Histoner
Histonacetyltransferas
En histonacetyltransferas (HAT) är ett enzym som överför en acetylgrupp från acetyl-CoA till lysinrester på histonproteiner, vilket leder till luftigare och mer lösliga kromatinstrukturer och ökad genaktivitet.
p300-CBP-transkriptionsfaktorer
The p300-CBP transcription factors are a group of proteins that play crucial roles in regulating gene expression through chromatin remodeling and activation of transcription. Both p300 and CBP (CREB binding protein) are large, multi-domain proteins that function as histone acetyltransferases (HATs), adding acetyl groups to histone proteins around which DNA is wound, thereby relaxing the chromatin structure and allowing for transcription factor access and gene activation. They also serve as scaffolds, interacting with a variety of other transcription factors and co-regulators to form large protein complexes involved in signal transduction pathways that control cell growth, differentiation, and development. Dysfunction in p300-CBP transcription factors has been implicated in several diseases, including cancer and neurodevelopmental disorders.
Acetyltransferaser
Histondeacetylaser
Histone Deacetylase Inhibitors
Histone Deacetylase Inhibitors (HDACis) are a class of drugs that inhibit the function of histone deacetylases (HDACs), which are enzymes that remove acetyl groups from histone proteins, leading to chromatin condensation and transcriptional repression. By inhibiting HDACs, HDACis increase histone acetylation, resulting in the relaxation of chromatin structure and increased accessibility of transcription factors to DNA, thereby promoting gene expression. HDACis have been shown to have anti-cancer effects by inducing apoptosis, cell cycle arrest, and differentiation in various cancer cells.
Kromatin
Proteinmodifiering, posttranslationell
Posttranslational protein modification (PTPM) refers to the covalent alteration of a protein's structure after its translation from mRNA to polypeptide chain but before it becomes fully functional. These modifications play crucial roles in regulating protein function, localization, stability, and interaction with other molecules within the cell. Examples of PTPMs include phosphorylation, glycosylation, ubiquitination, methylation, acetylation, and sumoylation, among others.
CREB-bindande protein
CREB (cAMP Response Element Binding) protein is a transcription factor that binds to specific DNA sequences called cAMP response elements (CRE), which are located in the promoter region of certain genes. When CREB is activated through phosphorylation, it forms a complex with other co-activator proteins and binds to the CRE site, leading to the recruitment of RNA polymerase II and initiation of transcription of the target gene. This process plays a crucial role in various cellular processes such as learning, memory, and metabolism regulation.
E1A-associerat p300-protein
E1A-associated protein, also known as p300, is a transcriptional coactivator that plays a crucial role in the regulation of gene expression. It is called E1A-associated because it was initially identified as a protein that interacts with the adenovirus early region 1A (E1A) oncoprotein. The p300 protein contains several functional domains, including a histone acetyltransferase (HAT) domain, which can modify histone proteins and alter chromatin structure to facilitate transcription. It also has binding sites for various transcription factors, allowing it to integrate signals from multiple signaling pathways and enhance the transcription of target genes.
Nukleosomer
Nukleosomer är de basala enheterna i kromatin, som består av DNA wrapped around histonproteinkärnor. Varje nukleosom innehåller 146 baspar DNA och två varianter av Histonoktamer (H3, H4)2(H2A, H2B)2. Nukleosomer är viktiga för kompaktiseringen av DNA i kromatin och regleringen av genuttryck genom att påverka tillgängligheten av DNA för transkriptionsfaktorer och andra proteiner som binder till DNA.
Promotorregioner, genetik
I en enkel mening kan promotorregionen inom genetiken definieras som den del av ett genetiskt material (DNA) där transkriptionsfaktorer binder till att initiera transkriptionen av ett specifikt gen. Promotorregionen ligger vanligtvis uppströms (5'-ändan) av det gen som ska transkriberas och innehåller ofta cis-regulatoriska element som reglerar genuttrycket genom att påverka bindningen av RNA-polymeras II, enzymet ansvarigt för transkriptionen av protein kodande gener.
Histone Deacetylase 1
Histone Deacetylase 1 (HDAC1) är ett enzym som tillhör klassen I av histondeacetylaser och spelar en viktig roll i epigenetiska regleringar av genuttryck genom att avlägsna acetylgrupper från histonproteiner, vilket leder till en täta struktur av kromatin som oftast är associerad med undertryckt genuttryck. HDAC1 deltar också i andra cellulära processer, såsom celldelning och DNA-reparation.
