Dioxygenaser: Icke hembärande, järnhaltiga enzymer som tillför substratet två syreatomer. Enzymerna är viktiga för biosyntesen av flavonoider, gibberelliner och hyoscyamin, samt för nedbrytningen av aromatiska kolväten. EC 1.14.12.-.OxygenaserKatekol-2,3-dioxygenasKatekoler: En grupp 1,2-bensendioler omfattande den generella formeln R-C6H5O2.Protokatekuat-3,4-dioxygenasKatekol-1,2-dioxygenasRhodococcusSphingomonasKetoglutarsyra: En familj av föreningar som innehåller en oxo-grupp, med generell struktur som 1,5-glutarsyra.RalstoniaBiologisk nedbrytning: En kedja av processer genom vilka levande organismer bryter ned miljöföroreningar, organiskt avfall, bekämpningsmedel samt implanterade material.Icke-hemjärnproteiner2-metyl-4-klorfenoxiättiksyraHydroxylaser: En stor grupp enzymer som förmedlar oxidations-reduktionsreaktioner där en atom i en syremolekyl binds till det organiska substratet. Den reducerade syreatomen binds med väte och bildar vatten. Enzymerna kallas även monooxygenaser. Dessa reaktioner fordrar två substrat som reduktanter för var och en av de båda syreatomerna. Det finns olika klasser av enzymerna beroende på vilken typ av väteavgivande kosubstrat (koenzymer) som krävs för blandfunktionsoxidationen. EC 1.4 - 1.97.Kolväten, cykliska: Organiska föreningar av uteslutande kol och väte som bildar en sluten ring och kan vara alicykliska eller aromatiska.PseudomonasDelftia acidovorans: En allmänt utbredd, gramnegativ stavbakterie som tidigare kallades Pseudomonas acidovorans (Pseudomonas acidivorans). Den skiljer sig från övriga Comamonasarter genom sin förmåga att nyttja bensoat som kolkälla.Burkholderia: Ett släkte av gramnegativa, aeroba, stavformade bakterier. De klassificerades tidigare som Pseudomonasarter, men betydande biokemiska och kemiska skillnader har lett till att de avskilts från Pseudomo nas och fått bilda ett nytt släkte.Pseudomonas putidaSubstratspecificitetHomogentisinsyraFerroföreningar: Oorganiska och organiska föreningar med tvåvärt järn.PetroselinumMolekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Arthrobacter: Ett släkte icke-sporbildande jordbakterier med stav/kockform.ProkollagenprolindioxygenasKlorbensener: En grupp industriellt viktiga kemiska föreningar, som erhålls genom klorering av bensen, och som i sin tur utgör utgångsmaterial för andra industriellt framställda produkter.CysteindioxygenasAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Bifenylföreningar: Syn. difenylföreningar. Välkända är de flerklorinerade bifenylerna (polychlorinated biphenyl, PCB), där några av de kolbundna väteato merna ersatts med kloratomer.Järn: Ett i jordskorpan allmänt utbrett metalliskt grundämne. Kemiskt tecken är Fe, atomnummer 26 och atomvikt 55,85. Järn är en väsentlig beståndsdel i hemoglobin, cytokrom och andra komponenter i respiratoriska enzymsystem. Dess främsta funktioner är att transportera syre till vävnader (hemoglobin) och att ingå i cellulära oxidationsförlopp. Uttömning av järnförråden kan leda till järnbristanemi. Järn används för att återuppbygga blodet vid anemi.Sekvenshomologi, aminosyraGentisater: Salter och estrar av gentisinsyra.HydroxybenzoatesPolyklorerade bifenylerTryptofanoxygenasGallussyra: En färglös eller svagt gulfärgad, kristallin förening som erhålls ur galläpplen. Den används inom fototeknik, i läkemedel och som analytiskt reaktionsmedel.Indigo CarmineHydroxylering: Koppling av en hydroxylgrupp till en förening i en position där den inte tidigare funnits.Klorbensoater: Bensoesyra eller bensoesyraestrar med en eller flera kloratomer.Acinetobacter: Ett släkte gramnegativa bakterier tillhörande familjen Neisseriaceae som förekommer i jord och vatten och med oklar patogenitet.Bakterier, aeroba: Bakterier som måste ha syre för att leva.