CLOCK proteins are a crucial component of the molecular circadian clock mechanism, a complex cellular system that regulates various physiological and behavioral processes in living organisms according to the time of day. The term "CLOCK" is an acronym for "Circadian Locomotor Output Cycles Kaput," which highlights its essential role in the generation and maintenance of circadian rhythms.

"Circadian clocks are biological mechanisms present in many organisms, including humans, that regulate the daily rhythm of various physiological processes in alignment with the 24-hour day-night cycle. These internal timekeeping systems consist of a complex network of genes and proteins that oscillate with a period of approximately one day. Circadian clocks help coordinate essential functions such as sleep-wake cycles, hormone release, metabolism, and body temperature regulation."

Circadian rhythm signaling peptides and proteins refer to the molecules that play a crucial role in the regulation of circadian rhythms, which are physical, mental, and behavioral changes that follow a daily cycle. These rhythms are driven by biological clocks present in all living organisms, including humans. The circadian rhythm signaling peptides and proteins form complex networks that help coordinate various physiological processes such as sleep-wake cycles, feeding, hormone secretion, and body temperature regulation. They interact with each other to create feedback loops that drive the circadian oscillations in a cell-autonomous manner. Examples of circadian rhythm signaling peptides and proteins include PERIOD (PER), CRYPTOCHROME (CRY), CLOCK, BMAL1, and REV-ERBα.

Period Circadian Proteins (PERIOD proteins) refer to a group of proteins that play a crucial role in the regulation of circadian rhythms, which are physical, mental, and behavioral changes that follow a daily cycle. In humans, circadian rhythms regulate sleep-wake cycles, feeding times, hormonal release, and other important bodily functions.

De fysiologiska mekanismer som styr de regelbundna variationerna av vissa biokemiska och fysiologiska fenomen hos växter och djur.

Regelbundet återkommande, i cykler om ca 24 timmar, biologiska aktiviteter, som t ex känslighet för läkemedel och stimuli, hormonutsöndring, sömn, ätande osv. Denna rytm tycks styras av en biologisk k locka, som följer återkommamde perioder av dagsljus och mörker.

ARNTL (Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator Like) transcription factors, also known as BMAL1 (Brain and Muscle ARNT-like 1), are crucial components of the circadian clock mechanism in mammals. They form heterodimers with CLOCK proteins and bind to E-box elements in the promoter regions of target genes to regulate their transcription. This rhythmic gene expression controls various physiological processes, including sleep-wake cycles, hormone release, and metabolism, which are synchronized to the 24-hour day-night cycle.

Cryptochromes are a type of photoreceptor proteins found in plants and animals, including humans, that are involved in regulating circadian rhythms, which are the internal biological clocks that help to control various physiological processes such as sleep-wake cycles, metabolism, and hormone release. In animals, cryptochromes also play a role in magnetoreception, allowing some species to navigate using the Earth's magnetic field. These proteins contain a light-sensitive cofactor called flavin that allows them to detect and respond to blue light.

Ett kaseinkinas I-isoenzym (CKI-epsilon) specifikt inriktat på proteiner som ingår i regleringen av dygnsrytmen. EC 2.7.1.-.

Flavoproteiner är proteiner som binder flavinmononukleotid (FMN) eller flavinadensindinukleotid (FAD), två former av vitamin B2. Dessa koenzymers fungerar som elektrontransportörer i en rad biologiska reaktioner, inklusive oxidation-reduktionreaktioner. Flavoproteiner deltar i ett brett spektra av cellulära processer, såsom aerobisk and respiration, fotosyntes och metabolismen av aminosyror, fettsyror och karbohydrater.

Den tid, under vilken en organism dagligen utsätts för solljus (dagsljus) eller artificiellt ljus. Reaktionen på denna exponering anses kunna påverka energibalans och värmereglering.

The suprachiasmatic nucleus (SCN) is the primary circadian pacemaker in mammals, located in the hypothalamus above the optic chiasm, responsible for regulating various physiological and behavioral rhythms in response to light-dark cycles.

