Desulfovibrio vulgaris
Desulfovibrio
Desulfovibrio desulfuricans
'Desulfovibrio desulfuricans' är en gramnegativ, sulfatreducerande bakterie som normalt förekommer i anoxiska miljöer, såsom våtmark, sediment och tarm. Den har förmågan att reducera sulfat till svavelväte (H2S) under sin energiproduktion, vilket gör den till en viktig aktör i sulfurcykeln i naturen. Dessutom kan den orsaka infektioner hos människor, särskilt vid nedsatt immunförsvar, och är associerad med flera sjukdomar som t.ex. tarmsjukdomar och endokardit.
Hydrogenas
Ett enzym som finns i bakterier. Det katalyserar reduktionen av ferredoxin och andra ämnen i närvaro av molekylärt väte och deltar i elektrontransport i den bakteriella fotosyntesen. EC 1.18.99.1.
Flavodoxin
Ett järnfritt flavoprotein med låg molekylvikt (16 000), innehållande en molekyl flavinmononukleotid (FMN), som erhållits ur bakterier odlade på ett järnfritt medium. Det kan ersätta ferredoxin i alla elektronöverföringsfunktioner i bakterieceller.
Rubredoxiner
'Rubredoxiner' refererer til en type protein som inneholder en heme-grupp, der kan undergå oxidasjon og reduksjon. De fungerer ofte som elektrontransportører i biokjemiske prosesser, slik som cellulær andning og fotosyntese. Rubredoxiner er viktige for livet på jorda og forekommer i mange levende organismer, fra bakterier til planter og dyr.
Sulfater
I en enkel medicinsk definition är en sulfat ett salt eller estrar av svavelig syra (H2SO4). Sulfater innehåller ofta svavel i oxidationstillstånd +6 och kan ha diverse farmakologiska effekter beroende på vilket ämne de är bundna till. Exempel på läkemedel som innehåller sulfatgrupper är magnesiumsulfat och natriumsulacrylat.
Hemerytrin
Hydrogensulfitreduktas
En hydrogensulfitreduktas är ett enzym som katalyserar reduktionen av hydrogenioner (protoner) och svaveldioxid till sulfiter i levande celler. Detta enzym spelar en viktig roll i det biologiska svavelföreningskretsloppet hos vissa bakterier, där det hjälper till att regenerera svavelkomponenter som kan användas för syntes av organisk svavel. Hydrogensulfitreduktaser innehåller ofta kobolt eller nickel i sin aktiva sida och är vanligt förekommande i sulfidoxiderande bakterier, vilka utnyttjar svavel som energikälla under anaeroba förhållanden.
Desulfovibrio gigas
Cytokrom c
Oxidoreductases Acting on Sulfur Group Donors
'Oxidoreductases acting on sulfur group donors' är ett samlingsnamn för en grupp enzymer som katalyserar oxidationsreaktioner där svavelgruppen i en molekyl agerar som elektrondonator. Dessa enzymer delas in i underklasser baserat på vilka specifika svavelgrupper de agerar på, till exempel sulfid-, tiol- eller disulfidgrupper. Deras huvudsakliga funktion är att hjälpa till med cellens energiproduktion och detoxifiering av främmande ämnen genom att oxidera svavelgruppen i en molekyl, vilket ofta innebär att en svavelatom byts ut mot en syreatom.
Proteus vulgaris
'Proteus vulgaris' är en gramnegativ, aerob eller anaerob bakterie som tillhör familjen Enterobacteriaceae och förekommer naturligt i vatten, jord och djurs gutta. Den kan orsaka opportunistiska infektioner hos människor, särskilt hos immunsupprimerade individer eller vid medicinska ingrepp som exponerar sårbarare vävnad. Infektioner kan vara lokaliserade till urinvägar, hud och slemhinnor, och i allvarliga fall kan orsaka blodförgiftning (sepsis).
Tiosulfater
Svavelsyra
Oxidation-reduktion
Viologener
Viologener är en grupp av organiska föreningar som innehåller två kväveatomer bundna till varandra genom två kolatomgrupper, vilket ger upphov till en dipositivt laddad heterocyclisk struktur. De är kända för deras elektronacceptor-egenskaper och används ofta inom områden som elektronik, solceller och medicinsk forskning.
