Molecular Dynamics SimulationDatorsimulering: Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.VattenVätebindning: En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.TermodynamikProteinkonfigurationMolekylkonfiguration: Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.Modeller, kemiska: Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Proteinstruktur, sekundärElectrostaticsRörlighet: Fysisk rörlighet, dvs en kropps eller ett föremåls lägesändring till följd av en yttre kraft. Begreppet skall skiljas från "rörelse" (kroppsrörelse), en process som beror på biologisk aktivitet.Lipidlager, dubbla: Lipidlager med en tjocklek av två molekyler. Dubbellagersystem används ofta som modeller för biologiska membran.LösningsmedelBiofysikProteinstruktur, tertiärBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Röntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Hydrophobic and Hydrophilic InteractionsProteinbindningProteinveckningBiofysiska fenomenLösningarNukleär magnetisk resonans, biomolekularDimyristoylfosfatidylkolin: En syntetisk fosfolipid som används i liposomer och lipidskikt för studier av biologiska membran.1,2-dipalmitoylfosfatidylkolin: Syntetisk fosfolipid som används i liposomer och lipidlager för att studera biologiska membran. Den är också en huvudbeståndsdel i lungytaktiva substanser.Aminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Kvantteori: Teori om att strålning och absorption av energi sker i bestämda mängder som kallas kvanta (E), vilka varierar i storlek och definieras av ekvationen E=hv, där h är Plancks konstant och v strålningens frekvens.Entropi: Termodynamisk tillståndsfunktion (beroende enbart av tryck och tremperatur) av grundläggande betydelse inom fysik och kemi, och ett mått på den värmeenergi i ett system som inte omsätts i arbete. I alla spontana och irreversibla, naturliga värmeflödesprocesser ökar entropin.Molecular Docking SimulationMagnetisk resonansspektroskopi: Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.NukleinsyrakonfigurationLigander: Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.Joner: En atom eller atomgrupp som har en positiv eller negativ elektrisk laddning, till följd av upptag (negativ laddning) eller förlust (positiv laddning) av en eller fler elektroner. Atomer med positiv laddning kallas katjoner; de med negativ laddning kallas anjoner.Membranfluiditet: Fosfolipidmolekylers rörelse i lipiddubbellagret, beroende på fosfolipidklass, deras fettsyrasammansättning och acylkedjornas omättnadsgrad, kolesterolkoncentration och temperatur.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.PeptiderTemperaturProteinstabilitetMolekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Protein UnfoldingProteinerProtein MultimerizationAlameticin: Ett cykliskt nonadekapeptidantibiotikum som kan verka som jonofor och som produceras av stammar av Trichoderma viride.Algoritmer: En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.Diffusion: Gasers eller lösningars förmåga att utbreda sig från ett område med högre tryck eller koncentration till områden med lägre tryck eller koncentration. Diffusion är en viktig mekanism i samband med biologisk transport.Kinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.PorositetProtonerMjukvara: Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.Fosfatidylkoliner: Derivat av fosfatidylsyror där fosforsyran har esterbindning till en kolindel. Fullständig hydrolys ger 1 mol glycerol, fosforsyra och kolin, och 2 mol fettsyror.Proteinstruktur, kvartärKristallografi: Den vetenskapsgren som ägnar sig åt den geometriska beskrivningen av kristaller och deras inre struktur.Basparsbildning: Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Modeller, biologiska: Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djurFasomvändningGramicidin: En grupp peptidantibiotika från Bacillus brevis. Gramicidin C eller S är en polypeptid av tio aminosyror, och gramicidin A,B och D är linjära. Gramicidin är en av två huvudkomponenter i tyrotricin, som används lokalt mot grampositiva organismer. Det har toxisk verkan på blod, lever, njurar, hjärnhinnor och luktapparaten.DNA, B-FormProteindenaturationYtegenskaperStruktur-aktivitet-relationDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).TidsfaktorerMyoglobinDimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Monte Carlo-metod: En statistisk metod för approximativ lösning av ett matematiskt problem genom att studera fördelningen av någon slumpmässig variabel, ofta datorgenererad. Namnet anspelar på den slumpmässighet som är typisk för de hasardspel som utövas på Monte