Aminosyrasubstitution: Naturligt förekommande eller experimentellt utbyte av en eller flera aminosyror i ett protein mot en eller flera andra, varvid proteinets funktioner kan bibehållas, förändras eller utebli. Experimente ll substitution används för att studera enzymaktiviteter och bindningsegenskaper.Aminosyrasekvens: Aminosyrors ordningsföljd i en polypeptidkedja. Den utgör proteiners primärstruktur och är av avgörande betydelses för proteinkonfigurationen.Molekylsekvensdata: Beskrivningar av specifika sekvenser av aminosyror, kolhydrater eller nukleotider som publicerats och/eller deponerats och hålls tillgängliga i databaser som t ex Genbank, EMBL, NBRF eller andra sekvensdataarkiv.Aminosyror: Organiska föreningar som generellt innehåller en aminogrupp (-NH2) och en karboxylgrupp (-COOH). Tjugo alfaaminosyror är de subenheter som polymeriseras till proteiner.Sekvenshomologi, aminosyraMutation: Varje påvisbar och ärftlig förändring i det genetiska materialet som medför ändrad genotyp och som överförs till dotterceller och efterföljande generationer.Bassekvens: Purin- och pyrimidinföljden i nukleinsyror och polynukleotider. Kallas även nukleotid- eller nukleosidsekvens.Mutagenes, riktad: Arrangerad genetisk mutagenes på någon specifik plats i DNA-molekylen som ger en bassubstitution, infogning eller radering.Kloning, molekylär: Tillförsel av molekyler av rekombinant DNA från prokaryota eller eukaryota källor till replikationsvektorer, så som plasmider eller virus, och införande av de härvid erhållna hybridmolekylerna i mottagarceller, utan att livsdugligheten hos dessa celler ändras.PunktmutationSekvensinpassningStruktur-aktivitet-relationModeller, molekylära: Experimentella eller teoretiska modeller för undersökning av molekylers form, elektroniska egenskaper eller interaktioner. Hit hör även analoga molekyler, datorframställd grafik och mekaniska strukturer.Bindningsplatser: De reaktiva områden på en makromolekyl som är direkt envolverade i dess specifika sammankoppling med en annan molekyl.Kolibakterie: En art gramnegativa, fakultativt anaeroba och stavformade bakterier som normalt förekommer i den nedre delen av tarmkanalen hos varmblodiga djur. Vanligtvis är den inte patogen, men vissa stammar kan ge upphov till diarré och variga infektioner. Syn. E. coli.ProteinkonfigurationProteinstruktur, tertiärMissensmutation: En mutation där ett kodon muterats så att det kodar för upptagande av en främmande aminosyra. Utbytet kan resultera i en inaktiv eller instabil produkt.DNA-sekvensanalys: En flerstegsprocess som omfattar DNA-kloning, mappning, subkloning, sekvensering och analys av data.Kinetik: Läran om förloppsdynamik i kemiska och fysikaliska system.Rekombinanta proteinerFylogenes: Släktskapsförhållanden mellan grupper av organismer, baserade på deras genuppsättningar.CellinjeDNA-mutationsanalys: Biokemisk identifiering av mutationsförändringar i en nukleotidsekvens.Evolution, molekylär: Utveckling på molekylär nivå i DNA-sekvenser och proteiner.ProteinbindningMutagenes: Process som leder till genetisk mutation. Den kan uppstå spontant eller inledas av s k mutagener.Variation (Genetics)Bakterieproteiner: Proteiner förekommande hos någon bakterieart.Kodon: En uppsättning av tre nukleotider i en proteinkodningssekvens som anger de enskilda aminosyrorna eller en termineringssignal (terminatorkodon). De flesta kodon är universella, men vissa organismer producerar inte transfer-RNA, som utgör komplement till alla kodon. Sådana kodon kallas obestämda (nonsenskodon).Aminosyramönster: Vanliga proteinstrukturer, sammansatta av enkla kombinationer av angränsande, sekundära strukturer.SubstratspecificitetPlasmiderProteinstruktur, sekundärSekvenshomologi, nukleinsyraBevarad sekvens: En aminosyrasekvens i en polypeptid eller en nukleotidsekvens i DNA eller RNA som är den samma hos flera arter. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv består ofta av bevarade sekvenser.PeptidfragmentPolymeraskedjereaktionDNA: En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).DNA-primrar: Korta DNA-sekvenser (vanligtvis ca 10 baspar) som är komplementära till sekvenser av budbärar-RNA och som tillåter omvänt transkriptas att påbörja kopiering av angränsande mRNA-sekvenser. Primrar har utbredd användning som verktyg vid genetiskt och molekylärbiologiskt arbete.DNA, komplementärt: Enkelsträngat, komplementärt DNA som syntetiseras utifrån en RNA-mall genom verkan av RNA-beroende DNA-polymeras. cDNA (dvs komplementärt, "complementary", DNA, inte cirkulärt DNA och inte heller C-DNA) används i en rad olika molekylära kloningsstudier och som specifik hydridiseringssond.Alanin: En icke-essentiell aminosyra, alfaaminopropansyra, som finns i proteiner. Kan förekomma fritt i höga halter i plasma. Fenotyp: Den yttre framtoningen hos individen. Den är resultat av samspelet mellan generna och mellan genotypen och miljön.Alleler: Enskilda former av gener i ett genpar, lokaliserade till samma plats på homologa kromosomer, och som styr samma biokemiska processer.Rekombinanta fusionsproteinerPeptiderAminosyror, essentiella: En grupp alfaaminosyror (åtta till antalet) som inte bildas i människokroppen, utan måste tillföras med födan.ArtsspecificitetRestriktionskartläggningGlycin: En icke-essentiell aminosyra som främst påträffas i gelatin och sidenfibroin och som används terapeutiskt som näringstillskott. Den fungerar även som en snabb, blockerande nervsignalsubstans.Leucin: En essentiell, grenad aminosyra som är viktig för hemoglobinbildning.ProteinerVirusproteinerAminosyretransportsystemAsparaginsyra: L-formen av en av de icke-essentiella aminosyrorna. Den finns i djur och växter, särskilt sockerrör och sockerbetor. Den kan verka som neurotransmittor.Bakteriegener: Den genetiska massan hos bakterier.ProlinTransfektionEnzymstabilitet: Ett enzyms förmåga att bibehålla sin strukturform eller sin verkan när det utsätts för lagring, isolering, rening eller annan fysikalisk eller kemisk manipulering, inklusive proteolytiska enzymer och värme.Lysin: En essentiell aminosyra. Den tillsätts ofta djurfoder.Arginin: En essentiell aminosyra som är fysiologiskt aktiv i L-formen. Den har haft diagnostisk användning som indikering på hypofysfunktion.Cystein: En tiolhaltig, icke-essentiell aminosyra som vid oxidation bildar cystin.SekvensdeletionCricetinae: Allmän benämning på medlemmarna av en underfamilj av Muridae. Fyra vanliga släkten är Cricetus, Cricetulus, Mesocricetus och Phodopus.Saccharomyces cerevisiaeIsoleucin: En essentiell, förgrenad, alifatisk aminosyra som finns i många proteiner. Den är en isomer av leucin, och viktig för hemoglobinsyntesen och regleringen av blodets socker- och energinivåer.MutantproteinerValinEpitoper: Områden på ett antigen som reagerar med specifika antikroppar.Polyakrylamidgelelektrofores: En typ av elektrofores där polyakrylamidgel används som diffusionsmedium.Katalys: Påskyndande av en kemisk reaktion genom medverkan av en särskild reaktorsubstans, katalysator.Bakterie-DNA: Deoxiribonukleinsyra (arvsmassa) hos bakterier.Polymorfism, genetiskBärarproteiner: Proteiner som transporterar specifika ämnen i blodet eller genom cellväggar.Escherichia coliproteiner: Proteiner från Escherichia coli.Selection, GeneticExoner: De delar av en