I molekylærbiologi, er E-box elementer specifikke DNA-sequencer der binder til regulerende proteiner kaldet transkriptionsfaktorer, som kontrollerer udtrykket af gener. E-box elementer består af en 6-basers sekvens (CANNTG) og findes ofte i promotorregionen af geni, hvor de regulerer transkriptionen. De er især vigtige for reguleringen af genudtryk i cellulære processer som differentiering, proliferation og apoptose.

En undergrupp klorofyllbärande bakterier (blågröna alger) bestående av encelliga eller flercelliga organismer med förmåga att genom fotosyntes producera syre. Blågröna alger är de enda kända organismer som kan binda både koldioxid (under medverkan av ljus) och kväve. Cyanobakterierna betraktades tidigare som alger, men de saknar algernas typiska kärnor och kloroplaster, och jämförelser av nukleotidbaser från 16S och 5S-rRNA tyder på att cyanobakterierna fylogenetiskt har en plats ganska långt ned under de gramnegativa bakterierna.

Ett kaseinkinas I-isoenzym (CKI-delta) som har en reglerande roll vid olika cellulära funktioner, bl a vesikeltransport, kromosomsegregering, cytokines, utvecklingsprocesser och dygnsrytm. EC 2.7.1.-.

'Synechococcus' är ett släkte av cyanobakterier (blågröna bakterier) som är unika eftersom de kan utför fotosyntes och producera syre. Dessa encelliga organismer är mycket små, vanligtvis med en storlek på 0,6-1,5 Mikrometer i diameter, och förekommer globalt i olika aquatiska miljöer såsom hav, sjöar och sötvattenreservoarer. De är viktiga primärproducenter i världshaven och bidrar till en signifikant andel syreproduktionen på jorden. 'Synechococcus' har också potentialen att användas inom bioteknik för produktion av bioenergi och andra värdefulla ämnen.

Proteiner från insektarter tillhörande släktet Drosophila (bananfluga, fruktfluga). Särskilt proteiner från den mest välundersökta Drosophilaarten, Drosophila melanogaster, tilldrar sig stort intresse när det gäller forskning inom morfogenes och utveckling.

Det område av det elektromagnetiska spektret som det mänskliga ögat är känsligt för. Ljusets våglängd ligger mellan 400 och 800 nanometer, dvs mellan de ultravioletta och infraröda frekvenserna.

Neurospora är ett släkte av svampar inom klassen Sordariomycetes, som omfattar flera arter av filamentösa svampar. En specifik medicinsk definition av Neurospora saknas, eftersom den inte orsakar några kända sjukdomar hos människor eller djur. Däremot har Neurospora använts som ett viktigt modellsystem inom molekylärbiologi och genetik, därför att den har en enkel genetisk uppbyggnad och snabb tillväxt.

"bHLH-proteiner (basic helix-loop-helix proteins) är en typ av transkriptionsfaktorer som innehåller ett välbevarat domän bestående av en basisk region följt av en aminosyrasekvens med två α-helixar som är separerade av en variabel loop. De spelar en central roll i reguleringen av cellulär differensiering, proliferation och apoptos under embryonal utveckling och adulthood."

Cellkärneproteiner är proteiner som lokaliseras till cellkärnan och utövar strukturella, regulatoriska eller katabola/anabola funktioner inom cellkärnans olika kompartment, såsom kromosomer, karyolymfa och kärnmembran.

Celler hos ryggradslösa djur som är specialiserade på att känna av ljus och mörker och förmedla dessa intryck i det centrala nervsystemet.

Transkriptionsfaktorer är proteiner som binder till DNA-regulatoriska sekvenser och kontrollerar transkriptionen av gener, vilket påverkar syntesen av specifika proteinmolekyler i cellen.

