Circadian Clocks
"Circadian clocks are biological mechanisms present in many organisms, including humans, that regulate the daily rhythm of various physiological processes in alignment with the 24-hour day-night cycle. These internal timekeeping systems consist of a complex network of genes and proteins that oscillate with a period of approximately one day. Circadian clocks help coordinate essential functions such as sleep-wake cycles, hormone release, metabolism, and body temperature regulation."
CLOCK Proteins
CLOCK proteins are a crucial component of the molecular circadian clock mechanism, a complex cellular system that regulates various physiological and behavioral processes in living organisms according to the time of day. The term "CLOCK" is an acronym for "Circadian Locomotor Output Cycles Kaput," which highlights its essential role in the generation and maintenance of circadian rhythms.
Dygnsrytm
Biologiska klockor
Period Circadian Proteins
Period Circadian Proteins (PERIOD proteins) refer to a group of proteins that play a crucial role in the regulation of circadian rhythms, which are physical, mental, and behavioral changes that follow a daily cycle. In humans, circadian rhythms regulate sleep-wake cycles, feeding times, hormonal release, and other important bodily functions.
ARNTL Transcription Factors
ARNTL (Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator Like) transcription factors, also known as BMAL1 (Brain and Muscle ARNT-like 1), are crucial components of the circadian clock mechanism in mammals. They form heterodimers with CLOCK proteins and bind to E-box elements in the promoter regions of target genes to regulate their transcription. This rhythmic gene expression controls various physiological processes, including sleep-wake cycles, hormone release, and metabolism, which are synchronized to the 24-hour day-night cycle.
Cryptochromes
Cryptochromes are a type of photoreceptor proteins found in plants and animals, including humans, that are involved in regulating circadian rhythms, which are the internal biological clocks that help to control various physiological processes such as sleep-wake cycles, metabolism, and hormone release. In animals, cryptochromes also play a role in magnetoreception, allowing some species to navigate using the Earth's magnetic field. These proteins contain a light-sensitive cofactor called flavin that allows them to detect and respond to blue light.
Fotoperiod
Den tid, under vilken en organism dagligen utsätts för solljus (dagsljus) eller artificiellt ljus. Reaktionen på denna exponering anses kunna påverka energibalans och värmereglering.
Circadian Rhythm Signaling Peptides and Proteins
Circadian rhythm signaling peptides and proteins refer to the molecules that play a crucial role in the regulation of circadian rhythms, which are physical, mental, and behavioral changes that follow a daily cycle. These rhythms are driven by biological clocks present in all living organisms, including humans. The circadian rhythm signaling peptides and proteins form complex networks that help coordinate various physiological processes such as sleep-wake cycles, feeding, hormone secretion, and body temperature regulation. They interact with each other to create feedback loops that drive the circadian oscillations in a cell-autonomous manner. Examples of circadian rhythm signaling peptides and proteins include PERIOD (PER), CRYPTOCHROME (CRY), CLOCK, BMAL1, and REV-ERBα.
Suprachiasmatisk kärna
Ljus
Nuclear Receptor Subfamily 1, Group D, Member 1
"Nuclear Receptor Subfamily 1, Group D, Member 1" refers to a specific nuclear receptor protein called the "Estrogen Receptor Alpha" (ERα). This protein is encoded by the ESR1 gene in humans and plays a crucial role in mediating the biological effects of estrogens, which are key hormones in the female reproductive system. ERα is widely expressed in various tissues, including breast, uterus, bone, brain, and cardiovascular system, and is involved in regulating gene expression related to growth, development, differentiation, and homeostasis. Dysregulation of ERα signaling has been implicated in several diseases, such as breast cancer and osteoporosis.
Flavoproteiner
Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.
Mörker
'Mörker' är inte en medicinsk term, utan snarare en allmän beskrivning av ett frånvaro av ljus. I vissa medicinska sammanhang kan uttrycket 'nattblindhet' användas för att beskriva en specifik form av synnedsättning där individen har svårt att se klart i dimma, skymning eller under mörker. Men själva termen 'mörker' används inte medicinskt.