genetisk kopia som återstår sedan intronerna avlägsnats och som sammanflätas till budbärare eller strukturellt RNA.Virushöljets proteinerGener: Specifika sekvenser av nukleotider längs en DNA-molekyl (RNA-molekyl hos vissa virus), vilka utgör funktionella enheter för ärftlighet. De flesta eukaryota gener innehåller kodande områden (kodoner) som är åtskilda av icke-kodande områden (introner) och kallas därför uppdelade gener.DNA-bindande proteiner: Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.VirusförökningSerinProtein-sekvensanalysCOS-celler: Cellinje från den afrikanska grönapan som används för transfektion och kloning.TemperaturRNA, budbärarCercopithecus aethiops: En art av Cercopithecus med tre underarter: C. tantalus, C. pygerythrus och C. sabeus. De lever i skogs- och savannområden i Afrika. Den afrikanska grönapan, C. pygerythrus, är den naturliga värden fö r SIV och används i AIDS-forskningen.Protein engineeringFenylalanin: En essentiell, aromatisk aminosyra som är prekursor (förstadium, förelöpare) till melanin, dopamin, noradrenalin och tyroxin.Transkription, genetiskAsparagin: En icke-essentiell aminosyra som ingår i protein, och som förekommer i bl a sparris; därav namnet.TreoninNötkreatur: Tamboskap som vanligtvis hålls på någon form av lantgård för produktion av kött eller mjölkprodukter eller som arbetsdjur.Glutamin: En icke-essentiell aminosyra som finns i riklig mängd i kroppsvävnaderna och deltar i många ämnesomsättningsprocesser. Det syntetiseras från glutaminsyra och ammoniak och är den viktigaste kvävekällan i kroppen, och en viktig energikälla för många celler.Genotyp: Den genetiska sammansättningen och beskrivningen av denna hos en enskild individ.Modeller, genetiska: Teoretiska framställningar som simulerar skeenden i genetiska processer eller fenomen. I modellerna ingår även matematiska beräkningar, datorer och annan elektronisk utrustning.Molekylvikt: Summan av atomvikterna för de atomer som ingår i en molekyl. En modernare benämning är relativ molekylmassa.Membranproteiner: Proteiner i biologiska membran, som t ex cellmembran och intracellulära membran. De utgörs av två typer, yttre (perifera) och inre, integrerade, proteiner. De omfattar de flesta membranbundna enzymer, antigena proteiner, transportproteiner, och receptorer för läkemedel, hormoner och lektiner.Hydrolys: Spjälkning av ett kemiskt ämne genom tillägg av en vattenmolekyl.TrypsinHögtrycksvätskekromatografi: Vätskekromatografimetoder som har högt ingångstryck, hög känslighet och hög hastighet.Aminosyror, aromatiskaHistidin: En essentiell aminosyra som är nödvändig för produktion av histamin.Kapsidproteiner: Proteiner som bildar viruskapsider.DNA-gyras: Ett bakteriellt DNA-topoisomeras II som katalyserar ATP-beroende delning av båda DNA-strängar, genomföring av obrutna strängar genom brottsstället och återförening av de delade strängarna. Gyras binder till DNA i form av en heterotetramer bestående av två A- och två B-underenheter. I närvaro av ATP kan gyras omvandla vilande, cirkelformat duplex-DNA till en superspiral. I frånvaro av ATP försätts DNA i superspole i vilotillstånd av DNA-gyras. EC 5.99.1.3. Syn. DNA topoisomeras (ATP-hydrolyserande).Test för genetisk komplementering: Ett test för att avgöra om komplementering (dominant kompensation) kommer att äga rum i en cell med en given mutantfenotyp när ett annat muterat genom, som kodar för samma fenotyp, förs in i cellen.Cirkulär dikroism: En övergång från plan till elliptisk polarisering när en ursprungligen i ett plan polariserad ljusvåg passerar ett optiskt aktivt medium.ProteinveckningSuppression, genetiskStamtavlaOligodeoxiribonukleotiderSjukdomsalstrande