Arkeproteiner: Proteiner från någon arkeart.Arke-RNAArke-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos arkéer.Arkegener: Den genetiska massan hos arkéer.Arkegenom: Den kompletta arvsmassan i en arkés DNA.Arkeer: Tidigare kallade arkebakterier. De utgör en av de tre huvudgrupper (domäner) av alla levande organismer som anses representera olika utvecklingsriktningar. De två övriga är bakterier och eukaryoter. A rkebakterierna har speciellt RNA, saknar peptidoglykan, men har eterbundet fett i cellmembranen, och de lever i speciella miljöer.ArkevirusRNARNA, Small InterferingReglering av genuttryck, arkeisk: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos arkéer.RNA, viraltRNA-splitsningRNA EditingSulfolobusRNA, ribosomaltRNA, bakterielltMethanobacteriaceae: En familj anaeroba, kockoida eller stavformade Methanobacteriales. Cellmembranen består huvudsakligen av polyisoprenoid-kolväten länkade med eter till glycerol. Bakterierna återfinns i anaeroba miljöer överallt i naturen.Methanococcales: En ordning av anaeroba, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. De är pseudosarcina, kockoida eller höljeförsedda stavformade, och de kataboliserar metylgrupper. Cellväggen består av protein. Ordningen omfattar endast en familj, Methanococcaceae.Crenarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea (arkéer), bestående av termofila, acidofila (dvs sådana som trivs i varma, sura miljöer) och svavelberoende organismer. De två ordningarna är Sulfolobales och Thermoproteales.Arkekromosomer: Strukturella enheter i kärnan av arkaiska celler, bestående av eller innehållande DNA, som bär den genetiska information som är väsentlig för cellen.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.DNA-styrt RNA-polymeraser: En grupp enzymer som katalyserar DNA-mallstyrd förlängning av 3'-änden av en RNA-sträng med en nukleotid åt gången. De kan initiera en helt ny sträng. Hos eukaryoter har tre former av enzymet kunnat särskiljas utifrån känslighet för alfa-amanitin och den typ av RNA som syntetiseras. EC 2.7.7.6.Methanococcus: Ett släkte anaeroba, kockoida Methanococcaceae, som förflyttar sig med hjälp av polära flagelltofsar. Dessa metanbildande bakterier finns i saltsjöar, marina och flodsediment, samt i tarmkanalen hos djur.Sulfolobus solfataricusHaloferax volcanii: En art saltälskande arkéer som lever i Döda havet.Pyrococcus furiosusRibosome Subunits, Large, ArchaealRNA-virusRNA-interferensFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.RNA, budbärarRNA, transferPyrococcus abyssiRNA, dubbelsträngatRNA, katalytisktBassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.NukleinsyrakonfigurationRNA-polymeras IIRNA, ribosomalt, 16SArchaeoglobus fulgidus: En art extremt termofila, svavelreducerande arkebakterier. Den växer vid en temperatur på högst 95 grader C i marina, geotermiska områden.Aminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.RNA FoldingMethanosarcina: Ett släkte anaeroba, oregelbundet klotformade Methanosarcinales med orörliga medlemmar. De bildar inte endosporer. Dessa arkéer får sin energi genom att bilda metan från acetat, metanol, mono-, di- och trimetylamin, och möjligen kolmonoxid. De påträffas i sötvatten och havsmiljöer.RNA Processing, Post-TranscriptionalSulfolobus acidocaldariusRNA-stabilitetPyrococcus horikoshiiRNA, svampRNA-prekursorerRNA-helikaserAntisens-RNABakterier: Encelliga, prokaryota mikroorganismer som i allmänhet har fast cellvägg, som förökar sig genom celldelning och som uppvisar i huvudsak tre former: rund, avlång eller stavliknande, och spiralform. Någr a arter har särskilda rörelseorgan, flageller.AcidianusMetan: Det enklaste, mättade kolvätet (CH4).Modeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.RNA, smått nukleärtEuryarchaeota: Ett rike av Archaea, omfattande metanbildande organismer, Halobacteriales (saltbakterier), Archaeoglobales (sulfatreducerande), samt de termofila Thermococcales och Thermoplasmales.NanoarchaeotaRNA, UntranslatedgRNAPyrococcusRNA-sekvensanalysThermoplasmaRNA CapsSekvenshomologi, aminosyraGlyceryletrar: Föreningar där en eller fler hydroxylgrupper av glycerol har eterbindning med en mättad eller omättad alifatisk alkohol. En eller två av glycerolhydroxylgrupperna kan vara förestrade. Dessa ämnen har påträffats i olika typer av djurvävnad.RNA-ligas (ATP)DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Evolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.RNA, växtThermoproteaceaeGeologiska sediment: Avlagringar på land eller i vatten av fragmenterat, fast, oorganiskt material, som lösgörs genom vittring eller nötning av berggrunden eller genom