Fatores de Transcrição
Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.
Transcrição Genética
Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.
Regiões Promotoras Genéticas
Proteínas de Ligação a DNA
Fator de Transcrição Sp1
Fator de transcrição promotor específico da RNA polimerase II que se liga à GC box, um dos elementos promotores à montante, em células de mamíferos. A ligação de Sp1 é necessária para o início da transcrição nos promotores de uma variedade de GENES celulares e virais.
Regulação da Expressão Gênica
Dados de Sequência Molecular
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Sequência de Bases
Ativação Transcricional
Processos que estimulam a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA de um gene ou conjunto de genes.
Sítios de Ligação
Transativadores
Produtos gênicos difusíveis que atuam em moléculas homólogas ou heterólogas de vírus ou DNA celular para regular a expressão de proteínas.
Fatores de Transcrição Hélice-Alça-Hélice Básicos
RNA Mensageiro
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Ligação Proteica
Proteínas Nucleares
Fator de Transcrição AP-1
Complexo multiproteico composto de produtos dos proto-oncogenes c-jun e c-fos. Essas proteínas devem ser dimerizadas para ligarem-se ao sítio de reconhecimento AP-1, também conhecido como elemento responsivo ao TA (TRE). O AP-1 controla a tanto transcrição de diversos genes basais quanto os que são induzidos.
Proteínas Repressoras
Proteínas que mantêm a dormência transcricional de GENES ou ÓPERONS específicos. As proteínas repressoras clássicas são as proteínas ligantes de DNA que estão normalmente ligadas à REGIÃO OPERADORA de um óperon, ou os ELEMENTOS FACILITADORES de um gene até que ocorra algum sinal que ocasione seu desprendimento.
Linhagem Celular
Fatores de Transcrição Forkhead
Subclasse de proteínas de ligação a DNA winged helix que compartilha homologia com seu membro principal da proteína forkhead, em drosófilas.
Proteínas de Homeodomínio
Proteínas encodificadas por genes "homeobox" (GENES, HOMEOBOX) que exibem similaridades estruturais a certas proteínas de ligação ao DNA de procariotos e eucariotos. Proteínas de homeodomínio estão envolvidas no controle da expressão gênica durante a morfogênese e desenvolvimento (REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA NO DESENVOLVIMENTO).
Regulação da Expressão Gênica no Desenvolvimento
Transdução de Sinal
Transferência intracelular de informação (ativação/inibição biológica) através de uma via de sinalização. Em cada sistema de transdução de sinal, um sinal de ativação/inibição proveniente de uma molécula biologicamente ativa (hormônio, neurotransmissor) é mediado, via acoplamento de um receptor/enzima, a um sistema de segundo mensageiro ou a um canal iônico. A transdução de sinais desempenha um papel importante na ativação de funções celulares, bem como de diferenciação e proliferação das mesmas. São exemplos de sistemas de transdução de sinal: o sistema do receptor pós-sináptico do canal de cálcio ÁCIDO GAMA-AMINOBUTÍRICO, a via de ativação da célula T mediada pelo receptor e a ativação de fosfolipases mediada por receptor. Estes sistemas acoplados à despolarização da membrana ou liberação de cálcio intracelular incluem a ativação mediada pelo receptor das funções citotóxicas dos granulócitos e a potencialização sináptica da ativação da proteína quinase. Algumas vias de transdução de sinal podem ser parte de um sistema de transdução muito maior, como por exemplo, a ativação da proteína quinase faz parte da via de sinalização da ativação plaquetária.
Sequência de Aminoácidos
DNA
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina Básica
Superfamília grande de fatores de transcrição contendo uma região rica em resíduos de AMINOÁCIDOS BÁSICOS seguidos por um domínio ZÍPER DE LEUCINA.
Fator de Transcrição AP-2
Família de proteínas ligantes de DNA que regulam a expressão de uma variedade de GENES durante a DIFERENCIAÇÃO CELULAR e a APOPTOSE. Membros desta família contêm um MOTIVO HÉLICE-VOLTA-HÉLICE carboxi-terminal básico altamente conservado envolvido na dimerização e na ligação a sequências específicas de DNA.
Mutação
Núcleo Celular
Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.
Diferenciação Celular
Transfecção
Captação de DNA simples ou purificado por CÉLULAS, geralmente representativo do processo da forma como ocorre nas células eucarióticas. É análogo à TRANSFORMAÇÃO BACTERIANA e ambos são rotineiramente usados em TÉCNICAS DE TRANSFERÊNCIA DE GENES.
Fatores de Transcrição Kruppel-Like
Família de fatores de transcrição dedo de zinco os quais compartilham homologia com a proteína Kruppel, Drosófila. Contêm uma sequência espaçadora altamente conservada de sete aminoácidos entre os motivos de dedo de zinco.
Fatores de Transcrição TFII
Chamados fatores gerais de transcrição, geralmente que se ligam a RNA POLIMERASE II e são necessários para a iniciação da transcrição. Incluem os TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFII-I e TFIIJ. In vivo, eles aparentemente se ligam num processo de múltiplos passos ordenados e/ou podem formar um grande complexo de pré-iniciação chamado holoenzima RNA polimerase II.