förmågaMakromolekylära substanser: Föreningar och molekylkomplex som består av ett stort antal atomer och som i allmänhet är mer än 500 kD. I biologiska system kan makromolekylära ämnen åskådliggöras med elektronmikroskopi och särskiljas från organeller genom avsaknaden av membranstrukturer.Katalytisk domän: Det område i ett enzym som genom verkan på sitt substrat utlöser en enzymreaktion.Kapsid: Det skyddande proteinhöljet runt ett virus nukleinsyra. Det kan ha spiralformad eller ikosaedrisk symmetri och består av strukturella enheter som kallas kapsomerer.SekvensanalysAminosyror, grenade: Aminosyror med förgrenad kolkedja.HIV-1: Typarten för Lentivirus och orsaken till immunbristsyndromet AIDS. Virusets kännetecken är dess cytopatiska effekt och affinitet för T4-lymfocyter.Genbibliotek: En omfattande samling DNA-fragment som klonats från en viss organism, vävnad, visst organ eller viss celltyp. Biblioteket kan innehålla fullständiga genomsekvenser eller sekvenser av komplementärt DNA; de senare är bildade av mRNA och saknar intronsekvenser.TryptofanOligonukleotidsonderBiologisk transport: Förflyttning av ämnen, inkl. biokemiska substanser och läkemedel, genom cellmembran och epitellager, vanligen med passiv diffusion.Open Reading FramesMetionin: En svavelhaltig, essentiell aminosyra av betydelse för många kroppsfunktioner. Den bildar tungmetallkelat.Cyanogenbromid: Cyanogenbromid (CNBr) är en förening som används inom molekylärbiologin för att ta upp vissa proteiner och som ett bindemedel för fosforoamidat- eller pyrofosfatinternukleotidbindningar i duplex-DNA.SvavelaminosyrorRöntgenkristallografi: Undersöknig av kristallstrukturer med hjälp av röntgendiffraktionsteknik.TranskriptionsfaktorerVirusgener: Arvsmassan hos virus, som hos alla DNA- och vissa RNA-virus består av en enda nukleinsyramolekyl, och hos några RNA-virus av flera separata RNA-bitar.Kycklingar: Vanlig benämning för arten Gallus gallus, tamfjäderfä inom familjen Phasianidae och ordningen Galliformes.Svampproteiner: Alla proteiner som förekommer i svampar.Proteinmodifiering, posttranslationellBiological EvolutionGenuttryck: Den fenotyp som en gen eller gener uttrycker genom de processer som kallas gentranskription och gentranslation.Vätejonkoncentration: Ett mått på en lösnings surhetsgrad.Styrd molekylutveckling: Teknikmetoder för framställning av molekyler som uppvisar de egenskaper som eftersträvas.Genom, viralt: Den fullständiga arvsmassan i DNA- eller RNA-molekylen i ett virus.ProteinprekursorerMonoklonala antikroppar: Antikroppar som produceras av cellfamiljer (kloner) av identiskt lika celler, framställda genom hybridisering av aktiverade B-lymfocyter och tumörceller. Sådana hybrider benämns ofta hybridom.Dimerisering: Reaktionen när två kemiskt lika molekyler förenas.Läkemedelsresistens, mikrobiell: Mikroorganismers förmåga att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska medel eller antibiotika. Denna resistens kan förvärvas genom genmutationer eller främmande DNA vid plasmidöverföring (R-faktorer).ProteinbiosyntesGenkartläggning: Metoder för bestämning av läge för och avstånd mellan gener på en kromosom.Virus-DNA: Deoxiribonukleinsyra som utgör arvsmassan hos virus.Virala icke-strukturella proteinerMikrobiologisk resistensbestämning: Tester som visar den relativa effekten av olika kemoterapeutiska medel mot specifika mikroorganismer (t ex bakterier, svampar, virus).Cellmembran: Det fett- och proteinhaltiga, och selektivt genomsläppliga, membran som omger cytoplasman i prokaryota och eukaryota celler. Hos de flesta typer av mikrobiella celler