande att proteinet spelar en roll vid tumörinvasion.

Proteoglykaner är glykoproteiner som består av en protein-kärna kovalent bundet till en eller flera långa, repeaterande disackaridkedjor, vanligen bestående av sockerarten glukosamin och galaktosamin. Dessa disackarider är ofta sulfaterade i olika mönster, vilket ger proteoglykanerna deras negativa laddning och vattenbindande kapacitet. Proteoglykaner utgör en viktig komponent i extracellulär matrisen (ECM) där de spelar roll för struktur, mekanisk buffring och signaltransduktion. De kan också vara involverade i cell-cell-kommunikation och bindning av tillväxtfaktorer och cytokiner. Proteoglykanernas specifika struktur och funktion varierar mellan olika typer och kan ha stor betydelse för hälsa och sjukdom, exempelvis vid artros och cancer.

Bindvävsceller som utsöndrar en extracellulär massa rik på kollagen och andra makromolekyler.

En grupp enzymer som katalyserar nedbrytningen av gelatin genom verkan på peptidbindningarna. EC 3.4.24.-.

Ett matrixmetalloproteinas (stromelysin 2; MMP-10) som utsöndras och som kan spela en roll vid matrisnedbrytning i samband med sårläkning. Det produceras i höga halter av keratinocyter, vilket antyder att det har betydelse för keratinocytvandring. EC 3.4.24.22.

Cartilage Oligomeric Matrix Protein (COMP) är ett protein som förekommer naturligt i brosk, senor och andra stödjevävnader i kroppen. Det är en viktig del av den extracellulära matrisen, vilket är ett nätverk av proteiner och kolhydrater som ger struktur och stöd till celler.

Cellers förflyttning från en plats till en annan.

Den vanligaste formen av trådigt kollagen. Det är den huvudsakliga beståndsdelen av ben- och hudvävnad och utgörs av en heterotrimer av två alfa1(I)-kedjor och en alfa2(I)-kedja.

En typ av bindväv utan kärl, bestående av kondrocyter (broskceller)i en grundsubstans av typ 2-kollagen och kondroitinsulfat. Det finns tre typer av broskvävnad: hyalint brosk, fibröst brosk och elastiskt (gult) brosk.