Carlos kasinon.Modeller, statistiska: Statistiska framställningar eller analyser som, när de tillämpas på data och visar sig passa, kan utnyttjas för att bekräfta de antaganden och parametrar som används i analysen. Exempel på statistiska modeller är den linjära, den binomiala, den polynomiala, dubbelparametermodellen osv.Mekanik: En gren av fysiken som är inriktad på materiella kroppars rörelser, och som omfattar bl a kinematik, dynamik och statik. När mekanikens lagar tillämpas på levande strukturer, som t ex rörelseapparaten, talar man om biomekanik.Modeller, teoretiska: Teoretiska framställningar som efterliknar hur system, processer eller fenomen uppför sig eller verkar. De kan omfatta bruk av matematiska beräkningar, datorer och andra elektroniska hjälpmedel.EnergiöverföringNeutrondiffraktionBöjlighetStructural Homology, ProteinAminosyrasubstitution: Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.Membran, konstgjorda: Konstgjorda membran, som t ex halvgenomsläppliga membran för artificiell njurdialys, enkelmolekylskiktade och dubbelmolekylskiktade membran som används som modeller för simulering av biologiska cellmembran. Sådana membran används även i samband med styrd vävnadsläkning.NanoporesKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Bioinformatik: Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser. MutantproteinerPrincipiell komponentanalysOktanerBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Elasticitet: Ett materials egenskap att kunna återta sin ursprungliga form efter distortion.Kv1.2-kaliumkanal: En långsamt verkande undertyp av shaker-kaliumkanaler som blockeras selektivt av en rad olika skorpiongifter.BiokatalysSalterJonkanaler: Reglerade, jonselektiva glykoproteiner som förflyttar sig genom membran. Den jonkanalstyrande stimuleringen kan utgöras av membranpotentialen, läkemedel, cytoplasmatiskt signalämne eller mekanisk belastning. Jonkanaler som utgör inbyggda delar av jonotropa neurotransmitterreceptorer räknas inte hit.SubstratspecificitetProtein Interaction Domains and MotifsCellmembran: Det fett- och proteinhaltiga, och selektivt genomsläppliga, membran som omger cytoplasman i prokaryota och eukaryota celler. Hos de flesta typer av mikrobiella celler gränsar den utåt till cellväggen.Mekanisk påfrestning: Ett rent fysikaliskt tillstånd hos ett material som utsätts för deformerande yttre krafter eller ojämn termisk utvidgning. Den mekaniska stressen uttrycks kvantitativt i kraft per ytenhet.Hexaner: Mättad kolvätegrupp i metanserien med sex kol. Hit hör också isomerer och derivat. Diverse nervsjukdomar orsakas av hexanförgiftning.TryptofanJonkanalstyrningAtomkraftmikroskopi: En typ av svepmikrosond där en sond systematiskt åker över ytan på ett preparat i ett rastermönster. Den verikala rörelsen registreras då en fjäder på sonden stiger och faller med toppar och gropar på ytan. Dessa utslag ger upphov till en topografisk bild av preparatet.RotationAmyloid: Benämning på flera, sinsemellan strukturellt likartade och extracellulärt ansamlade proteiner i form av 7-10 nm långa fibriller. De återfinns i olika vävnader och färgas av kongorött och tioflavin.RöntgendiffraktionElektroner: Stabila elementarpartiklar med den minsta, kända negativa laddningen. Elektroner ingår i alla grundämnen. De kallas även negatroner. Positivt laddade elektroner kallas positroner. Elektronernas antal, energinivå och placering runt atomkärnor avgör grundämnens kemiska identitet. Strålflöden av elektroner kallas katodstrålar eller betastrålar, en högenergistrålning som uppstår vid kärnsönderfall.Melitten: En polypeptid som utgör basen i honungsbiets (Apis mellifera) gift. Den innehåller 26 aminosyror, har cellösande egenskaper, orsakar muskelsammandragning, frisätter histamin och bryter ytspänningar, möjligen till följd av upplösning av cell- och mitokondriemembran.Aminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.TryckCirkulär dikroism: En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Miceller: Partiklar bestående av molekylaggregat som hålls löst samman av sekundära bindningar. Ytan på miceller består vanligen av amfifatiska föreningar, så orienterade att de minimerar energiutbytet mellan micellen och dess omgivning. Vätskor som innehåller stora mängder suspenderade miceller kallas emulsioner.Kristallisering: Bildande av kristallina ämnen ur lösningar eller smältor.MuramidasMakromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.Alanin: En icke-essentiell aminosyra, alfaaminopropansyra, som finns i proteiner. Kan förekomma fritt i höga halter i plasma. NanostrukturerNeutronerVäte: Det första