Ett rike av Archaea, omfattande metanbildande organismer, Halobacteriales (saltbakterier), Archaeoglobales (sulfatreducerande), samt de termofila Thermococcales och Thermoplasmales.
Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.
Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
Den genetiska massan hos arkéer.
Thermoplasmatales är en ordning av arkéer som tillhör klassen Thermoplasmata. Dessa organismer saknar cellvägg och har istället en yttre membranhölje. De förekommer vanligtvis i extrema miljöer med höga temperaturer och lågt pH, såsom varma källor och svavelrika vulkaniska områden. Thermoplasmatales är också kända för sin förmåga att metabolisera kolhydrater och aminosyror under anaeroba förhållanden.
Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.
'Arche-RNA' är ett begrepp inom biologi och genetik som refererar till RNA-molekyler hos arkéer, en grupp enkelcelliga organismer som tillsammans med bakterier och eukaryoter utgör de tre dominerande grenarna av livets stamtree. Arke-RNA kan inkludera olika typer av RNA-molekyler såsom ribosomalt RNA (rRNA), transfer-RNA (tRNA) och messenger-RNA (mRNA). Dessa RNA-molekyler är viktiga för cellens proteinsyntes och genuttryck. Det bör dock poängteras att termen 'Arche-RNA' inte används i den vetenskapliga litteraturen, utan istället talar man om arkéers specifika RNA-molekyler.
Nanoarchaeota er en archaeal domæne som omfatter meget små, termofile arkeriae med en estimated genoms storrelse på 490.000 bp. Den type arkei som gav navn til denne gruppen, Nanoarchaeum equitans, lever som en obligat symbiont på en anden arkei, Ignicoccus hospitalis. Det er fortsatt uklart hvordan medlemmene av denne gruppen interagerer med deres miljø og hvilken slags roller de spiller i de økosystemer de lever i.
Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.
Proteiner från någon arkeart.
Pyrococcus är ett släkte av archaea, som tillhör den termofila gruppen hypertermofila arkéer. Dessa encelliga organismer trivs i extrema höga temperaturer, upp till 105 °C, och förekommer naturligt i marina hydrotermiska ventilationssystem (MHVS) på oceanens botten. Pyrococcus-arterna är kemoorganotrofa och får sin energi genom att oxidera organiska ämnen under anoxisk respiration eller genom fermentation av sockerarter. Släktet Pyrococcus innehåller flera arter, däribland P. furiosus, P. abyssi och P. woesei, som alla är viktiga modellorganismer inom forskningen om arkéers extremofila livsvillkor och deras användning i bioteknologin.
'Saltvatten' är en medicinsk term som refererar till vatten med en högre koncentration av salt än vad som finns i vanligt dricksvatten, vilket normalt är mellan 0,5 och 3,5%. Detta är oftast ett ökat innehåll av natriumklorid (NaCl), men kan också innefatta andra slag av salter. Saltvatten kan användas terapeutiskt för att behandla vissa medicinska tillstånd, såsom hudinflammationer och mag-tarmsjukdomar.
Det enklaste, mättade kolvätet (CH4).
16S RNA er en typ av ribosomalt RNA (rRNA) som finnes i prokaryote ribosomer og har en viktig rolle i translasjonen av genetisk informasjon til proteinsyntese. 16S rRNA-molekylen er en del av den lille ribosomale subuniten og inneholder konserverte sekvensregioner som kan brukes til identifisering og klassifisering av forskjellige arter av bakterier og archaea.
Thermococcus är ett släkte av archaeer, en grupp encelliga mikroorganismer som saknar cellkärna och mitokondrier. Thermococcus-arkeerna är termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer, ofta runt 80-103 grader Celsius. De förekommer naturligt i extrema miljöer som hydrotermiska ventilationssystem (svavelkällor) på oceanbotten och har potentialen att producera industriellt användbara enzymer som kan tåla höga temperaturer och andra extrema förhållanden.
Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.
Avlagringar på land eller i vatten av fragmenterat, fast, oorganiskt material, som lösgörs genom vittring eller nötning av berggrunden eller genom vulkanisk verksamhet, och som transporteras av luft, vatten eller is.
'Sulfolobus' är ett släkte av arkéer som tillhör den termofila och acidofila gruppen. De lever vanligtvis i heta källor med ett pH runt 2-4 och temperaturer upp till 90°C. 'Sulfolobus' är kända för sin förmåga att använda svavelkomplex som elektronacceptorer under cellandning, vilket gör dem till extremofila organismer. Släktet innehåller flera arter, däribland 'Sulfolobus acidocaldarius' och 'Sulfolobus solfataricus'.
"Biologisk mångfald" refererar till den genetiska, arterliga och ekologiska variationen som finns bland levande organismer, inklusive alla deras interaktioner med varandra och deras fysiska omgivning.
DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.
Metagenom är studiet och analysen av samtliga genomer innehållna i ett specifikt miljöprover, vilket kan innefatta allt från jord, vatten och luft till levande organismer så som mikroorganismer. Detta inkluderar kända arter, tidigare okända arter samt virus, plasmider och andra genetiska element. Metagenomik ger forskarna en unik möjlighet att undersöka mikrobiella gemenskaper i sin naturliga miljö utan behov av isolering och kultivering av renar kulturer, vilket kan ge en mer representativ bild av den biologiska mångfalden i ett visst ekosystem.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.
"Vattenmikrobiologi" är ett område inom mikrobiologin som handlar om studiet av mikroskopiska livsformer, såsom bakterier, archaea, alger, svampar och protozoer, i vattenmiljöer. Detta inkluderar såväl sötvatten som saltvatten, och kan omfatta studier av mikroorganismernas förekomst, aktivitet, interaktion med varandra och med miljön, samt deras roll i vattnets ekosystem och globala näringscykel. Vattenmikrobiologi har betydelse för att förstå och lösa problem relaterade till vattenkvalitet, hälsan hos vattenlevande organismer och människor, och klimatförändringar.
Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.
I medicinen, refererar "sekvensinpassning" till processen av matchning eller korrelerande en genetisk sekvens, vanligtvis en DNA- eller RNA-sekvens, med en specifik referenssekvens, för att fastställa dess position, orientering och eventuella variationer i förhållande till den referenssekvensen. Detta används ofta inom genetisk forskning och klinisk diagnostik för att identifiera gener, mutationer eller polymorfismer som kan vara associerade med sjukdomar eller andra hälsotillstånd.
Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.
Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.
Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.