Imunoprecipitação da Cromatina
Técnica para identificar sequências específicas de DNA, que estiverem ligadas, in vivo, a proteínas de interesse. Envolve a fixação da CROMATINA por formaldeído por meio de ligações covalentes entre as PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO A DNA e o DNA. Após a quebra do DNA em fragmentos menores, os complexos proteína-DNA específicos são isolados por imunoprecipitação com ANTICORPOS específicos da proteína. Em seguida, o DNA isolado do complexo pode ser identificado por amplificação e sequenciamento por PCR.
Genes Reporter
Genes cuja expressão é facilmente detectável, sendo usados no estudo da atividade promotora em muitas posições de um genoma alvo. Na tecnologia do DNA recombinante estes genes podem ser ligados a uma região promotora de interesse.
Fator de Transcrição YY1
Proteína contendo dedos de zinco ubiquamente expressa que atua tanto como repressor e ativador de transcrição. Interage com as proteínas chave regulatórias, como a proteína de ligação a TATA, TFIIB e PROTEÍNAS E1A DE ADENOVIRUS.
Células HeLa
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Fator de Transcrição STAT3
Transdutor de sinal e ativador da transcrição que medeia as respostas celulares aos membros da família da INTERLEUCINA-6. A STAT3 encontra-se ativada constitutivamente em vários TUMORES, sendo o principal agente que define o sentido espontâneo (downstream) na transdução do RECEPTOR GP130 DE CITOCINA.
Fator de Transcrição GATA4
Fator de transcrição GATA expresso no desenvolvimento cardíaco do MIOCÁRDIO e tem sido envolvido na diferenciação dos miócitos cardíacos. A GATA4 é ativada por FOSFORILAÇÃO e regula a transcrição de genes específicos do coração.
Fator de Transcrição TFIID
Principal componente de ligação a DNA de sequência específica envolvido na ativação da transcrição da RNA POLIMERASE II. Originalmente foi descrito como um complexo da PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX, e FATORES ASSOCIADOS À PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA. Sabe-se atualmente que as PROTEÍNAS SEMELHANTES À PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX podem substituir as proteínas de ligação a TATA-box no complexo.
Células Cultivadas
Células propagadas in vitro em meio especial apropriado ao seu crescimento. Células cultivadas são utilizadas no estudo de processos de desenvolvimento, processos morfológicos, metabólicos, fisiológicos e genéticos, entre outros.
Fator 3 Ativador da Transcrição
Fatores de Transcrição NFATC
Família de fatores de transcrição caracterizados pela presença de domínios de ligação com a calcineurina e DNA altamente conservados. As proteínas NFAT são ativadas no CITOPLASMA pela fosfatase CALCINEURINA dependente de cálcio. Atuam na transdução dos sinais de cálcio para o núcleo onde podem interagir com o FATOR DE TRANSCRIÇÃO AP-1 ou NF-KAPPA B e iniciar a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA dos GENES envolvidos na DIFERENCIAÇÃO CELULAR e desenvolvimento celular. As proteínas NFAT estimulam a ativação de CÉLULA T pela indução dos GENES PRECOCES, como a INTERLEUCINA-2.
Fator de Transcrição Sp3
Sítio de Iniciação de Transcrição
Primeiro nucleotídeo de uma sequência de DNA transcrita pela qual a RNA polimerase (RNA POLIMERASES DIRIGIDAS POR DNA) começa a síntese do transcrito de RNA.
NF-kappa B
Ativador transcripcional nuclear induzível e presente em todas as células, liga-se aos elementos facilitadores em diferentes tipos celulares e é ativado por estímulos patogênicos. O complexo NF-kappa B é um heterodímero composto por duas subunidades de ligação a DNA: a NF-kappa B1 e relA.
Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
Variação da técnica de PCR na qual o cDNA é construído do RNA através de uma transcrição reversa. O cDNA resultante é então amplificado utililizando protocolos padrões de PCR.
Dedos de Zinco
Motivos em proteínas de ligação a DNA e RNA, cujos aminoácidos estão dobrados em uma única unidade estrutural em torno de um átomo de zinco. No dedo de zinco clássico, um átomo de zinco está ligado a duas cisteínas e duas histidinas. Entre as cisteínas e histidinas estão 12 resíduos que formam uma ponta de dedo que se liga ao DNA. Através de variações na composição das sequências na ponta do dedo e no número e espaçamento das repetições tandem dos motivos, os dedos de zinco podem formar um grande número de diferentes sítios de ligação específicos para sequências.
Fatores de Transcrição Box Pareados
Família de fatores de transcrição que controla o DESENVOLVIMENTO EMBRIONÁRIO dentro de uma variedade de linhagens de células. São caracterizados por um domínio de ligação a DNA pareado altamente conservado. Foi identificado primeiro na segmentação gênica de DROSOPHILA.
Ensaio de Desvio de Mobilidade Eletroforética
Técnica eletroforética para identificar a ligação de um composto a outro qualquer. De modo geral, um dos compostos é marcado para que sua mobilidade na eletroforese seja acompanhada. Se o composto marcado estiver unido a outro, então, a mobilidade do composto marcado no meio eletroforético será retardada.
Fator 2 Ativador da Transcrição
Fator ativador de transcrição que regula a expressão de uma variedade de GENES, entre eles os Genes C-jun, CICLINA A, CICLINA D1 e o FATOR 3 ATIVADOR DA TRANSCRIÇÃO.
Fator de Transcrição TFIIB
Elementos Facilitadores Genéticos
Sequências de DNA que atuam em cis, e que podem incrementar a transcrição de genes. Os facilitadores geralmente podem funcionar em qualquer orientação e em várias distâncias em relação a um promotor.
