Metabolic Flux Analysis (MFA) är en matematisk modellering och beräkningsmetod som används för att bestämma flödet av metaboliter genom ett cellulos eller mikroorganismerts metaboliska nätverk. MFA ger information om hastigheten för olika biokemiska reaktioner under specifika tillväxtförhållanden och kan användas för att undersöka hur celler reglerar sina metaboliska processer i respons på förändringar i tillgängliga näringsämnen, genetiska modifieringar eller andra störningar. Genom att kombinera MFA med data från genomik, transkriptomik och proteomik kan forskare få en mer omfattande förståelse för cellers metabolism och hur den kan påverkas av olika faktorer.

I en enkel medicinsk definition, är pentosfosfatbanan (PP-pathway) en biochemisk väg som innebär en serie enzymkatalyserade reaktioner inom cellen. Denna väg spelar en central roll i cellens energihushållning, särskilt under cellandningen (oxidativ metabolism), och är också involverad i syntesen av vissa biologiskt viktiga molekyler som ribose-5-fosfat, som används för att bygga upp DNA och RNA. PP-pathway hjälper också till att reglera nivåerna av oxidativ stress inom cellen genom att producera NADPH, en molekyl som deltar i antioxidativt försvar.

Komplexa samlingar av enzymreaktioner som är förenade med varandra genom sina produkt- och substratmetaboliter.

Ett icke-metalliskt grundämne med kemiskt tecken C, atomnummer 6 och atomvikt 12,011. Kol kan förekomma i olika allotropa former, som t ex diamant, kol och grafit.

En rad reaktioner som omfattar oxidation av en acetylgrupp med två kol till koldioxid och vatten i samband med bildande av högenergifosfatbindningar, med hjälp av trikarbonsyraintermediärer.

Stabila kolatomer med samma atomnummer som grundämnet kol, men med annan atomvikt. C-13 är en stabil kolisotop.

Metoder för märkning av ett ämne med en stabil eller radioaktiv isotop. Termen skall inte användas för artiklar om märkta ämnen om inte själva märkningsmetoderna omhandlas ingående. De spårsubstanser som kan vara föremål för märkning kan bestå av kemiska ämnen, celler eller mikroorganismer.

I vid bemärkelse den totala massan av allt levande; i mer specifik mening massan (i färskvikt eller torrvikt) av en viss organism eller växt inom ett bestämt geografiskt område eller avsedd för ett be stämt ändamål. Ett exempel på biomassa är s k energiskog, som odlas för energiändamål.

En art grampositiva, icke sporbildande och icke sjukdomsframkallande jordbakterier som producerar glutaminsyra.

De kemiska reaktioner som äger rum i celler, vävnader eller en organism. Dessa reaktionsförlopp omfattar både biosyntes (anabolism) och nedbrytning (katabolism) av organiska ämnen som brukas av den levande organismen.

Pyruvic acid, also known as 2-oxopropanoic acid, is a key intermediate in several metabolic pathways, including glycolysis and the citric acid cycle. It is a carboxylic acid with an alpha-keto group and has the chemical formula CH3COCOOH. Pyruvic acid plays a crucial role in energy production and can be converted into various other molecules, such as lactic acid or acetyl-CoA, depending on cellular needs and conditions.

Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur

Den process i vilken glukos kataboliseras till två pyrodruvsyramolekyler med bildande av ATP.

Druvsocker. En primär energikälla för levande organismer. Sockret förekommer naturligt i frukter och växter, och används terapeutiskt i vätska och för näringstillförsel.

En icke-essentiell aminosyra som finns i riklig mängd i kroppsvävnaderna och deltar i många ämnesomsättningsprocesser. Det syntetiseras från glutaminsyra och ammoniak och är den viktigaste kvävekällan i kroppen, och en viktig energikälla för många celler.

En mikroanalysteknik som kombinerar masspektrografi och gaskromatografi för såväl kvalitativ som kvantitativ bestämning av kemiska föreningar.

En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.

Datorbaserade, funktionella modeller av fysiska system och förlopp, som t ex kemiska processer.

En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.

The carbon cycle is a biogeochemical process describing the circulation of carbon throughout the Earth's systems, including the atmosphere, biosphere, hydrosphere, and geosphere. It involves the exchange of carbon between these reservoirs through various natural processes such as photosynthesis, respiration, decomposition, combustion, and weathering. This cycle is essential for maintaining the global carbon balance and supporting life on Earth.

Varje flytande eller fast preparat som är specifikt avsett för odling, lagring eller transport av mikroorganismer eller andra sorters celler. Olika typer av media, såsom differentierande substrat, selektiva substrat, testsubstrat och definierade substrat, tillåter odling av bestämda mikroorganismer och celltyper. Fasta medier erhålls genom tillsats av agar eller gelatin till flytande substrat.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.