grundämnet i det periodiska systemet. Väte har kemiskt tecken H (Hydrogen), atomnummer 1 och atomvikt 1. Det förekommer normalt i form av en färglös, luktfri och smaklös gas, vätgas, med formeln H2. Vätejoner är protoner. Förutom den vanliga isotopen H1 finns den stabila isotopen deuterium (D) och den instabila radioisotopen tritium (T).Enzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.Alloster reglering: En aktivators eller hämmares inverkan på t ex ett enzyms aktivitet genom att binda till annan plats på enzymet än dess aktiva centrum.Apoproteiner: Polypeptidkedjor utan den prostetiska grupp som är nödvändig för att bilda ett aktivt holoprotein.Infrarödspektrofotometri: Spektrofotometri i det infraröda området, oftast för kemisk analys genom mätning av absorptionsspektra baserade på molekylers rotations- eller vibrationsenerginivåer.Protein-underenheterHydrodynamicsLäkemedelsdesign: Den molekylära utformningen av läkemedel för specifika ändamål (såsom DNA-bindning, enzymhämning, verkan mot tumörer osv), baserad på kännedom om molekylära egenskaper, som t ex funktionella gruppers aktivitet, molekylgeometri, elektronstruktur och information om analoga molekyler. Läkemedelsdesign bygger på datorstödd molekylär modelleringsteknik och omfattar inte farmakokinetik, dosanalys eller analys av läkemedelsadministrering.Scattering, Small AngleKalorimetri: Mätning av värmeenergimängden i olika processer, som t ex kemiska reaktioner, tillståndsövergångar, när lösningar bildas, och vid bestämning av ämnens värmekapacitet. Måtenheter är joule (J) eller kalori (cal; 4,184 J).Escherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Allosterplats: En specific plats, annan än substratbindningsplatsen, på ett enzym eller annat protein, som, när den binds till någon effektor, ger upphov till konformationsförändringar och ändrade katalytiska eller bindningsegenskaper hos proteinet.Kolhydratkonfiguration: Den typiska, tredimensionella formen hos kolhydrater.Sekvenshomologi, aminosyraAminosyror: Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.PeptidfragmentVätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Amyloid beta-PeptidesTrHbKamfer-5-monooxygenas: Ett monooxygenas-hemtiolat (cytokrom P-450) med kamfer bundet till den aktiva platsen. Det verkar som slutmonooxygenas i d-kamfer-monooxygenassystemet, i, och katalysen sker i närvaro av putidaredoxin, putidaredoxinreduktas och molekylärt syre. Enzymet kodas av CAMC-genen och kallas även CYP101. Under anaeroba förhållanden reducerar detta enzym de polyhalogenerade föreningar som bundits till kamferbindningsstället. Det är dessutom det enda cytokrom P-450-enzymet med känd kristallstruktur. Det har kristalliserats ur bakterier. EC 1.14.15.1.KaskelotMembranlipider: Lipider, huvudsakligen fosfolipider, kolesterol och små mängder glykolipider som finns i membran, inkl. cellmembran och intracellulära membran. Lipiderna kan förekomma som dubbellager i membranen, med inneslutna proteiner mellan lagren och yttre proteiner på membranets utsida. Membranlipider är nödvändiga för aktiv transport, ett flertal enzymatiska aktiviteter och membranbildning.MultiproteinkomplexNukleotiderYtspänningPankreatisk ribonukleasValarFosfolipider: Lipider med en eller flera fosfatgrupper, särskilt sådana som kommer av glycerol (glycerofosfolipider) eller sfingosin (sfingolipider). De är pollipider av stor betydelse för cellmembraners struktur och funktion och är de rikligast förekommande membranlipiderna, även om de inte finns lagrade i större mängd.Fullerener: En polyedrisk kolstruktur, bestående av 60-80 kolatomer i pentagon- och hexagonkonfiguration. De har uppkallats efter Richard Buckminster Fuller, pga likheten med hans geodetiska dom. Fullerener kan framställas vid hög temperatur (t ex i bågljus) i ädelgas.Hem: Det färggivande ämnet i hemoglobin. Det förekommer fritt i kroppsvävnader och som prostetisk grupp i många hemproteiner.Stokastiska processerKol: Ett icke-metalliskt grundämne med kemiskt tecken C, atomnummer 6 och atomvikt 12,011. Kol kan förekomma i olika allotropa former, som t ex diamant, kol och grafit.Kemi, fysikaliskStereoisomerismElektrokemi: Läran om kemiska förändringar till följd av elektrisk påverkan och elektrisk aktivitet till följd av kemiska förändringar.OligopeptiderConnectinGenomtränglighet: Egenskap hos membranösa och andra strukturer att släppa igenom ljus, värme, gaser, vätskor, metabolitmolekyler och mineraljoner.Aprotinin: En enkelkedjad polypeptid från bovin vävnad och bestående av 58 aminosyrarester. Den hämmar proteolytiska enzym som kymotrypsin, kallikrein, plasmin