Enzymer som katalyserar sammanfogning av två molekyler genom bildande av en kol-kolbindning. De är karboxyleringsenzymer och utgörs för det mesta av biotinylproteiner. EC 6.4.
Ubiquitin-protein ligases are enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. This process involves the covalent attachment of the protein ubiquitin to specific lysine residues on target proteins, thereby marking them for degradation or altering their function, localization, or interaction with other proteins. Ubiquitin-protein ligases catalyze the transfer of ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme to the target protein, forming an isopeptide bond between ubiquitin and the target protein. There are several classes of ubiquitin-protein ligases, including HECT (Homologous to the E6-AP Carboxyl Terminus), RING (Really Interesting New Gene), and U-box ligases, which differ in their mechanisms of catalyzing ubiquitination. Dysregulation of ubiquitin-protein ligases has been implicated in various diseases, including cancer, neurodegenerative disorders, and inflammatory conditions.
I organic chemistry, a 'process' typically refers to a series of chemical reactions that transform one or more starting materials (reactants) into different end products. These processes can be either continuous or batch-wise and can involve various reaction types such as substitution, addition, elimination, rearrangement, and oxidation-reduction reactions. The study of these processes is important for understanding the behavior of organic compounds in chemical reactions and developing new synthetic methods for producing complex molecules.
Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kolbindningar på annat sätt än genom hydrolys eller oxidation. Till denna undergrupp hör dekarboxylaser, aldehydlyaser och oxo-syralyaser. EC 4.1.
Ett icke-metalliskt grundämne med kemiskt tecken C, atomnummer 6 och atomvikt 12,011. Kol kan förekomma i olika allotropa former, som t ex diamant, kol och grafit.
I medicinsk kontext, används "palladium" inte som en självständig definition. I stället refererar det till ett grundämne, metallen palladium (Pd), som kan användas i vissa medicinska tillämpningar.
Poly(deoxiribonukleotid):poly(deoxiribonukleotid)-ligaser. Enzymer som katalyserar hopkopplingen av redan bildade deoxiribonukleotider med fosfodiesterlänkning vid genetiska processer i samband med reparation av enkelsträngsbrott i duplex-DNA. EC 6.5.1.1 (ATP) och EC 6.5.1.2 (NAD).
Ketoner är en klass organiska ämnen som typiskt består av en karbonylgrupp och två kolvätegrupper. Vid reduktion bildas alkoholer.
Omättade kolväten av typen Cn-H2n, betecknade med ändelsen -en.
Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.
Omvandling av en öppen kolvätekedja till en sluten ring. Syn. cyklisering.
Synthetic chemistry techniques refer to a set of laboratory methods and procedures used in the creation or synthesis of new chemical compounds. These techniques involve the careful manipulation of chemical reactions to form specific bonds between atoms and molecules, often with the goal of producing a desired product or material. This field requires a deep understanding of chemical principles, including reaction mechanisms, kinetics, thermodynamics, and stereochemistry. Synthetic chemists use a variety of tools and technologies, such as spectroscopy and chromatography, to monitor and optimize their reactions, ensuring the purity and yield of the final product. Overall, synthetic chemistry techniques are essential for advancing scientific research and developing new materials, pharmaceuticals, and other practical applications in fields such as medicine, agriculture, and materials science.
Stereoisomerism är en form av isomeri, där två eller fler molekyler har samma kemiska formel och struktur, men differar i rumslig orientering av deras atomgrupper. Detta innebär att de har samma typ och antal atomer, men skiljer sig åt genom att vara speglar av varandra, liknande vänster- och högerhanden, vilket kallas att vara en form av "enantiomerer". Stereoisomeri är viktigt inom farmakologi eftersom olika stereoismoriska former av samma molekyl kan ha olika biologiska aktivitet och effekter på levande organismer.