Feedback, Physiological
Physiologisk feedback (kroppslig feedback) är ett begrepp inom fysiologin som refererar till självreglerande processer i levande organismer där information om nuvarande tillstånd returneras till systemet för att justera och hålla homeostas. Detta sker genom en sluten kretslopp av det aktiva systemet, sensoriska receptorerna som registrerar informationen och effektormekanismerna som svarar på informationen. Exempel på sådana processer inkluderar reguleringen av kroppstemperatur, blodsockernivå och andning, där förändringar i dessa parametrar ledde till en respons som återställer dem till normaltillstånd.
Arabidopsis
Arabidopsisproteiner
"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.
Reglering av genuttryck, växter
Kaseinkinas I epsilon
Transkriptionsfaktorer
Fotoreceptorerceller, ryggradslösa djur
bHLH-proteiner
"bHLH-proteiner (basic helix-loop-helix proteins) är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller ett välbevarat domän bestående av en basisk region följt av en aminosyrasekvens med två α-helixar som är separerade av en variabel loop. De spelar en central roll i reguleringen av cellulär differensiering, proliferation och apoptos under embryonal utveckling och adulthood."
Reglering av genuttryck
Synechococcus
'Synechococcus' är ett släkte av cyanobakterier (blågröna bakterier) som är unika eftersom de kan utför fotosyntes och producera syre. Dessa encelliga organismer är mycket små, vanligtvis med en storlek på 0,6-1,5 Mikrometer i diameter, och förekommer globalt i olika aquatiska miljöer såsom hav, sjöar och sötvattenreservoarer. De är viktiga primärproducenter i världshaven och bidrar till en signifikant andel syreproduktionen på jorden. 'Synechococcus' har också potentialen att användas inom bioteknik för produktion av bioenergi och andra värdefulla ämnen.
Drosophilaproteiner
Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.
Neurospora crassa
Neurospora crassa är ett filamentöst svamparorganismer som tillhör klassen Sordariomycetes och beskrevs första gången 1843. Det är en typisk modellorganism inom molekylär genetik och används ofta i forskning på grund av sitt snabba växttempero och sin förmåga att undergå sexuell reproduktion under kontrollerade förhållanden. Dess genom har varit fullständigt sekvenserat, vilket gör det till ett värdefullt verktyg för genetisk forskning. Neurospora crassa förekommer naturligt i den tropiska och subtropiska miljön och kan orsaka skador på grödor under vissa omständigheter.
Aktivitetscykler
Cellkärneproteiner
Phototransduction
Phototransduction är den biokemiska process som omvandlar ljusenergi till nervsignaler i de fotoreceptorceller som finns i ögats nätartslager (retina). Denna process innebär att ljuskänsliga proteiner, som kallas rhodopsin eller fotopsin, aktiveras när de utsätts för ljus. Detta ledar till en signalskapselse som ger upphov till en nervimpuls som sedan kan tolkas av hjärnan. Phototransduktion är alltså den grundläggande mekanismen bakom synprocessen och gör att vi kan se världen runt oss.
Melatonin
E-Box Elements
I molekylærbiologi, er E-box elementer specifikke DNA-sequencer der binder til regulerende proteiner kaldet transkriptionsfaktorer, som kontrollerer udtrykket af gener. E-box elementer består af en 6-basers sekvens (CANNTG) og findes ofte i promotorregionen af geni, hvor de regulerer transkriptionen. De er især vigtige for reguleringen af genudtryk i cellulære processer som differentiering, proliferation og apoptose.
Tallkottkörtel
Kaseinkinas I delta
Ett kaseinkinas I-isoenzym (CKI-delta) som har en reglerande roll vid olika cellulära funktioner, bl a vesikeltransport, kromosomsegregering, cytokines, utvecklingsprocesser och dygnsrytm. EC 2.7.1.-.
Mutation
Jetlag
Störning i "den biologiska klockan" till följd av snabb förflyttning över ett antral tidszoner, kännetecknad av sömnlöshet eller hypersomni, trötthet, beteendesymtom, huvudvärk och mag-tarmstörningar.