Sequências Reguladoras de Ácido Nucleico
Fator de Transcrição E2F1
Fator de transcrição E2F que interage diretamente com a PROTEÍNA DO RETINOBLASTOMA e CICLINA A e ativa a TRANSCRIÇÃO GÊNICA necessária para a entrada no CICLO CELULAR e síntese do DNA. A E2F1 participa do REPARO DO DNA e APOPTOSE.
RNA Polimerase II
Perfilação da Expressão Gênica
Determinação do padrão de genes expresso ao nível de TRANSCRIÇÃO GENÉTICA sob circunstâncias específicas ou em uma célula específica.
Clonagem Molecular
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Fatores de Transcrição de Zíper de Leucina e Hélice-Alça-Hélix Básicos
Família de fatores de transcrição contendo regiões ricas em resíduos básicos, domínios de ZíPER DE LEUCINA e SEQUÊNCIAS HÉLICE-ALÇA-HÉLICE.
Fatores de Transcrição MEF2
Proteínas Recombinantes de Fusão
Plasmídeos
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Fator de Transcrição GATA3
Fator de transcrição GATA encontrado predominantemente em precursores de células linfoides e tem sido envolvido na DIFERENCIAÇÃO CELULAR das células T auxiliadoras. A haploinsuficiência de GATA3 está associada com o HIPOPARATIREOIDISMO, PERDA AUDITIVA NEUROSSENSORIAL e síndrome de anomalias renais.
Fator de Transcrição GATA1
Fator de transcrição GATA especificamente expresso em linhagens hematopoiéticas e desempenha um papel importante na DIFERENCIAÇÃO CELULAR das CÉLULAS ERITROIDES e MEGACARIÓCITOS.
Fator de Transcrição GATA2
Expressão Gênica
Manifestação fenotípica de um gene (ou genes) pelos processos de TRANSCRIÇÃO GENÉTICA e TRADUÇÃO GENÉTICA.
Regulação Fúngica da Expressão Gênica
Fatores de Transcrição TCF
Família de proteínas de ligação a DNA expressa principalmente em LINFÓCITOS T. Interagem com a BETA CATENINA e servem como ativadores de transcrição e repressores em uma variedade de processos em desenvolvimento.
Fatores de Transcrição GATA
Família de fatores de transcrição contendo duas sequências de dedo de zinco e se ligam à sequência (A/T)GATA(A/G) do DNA.
Fator de Transcrição Associado à Microftalmia
Fator de transcrição de zíper de leucina e hélice-alça-hélix básico que regula a DIFERENCIAÇÃO CELULAR e o desenvolvimento de uma variedade de tipos celulares, incluindo os MELANÓCITOS, OSTEOCLASTOS e EPITÉLIO PIGMENTADO DA RETINA. Mutações na proteína MITF estão associadas com OSTEOPETROSE e SÍNDROME DE WAARDENBURG.
Luciferases
Enzimas que oxidam certas SUBSTÂNCIAS LUMINESCENTES para emitir luz (LUMINESCÊNCIA). As luciferases de organismos distintos apresentam estruturas e substratos diferentes, pois evoluíram diferentemente.
Fator de Transcrição STAT1
Transdutor de sinal e ativador da transcrição que medeia as respostas celulares aos INTERFERONS. A Stat1 interage com a PROTEÍNA SUPRESSORA DE TUMOR P53 e regula a expressão de GENES envolvidos no controle do crescimento e na APOPTOSE.
Estrutura Terciária de Proteína
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Fatores Ativadores da Transcrição
Fatores ativadores de transcrição foram originalmente identificados como PROTEÍNAS DE LIGAÇÃO A DNA que interagem com os promotores precoces de ADENOVÍRUS. São uma família de fatores de transcrição de zíper de leucina básica que se ligam ao sítio de consenso TGACGTCA do elemento de resposta ao APM cíclico, e estão intimamente relacionados com a PROTEÍNA DE LIGAÇÃO AO ELEMENTO DE RESPOSTA AO AMP CÍCLICO.
Fator de Transcrição RelA
Subunidade de NF-kappa B principalmente responsável pela função de transativação. Contém um domínio de transativação C-terminal e um domínio N-terminal com homologia às PROTEÍNAS PROTO-ONCOGÊNICAS C-REL.
Fatores de Transcrição E2F
Família de fatores de transcrição hélice-alça-hélice básicos que controlam a expressão de vários GENES envolvidos na regulação do CICLO CELULAR. Os fatores de transcrição E2F formam complexos heterodiméricos com o FATOR DE TRANSCRIÇÃO DP1 ou o fator de transcrição DP2, e possuem um domínio N-terminal de ligação com o DNA e de dimerização. Os fatores de transcrição E2F podem atuar como mediadores da repressão da transcrição ou da ativação da transcrição.
Linhagem Celular Tumoral
Linhagem celular derivada de células tumorais cultivadas.
Fosforilação
Sequências Hélice-Alça-Hélice
Estruturas supersecundárias recorrentes caracterizadas por 20 aminoácidos que se dobram em duas alfa hélices conectadas por um segmento de "alça" não espiral. São encontradas em muitas sequências específicas de PROTEINAS DE LIGAÇÃO A DNA e em PROTEINAS DE LIGAÇÃO DO CÁLCIO.
