OxygenaserHydroxylaser: En stor grupp enzymer som förmedlar oxidations-reduktionsreaktioner där en atom i en syremolekyl binds till det organiska substratet. Den reducerade syreatomen binds med väte och bildar vatten. Enzymerna kallas även monooxygenaser. Dessa reaktioner fordrar två substrat som reduktanter för var och en av de båda syreatomerna. Det finns olika klasser av enzymerna beroende på vilken typ av väteavgivande kosubstrat (koenzymer) som krävs för blandfunktionsoxidationen. EC 1.4 - 1.97.Hemoxygenas: Ett flerfunktionsenzym av oxidastyp som vid hemoglobinkatabolism katalyserar nedbrytningen av hem till tvåvärt järn, kolmonoxid och biliverdin i närvaro av molekylärt syre och reducerat NADPH. Enzyminduktionen utöses av metaller, i synnerhet kobolt. EC 1.14.99.3.Ketoglutarsyra: En familj av föreningar som innehåller en oxo-grupp, med generell struktur som 1,5-glutarsyra.Dioxygenaser: Icke hembärande, järnhaltiga enzymer som tillför substratet två syreatomer. Enzymerna är viktiga för biosyntesen av flavonoider, gibberelliner och hyoscyamin, samt för nedbrytningen av aromatiska kolväten. EC 1.14.12.-.Biliverdin: 1,3,6,7-tetrametyl-4,5-dikarboxietyl-2,8-divinylbilenon. Uppstår genom biosyntes ur hemoglobin som en prekursor till bilirubin och förekommer i galla hos kräldjur och fåglar, men normalt inte i galla eller serum hos människa.Icke-hemjärnproteinerEmericellaHem: Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.Corynebacterium diphtheriae: En art grampositiva, icke-sporbildande bakterier med tre erkända odlingstyper. Dessa typer (gravis, intermedius och mitis) fastställdes ursprungligen utifrån den kliniska svårighetsgrad som sågs hos de patienter som de olika stammarna oftast isolerades från. Arten ger upphov till difteri.beta-karoten-15,15'-monooxygenasHydroxylering: Koppling av en hydroxylgrupp till en förening i en position där den inte tidigare funnits.Järn: Ett i jordskorpan allmänt utbrett metalliskt grundämne. Kemiskt tecken är Fe, atomnummer 26 och atomvikt 55,85. Järn är en väsentlig beståndsdel i hemoglobin, cytokrom och andra komponenter i respiratoriska enzymsystem. Dess främsta funktioner är att transportera syre till vävnader (hemoglobin) och att ingå i cellulära oxidationsförlopp. Uttömning av järnförråden kan leda till järnbristanemi. Järn används för att återuppbygga blodet vid anemi.Oxidoreduktaser, O-demetyleringKolmonoxid: En giftig, färglös, luktfri och smaklös gas. Den tas upp av hemoglobin, varvid bildas karboxyhemoglobin, som saknar förmåga att binda syre. Den uppkomna syrebristen leder till huvudvärk, yrsel, sjunkande puls och andningsfrekvens, medvetslöshet och död. Syn. koloxid.RhodococcusPseudomonas putidaKatekoler: En grupp 1,2-bensendioler omfattande den generella formeln R-C6H5O2.Biologisk nedbrytning: En kedja av processer genom vilka levande organismer bryter ned miljöföroreningar, organiskt avfall, bekämpningsmedel samt implanterade material.ProkollagenprolindioxygenasHemoxygenas-1Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Bensoater: Salter och estrar av bensoesyra med antibakteriella och svampdödande egenskaper. De används som konserveringsmedel i farmaceutiska preparat, kosmetika och livsmedel.PseudomonasKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.SyrgasRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Hemin: Hematinklorid, C34H30ClFeN4O4.2HOxidation-reduktionAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.StreptomycesMolekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.OxidoreduktaserSubstratspecificitetModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Multigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.StereoisomerismKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.Modeller, kemiska: Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.Sekvenshomologi, aminosyraCytokrom P-450: En stor grupp isoenzymer (hemproteiner) som utgör nyckelkomponenter i det flerfunktionsoxidassystem som dels ansvarar för biosyntesen av steroider, fettsyror och gallsyror, dels bioomvandlingen av många främmande föreningar till mutagena och cancerframkallande ämnen. De flesta däggdjur har ett flertal avlägset besläktade fenobarbitalinducerbara genunderfamiljer. De indelas efter sina sekvensöverensstämmelser snarare än efter sina funktioner i CYP-genfamiljer (>40% homologi) och underfamiljer (>59% homologi). CYP1-, CYP2- och CYP3-genfamiljerna står för större delen av läkemedelsmetabolismen. EC 1.13.-.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Fylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.SekvensinpassningKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Proteinstruktur, tertiärHögtrycksvätskekromatografi: Vätskekromatografimetoder som har högt ingångstryck, hög känslighet och hög hastighet.Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.ProteinkonfigurationProteinbindning