SCPH (Skp, Cullin, F-box containing) protein ligases are a family of E3 ubiquitin ligase complexes that play a crucial role in the ubiquitination and subsequent degradation of specific cellular proteins. These complexes are composed of three core components: Skp (S-phase kinase associated protein), Cullin, and an F-box protein. The F-box protein serves as a substrate recognition component that binds to the protein to be ubiquitinated, leading to its targeted degradation by the 26S proteasome. SCPH ligases are involved in various cellular processes, including cell cycle regulation, signal transduction, and DNA damage response.
Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.
Oorganiska eller organiska föreningar som fås av fosfin (PH3) genom ersättning av väteatomer.
Svavelföreningar är kemiska föreningar som innehåller svavelatomer, ofta i form av en- eller multipelbundna svavel-svavelbindningar, och kan variera i sin komplexitet från enkla diatomiska molekyler som vätesulfid (H2S) till större, mer organiska molekyler som proteiner, där svavelföreningar som cystein och metionin är essentiella byggstenar.
Grundämne och spårämne med kemiskt tecken B, atomnummer 5 och atomvikt 10.81. Isotopen bor-10 används som neutronfångare i borneutroninfångningsterapi.
Organisk kemi handlar om studiet av kol-baserade föreningar, som ofta innehåller väte, syre, kväve, svavel, och halogener, och kan ha varierande komplexitet i deras struktur och funktion. Många organiska föreningar är biologiskt betydelsefulla, såsom kolhydrater, proteiner, lipider och nukleinsyror.
Acykliska, grenade eller ogrenade kolväten med två kol-kol dubbelbindningar.
Acykliska kolväten med en trippelbindning med generell formel Cn-H2n-2.
'Cullin proteins' are a family of structual components that play a crucial role in the formation of multi-subunit E3 ubiquitin ligase complexes, which are responsible for targeting specific cellular proteins for degradation via the ubiquitin-proteasome pathway. There are eight known mammalian cullin family members (CUL1, CUL2, CUL3, CUL4A, CUL4B, CUL5, CUL7, and CUL9), each of which associates with distinct sets of proteins to form unique E3 ubiquitin ligase complexes. These complexes regulate various cellular processes, including cell cycle progression, transcriptional regulation, DNA damage response, and signal transduction, by controlling the stability and function of key regulatory proteins through ubiquitination.
Alla enzymer som katalyserar klyvning av ett substrat med tillägg av vatten till de erhållna molekylerna, som t ex esteraser, glykosidaser, lipaser, nukleotidaser, peptidaser och fosfataser. EC 3.-.
Ubiquitination är ett posttranslationellt modifieringssätt som involverar att en ubiquitinprotein kovalent adderas till en targetprotein. Detta process kontrolleras av tre huvudsakliga grupper av enzymkomplex: E1-ubiquitinaktiverande enzymer, E2-ubiquitinkonjugeringsenzymer och E3-ubiquitinligaseringsenzymer. Ubiquitiner kan adderas som en monomer eller i längre kedjor till targetproteinet, vilket kan leda till olika konsekvenser som proteasomdegradering, förändring av subcellulär lokalisation eller förändrad protein-proteininteraktion. Ubiquitination spelar därför en viktig roll i regleringen av cellulära processer såsom signaltransduktion, DNA-reparation och apoptos.
En biokatalys, även känd som ett enzym, är ett protein som accelererar en biokemisk reaktion genom att sänka aktiveringsenergibehovet för reaktionen. Denna minskning av energi krav gör det möjligt för reaktionen att fortgå under mildare betingelser, såsom fysiologiska temperaturer och pH-värden, jämfört med obehindrade reaktioner. Biokatalysörer är specifika för de reaktioner de katalyserar och ökar ofta reaktionshastigheten av många magnituder. De spelar en avgörande roll i alla levande system genom att underlätta metabolismen och andra biokemiska processer.
Enzymer som katalyserar klyvning av kol-kolbindningen i molekyler med en hydroxyl- och en karbonylgrupp för att bilda två små molekyler, som var och en är en aldehyd eller en keton. Enzymerna kallas o ckså aldolaser. EC 4.1.2.