vulkanisk verksamhet, och som transporteras av luft, vatten eller is.Methanobacterium: Ett släkte anaeroba, stavformade metanbakterier (Methanobacteriaceae). Bakterierna är orörliga och nyttjar ammoniak som enda kvävekälla. Dessa metanbildande bakterier finns i sjösediment, jord, avloppsvatten och i djurs tarmflora.RNA, protozoisktKolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.Methanosarcinales: En ordning anaeroba metanproducerande organismer i riket Euryarchaeota. Det finns två familjer: Methanosarcinaceae och Methanosaetaceae.SekvensinpassningRibosom-DNA: DNA-sekvenser som innehåller kod för ribosom-RNA och de DNA-segment som separerar enskilda ribosom-RNA-gener, och som benämns ribosomseparations-DNA (ribosomalt spacer-DNA). Syn. rDNA.Methanobacteriales: En ordning anaeroba, kockoida eller stavformade metanbildande bakterier inom riket Euryarchaeota. De är orörliga, katabolyserar inte kolhydrater, proteinämnen eller organiska föreningar andra än formiater eller kolmonoxid, och har stor utbredning i naturen.RNA, tumörRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.Ribosome Subunits, Small, ArchaealEukaryota celler: Högre organismers celler, vilka innehåller en riktig cellkärna med kärnmembran.Proteinstruktur, tertiärBindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.RNA, ribosomalt, 23SDesulfurococcaceae: En familj inom Thermoproteales, bestående av anaeroba kocker, som fakultativt utnyttjar peptider, proteiner eller kolhydrater genom svavelomsättning eller jäsning. Det finns fyra släkten: Desulfurococcus, Pyrodictium, Staphylothermus och Thermodiscus.ProteinbindningDEAD-box RNA HelicasesRNA-polymeras IIISaltvattenRNA-bindande proteinerNitrificationMethanococcaceae: En familj anaeroba Methanococcales, vars medlemmar kan förflytta sig med hjälp av flageller. Dessa metanbildande organismer nyttjar koldioxid som elektronacceptor.Transkription, genetiskSulfolobalesKorarchaeota: Ett rike inom domänen Archaea, omfattande termofila organismer från den heta källan Obsidian Pool i Yellowstone nationalpark, vilka tiullhör de mest primitiva livsformer som finns. De har genomgått en mycket liten evolutionsförändring.RNA, ribosomalt, 18SBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.RNA-polymeras IRibonukleas PRNA, smått nukleolärtRNA, nukleärtBiologisk mångfaldRNA, ribosomalt, 28SMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Halobacterium salinarum: En art saltälskande arkéer som återfinns i saltsjöar. Vissa stammar bildar under anaeroba förhållanden en lila hinna.RNA CleavageSubstratspecificitetDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).Protein-underenheterProteinbiosyntesTemperaturHaloarcula: Ett släkte av Halobacteriaceae som särskiljer sig från övriga släkten i familjen genom närvaro av specifika derivat av TGD-2-polära lipider. Haloarcula lever i neutrala, salta miljöer, som t ex saltsjöar, marina saltgårdar och salta jordar.Jordmikrobiologi: Närvaron av bakterier, virus och svampar i jord. Termen är inte begränsad till att gälla sjukdomsalstrande organismer.DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.Methanosarcinaceae: En familj anaeroba Methanosarcinales, vars celler är mesofila eller termofila och uppträder som oregelbundet klotformade eller som höljeförsedda stavar. Dessa metanproducerande organismer återfinns i alla anaeroba miljöer, som t ex sjösediment, anaeroba reningsanläggningar och mag-tarmkanaler. Det finns fyra släkten: Methanosarcina, Methanolobus, Methanothrix och Methanococcoides.EukaryotaEndoribonukleaser: En familj enzymer som katalyserar endonukleolytisk klyvning av RNA. Hit hör EC 3.1.26.-, EC 3.1.27.-, EC 3.1.30.- och EC 3.1.31.-.rRNA-gener: Gener i såväl prokaryoter som eukaryoter som transkriberas till det RNA som inlemmas i ribosomer. Prokaryota rRNA-gener finns i operoner spridda över genomet, medan eukaryota rRNA-gener är transkriptionsenheter av anhopningar av flera cistroner.RibonukleoproteinerBakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Varma källor: Vattenflöden, uppvärmda genom geotermisk påverkan. Varma källor i dagen har använts för balneoterapi.HalorubrumProteinkonfigurationGenom, viralt: Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.ThermosomesMicrobial ConsortiaRNA-transportPolymeraskedjereaktionRNA, Spliced LeaderRNA, satellitGenom, bakteriellt: Den fullständiga arvsmassan i bakteriekromosomen.Genetiska mallar: Makromolekylära "formar" för syntes av komplementära makromolekyler, som vid DNA-replikation, transkription av DNA till RNA och translation av RNA till polypeptider.Rekombinanta proteinerMethanomicrobiales: En ordning anaeroba, högt