Oxaloacetic acid is a key molecule in the Krebs cycle, also known as the citric acid cycle, which is a central metabolic pathway that generates energy through the oxidation of acetyl-CoA derived from carbohydrates, fats, and proteins. Oxaloacetic acid plays a crucial role as both a starting point and an intermediate in this cyclical process, where it helps to convert acetyl-CoA into carbon dioxide and high-energy molecules like ATP, NADH, and FADH2. Additionally, oxaloacetic acid serves as a critical component in the gluconeogenesis pathway, contributing to the synthesis of glucose in the liver during periods of fasting or low carbohydrate intake.

Utnyttjande och manipulation av ekonomiskt intressanta mikroorganismer i industriell skala, samt hantering och bekämpning av skadliga mikroorganismer.

Glyoxylate är ett derivat av oxalacetat, som är en tvåcarboxylsyra. Det är en intermediär metabolit i levern hos däggdjur och spelar en roll i leverns metabolism av glykolysintermediärer och aminosyror.

Metabolomik är ett forskningsområde inom systembiologi som fokuserar på att studera det komplexa nätverket av metabola processer och den kemiska makeupen hos små molekyler, kallade metaboliter, i biologiska system, såsom celler, vävnader eller organismar. Metabolomiken strävar efter att kvantifiera och identifiera alla metaboliter i ett system för att ge en omfattande och detaljerad bild av dess aktuella tillstånd och funktion. Denna globala analys av metabolitprofilen ger information om interaktioner mellan gener, enzymer, metabola vägar och miljöfaktorer, vilket kan användas för att diagnosticera sjukdomar, utveckla personligad medicin och förstå biologiska system på ett djupare plan.

Acetyl-CoA medverkar i biosyntesen av fettsyror och steroler, i oxidationen av fettsyror och i metabolismen av många aminosyror. Det har också verkan som ett biologiskt acetylerande medel.

En enzymutlöst kemisk förändring i organiska föreningar som sker utan tillgång till syre. Vid processen bildas etanol eller mjölksyra och frigörs energi.

Energiomsättning (energy expenditure) refererar till den totala mängden energi som används av kroppen för att underhålla livsviktiga funktioner, aktivitet och termoreglering. Det inkluderar basal metabolism (energi som behövs för att underhålla organ och celler i vila), aktivitetsenergiomsättning (energi som används under fysisk aktivitet) och termogenes (energi som används för digestion och assimilation av näringsämnen).

"Systembiologi är ett multidisciplinärt forskningsfält som kombinerar systemteknik, datavetenskap och biologi för att studera och förstå komplexa biologiska system som celler, vävnader och organismer på en systemnivå. Det innebär att man ser på interaktionerna mellan olika delar av ett system, såsom gener, proteiner och metaboliter, för att få en helhetlig förståelse av systemets funktion och beteende."

'Pichia' är ett släkte av jästsvampar som tillhör divisionen Ascomycota. Dessa encelliga eller koloniformade svampar förekommer naturligt i olika miljöer, inklusive mark, frukt, grönsaker och däggdjurskroppar. Några arter av Pichia kan vara opportunistiska patogener hos människor, särskilt hos immunförsvagna individer.

Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).

Glukonogenesis är en metabolisk process där kroppen producerar glukos (en enkel sockerart) från icke-sockermolekyler, ofta aminosyror eller fettsyror. Glukonater är intermediära produkter i denna process och består av en lång kedja av kol, syre och vattenmolekyler som bildas när ett ämne bryts ned och omvandlas till glukos. Detta sker vanligtvis under fastande tillstånd eller när kroppen behöver mer energi än vad den får från kolhydratrik matintag.

Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.

"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."

Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.

Metabolom är det globala profilen av små molekyler, kända som metaboliter, som finns i ett biologiskt system, såsom en cell, vävnad eller organism. Metaboliterna utgör de slutliga produkterna av genetisk expressión, miljöfaktorer och interaktioner mellan dem. Metabolomet ger därför en direkt representation av den fysiologiska tillståndet hos ett system och är därför av intresse inom forskning kring sjukdomar, farmakologisk behandling och personlig medicin.

Metabolic engineering är ett forskningsområde där man använder tekniker inom molekylärbiologi, genetik och bioinformatik för att systematiskt modifiera metaboliska vägar i celler, med syfte att optimera produktionen av specifika metaboliter eller förändra cellens fenotyp på ett önskvärt sätt. Detta kan exempelvis innebära att introducera nya enzymer eller regulatoriska element i cellen, för att styrka eller försvaga vissa metaboliska reaktioner, eller att blockera oönskade biverkningar. Metabolic engineering används inom flera områden, till exempel för att producera biobränslen, farmaceutiska preparat och industriella kemikalier i celler.