Sirtuin 1
Sirtuin 1 (SIRT1) er ein klasse III histon-deacetylas, som betraktast som en viktig regulator av cellulær homeostasis og stressrespons. Denne enzymet katalyserer deacetylering av proteiner, herunder histoner og regulatoriske proteiner involvert i DNA-reparasjon, celldeling, apoptose og metabolisme. SIRT1 spiller en viktig rolle i reguleringen av cellulær aldring og er involvert i å beskytte mot aldringsrelaterte sykdommer som kreft, diabetes og neurodegenerative tilstander.
Histone Deacetylase 2
Histone Deacetylase 2 (HDAC2) är ett enzym som tillhör klassen histondeacetylaser, som spelar en viktig roll i epigenetiska regleringsprocesser genom att avlägsna acetylgrupper från histonproteiner i kromatinstrukturen. Detta leder till en tämmare struktur av DNA och undertryckt transkriptionsaktivitet, vilket påverkar genuttrycket negativt. HDAC2 har visat sig vara involverad i reguleringen av olika cellulära processer som celldelning, differentiering och apoptos. Dysfunktion eller överaktivitet hos HDAC2 har kopplats till flera sjukdomstillstånd, inklusive cancer och neurodegenerativa sjukdomar.
Epigenes, genetisk
"Epigenetiskt genetiskt" är ett begrepp inom forskningen som refererar till de förändringar i genuttryck som inte beror på ändringar i DNA-sekvensen, utan istället på andra mekanismer som påverkar geners aktivitet. Dessa mekanismer kan inkludera metylering av DNA, modifikationer av histonproteiner och RNA-interferens. Epigenetiska förändringar kan vara reversibla och är ofta beroende av miljön och åldern, till skillnad från genetiska förändringar som är ärftliga och orsakas av mutationer i DNA-sekvensen. Epigenetiska förändringar kan spela en viktig roll i cellulär differensiering, cancerutveckling och åldrande.
Transkription, genetisk
Butyrater
Salter och estrar av smörsyra.
Kromatinimmunprecipitation
En teknik för identifiering av specifika DNA-sekvenser, bundna, in vivo, till proteiner av intresse. Metoden omfattar formaldehydfixering av kromatin för att korslänka DNA-bindande proteiner med DNA. Sedan DNA klippts upp i små fragment isoleras specifika DNA-proteinkomplex med hjälp av immunprecipitering med proteinspecifika antikroppar.
Acetyl-CoA
Metylering
Tillägg av metylgrupper. I histokemi används metylering för att förestra karboxylgrupper och avlägsna sulfatgrupper genom att behandla vävnadssnitt med het metanol i närvaro av saltsyra.
Saccharomyces cerevisiae Proteins
'Saccharomyces cerevisiae proteins' refererar till proteiner som är specifika för jästsvampen Saccharomyces cerevisiae, även känd som bagerijäst eller öljäst. Detta organismer är välstuderade modellorganismer inom molekylärbiologi och genetik. Proteiner från Saccharomyces cerevisiae har varit av central betydelse för att förstå grundläggande cellulära processer, såsom celldelning, transkription, translation, DNA-replikering och metabolism. Många proteiner från Saccharomyces cerevisiae har blivit välkaraktäriserade och används ofta som referensproteiner i forskning.
Chromatin Assembly and Disassembly
Chromatin assembly and disassembly refer to the processes of organizing and reorganizing eukaryotic DNA with histone and non-histone proteins to form chromatin structures in the cell. Chromatin is the material that makes up chromosomes, consisting of DNA wrapped around histone octamers, which are composed of two copies each of the core histones H2A, H2B, H3, and H4.
Sirtuin 3
Sirtuin 3 (SIRT3) är ett protein som tillhör sirtuinfamiljen, en grupp av proteiner som har deacylase- och ADP-ribosyltransferasaktivitet och är involverade i cellulär reglering av åldrande, metabolism och stressrespons. SIRT3 är beläget i mitokondrierna och spelar en viktig roll i reguleringen av mitokondriell funktion genom dess förmåga att modifiera andra proteiner i mitokondrien, inklusive aktyvierung av enzymer som katalyserar oxidativ fosforylering och reducerar oxidativ stress. SIRT3 har också visat sig ha potentialen att vara neuroskyddande och anti-aging.
Transkriptionsfaktorer
Sirtuiner
Sirtuiner är en grupp av proteiner som har enzymatisk aktivitet och är involverade i cellulärt regulatoriskt system, som är kopplat till åldrande och celldöd. De är histondeacetylaser (HDAC) och kan även fungera som ADP-ribosyltransferas. Sirtuiner spelar en viktig roll i cellers förmåga att reparera DNA-skador, reglera genuttryck och styrka celldelning. Dessa proteiner är kända för sin förmåga att påverka livslängden hos diverse levande organismer genom att skydda mot stressfaktorer och skada.