Physiologisk feedback (kroppslig feedback) är ett begrepp inom fysiologin som refererar till självreglerande processer i levande organismer där information om nuvarande tillstånd returneras till systemet för att justera och hålla homeostas. Detta sker genom en sluten kretslopp av det aktiva systemet, sensoriska receptorerna som registrerar informationen och effektormekanismerna som svarar på informationen. Exempel på sådana processer inkluderar reguleringen av kroppstemperatur, blodsockernivå och andning, där förändringar i dessa parametrar ledde till en respons som återställer dem till normaltillstånd.

Ett släkte små, tvåvingade flugor (bananfluga, fruktfluga) med ungefär 900 kända arter. Inga andra arter av organismer är så väl undersökta i genetiskt och cellbiologiskt hänseende som dessa.

I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.

Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.

De processer genom vilka cellkärnors, cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten under transkriptions- eller translationsstadierna. Hit hör även genaktivering och geninduktion.

Neurospora crassa är ett filamentöst svamparorganismer som tillhör klassen Sordariomycetes och beskrevs första gången 1843. Det är en typisk modellorganism inom molekylär genetik och används ofta i forskning på grund av sitt snabba växttempero och sin förmåga att undergå sexuell reproduktion under kontrollerade förhållanden. Dess genom har varit fullständigt sekvenserat, vilket gör det till ett värdefullt verktyg för genetisk forskning. Neurospora crassa förekommer naturligt i den tropiska och subtropiska miljön och kan orsaka skador på grödor under vissa omständigheter.

Proteiner hos någon insektsart.

Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.

Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.

Teoretiska modeller som efterliknar förlopp hos biologiska processer eller sjukdomar. För sjukdomsmodeller hos levande djur

Proteiner förekommande hos någon bakterieart.

Fysisk aktivitet hos människor eller djur som ett beteendefenomen.

Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.

En flugart som används mycket i genetisk forskning pga sina stora kromosomer.

Djur, vars genom förändrats med hjälp av genteknik, eller deras avkomma.

"Nuclear Receptor Subfamily 1, Group D, Member 1" refers to a specific nuclear receptor protein called the "Estrogen Receptor Alpha" (ERα). This protein is encoded by the ESR1 gene in humans and plays a crucial role in mediating the biological effects of estrogens, which are key hormones in the female reproductive system. ERα is widely expressed in various tissues, including breast, uterus, bone, brain, and cardiovascular system, and is involved in regulating gene expression related to growth, development, differentiation, and homeostasis. Dysregulation of ERα signaling has been implicated in several diseases, such as breast cancer and osteoporosis.

"Arabidopsis proteins" refer to the proteins that are encoded by the genes present in the genome of the model plant species Arabidopsis thaliana. These proteins play various roles in different cellular processes, such as metabolism, signaling, regulation, and defense responses, among others. The study of Arabidopsis proteins is crucial for understanding fundamental biological mechanisms and has broad implications for plant biology and agriculture.

Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.

Ett släkte blommande växter i den norra tempererade zonen. Arten A. thaliana används för växtgenetiska studier.

Genetisk transkription är ett biologiskt process där DNA-sekvensen kopieras till en mRNA-sekvens (meddelande RNA) med hjälp av enzymet RNA-polymeras, vilket möjliggör syntesen av proteiner.

Alla proteiner som förekommer i svampar.

"RNA (Ribonucleic acid) är ett ensträngat nucleotidmolekylt som fungerar som genetisk budbärare i celler, transportierande genetisk information från DNA till ribosomer under protein syntesprocessen."

"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."

Kontrollerad transport av proteiner och RNA genom cellkärnans hölje.

Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.

Musstammar, hos vars individer vissa gener inaktiverats, eller slagits ut. Utslagningen åstadkoms genom att man med hjälp av rekombinant DNA-teknik ändrar den normala DNA-sekvensen hos den gen som är föremål för studier, för att förhindra syntes av normala genprodukter. Klonade celler med lyckad DNA-förändring injiceras sedan i musembryon för framställning av chimärer. De chimära mössen avlas därefter för att ge en stam där alla celler i varje mus innehåller den brutna genen. Knockout-möss används i experimentella djurmodeller av sjukdomar och för att klarlägga geners funktioner.

