DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em procariotos, e que pode estar presente em organismos superiores. Tem tanto atividade de exonuclease 3'-5'quanto 5'-3', mas não pode usar o DNA de fita dupla nativo como molde-iniciador. Não é inibida por reagentes sulfidrílicos e é ativa tanto na síntese quanto no reparo do DNA. Ec 2.7.7.7.
DNA polimerases dependentes de DNA, encontradas em células bacterianas, animais e vegetais. Durante o processo de replicação, estas enzimas catalisam a adição de resíduos de desoxirribonucleotídeos até a extremidade de uma fita de DNA na presença de DNA como molde-iniciador. Também possuem atividade de exonuclease e por isso funcionam no reparo de DNA.
RNA polimerase dependente de DNA presente em células bacterianas, vegetais e animais. A enzima funciona na estrutura nucleolar e transcreve DNA a RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sais da RNA polimerase II e III, e não é inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.
DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores. Pode estar presente em organismos superiores e tem uma atividade molecular intrínseca de apenas 5 por cento daquela da DNA Polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease 3'-5', age apenas em DNA de fita dupla com brechas, ou nos terminais de fita única menores do que 100 nucleotídeos como molde, e é inibida por reagentes sulfidrílicos. EC 2.7.7.7.
DNA polimerase dependente de DNA, caracterizada em E.coli e outros organismos inferiores (mas pode estar presente em organismos superiores). Utilizada também para uma forma mais complexa de DNA polimerase III (designada DNA polimerase III* ou pol III*), com atividade biológica 15 vezes maior (na síntese de DNA) que a da DNA polimerase I. Esta polimerase tem atividade de exonuclease (3'-5' e 5'-3'), é inibida por reagentes sulfidrílicos e tem a mesma dependência do molde-iniciador como a pol II (EC 2.7.7.7).
Enzima de reparo de DNA que catalisa a síntese de DNA durante o reparo da excisão de bases do DNA. EC 2.7.7.7.
Moldes macromoleculares para a síntese de macromoléculas complementares, como REPLICAÇÃO DO DNA, TRANSCRIÇÃO GENÉTICA do DNA para RNA e na TRADUÇÃO GENÉTICA do RNA nos POLIPEPTÍDEOS.
Processo pelo qual se duplica a molécula de DNA.
Espécie de bactérias Gram-negativas, facultativamente anaeróbicas, em forma de bastão (BACILOS GRAM-NEGATIVOS ANAERÓBIOS FACULTATIVOS) comumente encontrada na parte mais baixa do intestino de animais de sangue quente. Geralmente não é patogênica, embora algumas linhagens sejam conhecidas por produzir DIARREIA e infecções piogênicas. As linhagens patogênicas (virotipos) são classificadas pelos seus mecanismos patogênicos específicos como toxinas (ESCHERICHIA COLI ENTEROTOXIGÊNICA), etc.
Bases purina ou pirimidina unidas à DESOXIRRIBOSE contendo uma ligação com o grupo fosfato.
Enzimas que catalisam a incorporação de desoxirribonucleotídeos em uma cadeia de DNA. EC 2.7.7.
Enzimas que catalizam a liberação de mononucleotídeos pela hidrólise da ligação terminal das cadeias de desoxirribonucleotídeos ou ribonucleotídeos.
Sequência de PURINAS e PIRIMIDINAS em ácidos nucleicos e polinucleotídeos. É chamada também de sequência nucleotídica.
Enzima que sintetiza DNA num molde de RNA. É codificada pelo gene pol de retrovírus e por certos elementos semelhantes ao retrovírus. EC 2.7.7.49.
Descrições de sequências específicas de aminoácidos, carboidratos ou nucleotídeos que apareceram na literatura publicada e/ou são depositadas e mantidas por bancos de dados como o GENBANK, European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Biomedical Research Foundation (NBRF) ou outros repositórios de sequências.
Família de enzimas que catalisam a clivagem exonucleolítica de DNA. Inclui membros da classe EC 3.1.11 que formam 5'-fosfomonoésteres como produtos de clivagem.
Exodesoxirribonuclease dependente de ATP que cliva tanto na direção 5'- a 3'- ou 3'- a 5'- para obter 5'-fosfo-oligonucleotídeos. Encontra-se principalmente em BACTÉRIAS.
Fosfato ésteres de TIMINA em ligação N-glicosídica com ribose ou desoxirribose, tal como ocorre no ácido nucleico.
Polímero desoxirribonucleotídeo que é material genético primário de todas as células. Organismos eucariotos e procariotos normalmente contém DNA num estado de dupla fita, ainda que diversos processos biológicos importantes envolvam transitoriamente regiões de fita simples. O DNA, cuja espinha dorsal é constituída de fosfatos poliaçucarados possuindo projeções de purinas (adenina ou guanina) e pirimidinas (timina e citosina), forma uma dupla hélice que é mantida por pontes de hidrogênio entre as purinas e as pirimidinas (adenina com timina e guanina com citosina).