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.ParabenerKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.HydrokinonerNorisoprenoiderToluen2,2`-dipyridyl: alfa,alfa-dipyridyl. Används som reagens för bestämning av järn.4-hydroxyfenylpyruvatdioxygenas: Ett enzym som katalyserar omvandlingen av 4-hydroxyfenylpyruvat och syre till homogentisinsyra och koldioxid. EC 1.13.11.27.3-Hydroxyanthranilate 3,4-DioxygenaseBensoater: Salter och estrar av bensoesyra med antibakteriella och svampdödande egenskaper. De används som konserveringsmedel i farmaceutiska preparat, kosmetika och livsmedel.Syrgas2,4-diklorfenoxiättiksyra: (2,4-diklorfenoxy)ättiksyra. Ett växtgift med irriterande effekter på ögat och det gastrointestinala systemet.SekvensinpassningJordförorenande ämnenPolycykliska kolväten, aromatiskaKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.FenantrenerBrevibacterium: En grampositiv bakterie som förekommer i mejeriprodukter, salt- och sötvatten, marina organismer, insekter och i organiskt material under nedbrytning.5-metylcytosinKatalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Växtgifter: Bekämpningsmedel mot oönskad vegetation, ogräs osv.Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.SyrgasisotoperGramnegativa aeroba bakterier: En stor grupp aeroba bakterier som färgas rosa (negativ färgning) vid gramfärgning. Detta beror på att de gramnegativa bakterierna har liten mängd peptidoglykan i cellväggen och därför låg affinitet för lila färgämnen och hög affinitet för det rosa färgämnet safranin.Alcaligenes: Ett släkte gramnegativa, aeroba, rörliga bakterier som förekommer i vatten och jord. Några arter ingår i tarmfloran hos ryggradsdjur. Ibland kan dessa bakterier orsaka opportunistiska infektioner hos människa.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Multigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.Fylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.NitroföreningarFerredoxiner: Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.Kinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Cytosin: En pyrimidinbas som utgör en av de grundläggande enheterna i nukleinsyror.Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Modeller, kemiska: Teoretiska framställningar som efterliknar kemiska processer eller fenomen. Simuleringarna inkluderar bruk av matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Ferriföreningar: Oorganiska eller organiska föreningar med trevärt järn.Indoleamin-pyrrol-2,3,-dioxygenasElektronspinnresonansspektrografi: En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.StereoisomerismBiokatalysRekombinanta proteinerBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Karotenoider: Starkt gulröda, fettlösliga färgämnen som strukturellt liknar karoten. De utgörs av alifatiska kolväten med en polyisoprenbas och förekommer i växter, djur och mikroorganismer och omfattar t ex betakaroten och de olika xantofyllerna. Av de mer än 600 kända karotenoiderna återfinns ca 10 % i växtriket.BensofuranerBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Röntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Oxidation-reduktionBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Hypoxia-Inducible Factor 1NaftalenerBakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.Jordmikrobiologi: Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.Molekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Järn-svavelproteiner: En grupp proteiner som har järn-svavelkomplexet som prostetisk grupp. Dessa proteiner deltar i alla viktigare elektrontransportförlopp: fotosyntes, andning, hydroxylering och bakteriell väte- och kvävefixering.Masspektrometri: En analysmetod som används för att bestämma ett kemiskt ämne utifrån dess massa med hjälp av någon form av masspekrometer.Metaller: Elektropositiva grundämnen som kännetecknas av böjlighet, smidbarhet, glans och värmelednings- och elektrisk ledningsförmåga. De kan ersätta vätejonen i syror och bilda baser med hydroxylradikaler.Hypoxia-Inducible Factor 1, alpha Subunit