Cromatina
Saccharomyces cerevisiae
Análise de Sequência com Séries de Oligonucleotídeos
Hibridização de uma amostra de ácido nucleico em um grupo muito grande de SONDAS DE OLIGONUCLEOTÍDEOS, ligadas individualmente a colunas e fileiras de um suporte sólido, para determinar a SEQUÊNCIA DE BASES ou detectar variações em uma sequência gênica, na EXPRESSÃO GÊNICA ou para MAPEAMENTO GENÉTICO.
Proteínas de Saccharomyces cerevisiae
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
Regulação da Expressão Gênica de Plantas
Fator de Transcrição GATA6
Fator de transcrição GATA expresso predominantemente em CÉLULAS DE MÚSCULO LISO e regula a DIFERENCIAÇÃO CELULAR do músculo liso vascular.
Fator 4 Ativador da Transcrição
Modelos Biológicos
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a actividade de processos biológicos ou doenças. Para modelos de doença em animais vivos, MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS está disponível. Modelos biológicos incluem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Proteína 1 Semelhante ao Fator 7 de Transcrição
Fator 1 Ativador da Transcrição
Proteína de Ligação ao Elemento de Resposta ao AMP Cíclico
Homologia de Sequência de Aminoácidos
Fator de Transcrição TFIIIA
Um dos vários fatores de transcrição geral, específicos para a RNA POLIMERASE III. É uma proteína em DEDOS DE ZINCO necessária para a transcrição dos genes 5S ribossômicos.
Proteínas Proto-Oncogênicas
Western Blotting
Camundongos Knockout
Linhagens de camundongos nos quais certos GENES dos GENOMAS foram desabilitados (knocked-out). Para produzir "knockouts", usando a tecnologia do DNA RECOMBINANTE, a sequência do DNA normal no gene em estudo é alterada para impedir a síntese de um produto gênico normal. Células clonadas, nas quais esta alteração no DNA foi bem sucedida, são então injetadas em embriões (EMBRIÃO) de camundongo, produzindo camundongos quiméricos. Em seguida, estes camundongos são criados para gerar uma linhagem em que todas as células do camundongo contêm o gene desabilitado. Camundongos knock-out são usados como modelos de animal experimental para [estudar] doenças (MODELOS ANIMAIS DE DOENÇAS) e para elucidar as funções dos genes.
TATA Box
Sequência rica em A-T conservada que está contida nos promotores da RNA polimerase II. O segmento apresenta sete pares de bases de extensão, e os nucleotídeos mais encontrados são TATAAAA.
Fatores de Transcrição NFI
Modelos Genéticos
Células Tumorais Cultivadas
Células provenientes de tecido neoplásico cultivadas in vitro. Se for possível estabelecer estas células como LINHAGEM CELULAR TUMORAL, elas podem se propagar indefinidamente em cultura de células.
Regulação para Baixo
Efeito controlador negativo sobre os processos fisiológicos nos níveis molecular, celular ou sistêmico. No nível molecular, os principais sítios regulatórios incluem os receptores de membrana, genes (REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA), RNAm (RNA MENSAGEIRO) e proteínas.
Proteínas Proto-Oncogênicas c-jun
Proteínas celulares ligadoras de DNA encodificadas pelo gene c-jun (GENES, JUN). Estão envolvidos no controle transcripcional relacionado ao crescimento. Parecem possuir três distintas funções: dimerização (com a c-fos), ligação de DNA e ativação transcrpcional. A transformação oncogênica pode surgir devido à expressão constitutiva de c-jun.
Proteínas de Drosophila
Proteínas que se originam a partir de espécies de insetos pertencendo ao gênero DROSOPHILA. As proteínas da espécie de Drosophila mais intensamente estudadas, a DROSOPHILA MELANOGASTER, são objeto de muito interesse na área da MORFOGÊNESE e desenvolvimento.
Proteínas Proto-Oncogênicas c-ets
Família de fatores de transcrição que compartilham um domínio peculiar de ligação ao DNA. O nome vem da proteína derivada de oncogene viral v-ets do VÍRUS DA ERITROBLASTOSE AVIÁRIA.
Camundongos Transgênicos
Camundongos de laboratório que foram produzidos de um OVO ou EMBRIÃO DE MAMÍFEROS, manipulados geneticamente.
Regulação para Cima
Efeito controlador positivo sobre os processos fisiológicos nos níveis molecular, celular ou sistêmico. No nível molecular, os principais sítios regulatórios incluem os receptores de membrana, genes (REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA), RNAm (RNA MENSAGEIRO) e as proteínas.
Alinhamento de Sequência
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Fenótipo
Proteínas Estimuladoras de Ligação a CCAAT
Classe de proteínas que foram originariamente identificadas por sua habilidade em ligar-se à sequência de CCAAT do DNA. A proteína intensificadora de ligação a CCAAT típica forma dímeros e consiste de um domínio de ativação, uma região básica de ligação a DNA, e um domínio de dimerização rico em leucina (ZÍPER DE LEUCINA). FATOR DE LIGAÇÃO A CCAAT é estruturalmente um tipo distinto de proteína intensificadora de ligação a CCAAT que consiste de um trímero de três diferentes subunidades.
Fator de Transcrição TFIIH
Fator de transcrição geral que está envolvido na TRANSCRIÇÃO GENÉTICA basal e no REPARO DO DNA. Consiste em nove subunidades, entre elas as DNA HELICASES dependentes de ATP, ciclina H e PROTEÍNA GRUPO D DO XERODERMA PIGMENTOSO.