Fatores que formam um complexo de pré-iniciação para promotores que são especificamente transcritos pela RNA POLIMERASE I.
Nucleotídeos da adenina que contêm desoxirribose como molécula de açúcar.
DNA POLIMERASE DIRIGIDA POR DNA, termoestável, da bactéria Thermus aquaticus. É bastante usada para a amplificação de genes através do processo da REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE. EC 2.7.7.-.
RNA polimerase de fita simples, dependente de DNA, que funciona para iniciar, ou começar a síntese de DNA, sintetizando primers de oligorribonucleotídeos. EC 2.7.7.-.
Taxa dinâmica em sistemas químicos ou físicos.
Método in vitro para produção de grandes quantidades de DNA específico ou fragmentos de RNA de comprimento definido de pequenas quantidades de oligonucleotídeos curtos de sequências flanqueantes (iniciadores ou "primers"). O passo essencial inclui desnaturação térmica de moléculas alvo da dupla fita, reassociação dos primers a suas sequências complementares e extensão do iniciador reassociado pela síntese enzimática com DNA polimerase. A reação é eficiente, específica e extremamente sensível. A utilização da reação inclui diagnóstico de doenças, detecção de patógenos difíceis de se isolar, análise de mutações, teste genético, sequenciamento de DNA e análise das relações evolutivas.
Nucleotídeos guanina que contêm desoxirribose como molécula de açúcar.
Enzimas que catalisam a incorporação dirigida por molde dos ribonucleotídeos a uma cadeia de RNA. EC 2.7.7.-.
Reconstrução de uma molécula contínua de DNA de fita dupla, sem incorreções, a partir de uma molécula contendo regiões lesadas. Os principais mecanismos de reparo são o reparo de excisão, em que as regiões defeituosas de uma fita são extirpadas e ressintetizadas, usando-se as informações de pareamento das bases complementares da fita intata; reparo de foto-reativação, em que os efeitos letais e mutagênicos da luz ultravioleta são eliminados; e reparo pós-replicação, em que as lesões primárias não são reparadas, mas as lacunas de uma dúplex filha são preenchidas por meio da incorporação de porções da outra dúplex filha (não danificada). Os reparos de excisão e de pós-replicação às vezes são chamados de "reparo escuro" porque não exigem luz.
RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica e transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos diferentes para cátions e sal da RNA polimerase I e é fortemente inibida pela alfa-amanitina. EC 2.7.7.6.
Qualquer mudança detectável e hereditária que ocorre no material genético causando uma alteração no GENÓTIPO e transmitida às células filhas e às gerações sucessivas.
Nucleotídeos da citosina que contém desoxirribose como molécula de açúcar.
Cadeia única de desoxirribonucleotídeos que se encontra em algumas bactérias e vírus. Geralmente existe como um círculo fechado covalentemente.
Grupo de enzimas que catalisa a extensão dirigida pelo DNA molde, do terminal 3'de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez. Podem iniciar uma cadeia de novo. Em eucariotos, três formas da enzima foram identificadas de acordo com a sensibilidade à alfa-amanitina e o tipo de RNA sintetizado. (Tradução livre do original: Enzyme Nomenclature, 1992).
Biossíntese de RNA realizada a partir de um molde de DNA. A biossíntese de DNA a partir de um molde de RNA é chamada de TRANSCRIÇÃO REVERSA.
Bacilos Gram-negativos aeróbios que são encontrados em águas quentes (de 40 a 79 graus Celsius), como fontes e tanques de água quente e rios termicamente poluídos.
Grupo de nucleotídeos timina nos quais os resíduos fosfato de cada nucleotídeo timina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Série de 7 fagos virulentos que infectam E. coli. Os fagos T-pares, T2, T4 (BACTERIÓFAGO T4), T6 e o fago T5 são chamados de "virulentos autônomos" pois param todo o metabolismo bacteriano mediante infecção. Os fagos T1, T3 (BACTERIÓFAGO T3) e T7 (BACTERIÓFAGO T7) são chamados de "virulentos dependentes" pois dependem da continuidade do metabolismo bacteriano durante o ciclo lítico. Os fagos T-pares contêm 5-hidroximetilcitosina no lugar da citosina (comum em seu DNA).
Polinucleotídeos são longas cadeias de nucleotídeos unidos por ligações fosfodiéster, frequentemente encontrados em ácidos nucléicos como DNA e RNA.
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético dos vírus.
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de bactérias.