"Tertiär proteinstruktur refererar till den tresdimensionella formen och flexibiliteten hos ett protein, som resultat av specifika interaktioner mellan dess sekundära strukturelement, såsom alfa-helixar och beta-skikt."

Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.

'Mörker' är inte en medicinsk term, utan snarare en allmän beskrivning av ett frånvaro av ljus. I vissa medicinska sammanhang kan uttrycket 'nattblindhet' användas för att beskriva en specifik form av synnedsättning där individen har svårt att se klart i dimma, skymning eller under mörker. Men själva termen 'mörker' används inte medicinskt.

Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.

Aminosyresekvenshomologi refererer til den grad af lighed i rækkefølgen af aminosyrerne, der udgør proteiner hos to eller flere organismer. Jo større antal identiske aminosyrer i samme position i de sammenlignede sekvenser, des højere er graden af homologi. Dette begreb anvendes ofte i molekylærbiologien for at fastslå evolutionæ forhold og funktionelle egenskaber hos proteiner.

I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.

"C57BL mice" är en specifik stam av möss som används inom forskning. De är så kallade inbredda möss, vilket betyder att de har en mycket konsekvent genetisk bakgrund eftersom de härstammar från en enda individ och har förökat sig genom systerskötsel under många generationer. Detta gör att deras egenskaper är väldigt repeterbara, vilket är användbart inom experimentell forskning. C57BL-stammen är känd för sin robusta hälsa och långa livslängd jämfört med andra mössstammar. De används ofta inom olika områden av biomedicinsk forskning, till exempel cancer-, neurologi- och immunologiforskning.

RNA-interferens (RNAi) är ett naturligt förekommande cellulärt försvarsmekanism hos eukaryota celler, som reglerar genuttryck och skyddar mot främmande genetisk material, såsom virusgenomer och transponibla element. RNAi-mekanismen involverar degradering av specifika mRNA-transkript med hjälp av korta, dubbelsträngade RNA-molekyler (siRNA) som en del av ett RNA-inducerat silencing-komplex (RISC). Denna process leder till specifik nedreglering av genuttryck genom att förhindra översättningen av mål-mRNA till protein.

En i den eukaryota cellen belägen, höljeomgiven kropp, som innehåller kromosomer och en eller flera nukleoler. Höljet består av ett dubbelmembran, genomsatt av ett antal porer. Det yttre membranet öve rgår i det endoplasmatiska nätverket. Det kan finnas mer än en kärna i en cell.

"Tidsfaktorer" refererar inom medicinen till de aspekter av tiden som kan spela in på en persons hälsa, sjukdomsutveckling eller svar på behandling. Detta kan omfatta sådant som tidpunkt för exponering för en skada eller en infektion, tid som har gått sedan symtom uppstod, eller den tid det tar för en behandling att verka. Tidsfaktorer kan vara av avgörande betydelse för att ställa diagnoser, planera behandlingar och förutse prognoser.

"Nervceller, eller neuroner, är de specialiserade cellerna som utgör det fundamentala building blocket i nervsystemet hos djur. De är ansvariga för bearbeta, överföra och lagra information genom elektriska och kemiska signaler."

Avbrott i den rytmiska cykeln för kroppsfunktioner eller aktiviteter.

Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.

Den del av det centrala nervsystemet som befinner sig innanför kraniet och som omfattar prosencefalon (framhjärnan), mesencefalon (mitthjärnan) och rombencefalon (ruthjärnan). Den uppstår ur främre de len av embryots nervtub. Dess funktioner inkluderar muskelkontroll och koordination, mottagande och behandling av sinnesintryck, talframställning, minneslagring samt hantering av tankar och känslor.

I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.

Histokemiskt påvisande av immunreaktiva ämnen med hjälp av märkta antikroppar.

Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.

De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.