Chaperonin Containing TCP-1 (CCT) är ett proteinkomplex som hjälper till att folda andra proteiner korrekt inuti celler. Det finns i eukaryota celler, och består av två identiska underenheter, CCTα till η, var och en med en molekylvikt på ungefär 60 kDa. CCT hjälper till att folda aktin och tubulin, som är viktiga proteiner för celldelning och cellstruktur. Felet i CCT-relaterade processer har visats korreleras med flera sjukdomar, inklusive neurodegenerativa sjukdomar och cancer.
Medlemmar av familjen värmechockproteiner (HSP). Chaperonin 10 isolerad från bakterier, plastider eller mitokondrier uppträder som en oligomer av sju identiska underenheter sammankopplade i en enda ring.
Medlemmar av familjen värmechockproteiner (HSP). Chaperonin 60 isolerad från bakterier, plastider eller mitokondrier uppträder som ett oligomerprotein med en distinkt struktur bestående av 14 underenh eter, ordnade i två ringar med sju i varje.
En klass av sekvensbesläktade molekylära chaperoner i bakterier, mitokondrier och plastider. Chaperoniner är rikligt förekommande, grundläggande proteiner som ökar i mängd i samband med stresstillstån d, såsom värmechock, bakteriell infektion av makrofager och ökad cellulär mängd av oveckade proteiner. Bakteriella chaperoniner verkar som viktiga immunogener vid bakterieinfektioner hos människa pga sin anhopning under infektionsstress. Två av medlemmarna av denna chaperonklass är chaperonin 10 och chaperonin 60.
Group II chaperonins are large, barrel-shaped protein complexes that assist in the folding of other proteins within the cell. They are found in eukaryotic cells, including those of humans, as well as in archaea. In eukaryotes, the major group II chaperonin is known as CCT (Chaperonin Containing TCP-1), and it is composed of eight different subunits that form a double-ring structure. The protein substrates are bound inside the central cavity of the barrel and undergo folding with the help of ATP hydrolysis. Group II chaperonins play crucial roles in various cellular processes, such as protein quality control, assembly of protein complexes, and regulation of cell cycle progression.
The 'T-complex genome region' refers to a segment of chromosome 6 in humans that contains a cluster of genes known as the T-cell receptor (TCR) complex and other genes related to the immune system. This region is highly conserved across species, indicating its importance in immune function. The TCR complex plays a critical role in the adaptive immune response by enabling T-cells to recognize and respond to specific antigens presented by infected or damaged cells.
Tiosulfatsvaveltransferas är ett enzym som katalyserar överföringen av en svavelsulfanylgrupp (S2-) från tiosulfat till en acceptor, ofta en jodatom eller en annan sulfurylkomponent. Detta enzym har viktiga roller inom biologiska system, särskilt i det enzymatiska avkopplingssteget under biosyntesen av tiolgruppen i proteiner och i nedbrytningen av toxiska svavelkomponenter.
Proteinveckning, eller proteinfoldning, är den process där ett proteinmolekyl plattar ut sig självt och bildar en tredimensionell struktur, som är nödvändig för dess funktion. Denna process sker spontant och är styrd av interaktionerna mellan de aminosyror som proteinets sekvens består av. Fel i proteinveckningen kan leda till att proteinet inte fungerar korrekt, vilket kan orsaka sjukdomar.
Thermosomes are large protein complexes found in eukaryotic cells that play a role in the regulation of intracellular protein homeostasis by assisting in the folding and assembly of newly synthesized proteins, as well as helping to refold and degrade misfolded proteins. They are composed of several chaperone proteins, including heat shock proteins (HSPs), and are thought to function as part of a larger network of protein quality control systems within the cell. Thermosomes are also known to be involved in various cellular processes such as signal transduction, protein trafficking, and the regulation of the cell cycle.
Group I chaperonins are a type of molecular chaperone that assist in the folding of other proteins within the cell. They are found in archaea and the eukaryotic cytosol, and form large, barrel-shaped complexes consisting of two rings stacked back-to-back. Each ring is made up of seven to nine subunits, which surround a central cavity where protein folding takes place.
Ett enzym som katalyserar omvandlingen av (S)-malat och NAD+ till oxaloacetat och NADH. EC 1.1.1.37.