Ferredoxiner
Järnhaltiga proteiner som överför elektroner, vanligtvis vid en låg potential, till flavoproteiner. Järnet uppträder inte som i hem.
Desulfovibrio africanus
'Desulfovibrio africanus' är en gramnegativ, sulfatreducerande bakterie som vanligtvis förekommer i anoxiska miljöer, såsom sediment i sötvatten och marina habitat. Den är känd för sin förmåga att reducera sulfat till svavelväte (H2S) under degraderingen av organisk materia som en del av dess energiproducerande process. Detta gör den till en viktig komponent i sulfurcykeln och bidrar till lukt- och korrosionsproblem i vattenförsörjningssystem.
Veillonellaceae
Veillonellaceae är en familj av gramnegativa, icke sporbildande, anaeroba bakterier som förekommer naturligt i människans mun, tarm och hud. Dessa bakterier är asacrobatiska, vilket betyder att de producerar energisubstrat genom att oxidera en substans samtidigt som de reducerar en annan. De är kända för sin förmåga att bryta ned laktat till kolmonoxid och acetat, vilket kan hjälpa att reglera pH-balansen i den mänskliga tarmen. Vissa studier har visat att överväxt av Veillonellaceae kan vara associerad med vissa sjukdomstillstånd, men ytterligare forskning behövs för att fastslå deras exakta roll i patofysiologiska processer.
Väte
Det första grundämnet i det periodiska systemet. Väte har kemiskt tecken H (Hydrogen), atomnummer 1 och atomvikt 1. Det förekommer normalt i form av en färglös, luktfri och smaklös gas, vätgas, med formeln H2. Vätejoner är protoner. Förutom den vanliga isotopen H1 finns den stabila isotopen deuterium (D) och den instabila radioisotopen tritium (T).
Finnar
Sulfiter
Flavinmononukleotid
Hem
Järn-svavelproteiner
Oxidoreduktaser
"Oxidoreduktaser är ett enzym som katalyserar oxidation-reduktionreaktioner, där elektroner överförs från ett molekylärt substrat, det reducerade substratet, till en acceptor, det oxiderade substratet."
Elektronspinnresonansspektrografi
En teknik som är tillämpbar på en mängd olika ämnen som uppvisar paramagnetism till följd av magnetismen alstrad av opariga elektroner. Erhållna spektra kan användas för påvisande, identifiering, och bestämning av elektronstrukturer, undersökning av molekylers interaktioner, och för mätning av kärnspinn och magnetiska moment. Elektronisk dubbelresonansspektrografi (ENOR) är en variant av tekniken som ger bättre upplösning. Spinnresonansanalys kan göras in vivo, och inkluderar tillämpningar som t ex magnetresonans (MRI). Syn. ESR.
Chlorella vulgaris
Molekylsekvensdata
Spektroskopi, Mossbauer
Mössbauer spektroskopy är en typ av spektroskopi som utnyttjar Mössbauereffekten, vilket innebär resonansabsorption av gamma strålning av atomkärnor i fasta material. Denna metod ger information om kemisk miljö och oordnade rörelser på atomär nivå, och används främst för studier av järn-57 isotopen men kan även tillämpas på andra isotoper med en lång livslängd.
Sulfider
I en enkel medicinsk definition, är "sulfider" kemiska föreningar som innehåller svavelatomer (S) i sin molekylstruktur, vanligtvis bundna till kol (C) i organiska sulfider eller till metaller i metalloorganiska sulfider. Organiska sulfider kan också benämnas "tioeter" och förekommer naturligt i vissa livsmedel som exempelvis vitlök och lök. Vissa sulfider kan ha farmakologisk aktivitet och användas inom medicinen, medan andra kan vara skadliga eller toxiska i högre koncentrationer.