Läkemedelskronoterapi
"Läkemedelskronoterapi" refererar till användandet av programmerbara pumpar eller andra speciella leveranssystem för att administrera läkemedel på ett automatiserat, tidsmässigt precist sätt till patienten. Detta vanligen används för att ge högdoser av kraftfulla mediciner under en begränsad tid, och kan användas när det behövs för att upprätthålla en jämn koncentration av läkemedlet i blodet under en längre period än vad som är möjligt med vanliga doseringar.
Modeller, biologiska
Oscillometri
Cellcykelproteiner
Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.
Däggdjur
Periodicitet
I en medicinsk kontext, betecknar "periodicitet" oftast den regelbundna frekvensen eller intervallen vid vilka ett visst tillstånd, symptom, sjukdom eller laboratorieverifierbart fynd uppträder över tiden hos en individ. Till exempel kan man tala om "daglig periodicitet" av feber i samband med en infektion eller "veckovis periodicitet" av symtom hos en patient med en viss neurologisk sjukdom.
Neurospora
Neurospora är ett släkte av svampar inom klassen Sordariomycetes, som omfattar flera arter av filamentösa svampar. En specifik medicinsk definition av Neurospora saknas, eftersom den inte orsakar några kända sjukdomar hos människor eller djur. Däremot har Neurospora använts som ett viktigt modellsystem inom molekylärbiologi och genetik, därför att den har en enkel genetisk uppbyggnad och snabb tillväxt.
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
Drosophila
Arylalkylamin N-acetyltransferas
Arylalkylamine N-acetyltransferase (AANAT) är ett enzym involverat i regleringen av sömn-vakena cykel hos däggdjur, genom att katalysera överföringen av en acetylgrupp från acetylkoenzym A till neurotransmittorn serotonin och bildar N-acetylserotonin. Detta enzym har också visat sig spela en roll i regleringen av pigmentproduktionen hos vissa djur, såsom kameleonter.
Hypocotyl
Drosophila melanogaster
Diapause, Insect
RNA, budbärar
Eye Proteins
Eye proteins, also known as ocular proteins, refer to the various types of proteins that are present in the eye and play crucial roles in maintaining its function and health. These proteins can be found in different parts of the eye, including the cornea, iris, lens, retina, and optic nerve. They perform a range of functions, such as providing structural support, enabling vision by absorbing or filtering light, participating in signal transduction pathways, and protecting the eye from damage caused by external factors like ultraviolet (UV) radiation and oxidative stress. Examples of eye proteins include crystallins in the lens, opsins in the retina, and collagens in the cornea.
Transkription, genetisk
Luciferaser
Enzym som oxiderar vissa luminiscerande ämnen så att de avger ljus (fysisk luminiscens). Luciferaser från olika organismer har utvecklats olika under evolutionen. EC 1.13.12 (?).
Cyanobacteria
En undergrupp klorofyllbärande bakterier (blågröna alger) bestående av encelliga eller flercelliga organismer med förmåga att genom fotosyntes producera syre. Blågröna alger är de enda kända organismer som kan binda både koldioxid (under medverkan av ljus) och kväve. Cyanobakterierna betraktades tidigare som alger, men de saknar algernas typiska kärnor och kloroplaster, och jämförelser av nukleotidbaser från 16S och 5S-rRNA tyder på att cyanobakterierna fylogenetiskt har en plats ganska långt ned under de gramnegativa bakterierna.
Temperatur
I en enkel mening kan temperatur inom medicinen definieras som den grad av värmevariation eller termisk energi som mäts i kroppen hos levande organismer, vanligtvis i enheten Celsius (°C) eller Fahrenheit (°F). Den normala kroppstemperaturen för en vuxen människa varierar vanligtvis mellan 36,5 och 37,5 °C (97,7 till 99,5 °F), även om det kan variera något beroende på individuella skillnader, tid på dygnet och metoden för temperaturmätning.
Fotobiologi
Fytokrom B
Fytokrom B är ett fotoreceptorprotein hos växter som absorberar rött ljus (vid en våglängd av ungefär 660 nanometer) och infraröd strålning för att reglera växternas tillväxt, utveckling och fotoperiodiska respons. Det är en del av det tvåkomponentella fytokromsystemet tillsammans med fytokrom A, som reagerar på rött ljus och blå-grönt ljus. Fytokrom B spelar en viktig roll i regleringen av flera biologiska processer, inklusive seedgermination, skott- och rotvallning, blomning och skydd mot oxidativ skada.
