Arkeproteiner: Proteiner från någon arkeart.Arke-RNAArke-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.Arkegener: Den genetiska massan hos arkéer.Arkegenom: Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.Genuppsättning: En organisms fullständiga arvsmassa, så som den är representerad i dess DNA eller, i vissa fall, RNAArkeer: Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.Genom, bakteriellt: Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.Genom, viralt: Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.ArkevirusReglering av genuttryck, arkeisk: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos arkéer.Genom, växt: Den fullständiga arvsmassan i en växts kromosomuppsättning.Genom, humant: Den kompletta arvsmassan i en människas kromosomuppsättning, antingen den haploida (från en förälder) eller diploida (från båda föräldrar). Den haploida uppsättningen innehåller 50 000 till 100 000 gener och ungefär 3 miljarder baspar.Fylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.SulfolobusGenom, mitokondrielltDNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Methanobacteriaceae: En familj anaeroba, kockoida eller stavformade Methanobacteriales. Cellmembranen består huvudsakligen av polyisoprenoid-kolväten länkade med eter till glycerol. Bakterierna återfinns i anaeroba miljöer överallt i naturen.Methanococcales: En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.Crenarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.Arkekromosomer: Strukturella enheter i kärnan av arkaiska celler, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Genom, svamp: Den fullständiga arvsmassan i kromosomuppsättningen hos svamp.Evolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Methanococcus: Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.Sulfolobus solfataricusGenome SizeHaloferax volcanii: En art saltälskande arkéer som lever i Döda havet.Pyrococcus furiosusRibosome Subunits, Large, ArchaealAminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.SekvensinpassningGenomik: Det systematiska studiet av organismers kompletta uppsättning av DNA-sekvenser.Pyrococcus abyssiGenom, insektGenom, protozoiskt: Den kompletta arvsmassan i kromosomuppsättningen hos en protozo.Archaeoglobus fulgidus: En art extremt termofila, svavelreducerande arkebakterier. Den växer vid en temperatur på högst 95 grader C i marina, geotermiska områden.Methanosarcina: Ett släkte anaeroba, oregelbundet klotformade Methanosarcinales med orörliga medlemmar. De bildar inte endosporer. Dessa arkéer får sin energi genom att bilda metan från acetat, metanol, mono-, di- och trimetylamin, och möjligen kolmonoxid. De påträffas i sötvatten och havsmiljöer.Bakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.Sulfolobus acidocaldariusPyrococcus horikoshiiOpen Reading FramesGenom, kloroplastAcidianusGenkartläggning: Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.Sekvenshomologi, aminosyraMetan: Det enklaste, mättade kolvätet (CH4).RNA, ribosomalt, 16SNanoarchaeotaPyrococcusEuryarchaeota: Ett rike av Archaea, omfattande metanbildande organismer, Halobacteriales (saltbakterier), Archaeoglobales (sulfatreducerande), samt de termofila Thermococcales och Thermoplasmales.Genordning: Genernas ordningsföljd på en kromosom.ThermoplasmaBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.Genöverföring, horisontell: Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).Bioinformatik: Ett område inom biologin för utveckling och tillämpning av metoder att samla och bearbeta biologiska data, och för bruk av dessa data för upptäckter eller förutsägelser. SynteniKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.ArtsspecificitetGlyceryletrar: Föreningar där en eller fler hydroxylgrupper av glycerol har eterbindning med en mättad eller omättad alifatisk alkohol. En eller två av glycerolhydroxylgrupperna kan vara förestrade. Dessa ämnen har påträffats i olika typer av djurvävnad.Variation (Genetics)Eukaryota celler: Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.Multigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.Geologiska sediment: Avlagringar på land eller i vatten av fragmenterat, fast, oorganiskt material, som lösgörs genom vittring eller nötning av berggrunden eller genom vulkanisk verksamhet, och som transporteras av