och trypsin, och används för behanding av blödninga r förenade med höga plasminhalter. Substansen används också vid risk för stora blodförluster i samband med öppen hjärtkirurgi.SekvensinpassningNanoteknologiNanotuber, karbonHistidin: En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.NatriumMembranproteiner: Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.Katjoner: Positivt laddade atomer, radikaler eller atomgrupper som vandrar mot katoden eller den negativa polen vid elektrolys.Biomechanical PhenomenaBakteriorodopsiner: Rodopsinproteiner i purpurmembranet hos Halobacterium halobium och andra halofila bakterier. Bakteriorodopsiner fungerar som energiomvandlare, idet de konverterar ljusenergi till elektrokemisk energi via protonpumpar.Fysiska processerG-kvadruplerFTIRBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Protein RefoldingDatabaser, protein: Specialdatabaser med information om proteiner, som t ex aminosyrasekvenser, proteinkonformation och andra egenskaper.FosfortriesterhydrolaserKroppsrörelseFosfatidyletanolaminer: Derivat av fosfatidylsyror där fosforsyran har esterbindning till en etanolamindel. Fullständig hydrolys ger 1 mol glycerol, fosforsyra och etanolamin, och 2 mol fettsyror.Lysin: En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.Flytande kristallerSpin LabelsRetinaldehydAsparaginsyra: L-formen av en av de icke-essentiella aminosyrorna. Den finns i djur och växter, särskilt sockerrör och sockerbetor. Den kan verka som neurotransmittor.Ribosome Subunits, Large, ArchaealFosfatidylglyceroler: En grupp kvävefria lipider som finns i animala och, särskilt, i växtvävnader, och som består av 1 mol glycerol och 1 eller 2 mol fosfatidylsyra. Gruppens olika föreningar skiljer sig åt genom att olika fettsyror frigörs vid hydrolys.Isomeri: Förekomsten av strukturella skillnader hos vissa kemiska föreningar, fast föreningarna har samma elementära sammansättning.HIV-proteas: Ett HIV-enzym som efter translation är nödvändigt för klyning av gag- och gag/pol-prekursorpolyproteiner till funktionella beståndsdelar för virussammansättningen. HIV-proteas är ett asparginproteas som kodas från aminoänden av pol-genen. EC 3.4.23.16.Fluorescensspektrometri: Mätning av intensitet och kvalitet hos fluorescerande ljus.Streptomyces lividansVattenporiner: Membranproteiner som möjliggör vattentransport. De ingår i den grupp av membrankanalproteiner som inkluderar linsproteinet och bakteriella glycerolbärare.StrålningsspridningMekaniska processerTransition TemperatureSpektralanalysBefolkningsdynamikAdenin: En viktig purinbas. I djur- och växtceller förekommer det vanligen kondenserat med ribos eller deoxyribos i nukleosiderna adenosin och deoxyadenosin. Det är således en komponent i nukleinsyror, vissa nukleotider och många koenzymer. Det finns i bukspottkörteln och mjälten.Acetylkolinesteras: Ett enzym som katalyserar omvandlingen av acetylkolin och vatten till kolin och acetat. Det förekommer i den grå nervvävnaden, i röda blodkroppar och i musklernas motoriska ändplattor. Reaktionen bryt er ned acetylkolin som frigjorts vid de neurohumorala kopplingarna och tillåter därmed att impulsöverföreingen återupprättas. EC 3.1.1.7.Resultats reproducerbarhetKolmonoxid: En giftig, färglös, luktfri och smaklös gas. Den tas upp av hemoglobin, varvid bildas karboxyhemoglobin, som saknar förmåga att binda syre. Den uppkomna syrebristen leder till huvudvärk, yrsel, sjunkande puls och andningsfrekvens, medvetslöshet och död. Syn. koloxid.Arginin: En essentiell aminosyra som är fysiologiskt aktiv i L-formen. Den har haft diagnostisk användning som indikering på hypofysfunktion.RodopsinVibrationFetter: Ett samlingsnamn på fetter och fettämnen, beståndsdelar av protoplasman som är lösliga i alkohol/eter, men inte i vatten. De omfattar fetter, feta oljor, essentiella oljor, vaxer, fosfolipider, glykolipider, sulfolipider, aminolipider, kromolipider (lipokromer) och fettsyror.Asparagin: En icke-essentiell aminosyra som ingår i protein, och som förekommer i bl a sparris; därav namnet.Haloarcula marismortui: En art saltälskande arkéer som utmärker sig genom att producera syra från socker. Arten benämndes tidigare Halobacterium marismortui.RNATungt väte: Deuterium är en stabil väteisotop med kemiskt tecken 2H eller D. Atomen har en proton och en neutron i kärnan och är sålunda ungefär två gånger så tung som väteatomen.Träsprit: En färglös, brännbar vätska som används vid framställning av formaldehyd och ättiksyra, i kemiska synteser, som frostskyddsvätska och lösningsmedel. Förtäring av metanol ger förgiftning och kan orsaka blindhet.