Proteinbindning
"Proteinbindning refererar till den process där ett protein binder specifikt till ett annat molekylärt substance, såsom en liten molekyl, ett annat protein eller en jon, vanligtvis genom non-kovalenta interaktioner som hydrogenbindning, Van der Waals-kräfter och elektrostatiska attraktioner. Denna bindning kan regulera funktionen hos det bundna substanceet och är av central betydelse för många biologiska processer, inklusive signaltransduktion, enzymsk aktivitet och transport av molekyler inom cellen."
Cellkärneproteiner
Arylamin-N-acetyltransferas
Ett enzym som katalyserar överföringen av acetylgrupper från acetyl-CoA till arylaminer. Det har bred specificitet för aromatiska aminer, i synnerhet serotonin, och kan katalysera överföring av acetyl mellan arylaminer utan CoA. EC 2.3.1.5.
Sirtuin 2
Sirtuin 2 (SIRT2) är ett protein som tillhör sirtuinfamiljen, en grupp av nicotinamidadenindinukleotid (NAD+)-beroende deacetylaser och ADP-ribosyltransferaser. SIRT2 är specifikt beläget i både cellkärnan och cytosolen och är involverat i en rad cellulära processer, inklusive celldelning, DNA-reparation, oxidativ stressrespons och neuroprotektion. Det är mest känd för sin roll som deacetylas av alpha-tubulin, vilket påverkar mikrotubuliens dynamik och kan ha betydelse för cellcykeln och neurodegenerativa sjukdomar.
Acetic Anhydrides
Cellinje
I medicine refererer "cellinje" til en gruppe af celler med ensartet funktion og opbygning, der samarbejder for at udføre en specifik biologisk proces eller opgave i et levende organisme. Celliner er ofte specialiserede i deres struktur og funktion for at udføre deres rolle effektivt, og de kan findes i alle levende organismer, fra encellet bakterie til komplekse flercellede dyr og planter.
Molekylsekvensdata
Transaktivatorer
I en enkel mening kan transaktionsfaktorer (TF) definieras som en grupp proteiner som reglerar genuttryck genom att binde till specifika DNA-sekvenser och påverka transkriptionen av angränsande gener. De aktiverar eller stänger av genuttrycket beroende på cellens behov och omgivning. Transaktionsfaktorer spelar därför en viktig roll i cellulär differentiering, homeostas och patologiska tillstånd, inklusive cancer.
Reglering av genuttryck
N-Terminal Acetyltransferase A
N-terminal acetyltransferase A, ofta förkortat NatA, är ett enzymkomplex som katalyserar den koavalenta N-terminala acetyleringen av proteiner i eukaryota celler. Detta enzym komplex består av flera underenheter, inklusive Alb1/Naa10 och Nat1/Naa15, och är ansvarigt för att acetylera omkring 40-50% av alla eukaryota proteiner. Denna posttranslationella modifikation påverkar proteinernas funktion, stabilitet och interaktion med andra molekyler.
Smörsyra
Sulfametazin
Aminosyrasekvens
Hela-celler
Cellcykelproteiner
Proteiner som kontrollerar celldelningscykeln. Denna proteinfamilj omfattar ett stort antal klasser, inklusive cyklinberoende kinaser, mitogenaktiverade kinaser, cykliner och fosfoproteinfosfataser, s amt deras förmodade substrat, så som kromatinassocierade proteiner, cytoskelettproteiner och transkriptionsfaktorer.
Repressorproteiner
Repressorproteiner är proteiner som binds till specifika DNA-sekvenser och hämmar transkriptionen av ett visst genetiskt material, vilket leder till nedreglering av genuttrycket för de gener som kontrolleras av dessa repressorproteiner.
N-Terminal Acetyltransferase E
N-terminal acetyltransferase E, eller NatE, är ett enzymkomplex som katalyserar den koavalenta aketyleringen av proteins N-terminala alfa-aminosyragrupp. Detta process involverar överföringen av en acetylgrupp från acetyl-koenzym A till proteinets n-terminus, vilket kan påverka proteinets stabilitet, lokalisation och interaktion med andra molekyler inuti cellen. NatE är ett av flera N-terminala aketyleringssystem i eukaryota celler och har visat sig spela en viktig roll i cellytanens homeostas och cellcykeln.