Camundongos Endogâmicos C57BL
Fatores de Transcrição SOX9
Fator de Transcrição TFIIA
Fator de transcrição específico da RNA POLIMERASE II. Pode desempenhar um papel na ativação transcripcional da expressão gênica, interagindo com o componente da PROTEÍNA DE LIGAÇÃO A TATA-BOX, do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID.
RNA Polimerases Dirigidas por DNA
Grupo de enzimas que catalisa a extensão dirigida pelo DNA molde, do terminal 3'de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez. Podem iniciar uma cadeia de novo. Em eucariotos, três formas da enzima foram identificadas de acordo com a sensibilidade à alfa-amanitina e o tipo de RNA sintetizado. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992).
Sequência Consenso
Sequência teórica representada por nucleotídeo ou aminoácido, na qual cada nucleotídeo ou aminoácido é o único que ocorre com mais frequência nesse sítio nas diferentes sequências que ocorrem na natureza. A frase também se refere a uma sequência real que se aproxima ao consenso teórico. Um grupo conhecido como SEQUÊNCIA CONSERVADA é representado por uma sequência consenso. Estruturas supersecundárias de proteínas comumente observadas (MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS) são frequentemente formadas por sequências conservadas.
Histonas
Pequenas proteínas cromossomais (aproximadamente 12-20 kD) que possuem uma estrutura aberta, não dobrada e ligada ao DNA no núcleo celular através de ligações iônicas. A classificação em vários tipos (histona I, histona II, etc.) baseia-se nas quantidades relativas de arginina e lisina de cada uma.
Regulação Bacteriana da Expressão Gênica
Fator de Transcrição STAT5
Transdutor e ativador de sinal de transcrição que medeia as respostas celulares de várias CITOCINAS. A ativação da stat5 está associada com a transcrição dos reguladores do CICLO CELULAR, como o inibidor de quinase dependente de ciclina P21 e os genes antiapoptóticos, como os GENES BCL-2. A stat5 está constitutivamente ativada em vários pacientes com LEUCEMIA MIELOIDE aguda.
Fator de Transcrição DP1
Fator de transcrição que possui domínios de ligação para o DNA e o E2F, porém não possui um domínio de ativação da transcrição. É parceiro de ligação dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO E2F e estimula a ligação do DNA e a transativação do complexo DP-E2F.
Hibridização In Situ
Proteínas de Arabidopsis
Proteínas que se originam de espécies de plantas do gênero ARABIDOPSIS. A espécie de Arabidopsis mais intensamente estudada é a Arabidopsis thaliana, comumente utilizada como modelo experimental.
Pegada de DNA
Método para determinar a sequência específica de proteínas de ligação a DNA. A pegada de DNA utiliza um agente que danifica o DNA (ou um reagente químico ou uma nuclease), que cliva o DNA a cada par de base. A clivagem do DNA é inibida onde o ligante se liga ao DNA. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genetics: Classical and Molecular, 5th ed)
Sequência Conservada
Sequência de aminoácidos em um polipeptídeo ou de nucleotídeos no DNA ou RNA que é semelhante em múltiplas espécies. Um grupo conhecido de sequências conservadas é representado por uma SEQUÊNCIA CONSENSO. Os MOTIVOS DE AMINOÁCIDOS são frequentemente compostos de sequências conservadas.
Proteínas com Domínio T
Proteínas contendo uma região de sequência conservada, em torno de 200 aminoácidos de comprimento, que encodifica uma sequência particular de domínio de ligação com o DNA (domínio T-box). Essas proteínas são fatores de transcrição que controlam as vias de desenvolvimento. O fenótipo desta família é o produto gênico camundongo Brachyury (ou T).
DNA Complementar
DNA complementar de fita única sintetizado a partir de um molde de RNA pela ação da DNA polimerase dependente de RNA. O DNAc (DNA complementar, não DNA circular, não C-DNA) é utilizado numa variedade de experimentos de clonagem molecular assim como servem como uma sonda de hibridização específica.
Zíper de Leucina
Motivos de ligação a DNA formados a partir de duas alfa-hélices que se entrelaçam por cerca de oito voltas em um enovelado helicoidal e então se bifurcam formando estruturas em forma de Y. As leucinas que ocorrem em repetições de héptades terminam nos mesmos lados das hélices e são adjacentes entre si na haste do Y (a região do "zíper"). Os resíduos de ligação a DNA estão localizados na região bifurcada do Y.
Fator 1 de Transcrição de Octâmero
Fator de transcrição octâmero ubiquamente expresso que regula a TRANSCRIÇÃO GENÉTICA de RNA NUCLEAR PEQUENO, GENES DE IMUNOGLOBULINAS e genes de histonas H2b.
Elementos Reguladores de Transcrição
Sequências nucleotídicas de um gene, envolvidas na regulação da TRANSCRIÇÃO GENÉTICA.
Regulação Enzimológica da Expressão Gênica
Arabidopsis
Gênero de plantas (família BRASSICACEAE) contendo PROTEÍNAS DE ARABIDOPSIS e PROTEÍNAS DE DOMÍNIO MADS. A espécie 'A. thaliana' é utilizada em experimentos em genética vegetal clássica, bem como em estudos de genética molecular em fisiologia, bioquímica e desenvolvimento de plantas.