Polynucleotide ligases are enzymes that catalyze the formation of a phosphodiester bond between the 3'-hydroxyl group of one nucleotide and the 5'-phosphate group of another nucleotide, thereby joining two polynucleotide strands together. This process is essential for DNA replication, repair, and recombination.
Ubiquitin är ett litet protein som spelar en viktig roll i cellens proteinska homeostas. Det fungerar som en etikett som kan kopplas till andra proteiner, vilket kan leda till en rad olika konsekvenser, såsom att markera proteinerna för nedbrytning eller att påverka deras funktion och lokalisation inom cellen. Processen att addera ubiquitin kallas ubiquitinering, och den regleras av en komplex maskinapparat bestående av flera olika enzymer. Ubiquitinering är involverad i en rad cellulära processer, såsom proteinsyntes, DNA-reparation, signaltransduktion och celldelning.
Ersättning av en aktiv vätejon med en alkylgrupp i en organisk förening.
Substratspecificitet beteferrer sig inom farmakologi och enzymologi till den egenskap hos ett enzym eller en receptor där det endast binder till och katalyserar (eller påverkar) vissa specifika substanser, molekyler eller läkemedel, känt som substrat. Det innebär att en given enzymtyp endast är aktivt mot en begränsad grupp av kemiska föreningar som har en viss strukturell och kemisk likhet. Substratspecificiteten bestäms av enzymernas tredimensionella struktur och den del av substratmolekylen som interagerar med aktiva sitet på enzymet.
Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.
Den typiska tredimensionella formen av en molekyl.
'RING finger domains' refer to a type of protein domain characterized by the presence of a zinc-binding motif with the pattern Cys-X-X-Cys-X-X-X-Cys-X-His/Cys, where 'C' represents cysteine, 'H' represents histidine, and 'X' can be any amino acid. These domains are often found in proteins involved in various cellular processes such as ubiquitination, transcription regulation, and DNA repair. They play a crucial role in mediating protein-protein interactions and are named after the finger-like structure they adopt upon binding to zinc ions.
Enzymer som katalyserar bildandet av acyl-CoA-derivat. EC 6.2.1.
Organometallföreningar är en kemisk term som definieras som föreningar mellan metaller och organiska grupper, där minst en kovalent bindning existerar mellan metallatomen och kolatom(en) i organiska gruppen. Dessa föreningar kan ha strukturer som spänner över en bred skala av komplexitet, inklusive allt från enkelmetall-alkylbindningar till mer sofistikerade system med flera metallatomer och/eller flera kovalenta bindningar mellan metallatomerna och kolatomerna.
Ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) are a group of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. This process involves the covalent attachment of the protein ubiquitin to specific lysine residues on target proteins, marking them for degradation by the 26S proteasome. Ubiquitin-conjugating enzymes function as the central components of the ubiquitination machinery, facilitating the transfer of ubiquitin from an E1 ubiquitin-activating enzyme to an E3 ubiquitin ligase, which ultimately leads to the attachment of ubiquitin to the target protein. Dysregulation of the ubiquitination process has been implicated in various diseases, including cancer and neurodegenerative disorders.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
"Oxidation-reduction, or redox, refers to a type of chemical reaction where there is a transfer of electrons between two molecules, leading to a change in their oxidation state."
Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
En stor klass organiska föreningar med radikalen -CHO, som oxideras till syror och reduceras till alkoholer. Aldehyder anges med prefixen oxo- eller formyl-, eller med suffixen -al, -dial, -trial osv.
Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).
Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Enzymer som katalyserar förflyttning av en kol-koldubbelbindning från en position till en annan inom samma molekyl. EC 5.3.3.