gränsar den utåt till cellväggen.Glutaminsyra: En icke-essentiell aminosyra som normalt uppträder i L-form. Den är den vanligaste stimulerande signalsubstansen i det centrala nervsystemet.VäxtproteinerCHO-celler: Cellinje från äggstockar på kinesisk hamster, Cricetulus griseus. Arten är omtyckt för cellgenetiska studier eftersom den har ett litet antal kromosomer. Cellinjen har kunnat användas till modellsyste m för studier av genetiska förändringar i odlade däggdjursceller.RNA, viraltHela-celler: Den första, kontinuerligt odlade cellinjen av humana, maligna celler, vilka kom från ett livmoderhalskarcinom hos "Henrietta Lacks". Cellerna används för virusodling och testning av cancerpreparat.Endopeptidaser: En undergrupp av peptidhydrolaser. De klassificeras huvudsakligen utifrån sin katalytiska verkan. Specificitet används endast för identifiering av enskilda enzymer. De omfattar serinendopeptidaser (EC 3.4.21), cysteinendopeptidaser (EC 3.4.22), asparaginendopeptidaser (EC 3.4.23), metalloendopeptidaser (EC 3.4.24) samt en grupp enzymer som ännu inte placerats in i någon av ovannämnda klasser (EC 3.4.99). EC 3.4.-.ProteinsorteringSaccharomyces cerevisiae ProteinsOligopeptiderHemagglutininglykoproteiner hos influensavirus: Ytglykoproteiner på influensavirus som ger hemagglutinationsreaktioner, vidhäftning och höljesammansmältning. Fjorton distinkta subtyper av HA-glykoproteiner och nio av NA-glykoproteiner har identifierats hos Influensa A-virus, men inga hos Influensa B- eller Influensa C-virus.Molekylstruktur: Den inbördes placeringen av atomer, atomgrupper eller joner i en molekyl, samt antal, typ av och plats för kovalenta bindningar.Celler, odlade: Celler som drivs fram in vitro i odlingsmedia som främjar deras tillväxt. Odlade celler används bl a för studier av utveckling, morfologi, metaboliska, fysiologiska och genetiska processer.BetalaktamaserTyrosinKaniner: Djurarten Oryctolagus cuniculus, av familjen Leporidae och ordningen Lagomorpha. Kaniner föds i hålor, utan päls, och med slutna ögon och öron. Kaniner har 22 kromosompar, medan harar har 24.VirusreceptorerPeptidkartläggningTermodynamikKonsensussekvens: En teoretiskt representativ nukleotid- eller aminosyrasekvens, i vilken varje nukleotid eller aminosyra är den vanligast förkommande på den platsen i de olika sekvenser som förekommer i naturen. Benämningen används också för en sekvens som är nära överensstämmande med den teoretiska konsensussekvensen. En känd uppsättning bevarade sekvenser representeras av en konsensussekvens. Aminosyramotiv bildas ofta av bevarade sekvenser.Blotting, Southern: Metod för påvisande av DNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon. Metoden utvecklades av E.M. Southern.Ligander: Molekyler som binder till andra molekyler, särskilt ifråga om små molekyler som binder specifikt till större molekyler, t ex ett antigen som binder till en antikropp, ett hormon eller en neurotransmittor som binder till en receptor, eller ett substrat eller allosterisk effektormolekyl som binder till ett enzym. Ligander kan även utgöras av molekyler som avger eller tar upp ett elektronpar för att bilda en koordinerad kovalent bindning med den centrala metallatomen i ett koordinationskomplex.Hydrophobic and Hydrophilic InteractionsMultigenfamilj: En uppsättning gener som genom mångfaldigande och variation härstammar från någon ursprunglig gen. Sådana gener kan sitta tillsammans på samma kromosom eller vara utspridda på olika kromosomer. Exempel på multigenfamiljer är de som kodar för hemoglobiner, immunglobuliner, histokompatibilitetsantigener, aktiner, tubuliner, keratiner, kollagener, stressproteiner, salivproteiner, korioproteiner, membranproteiner, ägguleproteiner