En grupp oregelmässiga, stavformade bakterier som ger grampositiv färgning och inte producerar endosporer.
Adenosin-5´-(tetravätetrifosfat). En adeninnukleotid innehållande tre fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel. Adenosintrifosfat har en betydande roll i ämnesomsättningen och som neurotransmitt or.
Proteiner från någon arkeart.
Protein refolding refererer til procesen hvor en ufoldet eller misfolded proteinmolekyle ændrer sin tertiære struktur for at genoprette sin naturlige, funktionelle konformation efter at have været udsat for stresorfaktorer som f.eks. varme, syrere, baser eller kemiske stoffer. Dette kan opnås ved at justere den biologiske miljø, temperatur og pH således at de naturlige interaktioner mellem aminosyrerne i proteinet igen kan forekomme korrekt, hvilket får proteinet til at refolde sig tilbage til sin originale 3D-struktur. Protein refolding er en vigtig proces inden for biokemi og molekylærbiologi, da mange proteiners funktioner direkte afhænger af deres specifikke tertiære strukturer.
Proteiner som alstras i eukaryota organismer och bakterier som svar på överhettning och andra stressfaktorer i omgivningen. De ökar värmetåligheten och utför funktioner som är livsviktiga under sådana förhållanden.
En familj cellproteiner som förmedlar korrekt sammansättning och sönderdelning av andra polypeptider, och i vissa fall byggande av oligomera strukturer, men som själva inte ingår i de slutgiltiga strukturerna. Man antar att chaperonproteiner medverkar till polypeptiders självkonstruktion genom att hindra alternativa sammansättningsförlopp som skulle producera icke-funktionella strukturer. Några klasser av molekylära chaperoner är nukleoplasminer, chaperoniner, HSP70-stressproteiner och HSP90-stressproteiner.
En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO) is a crucial photosynthetic enzyme that catalyzes the initial step of carbon fixation in the Calvin cycle. It facilitates the reaction between ribulose-1,5-bisphosphate (RuBP) and carbon dioxide (CO2), resulting in the formation of two molecules of 3-phosphoglycerate (3-PGA). This process is essential for converting CO2 into organic compounds, ultimately contributing to plant growth and biomass production.
I enkelhet kan 'proteinkonfiguration' definieras som den specifika rymdstrukturen och orienteringen hos de aminosyror som utgör ett protein. Denna konfiguration bestäms av proteinkedjans primära struktur (sekvensen av aminosyror) samt hur dessa aminosyror är hopfogade och vevda i rummet, vilket kallas för sekundär, tertiär och kvartär struktur. Proteinkonfigurationen har en direkt betydelse för proteinets funktion och stabilitet.
Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.
Thermococcus är ett släkte av archaeer, en grupp encelliga mikroorganismer som saknar cellkärna och mitokondrier. Thermococcus-arkeerna är termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer, ofta runt 80-103 grader Celsius. De förekommer naturligt i extrema miljöer som hydrotermiska ventilationssystem (svavelkällor) på oceanbotten och har potentialen att producera industriellt användbara enzymer som kan tåla höga temperaturer och andra extrema förhållanden.
Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.
Protein denaturering refererar till processen där ett protein förlorar sin naturliga, biologiskt funktionella konformation och tredimensionell struktur som resulterar från att den korrekta sekvensordningen av aminosyror i polypeptidkedjan störs. Detta kan orsakas av faktorer såsom förändringar i pH, temperatur, koncentrationen av salt eller organiska lösningsmedel, mekanisk påverkan eller exponering för kemiska substanser som t.ex. detergenter eller lösningsmedel. När ett protein denatureras kan det bli mer benäget att aggregera och bilda insolubila klumpar, vilket kan leda till förlust av dess funktionella kapacitet. Det är värt att notera att proteiner ofta kan delvis eller fullständigt återfå sin ursprungliga konformation och funktion om de exponeras för normala villkor igen, men i vissa fall kan denaturering vara permanent och leda till
'Sulfolobus' är ett släkte av arkéer som tillhör den termofila och acidofila gruppen. De lever vanligtvis i heta källor med ett pH runt 2-4 och temperaturer upp till 90°C. 'Sulfolobus' är kända för sin förmåga att använda svavelkomplex som elektronacceptorer under cellandning, vilket gör dem till extremofila organismer. Släktet innehåller flera arter, däribland 'Sulfolobus acidocaldarius' och 'Sulfolobus solfataricus'.
Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.
En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Protein undersyrer, eller proteindeficiens, refererer til et tilstand hvor kroppen mangler tilstrækkelig med proteiner for at fungere korrekt. Proteiner er essentielle for at bygge og reparere væv, producere hormoner og enzymer, og styrke immunforsvaret. En proteindeficiens kan føre til muskelatrofi, øget infektionsrisiko, langsomme vækst hos børn, svækkelse af immunsystemet, og i alvorlige tilfælde kan det også medføre koma eller død. Proteinmangel kan skyldes en mangel på proteinindtag eller en øget proteinbehov, fx som følge af sygdom, graviditet eller svær fysisk aktivitet.
Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.
Elektronmikroskopering av prov som snabbt fryses ned. Avbildning av djupfrysta, hydrerade molekyler och organeller återger objektet på ett sätt som bäst överenstämmer med en bild av den levande materian, utan kemisk fixering eller färgning.
Proteiner förekommande hos någon bakterieart.
Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.
Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.
5´-adenylsyra, monoanhydrid med imidodifosforsyra. En ATP-analog, där syreatomen mellan beta- och gammafosfatet ersatts med en kväveatom. Hämmar lösligt och membranbundet mitokondrie-ATPas samt ATP-be roende oxidativa fosforyleringsreaktioner.
En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.
Adenosin-5´-(trivätedifosfat). En adeninnukleotid innehållande två fosfatgrupper som förestrats till en sockerdel vid 5´-positionen.
Rekombinanta proteiner är proteiner som innehåller sekvenser från två eller flera olika källor, vanligtvis genom genetisk manipulation i laboratorium. Genom användning av rekombinant-DNA-teknik kan man kombinera gener från olika organismer för att skapa en ny gen som kodar för ett protein med önskade egenskaper. Detta är en viktig metod inom biomedicinsk forskning och används bland annat för produktion av läkemedel, diagnostiska verktyg och för studier av proteiner och deras funktioner.
Ett enzym som reversibelt katalyserar slutsteget i alkoholjäsning genom reduktion av aldehyd till alkohol. När det gäller etanol, så reduceras acetaldehyd till etanol i närvaro av NADH och väte. Enzym et är ett zinkprotein med verkan på primära och sekundära alkoholer hemiacetaler. EC 1.1.1.1.
3-Isopropylmalate Dehydrogenase (IPMDH) är ett enzym involverat i metabolismen av aminosyran leucin. Det katalyserar nedbrytningen av 3-isopropylmalat till 2-ketoisocaproat, som är en intermediär i citronsyracykeln. IPMDH spelar därför en viktig roll i energiproduktionen och ämnesomsättningen i kroppen.
Tubulin refererar till ett protein som är en viktig komponent i mikrotubuli, en del av cytoskelettet hos eukaryota celler. Tubulin förekommer i två huvudformer, alfa-tubulin och beta-tubulin, och dessa dimeriserar för att bilda tubulin-dimertubler, vilka sedan polymeriseras för att bilda mikrotubuli. Mikrotubuli är dynamiska strukturer som spelar en roll i celldelning, intracellulär transport och cellrörelse. Tubulin kan också vara ett mål för vissa läkemedel, till exempel taxaner som används inom cancerbehandling.
Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.
Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.
'Thermus thermophilus' är en gram-negativ, aerob bakterie som trivs vid höga temperaturer (upp till 85°C) och har därför kallats "hettkärleksbakterie". Den förekommer naturligt i varma källor med hög pH och saltkoncentration. Dess genetiska material är extremt stabilt vid höga temperaturer, vilket gör den användbar inom molekylärbiologi för att producera termostabila enzymer som används i PCR-teknik och andra biotekniska tillämpningar.
Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.