Cytokromer a1
Cytochrome c1 är ett protein som ingår i den elektrontransportkedja som finns i mitokondriens inre membran hos eukaryota celler. Det är en del av komplex III, även känt som cytochrom b-c1-komplexet eller ubihydrokinas (UQ) reduktas, och fungerar som en elektrontransportör mellan cytochrom b och cytochrom c. Cytochrom c1 tillhör cytochromklassen av hemproteiner, vilket innebär att det innehåller ett prostetiskt gruppcentrum bestående av en hemgrupp som kan reversibelt reduceras och oxideras under elektrontransportprocessen. Proteinet har en viktig roll i cellandningen (celldygnets) process, där det hjälper till att generera ATP genom att pumpa protoner över mitokondriens inre membran för att skapa ett protonkoncentrationsgradient som sedan kan konverteras till kemisk energi i form av ATP
Flavoproteiner
Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.
Beta
I medicinen refererer "beta" typisk til beta-receptorer, som er en type receptor for neurotransmitteren noradrenalin og hormonet adrenalin (også kendt som epinefrin). Disse hormoner og neurotransmittere er en del af kroppens "fight or flight" respons, der forbereder kroppen på at håndtere stressful situationer.
Aminosyrasekvens
Svavel
Svavel (S) är ett icke-metalliskt grundämne som förekommer naturligt i naturen och är en essentiell näringsämne för levande organismer. Det är ett giftigt, illaluktande, gulaktigt gas vid rumstemperatur och omvandlas till en fast, vit substans under lägre temperaturer. Svavel förekommer i proteiner och som svavelkväveföreningar i levande växter och djur. Det används också inom industrin för att producera svavelsyra, kemikalier, gummi, pesticider och som desinfektionsmedel.
Phaseolus
'Phaseolus' är ett släkte av ärtväxter som innehåller flera vanligt förekommande grönsaker, till exempel bönor. Det mest kända arten inom släktet är jordböna (*Phaseolus vulgaris*). Släktet *Phaseolus* innefattar även andra ekonomiskt viktiga grönsaker som mungböna (*Phaseolus aureus*) och sojaböna (*Phaseolus lunatus*). Dessa arter odlas över hela världen för sina proteinrika frön, som är en viktig källa till näringsrikt föda i många länder.
Uroporfyriner
Uroporfyriner är ett mellanprodukt som bildas under syntesen av hemgrupp, en prostetisk grupp i hemoglobin och andra proteiner. Uroporfyrineringen uppstår när enzymet uroporfyrinogen III synthas saknas eller inte fungerar korrekt, vilket leder till sjukdomen akut intermitterande porfyri. Accumulering av uroporfyriner i kroppen kan orsaka neuroviscerala symtom och skada huden vid exponering för solljus.
Formatdehydrogenaser
Flavoproteiner som reversibelt katalyserar reduktionen av koldioxid till format. Många föreningar kan vara mottagare (acceptorer), men den enda fysiologiskt aktiva acceptorn är NAD. Enzymerna har sin verkan vid fermentering av sockerarter och andra föreningar till koldioxid och är nyckelenzymer för energialstring när bakterier odlas på format som viktigaste kolkälla. De renframställs ur bovint blod. EC 1.2.1.2.
Elektrontransport
En viktig process i cellens energiomsättning. Förloppet då elektroner transporteras från ett reducerat substrat till molekylärt syre.
Pemfigus
Sulfat-reducing bakterier
Sulfat-reducerande bakterier är en typ av anaeroba bakterier som kan reducera sulfat till hydrogen sulfid (H2S) under sin ämnesomsättning. Denna process sker vanligtvis i samband med nedbrytningen av organiska svavelhaltiga föreningar och är en viktig del av den anaeroba delen av sulfurcykeln. Sulfat-reducerande bakterier kan vara patogena och bidra till sjukdomar som exempelvis tarminfektioner och rotsvampangrepp på växter.
Elektrokemi
Järn
Ett i jordskorpan allmänt utbrett metalliskt grundämne. Kemiskt tecken är Fe, atomnummer 26 och atomvikt 55,85. Järn är en väsentlig beståndsdel i hemoglobin, cytokrom och andra komponenter i respiratoriska enzymsystem. Dess främsta funktioner är att transportera syre till vävnader (hemoglobin) och att ingå i cellulära oxidationsförlopp. Uttömning av järnförråden kan leda till järnbristanemi. Järn används för att återuppbygga blodet vid anemi.