Proteínas Recombinantes
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Regulação Neoplásica da Expressão Gênica
Proteína de Ligação a TATA-Box
Fator de transcrição geral que desempenha um papel importante na ativação dos genes eucarióticos transcritos pelas RNA POLIMERASES. Ligam-se especificamente ao elemento promotor TATA BOX que se localiza próximo a posição de iniciação de transcrição em RNA transcrito pela RNA POLIMERASE II. Embora seja considerada um importante componente do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID, também faz parte dos complexos de fatores de transcrição geral relacionados com a transcrição pela RNA POLIMERASE I e RNA POLIMERASE III.
Fatores de Ligação de DNA Eritroide Específicos
Grupo de fatores de transcrição que estava originalmente descritos como sendo específico para CÉLULAS ERITROIDES.
Técnicas do Sistema de Duplo-Híbrido
Primeiras técnicas de blindagem desenvolvidas em leveduras para identificar genes que codificam proteínas de interação. As variações são usadas para avaliar interações entre proteínas e outras moléculas. Técnicas de dois híbridos referem-se à análise de interações de proteína-proteína, e as de um e três híbridos, referem-se à análise de interações DNA-proteína e RNA-proteína (ou interações baseadas em ligantes), respectivamente. Técnicas reversas de n híbridos referem-se à análise de mutações ou outras moléculas pequenas que dissociam interações conhecidas.
Drosophila
Fatores de Transcrição TFIII
Fatores que se ligam a RNA POLIMERASE III e auxiliam na transcrição. Incluem os fatores de montagem dos TFIIIA e TFIIIC e o fator de iniciação TFIIIB. Todos se combinam para formar um complexo de pré-iniciação com o promotor que direciona a ligação da RNA polimerase III.
Fator de Transcrição de Proteínas de Ligação GA
Fator de transcrição heterotetramérico composto por duas proteínas distintas. Seu nome se refere ao fato de ligar-se às sequências de DNA ricas em GUANINA e ADENINA. A proteína de ligação a GA integra várias vias de TRANSDUÇÃO DE SINAL e regula a expressão dos GENES envolvidos no controle do CICLO CELULAR, BIOSSÍNTESE DE PROTEÍNAS e o METABOLISMO CELULAR.
Linhagem da Célula
Redes Reguladoras de Genes
Subsistemas reguladores de codificação do DNA interagindo no GENOMA que coordenam os sinais dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO ativadores e repressores durante o desenvolvimento, diferenciação celular ou em resposta aos estímulos ambientais. A função da rede é especificar a expressão de grupos particulares de GENES para determinadas situações, tempos ou locais.
Northern Blotting
Detecção de RNA que é separado eletroforeticamente e imobilizado por "blotting" em papel de nitrocelulose ou outro tipo de papel ou membrana de nylon, seguido de hibridização com SONDAS DE ÁCIDO NUCLEICO marcado.
Proteína 1 de Resposta de Crescimento Precoce
Fator de transcrição de resposta de crescimento precoce que foi envolvida na regulação da PROLIFERAÇÃO DE CÉLULAS e APOPTOSE.
Deleção de Genes
Homologia de Sequência do Ácido Nucleico
Deleção de Sequência
Interferência de RNA
Fenômeno de inativação gênica, pelo qual os RNAds (RNA DE CADEIA DUPLA) desencadeiam a degradação de RNAm homólogo (RNA MENSAGEIRO). Os RNAs de cadeia dupla específicos são processados em RNA INTERFERENTE PEQUENO (RNAsi) que serve como guia para a clivagem do RNAm homólogo no COMPLEXO DE INATIVAÇÃO INDUZIDO POR RNA. A METILAÇÃO DE DNA também pode ser desencadeada durante este processo.
RNA Interferente Pequeno
RNAs pequenos, de cadeia dupla, de codificação não proteica (21-31 nucleotídeos) envolvidos nas funções de INATIVAÇÃO GÊNICA, especialmente o RNA DE INTERFERÊNCIA (RNAi). Os siRNAs são endogenamente gerados a partir de dsRNAs (RNA DE CADEIA DUPLA) pela mesma ribonuclease, Dicer, que gera miRNAs (MICRORNAS). O pareamento perfeito das cadeias de siRNAs' antissenso com seus RNAs alvos medeia a clivagem do RNAi guiado por siRNA. Os siRNAs caem em diferentes classes, inclusive siRNA de atuação trans (tasiRNA), RNA com repetições associadas (rasiRNA), RNA de varredura pequena (scnRNA), e RNA de interação com a proteína Piwi (piRNA) e têm funções diferentes de inativação gênica específica.
Proteínas de Grupo de Alta Mobilidade
Família de proteínas não histona, de baixo peso molecular, encontradas na cromatina.
Proliferação de Células
Todos os processos envolvidos em aumentar o NÚMERO DE CÉLULAS. Estes processos incluem mais que a DIVISÃO CELULAR, parte do CICLO CELULAR.
Proteína 2 Semelhante ao Fator 7 de Transcrição
Proteína Proto-Oncogênica c-ets-1
Desoxirribonuclease I
Enzima capaz de hidrolisar o DNA altamente polimerizado rompendo as ligações fosfodiéster, preferencialmente as adjacentes a um nucleotídeo de pirimidina. Catalisa a clivagem endonucleolítica do DNA fornecendo os produtos finais 5'-fosfodi- e oligonucleotídeo. A enzima tem preferência por DNA de fita dupla.