Protein renaturation refererar till processen där ett protein som har blivit denaturerat, det vill säga förlorat sin naturliga tertiär- och sekundärstruktur, återfår sin ursprungliga konformation och funktion. Denna process kan ske spontant under specifika fysikaliska och kemiska betingelser, såsom temperatur, pH och saltkoncentration. Proteinrenaturation kan också uppnås genom kontrollerade in vitro-förfaranden, där proteinet gradvis exponeras för mildare miljöförhållanden för att successivt återfå sin ursprungliga struktur och funktion.
Aeropyrum är ett archaeal släkte inom den termofila och extremt alkalikärleksfula gruppen av arkéer, som lever under extrema livsvillkor. Det är det enda kända släktet i sin familj, Aeropyraceae, och innehåller en enda art, Aeropyrum pernix, som först isolerades från en varm källa vid Beppu, Japan. Aeropyrum-arter har en unik metabolism jämfört med andra arkéer och lever av att oxidera svavelväte till svavel. De är också kända för sin förmåga att använda syre som elektronacceptor under aerob respiration, vilket gör dem unika bland arkéer. Släktet har studerats intensivt på grund av sitt potential som modellorganism för att undersöka de grundläggande principerna bakom archaeell cellulär biologi och extremofil adaptiv evolution.
Enzym som katalyserar det första steget i trikarbonsyracykeln (citronsyracykeln). Det katalyserar reaktionen mellan oxaloacetat och acetyl-CoA till citrat och koenzym A. EC 4.1.3.7.
Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.
Substratcykling, även kallat metaboliskt enzymskift eller produktinhibering, är ett fenomen inom farmakologi och biokemi där ett substrat (en molekyl som undergår en reaktion) kan påverka aktiviteten hos ett enzym genom att binda till och modifiera enzymets funktion på olika sätt. Detta kan leda till förändringar i hastigheten eller specificiteten hos enzymreaktionen, vilket kan ha betydelse för hur läkemedel metaboliseras och elimineras i kroppen.
Proteiner är komplexa biomolekyler, byggda av aminosyror som kedjas samman i en polymer. De utför viktiga funktioner inom levande organismers celler, såsom att fungera som strukturella komponenter, hormoner, enzymer och signalsubstanser. Proteinernas specifika aminosyrasekvens bestämmer deras tertiärstruktur och därmed också deras funktionella egenskaper.
Proteiner från Escherichia coli.
En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.
Ett släkte anaeroba, stavformade metanbakterier (Methanobacteriaceae). Bakterierna är orörliga och nyttjar ammoniak som enda kvävekälla. Dessa metanbildande bakterier finns i sjösediment, jord, avloppsvatten och i djurs tarmflora.
Ett multiproteinkomplex är en sammansättning av två eller flera proteiner som interagerar och fungerar tillsammans för att utöva en specifik cellulär funktion. Dessa proteiner binds till varandra med hjälp av icke-kovalenta interaktioner, såsom vätebindningar, hydrofoba interaktioner och Van der Waals-krfter. Många cellulära processer, inklusive signaltransduktion, DNA-replikering, transkription och proteinsyntes, kräver multiproteinkomplex för att koordinera och reglera dessa funktioner effektivt.
Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.
En klass organiska föreningar som innehåller en anilin- (fenylamin-)grupp länkad till ett salt eller en ester av naftalensulfonsyra. De används ofta som fluorescerande färgämne.
Ett kraftigt basisk, organiskt ämne, främst i form av guanidiumjoner vid fysiologiskt pH. Det återfinns i urin som en normal metabolit av protein. Guanidinhydroklorid används i laboratoriearbete för proteindenaturering. Det används även för behandling av myasteni och som fluorescerande sond vid HPLC.
"Urinämne" refererar till det sammanfattade medicinska begreppet för alla de substanser som ingår och kan påträffas i urinen, inklusive vatten, salter, hormoner, proteiner, glukos, pigment, läkemedel och avfallsprodukter från kroppens cellulära metabolism.
"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."
Proteiner med hög molekylvikt som förekommer i cytoskelettets mikrotubuli. Under vissa förhållanden krävs de för hopsättningen av tubulin med mikrotubuli och för stabilisering av mikrotubulistrukturerna.
Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.