Tidsfaktorer
"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.
NIH.3T3-celler
NIH 3T3 celler är en immortaliserad musmuscellinje som vanligtvis används inom grundläggande forskning för att studera celldifferentiering, signaltransduktion och genuttryck. Denna celllinje utvecklades ursprungligen från embryonala fibroblastceller hos mus (Mus musculus) och är nu etablerad som en standardcellinj i biomedicinsk forskning. NIH 3T3-celler har en normal kromosomal status och kan differensieras till adipocyter under speciella kulturförhållanden, vilket gör dem användbara för att studera fettcellsdifferentiering och relaterade sjukdomar.
Möss, inavlade C57BL
"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.
Nuclear Receptor Subfamily 1, Group F, Member 1
Nuclear Receptor Subfamily 1, Group F, Member 1 (NR1F1) is a gene that encodes for the retinoic acid-related orphan receptor alpha (RORα) protein. RORα is a type of nuclear receptor, which are transcription factors that regulate gene expression in response to various signals, including hormones and other molecules. Specifically, RORα is involved in the regulation of circadian rhythm, immune function, and metabolism. It binds to specific DNA sequences called response elements in the promoter regions of target genes and either activates or represses their transcription.
Molekylsekvensdata
Luminiscens
Avgivande av synligt ljus när exciterade elektroner faller från en högre energinivå till en lägre och därvid förlorar energi i form av fotoner. Detta ljus kallas ofta kallt ljus, då det inte uppkommer till följd av upphettning, som vid incandescens. Luminiscens utnyttjas i många praktiska tillämpningar.
Kronobiologiska fenomen
Kaseinkinas I
Rod Opsins
Rhodopsin, även känt som det visuella purpurproteinet, är ett ljuskänsligt protein i stavarna i näthinnan i djurs ögon, som möjliggör mörkerseende genom att underlätta nattvila och skuggbildning. Det är en typ av G-kopplad receptor som aktiveras vid exponering för ljus och initierar en signaltransduktionsväg som leder till en elektrokemisk respons i ögat. Rodopsinet består av två huvudkomponenter: ett protein, opsin, och ett kromofor, retinal, som är bunden till opsinet. När ljus absorberas av retinalet sker en konformationsförändring som orsakar aktivering av rhodopsinet och startar en biokemisk kaskad som leder till synen.
Sömnstörningar, dygnsrytm
RNA, växt
Kronoterapi
Anpassning av läkemedelsdosering till dygnsrytmen. Idén är baserad på iakttagelsen att biologiska funktioner reagerar på tidsrelaterade skeenden, som t ex den sänkta epinefrinnivån mellan kl 22 och kl 4, eller de höjda histaminnivåerna mellan midnatt och kl 4. Behandlingen syftar till att stödja normala rytmer eller att modifiera en behandling som bygger på kända variationer i kroppsrytmerna. Kron oterapi är vanlig vid cancerbehandling, men är inte begränsad till cancerterapi eller till kemoterapi.
Signalomvandling
I en enkel mening kan 'signalomvandling' inom medicin definieras som processen där celler konverterar inkommande signaler, ofta i form av hormoner, neurotransmittorer eller tillväxtfaktorer, till intracellulära svar genom en kaskad av biokemiska händelser. Detta kan leda till aktivering eller inhibitering av vissa cellulära funktioner och är en central mekanism i cellkommunikationen och regleringen av cellulär homeostas.
Feedback
Neuropeptider
Neuropeptider är signalmolekyler som består av korta aminosyrekedjor och fungerar som neurotransmittorer eller neuromodulatorer i det centrala nervsystemet och det perifera nervsystemet. De bildas som en del av posttranslatorisk modifiering av proteiner och är involverade i en rad olika fysiologiska processer, inklusive smärtperception, hunger, sömn, minne och emotionella respons. Neuropeptider binder till specifika receptorer på cellytan och utlöser en kaskad av intracellulära händelser som påverkar cellens funktion och aktivitet.