luft, vatten eller is.Genom, maskModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Modeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.ThermoproteaceaeBakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Genom, plastidDatabaser, genetiska: Speciella databaser för fakta om gener och genprodukter.Methanobacterium: Ett släkte anaeroba, stavformade metanbakterier (Methanobacteriaceae). Bakterierna är orörliga och nyttjar ammoniak som enda kvävekälla. Dessa metanbildande bakterier finns i sjösediment, jord, avloppsvatten och i djurs tarmflora.HUGO-projektet: Ett internationellt samarbete med syfte att kartlägga människans hela genom. Projektet startade 1989.Virus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.NukleinsyrakonfigurationSekvenshomologi, nukleinsyraMethanosarcinales: En ordning anaeroba metanproducerande organismer i riket Euryarchaeota. Det finns två familjer: Methanosarcinaceae och Methanosaetaceae.RNA, transferRibosom-DNA: DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.SaltvattenMethanobacteriales: En ordning anaeroba, kockoida eller stavformade metanbildande bakterier inom riket Euryarchaeota. De är orörliga, katabolyserar inte kolhydrater, proteinämnen eller organiska föreningar andra än formiater eller kolmonoxid, och har stor utbredning i naturen.Bassammansättning: Den relativa mängden purin och pyrimidin i en nukleinsyra.Transkription, genetiskBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Mutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Rekombination, genetiskRibosome Subunits, Small, ArchaealMolecular Sequence AnnotationDesulfurococcaceae: En familj inom Thermoproteales, bestående av anaeroba kocker, som fakultativt utnyttjar peptider, proteiner eller kolhydrater genom svavelomsättning eller jäsning. Det finns fyra släkten: Desulfurococcus, Pyrodictium, Staphylothermus och Thermodiscus.EukaryotaBakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.Gendubblering: Processer som förekommer i olika organismer och leder till att enstaka gener dubbleras. Vid dubblering av angränsande gener föreligger en dubblerad sekvens inom de gränser som bestäms av start och stoppsignalerna för ursprungsgenens proteinsyntes, vilket ger till resultat en högre produktion av transkriptionsprodukter och protein. Vid diskret gendubblering hamnar den dubblerade sekvensen utanför start och stoppsignalerna, varvid två oberoende gener med sina genprodukter kommer att föreligga. Gendubblering kan leda till en flergensfamilj, supergener eller pseudogener.Mjukvara: Sekventiella instruktioner (programkod) för utförande av en speciell uppgift eller funktion i en dator.Proteinstruktur, tertiärKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.PolymeraskedjereaktionUpprepade sekvenser, nukleinsyraRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.SulfolobalesBiologisk mångfaldNitrificationKorarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea, omfattande termofila organismer från den heta källan Obsidian Pool i Yellowstone nationalpark, vilka tiullhör de mest primitiva livsformer som finns. De har genomgått en mycket liten evolutionsförändring.Methanococcaceae: En familj anaeroba Methanococcales, vars medlemmar kan förflytta sig med hjälp av flageller. Dessa metanbildande organismer nyttjar koldioxid som elektronacceptor.DNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Bakteriekromosomer, artificiella: DNA-konstruktioner som består av, åtminstone, ett replikationscentrum, för replikation, förökning och fortlevnad, i form av en extra kromosom i bakterier. De kan dessutom innehålla stora mängder (ca 200 kb) andra sekvenser för många olika bioteknologiska ändamål.Jordmikrobiologi: Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.SekvenshomologiRNA, viraltOmflyttningsbara DNA-segment: Enskilda segment av DNA som kan falla ut och återinlämmas på annan plats i genomet. De flesta är inaktiva, dvs att de inte påträffats i annat än sitt integrerade tillstånd. Till de omflyttningsbara DNA-segmenten hör IS("insertion sequence")- och Tn-enheterna hos bakterier, Ac- och Ds-sekvenserna hos majs, P-, gypsy- och pogosekvenserna hos Drosophila, Tiggersekvenserna hos människa samt Tc- och marinersekvenserna, vilka förekommer i hela djurriket.DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Klusteranalys: En uppsättning statistiska metoder för gruppering av variabler eller observationer i undergrupper med starkt inbördes förhållande. Inom epidemiologin kan metodiken användas till at analysera en serie av nära sammanhörande händelser eller sjukdomsfall eller andra hälsorelaterade fenomen i förhållande till tid eller plats eller båda.Halobacterium salinarum: En art saltälskande arkéer som återfinns i saltsjöar. Vissa stammar bildar under anaeroba förhållanden en lila hinna.Virusgener: Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.Biological EvolutionHaloarcula: Ett släkte av Halobacteriaceae som särskiljer sig från övriga släkten i familjen genom närvaro av specifika derivat av TGD-2-polära lipider. Haloarcula lever i neutrala, salta miljöer, som t ex saltsjöar, marina saltgårdar och salta jordar.VirusproteinerVarma källor: Vattenflöden, uppvärmda genom geotermisk påverkan. Varma källor i dagen har använts för balneoterapi.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Databaser, nukleinsyror: Specialdatabaser med information om nukleinsyror, såsom bassekvenser, SNPS (nukleotidpolymorfism), nukleinsyrakonformation och andra egenskaper. Information om DNA-fragment i gen- eller genombibliotek samlas oftast i DNA-databaser.rRNA-gener: Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.DNA-replikation: Mångfaldigande av en DNA-molekyl.Methanosarcinaceae: En familj anaeroba Methanosarcinales, vars celler är mesofila eller termofila och uppträder som oregelbundet klotformade eller som höljeförsedda stavar. Dessa metanproducerande organismer återfinns i alla anaeroba miljöer, som t ex sjösediment, anaeroba reningsanläggningar och mag-tarmkanaler. Det finns fyra släkten: Methanosarcina, Methanolobus, Methanothrix och Methanococcoides.Mitokondrie-DNA: Dubbelsträngat DNA i mitokondrier. Hos eukaryoter är mitokondriegenomet cirkelformat och kodar för ribosom-RNA, transfer-RNA och ca 10 proteiner.PlasmiderMicrobial ConsortiaHalorubrumConfig-mappningProteinbindningDNA, intergent: Allt DNA som befinner sig mellan genkodande DNA, inklusive otolkade regioner, 5'- och 3'-omgivande regioner, introner, icke-funktionella pseudogener och icke-funktionella, repetitiva sekvenser. Detta DNA antingen kan eller kan inte koda för reglerfunktioner.Protein-underenheterNukleinsyrahybridiseringVäxt-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos växter.Oryza sativaThermosomesMethanomicrobiales: En ordning anaeroba, högt specialiserade, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. Bakterierna är icke-rörliga eller rörliga, med kockoida, pseudosarkina eller stavformade celler. Bland familjerna märks Methanomicrobiaceae, Methanocorpusculaceae och Methanospirillaceae.High-Throughput Nucleotide SequencingTemperaturAlgoritmer: En (schematisk) beräkningsmetod bestående av en serie algebraiska formler och/eller logiska steg för lösning av ett givet problem.Halobacteriaceae: En familj extremt saltälskande arkéer som lever i miljöer med höga salthalter, så som saltsjöar, saltavlagringar eller salt fisk. Bakterierna är antingen obligat aeroba eller fakultativt anaeroba och indelas i sex släkten: Haloarcula, Halobacterium, Halococcus, Haloferax, Natronobacterium och Natronococcus.SubstratspecificitetRNA, ribosomaltEkosystem: Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.VattenmikrobiologiRetroelementGenbibliotek: En omfattande samling DNA-fragment som klonats från en viss organism, vävnad, visst organ eller viss celltyp. Biblioteket kan innehålla fullständiga genomsekvenser eller sekvenser av komplementärt DNA; de senare är bildade av mRNA och saknar intronsekvenser.Internet: Ett löst samordnat, världsomfattande datornätverk. De nätverk som utgör Internet är sammankopplade via ett flertal stamnätverk. Internet har sitt ursprung i det amerikanska statliga ARPAnet-projektet, som utvecklades för att underlätta informationsutbyte.Introner: Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.ProteinkonfigurationRNA, bakterielltVäxtkromosomerThermoproteusRibonukleas PUttryckta genmarkörer: Sekvensstumpar erhållna från komplementärt DNA (cDNA). Markörerna är partiella DNA-sekvenser från kloner. Syn. EST.Bakteriofager: Virus som infekterar bakterieceller.Prokaryotiska cellerPyrobaculumGendeletion: Omfördelning av gener till följd av bortfall av DNA- eller RNA-segment, vilket leder till att sekvenser som normalt befinner sig på avstånd från varandra hamnar nära varandra. Bortfallet kan påvisas med hjälp av cytogenetiska metoder, och man kan även sluta sig till det från fenotypen, antydande bortfall på en bestämd plats.Genuttrycksmönster: Bestämning av det mönster av gener som uttrycks vid den genetiska transkriptionen, såväl under specifika förhållanden som i en specifik cell.