Trådliknande proteiner som utgör huvuddelen av muskelfibrernas tunna trådar. Trådarna (också benämnda filamentöst - eller F-aktin) kan sönderdelas i globulära underenheter (G-aktin) bestående av en e nda polypeptid, 375 aminosyror lång. I samverkan med myosin ansvarar aktin för musklernas sammandragning och avslappning.
Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.
Thermoplasma är ett genus av arkéer som lever under extremt höga temperaturer och syrorikt miljöer, såsom svavelkällor. De saknar cellvägg och har istället en yttre membran skapad av eterlipider. Thermoplasma är termofila, vilket betyder att de trivs vid höga temperaturer upp till 60°C. Dessa arkéer spelar en viktig roll i studiet av extrema livsvillkor och extremofila organismer.
Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.
Halvautonoma, självförökande organeller som finns i cytoplasman hos alla celler hos nästan alla eukaryoter. Varje mitokondrie omges av ett dubbelt membran. Det inre är kraftigt inbuktat, och dess utskott kallas kristor (cristae). I mitokondrierna sker oxidativa fosforyleringsreaktioner, vilka leder till bildande av ATP. De innehåller bestämda ribosomer, transfer-RNA, aminacyl-tRNA-syntetaser, och förlängnings- och termineringsfaktorer. Mitokondrier är beroende av generne i kärnan i den cell de befinner sig i för många avgörande typer av budbärar-RNA. Mitokondrier antas ha uppstått ur aeroba bakterier som etablerat ett symbiotiskt förhållande med primitiva protoeukaryoter.
En klass molekylära chaperoner som finns både hos prokaryoter och ett flertal avdelningar av eukaryota celler. Det föreligger bevis för att dessa proteiner kan samverka med polypeptider i ett antal olika uppbyggnadsförlopp, så att bildande av icke-funktionella strukturer förhindras.
Visuell eller fotografisk mikroskopi, där elektronstrålar (med våglängder tusentals gånger kortare än synligt ljus) används i stället för ljus, vilket ger avsevärt större förstoring. Elektronernas interaktion med preparaten ger upplysning om preparatens finstruktur. Vid transmissionselektronmikroskopi ger elektronernas reaktioner under passage genom ett mycket tunt preparat upphov till en bild. Vid svepelektronmikroskopi faller en elektronstråle snett mot preparatytan, och av reaktionerna ovan ytan alstras en bild. Elektronmikroskopi förkortas ofta EM.
Ett enzym i oxidoreduktasklassen som katalyserar omvandlingen av isocitrat och NAD+ till 2-ketoglutarat, koldioxid och NADH. Det finns i cellers mitokondrier. Enzymet kräver Mg2+ och Mn2+; det aktiveras av ADP, citrat och Ca2+, och hämmas av NADH, NADPH och ATP. Reaktionen är det avgörande, hastighetsreglerande steget i citronsyracykeln. EC 1.1.1.41.
Den vätska (vattenlösning) som fyller ut utrymmet mellan organellerna och andra cellorgan i cytoplasman.
Mätning av intensitet och kvalitet hos fluorescerande ljus.
Tetrahydrofolate dehydrogenase (EC 1.5.1.20) er ein emne i biokjemisken som katalyserer den oxidative desaminationen av tetrahydrofolat til dihydrofolat med NAD+ som elektronakseptor. Denne reaksjonen er viktig for folsyra-metabolismen og kan ha en betydning i behandlinga av kreft og andre sykdomar.
En aktivators eller hämmares inverkan på t ex ett enzyms aktivitet genom att binda till annan plats på enzymet än dess aktiva centrum.
De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.
Inklusionskroppar i växtceller som innehåller fotosyntespigmentet klorofyll, vilket hör samman med tylakoidmembranet. Kloroplaster finns i bladceller och unga stammar hos högre växter.
En familj inom Thermoproteales, bestående av anaeroba kocker, som fakultativt utnyttjar peptider, proteiner eller kolhydrater genom svavelomsättning eller jäsning. Det finns fyra släkten: Desulfurococcus, Pyrodictium, Staphylothermus och Thermodiscus.
"Sekundær proteinstruktur refererer til den lokale, regulære foldning af en del af et proteins peptidkæde, der er stabiliseret af hydrogenbindinger mellem aminosyrestrupperne, f.eks. alfa-helix eller beta-skal."