Laktater
Salter eller estrar av mjölksyra med generell kemisk formel CH3CHOHCOOR.
Periplasma
I en enkel medicinsk definition, är periplasma den kompartment inom en grampositiv eller gramnegativ bakteriens cellvägg som innehåller ett geléartat material och cytoplasmatisk membran. Det utgör den yttre delen av cellmembranet och innesluter periplasmiska vesiklar, enzymer och andra proteiner som är involverade i olika cellyta, såsom näringsupptag, sekretion och detoxifiering. Periplasman är också platsen för enzymer som hjälper till att bryta ned antimikrobiella peptider och andra skadliga molekyler som kan tränga igenom cellväggen.
Magnetisk resonansspektroskopi
Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).
Nickel
I en enskild medicinsk betydelse kan "nickel" definieras som ett metalliskt allergen som kan orsaka kontakteksem eller överkänslighetsreaktioner hos vissa individer. Nickel är ett vanligt ämne i olika typer av metalliska produkter, såsom smycken, armbandsur, och blyertsminor, och kan frisättas över tiden och komma i kontakt med huden, vilket kan leda till allergiska reaktioner.
Elektroner
Stabila elementarpartiklar med den minsta, kända negativa laddningen. Elektroner ingår i alla grundämnen. De kallas även negatroner. Positivt laddade elektroner kallas positroner. Elektronernas antal, energinivå och placering runt atomkärnor avgör grundämnens kemiska identitet. Strålflöden av elektroner kallas katodstrålar eller betastrålar, en högenergistrålning som uppstår vid kärnsönderfall.
Spektrofotometri
Reglering av genuttryck, bakterier
Pyruvater
Pyruvate är ett intermediärt molekyl i den cellulära ämnesomsättningen, särskilt under glukosens nedbrytning i en process som kallas glykolys. Det bildas när en 6-carbon sockermolekyl, glukos, bryts ner till två 3-carbon molekyler av pyruvate i cytosolen. Pyruvate kan sedan undergå olika metaboliska öden beroende på cellens behov, exempelvis kan det konverteras till laktat under anaeroba förhållanden eller transporteras in i mitokondrien där det kan omvandlas till acetyl-CoA och fortsätta deltage i celldelenans energiproduktion genom citronsyracykeln.
Röntgendiffraktion
Röntgendiff Franktion är en teknik där man använder sig av röntgenstrålning för att undersöka kristallstrukturen hos ett material, genom att studera hur strålningen diffunderas eller spridits av atomerna i kristallen. Detta ger upphov till unika mönster som kan användas för att identifiera och analysera materialets egenskaper på atomnivå.
Kloning, molekylär
RNA, bakteriellt
Desmoglein 3
Desmoglein 3 är ett proteinfolyra som spelar en viktig roll i intercellulära kontakter, så kallade desmosomer, mellan hudens och slemhinnors epitelceller. Det är känt för att vara involverat i celladhesion och påverkas av autoimmuna reaktioner vid vissa typer av blåskador (pemphigus vulgaris), vilket leder till skalning och sårbildning.
Molekylvikt
Bassekvens
Ultraviolettspektrofotometri
Ultraviolettspektrofotometri (UV-spektrofotometri) är en laboratorieteknik som används för att bestämma koncentrationen av ett ämne i en lösning genom att mäta absorptionen av ultraviolett ljus. Detta görs genom att lysa upp lösningen med UV-ljus och mäta den absorbierade strålningen vid specifika våglängder. Resultaten presenteras i form av ett spektrum, som visar absorptionen som en funktion av våglängden. Metoden är vanlig inom områden som kemi, biokemi och miljöanalys för att bestämma koncentrationer av olika organiska och oorganiska ämnen, till exempel aminosyror, vitaminer, pigment och vissa typer av föroreningar.
Mjölksyra
En vanlig mellanprodukt vid jäsning av stärkelseföreningar och vid nedbrytning/oxidation av glukos. I koncentrerad form används mjölksyra för att förhindra jäsning i mag-tarmkanalen.
Proteinkonfiguration
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.