F-box proteins are a type of protein that play a crucial role in the ubiquitination and degradation of other cellular proteins. They are characterized by an approximately 40-amino acid motif known as the F-box, which interacts with other components of the Skp1-Cul1-F-box (SCF) complex, a type of E3 ubiquitin ligase. The SCF complex targets specific proteins for degradation by the 26S proteasome, and F-box proteins help to determine which proteins are targeted by recognizing specific motifs or domains within their substrates. There are multiple types of F-box proteins, each with different substrate specificities, allowing for precise control over protein turnover in the cell.
Endosomal Sorting Complexes Required for Transport (ESCRT) refererar till ett sätts proteinkomplex som spelar en viktig roll i de membrantrafikprocesser som sker inne i cellen. Specifikt är ESCRT-komplexen involverade i sorteringen och transportsystemet av membrankroppar och membranproteiner inom endosomer, vilka är membranbundna kompartment inuti cellen där intracellulärt fraktat material samlas för nedbrytning eller recyling.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
Ubiquitination is a post-translational modification where the protein ubiquitin is covalently attached to a target protein, often leading to its degradation or alteration of function. This process plays a critical role in various cellular processes such as protein quality control, DNA repair, and signal transduction.
Ett proteasom-endopeptidaskomplex är ett intracellulärt enzymkomplex som spelar en central roll i nedbrytningen av proteiner inne i cellen. Det består av flera underenheter, varav de flesta är proteaser (enzym som bryter ner proteiner) med olika specificitet för olika peptidbindningar. Proteasomkomplexet klyver proteinerna i små peptidfragment innan de transporteras ut från cellkärnan och presenteras för immunsystemet av MHC-klasse I-molekyler. Detta system är viktigt för celldifferentiering, cellcykelreglering, signaltransduktion och eliminering av skadade eller felaktiga proteiner. Dysfunktion i proteasomkomplexet har blivit associerat med flera sjukdomar, inklusive neurodegenerativa sjukdomar och cancer.
En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.
En peptidsyntase är ett enzym som katalyserar reaktioner involverade i skapandet av peptidbindningar mellan aminosyror för att bilda peptider eller proteiner.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Ett Ubikitin-proteinligaskomplex (UPS) är ett komplext system av proteiner som spelar en central roll i proteinhomeostasen, genom att reglera proteinsyntes, degradation och lokalisation. Det mest kända aspekten av UPS är dess roll i proteinklarning, där ubikitinmärkning av ett målprotein leder till dess degradering av 26S-proteasomen. Ubikitineringsprocessen innefattar en serie enzymatiska reaktioner som katalyseras av tre grupper av enzymer: ubikitinaktiverande enzym (E1), ubikitin konjugerande enzym (E2) och ubikitinligaser (E3). Dessa enzymer arbetar tillsammans för att överföra ubikitinmolekyler till lysinresterna på målproteinet, vilket skapar en polyubikitinerad protein. Det polyubikitinerade proteinet kan sedan erkän
Polyubiquitination är en posttranslationell modifikation av proteiner, där en ubiquitinmolekyl kovalent binds till en lysinrest på ett protein. Ubiquitin kan sedan förlängas genom att fler ubiquitinmolekyler adderas till den tidigare kovalent bundna ubiquitinmolekylen, vilket resulterar i bildandet av en polyubiquitinkedja. Polyubiquitinering kan leda till proteasomdegradering eller andra cellulära processer som signalering, membrantransport och DNA-reparation.
Ett mått på en lösnings surhetsgrad.
Ubiquitin-activating enzymes, also known as E1 enzymes, are a class of enzymes that play a crucial role in the ubiquitination process, which is a post-translational modification of proteins. These enzymes activate ubiquitin, a small protein involved in various cellular processes such as protein degradation and regulation of signaling pathways, by forming a thioester bond with its carboxyl terminus using ATP. This activation step is the first step in the ubiquitination cascade, which involves the transfer of ubiquitin to E2 conjugating enzymes and then to target proteins, ultimately leading to their degradation or regulation.
Enzymer som katalyserar föreningen av två molekyler genom bildande av en kol-syrebindning. EC 6.1.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."