Saccharomyces cerevisiae
DNA-bindande proteiner
Proteiner som binder till DNA. Till denna familj hör proteiner som binder till såväl dubbelsträngat som enkelsträngat DNA, och den omfattar även specifika DNA-bindande proteiner i serum som kan användas som markörer för tumörsjukdomar.
Anacardsyror
Tumörcellinje
En tumörcellinje refererar till en homogen grupp av cancerceller som delar gemensamma genetiska mutationer och beteenden, och som härstammar från samma ursprungscell. Denna celllinje kan behålla sin unika identitet och vårda sig lika under tumörts growth, metastas och respons på terapi. Detta är viktigt att ta hänsyn till när man utvecklar cancerbehandlingar, eftersom responsen på en viss typ av behandling kan variera mellan olika tumörcellinjer.
Mutation
Cellkärna
Tubulin
Tubulin refererar till ett protein som är en viktig komponent i mikrotubuli, en del av cytoskelettet hos eukaryota celler. Tubulin förekommer i två huvudformer, alfa-tubulin och beta-tubulin, och dessa dimeriserar för att bilda tubulin-dimertubler, vilka sedan polymeriseras för att bilda mikrotubuli. Mikrotubuli är dynamiska strukturer som spelar en roll i celldelning, intracellulär transport och cellrörelse. Tubulin kan också vara ett mål för vissa läkemedel, till exempel taxaner som används inom cancerbehandling.
Proteinstruktur, tertiär
Tumörsuppressorprotein p53
Tumörsuppressorproteinet p53 är ett protein som spelar en central roll i cellcykeln och DNA-reparationen, och som undertrycker oregelbunden celldelning och neoplasi (abnorm tumörväxt). Det gör detta genom att initiera apoptos eller celldelningsstopp vid skadad DNA eller påträngande onkogena signaler.
Enzymhämmare
Enzyminhibitorer är substanser som sänker eller helt stoppar en enzymes aktivitet genom att binda till enzymet. Detta resulterar i försening eller minskning av den kemiska reaktionen som enzymet annars skulle ha katalyserat. Enzymer är proteinmolekyler som accelererar biologiska reaktioner inom celler, och deras aktivitet kan regleras genom olika mekanismer, däribland användning av enzyminhibitorer.
Valproinsyra
DNA-metylering
Fogning av metylgrupper till DNA. DNA-metyltransferaser (DNA-metylaser) katalyserar denna reaktion med S-adenosylmetionin som givare av metylgrupper.
Bindningsplatser
Genavstängning
N-Terminal Acetyltransferases
N-terminal acetyltransferases (NATs) are a group of enzymes that transfer an acetyl group from acetyl coenzyme A (acetyl-CoA) to the α-amino group of the first residue in a protein, forming N-terminally acetylated proteins. This modification can affect various aspects of protein function, including stability, localization, and interaction with other proteins. NATs play important roles in various cellular processes, such as gene expression regulation, DNA damage response, and cell signaling.
Acetylesteras
Acetat-CoA-ligas
Ett enzym som katalyserar bildandet av CoA-derivat ur ATP, acetat och CoA, varvid fås AMP, pyrofosfat och acetyl-CoA. Det har också verkan på propionat och akrylat. EC 6.2.1.1.
Acetater
DNA
En deoxiribonukleotidpolymer som utgör den grundläggande genetiska substansen i alla celler. Eukaryota och prokaryota organismer har normalt sitt DNA ordnat i dubbelsträngade strukturer, men i många viktiga biologiska processer ingår under vissa skeden enkla strängar. DNA, som består av en flersockerarts-fosfatstam med utskott av puriner (adenin och guanin) och pyrimidiner (tymin och cytosin), bildar en dubbelspiral som hålls ihop med vätebindningar mellan purinerna och pyrimidinerna (adenin mot tymin (AT) och guanin mot cytosin (GC)).
Celler, odlade
Immunprecipitation
HEK293 Cells
HEK293 cells, also known as human embryonic kidney 293 cells, are a type of immortalized cell line that were originally derived from human embryonic kidney tissue. They are widely used in scientific research due to their ability to express high levels of recombinant proteins and other foreign genes, making them valuable for the study of protein function, drug discovery, and gene therapy. HEK293 cells have a flat, fibroblast-like morphology and can be grown in culture under standard conditions, allowing for easy manipulation and analysis. It is important to note that while HEK293 cells are derived from human tissue, they are not considered to be primary cells, as they have been transformed and do not retain the same characteristics as the original tissue from which they were derived.