RNA
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Proteínas de Plantas
Análise de Sequência de DNA
Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.
Apoptose
Um dos mecanismos pelos quais ocorre a MORTE CELULAR (compare com NECROSE e AUTOFAGOCITOSE). A apoptose é o mecanismo responsável pela remoção fisiológica das células e parece ser intrinsecamente programada. É caracterizada por alterações morfológicas distintas no núcleo e no citoplasma, clivagem da cromatina em locais regularmente espaçados e clivagem endonucleolítica do DNA genômico (FRAGMENTAÇÃO DE DNA) em sítios internucleossômicos. Este modo de morte celular serve como um equilíbrio para a mitose no controle do tamanho dos tecidos animais e mediação nos processos patológicos associados com o crescimento tumoral.
Escherichia coli
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Fator de Transcrição Twist
Fator de transcrição hélice-alça-hélice básico que originalmente foi identificado em DROSÓFILA como essencial para a gastrulação e formação adequada da MESODERMA. Desempenha um papel importante no DESENVOLVIMENTO EMBRIONÁRIO e na DIFERENCIAÇÃO CELULAR das CÉLULAS MUSCULARES e é encontrado em vários organismos.
Subunidade p45 do Fator de Transcrição NF-E2
Subunidade do fator de transcrição NF-E2 específica ao tecido que interage com as proteínas MAF pequenas, regulando a expressão gênica. A proteína p45 NF-E2 é expressa principalmente em MEGACARIÓCITOS, CÉLULAS ERITROIDES e MASTÓCITOS.
Proteínas de Transporte
Cloranfenicol O-Acetiltransferase
Enzima que catalisa a acetilação de cloranfenicol para dar cloranfenicol 3-acetato. Como o cloranfenicol 3-acetato não se liga aos ribossomos bacterianos e não é um inibidor de peptidiltransferase, a enzima é responsável pela resistência natural ao cloranfenicol nas bactérias. A enzima, da qual se conhecem variantes, é encontrada tanto em bactérias Gram-negativas quanto Gram-positivas. EC 2.3.1.28.
Mutagênese Sítio-Dirigida
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Regulação Viral da Expressão Gênica
Proteínas Proto-Oncogênicas c-fos
Proteínas celulares ligadoras de DNA encodificadas pelo gene c-fos (GENES, FOS). Estão envolvidas no controle transcripcional relacionado ao crescimento. A c-fos juntamente com a cjun (PROTEÍNAS PROTO-ONCOGÊNICAS C-JUN) forma um heterodímero c-fos/-jun (FATOR DE TRANSCRIÇÃO AP-1) que se liga ao TRE (elemento responsivo ao TPA) em promotores de certos genes.
Reação em Cadeia da Polimerase
Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.
Proteínas do Tecido Nervoso
Proteínas do tecido nervoso referem-se a um conjunto diversificado de proteínas especializadas presentes no sistema nervoso central e periférico, desempenhando funções vitais em processos neurobiológicos como transmissão sináptica, plasticidade sináptica, crescimento axonal, manutenção da estrutura celular e sinalização intracelular.
Oligodesoxirribonucleotídeos
Fator de Transcrição TFIIIB
Um dos vários fatores de transcrição genérico que são específicos para a RNA POLIMERASE III. O TFIIIB recruta e posiciona o pol III sobre o sítio de iniciação e permanece ligado estavelmente ao DNA através de múltiplas voltas de reiniciação da RNA POLIMERASE III.
Transporte Ativo do Núcleo Celular
Mecanismos de transporte de comporta pelos quais proteínas ou RNA são movidos através da MEMBRANA NUCLEAR.
Fator 6 Ativador da Transcrição
Um dos FATORES DE TRANSCRIÇÃO DE ZÍPER DE LEUCINA BÁSICA, sintetizado como proteína ligada à membrana no RETÍCULO ENDOPLASMÁTICO. Transloca-se para o APARELHO DE GOLGI em resposta ao estresse do retículo endoplasmático. É ativado por PROTEASES e em seguida desloca-se para o NÚCLEO CELULAR, onde regula a TRANSCRIÇÃO GÊNICA de GENES envolvidos na resposta de desdobramento da proteína.
Fator de Transcrição Brn-3
Mapeamento por Restrição
Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.
Ciclo Celular
Série complexa de fenômenos que ocorre entre o fim de uma DIVISÃO CELULAR e o fim da divisão seguinte, através da qual o material celular é duplicado, e então, dividido entre as duas células filhas. O ciclo celular inclui a INTERFASE que inclui a FASE G0, FASE G1, FASE S e FASE G2 e a FASE DE DIVISÃO CELULAR.
Fatores de Transcrição SOXB1
Subclasse de fatores de transcrição SOX expressos em tecido neuronal, onde devem desempenhar papel na regulação da DIFERENCIAÇÃO CELULAR. Membros desta subclasse são geralmente considerados ativadores de transcrição.
Células 3T3
Linhagens de células cujo procedimento original de crescimento consistia em serem transferidas (T) a cada 3 dias e plaqueadas a 300.000 células por placa (de Petri). Linhagens foram desenvolvidas usando várias cepas diferentes de camundongos. Tecidos são normalmente fibroblastos derivados de embriões de camundongos, mas outros tipos e fontes também já foram desenvolvidos. As linhagens 3T3 são valiosos sistemas hospedeiros para estudos, in vitro, de transformação de vírus oncogênicos, uma vez que as células 3T3 possuem alta sensibilidade a INIBIÇÃO DE CONTATO.