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.Ammoniak: En färglös, alkalisk gas. Den bildas i kroppen vid nedbrytning av organiskt material i samband med ett stort antal metaboliskt viktiga reaktioner.PseudogenerFysisk genkartläggninggRNAKodon: En uppsättning av tre nukleotider i en proteinkodningssekvens som anger de enskilda aminosyrorna eller en termineringssignal (terminatorkodon). De flesta kodon är universella, men vissa organismer producerar inte transfer-RNA, som utgör komplement till alla kodon. Sådana kodon kallas obestämda (nonsenskodon).VirusförökningArchaeoglobus: Ett släkte ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier, tillhörande familjen Archaeoglobaceae.ThermoprotealesArchaeoglobales: En ordning ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier i Euryarchaeotariket. Den enda familjen Archaeoglobaceae har ett släkte, Archaeoglobus.Genominstabilitet: En ökad benägenhet hos genomet att drabbas av mutationer när olika reparations- eller replikationsförlopp inte fortlöper normalt.OxidoreduktaserRekombinanta proteinerInverterade upprepade sekvenserPolyploidiGenetiska markörer: Ett fenotypiskt genetiskt kännetecken eller särdrag som kan användas för att identifiera ett genlokus, en kopplingsgrupp eller en rekombinatorisk händelse.Halobacteriales: En ordning extremt saltälskande arkéer, inom riket Euryarchaeota. De förekommer överallt i naturen där salthalten är hög och är kemoorganotrofa, utnyttjande aminosyror eller kolväten som kolkälla.BiotaProkaryotiska initieringsfaktorerBakteriekromosomer: Strukturer i bakteriecellers kärna, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.Växtgener: Arvsmassan hos växter.Proteinstruktur, sekundärGenome, MicrobialGenomkomponenter: De olika delar av en genomsekvens som står för genomets olika funktioner.CellinjeHydrothermal VentsSaccharomyces cerevisiaeAnvändare-datorgränssnittGener, hoppande: Kopior av omflyttningsbara (transponerbara) element, spridda i genomet, av vilka några fortfarande är aktiva och ofta kallas hoppande gener. Det finns två klasser av sådana komponenter. Klass 1-element (retroelement, som t ex retrotransposoner, retrovirus, långa och korta spridda nukleotidsegment) ändrar läge genom omvänd transkription av en RNA-intermediär. Klass II-element (omflyttningsbara DNA-segment, som t ex transposoner, Tn-element, infogningssekvenssegment och rörliga genpaket av bakterieintegroner) byter plats direkt från ett läge i DNA till ett annat.RNADNA-mikromatrisanalys: Hybridisering av ett nukleinsyraprov med en stor uppsättning oligonukleotidsekvenser, som är fästa vid ett fast (och rutmönstrat) underlag, i syfte att bestämma en sekvens, ta reda på variationer i en gensekvens eller genetiskt uttryck, eller för genmappning.ReplikationsoriginHaloarcula marismortui: En art saltälskande arkéer som utmärker sig genom att producera syra från socker. Arten benämndes tidigare Halobacterium marismortui.Chaperonineer: En klass av sekvensbesläktade molekylära chaperoner i bakterier, mitokondrier och plastider. Chaperoniner är rikligt förekommande, grundläggande proteiner som ökar i mängd i samband med stresstillstån d, såsom värmechock, bakteriell infektion av makrofager och ökad cellulär mängd av oveckade proteiner. Bakteriella chaperoniner verkar som viktiga immunogener vid bakterieinfektioner hos människa pga sin anhopning under infektionsstress. Två av medlemmarna av denna chaperonklass är chaperonin 10 och chaperonin 60.Structural Homology, ProteinWyomingKromosomer: I en prokaryot cell eller i kärnan av en prokaryot cell utgör kromosomer strukturella enheter bestående av eller innehållande DNA som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.Promotorregioner, genetikPseudouridinRestriktionskartläggningMetagenomicsHolliday junction-resolvaser: Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.