och faseoliner, och även histoner, ribosom-RNA och tRNA-gener. De tre senare utgör exempel på upprepningsgener, av vilka det finns hundratals identiska i tandemformationer.Magnetisk resonansspektroskopi: Spektroskopimetod för mätning av det magnetiska momentet hos elementärpartiklar, så som atomkärnor, protoner eller elektroner. Tekniken har kliniska tillämpningar i form av NMR-tomografi (magnetisk resonanstomografi).Varm temperatur: En form av energi och en känsla av förhöjd temperatur. Inom medicinen är värme av intresse för sina fysiologiska effekter, för terapeutisk användning, och för bruk i förfaranden inom fysik eller fysikalisk kemi.Anpassning, biologiskGlykosylering: Kemisk eller biokemisk koppling av kolväte- eller glykosylgrupper till andra ämnen, särskilt peptider eller proteiner. Glykosyltransferaser förmedlar denna biokemiska reaktion.Hemoglobiner, onormala: Hemoglobiner som kännetecknas av strukturella förändringar inom molekylen. Förändringen kan bestå i frånvaro av, tillägg av eller substitution av en eller fler aminosyror vid vissa positioner på polypeptidkedjorna i molekylens globindel.SekvenshomologiFosforylering: Införande av en fosforylgrupp i en förening genom bildande av en esterbindning mellan föreningen och en fosfordel.Polymorfism, enkelsträngad konformationellRekombination, genetiskLäkemedelsresistens, viral: Förmåga hos virus att motstå eller utveckla tolerans för kemoterapeutiska preparat eller antivirala medel. Resistensen kan förvärvas genom genmutationer.ProteindenaturationVirusantigener: Virusprodukter som har antigen effekt.Epitopkartläggning: Metoder för undersökning av antikroppsbindning till bestämda områden på antigena proteiner. Epitopkartläggning tillämpas framförallt vid immunkemiska analyser. Syn. epitopmappning.Reglering av genuttryck, bakterier: De processer genom vilka cytoplasmatiska eller intercellulära faktorer inverkar på differentieringsstyrningen av genaktiviteten hos bakterier.Virala strukturella proteinerSvin: Alla djur som ingår i familjen Suidae, knubbiga, kortbenta och allätande däggdjur med tjock hud och borstliknande pälshår, förhållandevis lång nos och liten svans. Hit hör släktena Babyrousa, Phacochoerus (vårtsvin) och Sus, till vilket hör det vanliga tamsvinet (Sus scrofa).Bidning, kompetitivAntibakteriella medel: Kemiska substanser som produceras av mikroorganismer och som, i utspädda lösningar, har förmåga att hämma tillväxten hos eller döda andra organismer. Antibiotika vars toxicitet tolereras av värden anv änds som kemoterapeutiska preparat för behandling av infektionssjukdomar hos människor, djur och växter.Svampgener: Det genetiska materialet i svampar. Hit hör även sexgenerna (typgenerna för parning) hos Saccharomyces cerevisiae.Vätebindning: En lågenergidragningskraft mellan väte och annat grundämne. Den spelar stor roll för bestämning av egenskaperna hos vatten, proteiner och andra föreningar.SeriepassageBlotting, Northern: Påvisande av RNA som separerats med elektrofores och immobiliserats på nitrocellulosa eller annan film av papper eller nylon.Viral Plaque AssayAminosyror, basiskaDominanta gener: Gener som återspeglas hos fenotypen såväl i det homozygota som heterozygota tillståndet.Aminosyretransportsystem, basiskaProteinstabilitetHemagglutininer, viralaVero-cellerNeutralisationstesterMembrantransportproteiner: Membranproteiner, vars främsta uppgift är att underlätta transport av molekyler genom ett biologiskt membran. Till denna stora grupp hör proteiner som medverkar i aktiv transport, passiv transport och jonkanaler.