specialiserade, metanbildande bakterier i riket Euryarchaeota. Bakterierna är icke-rörliga eller rörliga, med kockoida, pseudosarkina eller stavformade celler. Bland familjerna märks Methanomicrobiaceae, Methanocorpusculaceae och Methanospirillaceae.Sekvenshomologi, nukleinsyraKinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.PseudouridinNukleinsyrahybridiseringHalobacteriaceae: En familj extremt saltälskande arkéer som lever i miljöer med höga salthalter, så som saltsjöar, saltavlagringar eller salt fisk. Bakterierna är antingen obligat aeroba eller fakultativt anaeroba och indelas i sex släkten: Haloarcula, Halobacterium, Halococcus, Haloferax, Natronobacterium och Natronococcus.VattenmikrobiologiOpen Reading FramesGenöverföring, horisontell: Naturlig överföring av genetisk information mellan organismer, besläktade eller obesläktade, varvid överföring från föräldrar till avkomma kringgås. Horisontell genöverföring kan ske via ett antal olika naturligt förekommande förlopp, som t ex genetisk konjugation, genetisk transduktion och transfektion. Resultatet kan bli ändrad gensammansättning hos mottagarorganismen (genetisk transformering).RNA, transfer, TyrRNA, transfer, TrpPyrobaculumRibonukleaserEkosystem: Ett funktionellt system omfattande organismerna i ett naturligt samfund och deras miljö.Ammoniak: En färglös, alkalisk gas. Den bildas i kroppen vid nedbrytning av organiskt material i samband med ett stort antal metaboliskt viktiga reaktioner.Bakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Promotorregioner, genetikPlasmiderArchaeoglobales: En ordning ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier i Euryarchaeotariket. Den enda familjen Archaeoglobaceae har ett släkte, Archaeoglobus.ThermoproteusTranskriptionsfaktor TFIIBProteinstruktur, sekundärArchaeoglobus: Ett släkte ytterst termofila, sulfatreducerande arkebakterier, tillhörande familjen Archaeoglobaceae.ThermoprotealesCellinjeBiotaDimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Haloarcula marismortui: En art saltälskande arkéer som utmärker sig genom att producera syra från socker. Arten benämndes tidigare Halobacterium marismortui.VirusförökningKatalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.tRNA-metyltransferaserOligoribonukleotiderArtsspecificitetBasparsbildning: Hopparning av purin- och pyrimidinbaser med vätebindningar i dubbelsträngat DNA eller RNA.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.RNA, heterogent nukleärtOxidoreduktaserProkaryotiska initieringsfaktorerChaperonineer: En klass av sekvensbesläktade molekylära chaperoner i bakterier, mitokondrier och plastider. Chaperoniner är rikligt förekommande, grundläggande proteiner som ökar i mängd i samband med stresstillstån d, såsom värmechock, bakteriell infektion av makrofager och ökad cellulär mängd av oveckade proteiner. Bakteriella chaperoniner verkar som viktiga immunogener vid bakterieinfektioner hos människa pga sin anhopning under infektionsstress. Två av medlemmarna av denna chaperonklass är chaperonin 10 och chaperonin 60.Saccharomyces cerevisiaeUridinAdenosintrifosfataser: En grupp enzymer som katalyserar hydrolys av ATP i förening med annan funktion, som t ex transport av Ca(2+) genom ett membran. EC 3.6.1.3.Halobacteriales: En ordning extremt saltälskande arkéer, inom riket Euryarchaeota. De förekommer överallt i naturen där salthalten är hög och är kemoorganotrofa, utnyttjande aminosyror eller kolväten som kolkälla.Varm temperatur: En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.RNA, Small CytoplasmicRNA 3' End ProcessingEnzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.RNA, Transfer, Amino AcylRibosomproteinerTranskriptionsfaktorerKloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.tRNA-aminoacyleringRibosomerWyomingRNA, Small UntranslatedHela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Introner: Gensekvenser i DNA-strängen som är belägna mellan exoner. De transkriberas tillsammans med exonerna och avlägsnas från det primära gentranskriptet genom RNA-splitsning så att moget RNA blir kvar. Några introner kodar för separata gener.Poly AAminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.RNA, ribosomalt, 5.8SRNA, transfer, LysProteinstruktur, kvartärExoribonukleaser: En familj enzymer som katalyserar exonukleolytisk spaltning av RNA. Den omfattar EC 3.1.13.-, EC 3.1.14.-, EC 3.1.15.- och EC 3.1.16.-.Holliday junction-resolvaser: Enzymer som känner igen korsformade DNA-strukturer och åstadkommer pariga inskärningar som leder till att strukturen löses upp i två DNA-spiraler. EC 3.1.22.4.RNA, Long NoncodingStructural Homology, Protein