Células COS
Linhagens de células derivadas da linhagem CV-1 por transformação com um VÍRUS SV40 mutante de replicação incompleta que codifica vários antígenos T grandes (ANTÍGENOS TRANSFORMADORES DE POLIOMAVÍRUS) para o tipo selvagem. São usadas para transfecção e clonagem. (A linhagem CV-1 foi derivada do rim de um macaco verde africado macho adulto (CERCOPITHECUS AETHIOPS)).
Fator de Transcrição NF-E2
Fator de transcrição em zíper de leucina que regula a expressão gênica da GLOBINA e está relacionado com o FATOR DE TRANSCRIÇÃO AP-1. A NF-E2 consiste em uma subunidade de proteína MAF pequena e de uma subunidade de 45 kDa restrita ao tecido.
Genes Reguladores
Genes que regulam ou circunscrevem a atividade de outros genes, especificamente genes que codificam para PROTEÍNAS ou RNAs que têm funções da REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA.
Fator de Ligação a CCAAT
Proteína heterotrimérica de ligação a DNA que se liga a motivos de CCAAT nos promotores de genes eucarióticos. É composto de três subunidades: A, B e C.
Elementos de Resposta
Sequências de nucleotídeos, geralmente no início da cadeia, que são reconhecidas por fatores de transcrição reguladores específicos e que promovem resposta gênica a vários agentes reguladores. Estes elementos podem ser encontrados tanto nas regiões promotoras como nas facilitadoras.
Família Multigênica
Conjunto de genes originados por duplicação e variação de algum gene ancestral. Estes genes podem estar reunidos nos mesmo cromossomo ou dispersos em cromossomos diferentes. São exemplos de famílias multigênicas as que codificam as hemoglobinas, imunoglobulinas, antígenos de histocompatibilidades, actinas, tubulinas, queratinas, colágenos, proteínas de choque térmico, proteínas adesivas salivares, proteínas coriônicas, proteínas de cutícula, proteínas vitelínicas, e faseolinas, bem como as histonas, RNA ribossômico, e genes de RNA de transferência. Os últimos três são exemplos de genes repetidos, onde centenas de genes idênticos estão presentes e ordenados em fila.
Drosophila melanogaster
Fatores de Transcrição SOXE
Subclasse de fatores estreitamente relacionados a fatores de transcrição SOX. Os membros desta subfamília estão envolvidos na regulação da diferenciação de OLIGODENDRÓCITOS durante a formação da crista neural e na CONDROGÊNESE.
Fatores Estimuladores Upstream
Inativação Gênica
Proteínas de Ciclo Celular
Proteínas que controlam o CICLO DE DIVISÃO CELULAR. Esta família de proteínas inclui uma ampla variedade de classes, entre elas as QUINASES CICLINA-DEPENDENTES, quinases ativadas por mitógenos, CICLINAS e FOSFOPROTEÍNAS FOSFATASES, bem como seus supostos substratos, como as proteínas associadas à cromatina, PROTEÍNAS DO CITOESQUELETO e FATORES DE TRANSCRIÇÃO.
Embrião de Mamíferos
Fatores de Tempo
Fatores de Regulação Miogênica
Família de fatores de transcrição específicos do músculo que se ligam ao DNA em regiões de controle e que regulam a miogênese. Todos os membros dessa família possuem uma estrutura conservada do tipo hélice-alça-hélice que é homóloga à família myc de proteínas. Esses fatores somente são encontrados no músculo esquelético. Outros membros da família são a PROTEÍNA MYOD, MIOGENINA, myf-5 e myf-6 (também chamada MRF4 ou herculina).
RNA Polimerase III
RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica, onde transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos específicos para cátions e sal, e mostrou sensibilidade intermediária à alfa-amanitina em comparação com a RNA polimerase I e II. EC 2.7.7.6.
Imuno-Histoquímica
Embrião não Mamífero
Dimerização
Proteínas Pol1 do Complexo de Iniciação de Transcrição
Fatores que formam um complexo de pré-iniciação para promotores que são especificamente transcritos pela RNA POLIMERASE I.
Fator 3 de Transcrição
Fator de transcrição do tipo hélice alça hélice básico que desempenha papel na determinação do destino da célula durante a embriogênese. Forma um heterodímero com o FATOR DE TRANSCRIÇÃO TWIST e com fatores de transcrição relacionados com a REGIÃO DO GENOMA DO COMPLEXO ACHAETE-SCUTE.
Especificidade de Órgãos
Motivos de Aminoácidos
Componentes estruturais de proteínas comumente observados, formados por combinações simples de estruturas secundárias adjacentes. Uma estrutura comumente observada pode ser composta por uma SEQUÊNCIA CONSERVADA que pode ser representada por uma SEQUÊNCIA CONSENSO.
Fator de Transcrição Pit-1
Mutagênese
Processo de gerar MUTAÇÃO genética. Pode ocorrer espontaneamente ou ser induzido por MUTÁGENOS.
Fatores de Transcrição SOXC
Subclasse de fatores estreitamente relacionados a fatores de transcrição SOX. Membros deste grupo foram encontrados expressos no tecido neuronal em desenvolvimento, LINFÓCITOS e durante o DESENVOLVIMENTO EMBRIONÁRIO.