Sömn
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Solsystemet
Som medicinsk definition kan 'Solsystemet' referera till de himlakroppar som cirkulerar runt solen, inklusive jorden och de andra planeterna, månen och andra naturliga satelliter, småplaneterna, asteroidbältet, kometerna och den interplanetära materien. Solsystemet är vår astronomiska hemvist i universum.
Mesocricetus
Receptors, G-Protein-Coupled
G-protein-kopplade receptorer (GPCR) är en typ av proteiner som spänner över cellytan och fungerar som sensorers för olika signalmolekyler, såsom hormoner, neurotransmittorer och luktämnen. När en signalmolekyl binder till GPCR aktiveras den och startar en signalkaskad inne i cellen genom att interagera med ett G-protein, som består av tre underenheter: α, β och γ.
Fosforylering
Fenotyp
Feeding Behavior
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Möss, knockout
Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.
Förflyttning
Nervceller
Mätning av luminiscens
Metoder för utnyttjande av ljus i form av fysisk luminescens avgiven av ljusalstrande proteiner och andra ljusalstrande ämnen.
Månen
Växtfysiologi
"Växtfysiologi" är ett medicinskt begrepp som refererar till studiet av de fysiologiska processerna hos växter, inklusive deras näringsupptagande, vattenförluster, fotosyntes, andning, tillväxt och utveckling, hormonella regleringar och responsen på miljöfaktorer som ljus, temperatur och mekaniska stimuli.
Genuttrycksmönster
Fagaceae
Sebrafisk
Heteroptera
Aminosyrasekvens
Belysning
Fytokrom A
Fytokrom A är ett fotoreceptorprotein hos växter som spelar en viktig roll i regleringen av växternas tillväxt och utveckling genom att det absorberar rött och infra rött ljus. Det är en del av växternas ljussensorer och är involverat i processer som fotoperiodism, chlorofyllsyntes och geotropism. Fytokrom A existerar i två former, Pr och Pfr, beroende på dess konformation och det kan reversibelt omvandlas mellan de två formerna när växten utsätts för ljus av olika våglängder.
Näthinna
'Näthinna' refererar till den membranösa struktur som skiljer ögats främre och bakre kammare. Det består av två delar: en central, transparent del som kallas cornea, och en mer perifer del som kallas limbus. Näthinnans huvudsakliga funktion är att skydda ögat, hålla vätskan i ögats främre kammare inne, och hjälpa till att fokusera ljus på näthinnan bakom den, där synen sker.
Växtproteiner
Receptors, Vasoactive Intestinal Peptide, Type II
"Vasoactive Intestinal Peptide Type II (VPAC2) receptors are a type of G protein-coupled receptor that bind to and are activated by the neuropeptide Vasoactive Intestinal Peptide (VIP). These receptors are widely expressed in the body, including in the nervous system, endocrine system, and immune system. VPAC2 receptors play a role in regulating a variety of physiological functions, such as smooth muscle relaxation, vasodilation, and immune cell activation."
Genuttryck
Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.
Vakenhet
Melatoninreceptorer
En familj G-proteinbundna receptorer som är specifika för och förmedlar verkan av melatonin. Aktivering av melatoninreceptorer har satts i samband med minskat cykliskt intracellulärt AMP och ökad hydrolys av fosfoinositider.
Fotoreceptorerceller
Celler som känner av och släpper igenom ljus.
F-boxproteiner
F-box proteins are a type of protein that play a crucial role in the ubiquitination and degradation of other cellular proteins. They are characterized by an approximately 40-amino acid motif known as the F-box, which interacts with other components of the Skp1-Cul1-F-box (SCF) complex, a type of E3 ubiquitin ligase. The SCF complex targets specific proteins for degradation by the 26S proteasome, and F-box proteins help to determine which proteins are targeted by recognizing specific motifs or domains within their substrates. There are multiple types of F-box proteins, each with different substrate specificities, allowing for precise control over protein turnover in the cell.
Cyanothece
Ett formsläkte av encelliga, klot- eller stavformade Cyanobacteria (blågröna alger), inom ordningen Chroococcales. Tre olika grupperingar av stammar från olika habitat ingår.