Ordem dos aminoácidos conforme ocorrem na cadeia polipeptídica. Isto é chamado de estrutura primária das proteínas. É de importância fundamental para determinar a CONFORMAÇÃO DA PROTEÍNA.
Moléculas extracromossômicas, geralmente de DNA CIRCULAR, que são autorreplicantes e transferíveis de um organismo a outro. Encontram-se em uma variedade de bactérias, Archaea, fungos, algas e espécies de plantas. São usadas na ENGENHARIA GENÉTICA como VETORES DE CLONAGEM.
Unidades monoméricas das quais se constroem os polímeros de DNA ou RNA. Consistem de uma base purina ou pirimidina, um açúcar pentose e um grupo fosfato.
Polidesoxirribonucleotídeos feitos de nucleotídeos desoxiadenina e timina. Presentes em preparações de DNA isolados de espécies de caranguejos. Preparações sintéticas foram extensivamente utilizadas no estudo do DNA.
Espécie de ALPHARETROVIRUS que causa anemia em aves.
Espécie típica do gênero MICROVIRUS. Protótipo de pequenos colífagos virulentos de DNA, é composto de fita única de DNA circular "supercoiled" (superenrolada), que na infecção é convertida em forma replicativa de dupla fita por uma enzima do hospedeiro.
Vírus cujo hospedeiro é a Escherichia coli.
A forma mais abundante de RNA; juntamente com proteínas ele forma os ribossomos, desempenhando um papel estrutural e também um papel na ligação ribossômica dos RNAm e RNAt. As cadeias individuais são designadas convencionalmente pelos seus coeficientes de sedimentação. Nos eucariotas, existem quatro grandes cadeias, sintetizadas no nucléolo e constituindo cerca de 50 por cento do ribossomo. (Dorland, 28a ed)
Sequências de DNA que codificam o RNA RIBOSSÔMICO e os segmentos de DNA separando os genes individuais do RNA ribossômico, citados como DNA ESPAÇADOR RIBOSSÔMICO.
Grupo de 13 ou mais desoxirribonucleotídeos nos quais os resíduos fosfato de cada desoxirribonucleotídeo atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Aspecto característico [(dependência)] da atividade enzimática em relação ao tipo de substrato com o qual a enzima (ou molécula catalítica) reage.
Parte do espectro da [radiação] eletromagnética imediatamente abaixo da faixa visível, e se estendendo para as frequências dos raios X. Os comprimentos de onda maiores (raios UV próximos, ou bióticos, ou vitais) são necessários à síntese endógena da vitamina D, sendo ainda chamados raios antirraquíticos; os comprimentos de onda menores, ionizantes (raios UV distantes, ou abióticos, ou incompatíveis com a vida) são viricidas, bactericidas, mutagênicos e carcinogênicos, sendo usados como desinfetantes.
Espécie do gênero SACCHAROMYCES (família Saccharomycetaceae, ordem Saccharomycetales) conhecida como levedura "do pão" ou "de cerveja". A forma seca é usada como suplemento dietético.
Partes de uma macromolécula que participam diretamente em sua combinação específica com outra molécula.
Inserção de moléculas de DNA recombinante de origem procariótica e/ou eucariótica em um veículo replicante, tal como um plasmídeo ou vírus vetores, e a introdução das moléculas híbridas resultantes em células receptoras, sem alterar a viabilidade dessas células.
Grupo de desoxirribonucleotídeos (até 12) nos quais os resíduos de fosfato de cada desoxirribonucleotídeo agem como pontes na formação de ligações diéster entre as moléculas de desoxirribose.
Catalisam a união de ribonucleotídeos ou desoxirribonucleotídeos pré-formados, em ligação fosfodiéster, durante os processos genéticos. EC 6.5.1.
Sequências curtas (geralmente em torno de 10 pares de bases) de DNA que são complementares à sequência do RNA mensageiro e permite a transcriptase reversa, copiando as sequências adjacentes de RNAm. Os primers são utilizados largamente em técnicas de biologia molecular e genética.
Timina é uma base nitrogenada pirimidínica presente no DNA, que forma pares de bases com a adenina através de ligações Wasserman e participa da codificação dos genes.
Polímeros constituídos por poucos (2-20) nucleotídeos. Em genética molecular, referem-se a uma sequência curta sintetizada para se combinar a uma região onde sabidamente ocorre uma mutação e, que é então, usada como uma sonda (SONDA DE OLIGONUCLEOTÍDEO). (Dorland, 28a ed)
Separação de partículas de acordo com a densidade, por empregar um gradiente de densidades variadas. No equilíbrio, cada partícula estabelece no gradiente, um ponto igual a sua densidade.
Processo de gerar MUTAÇÃO genética. Pode ocorrer espontaneamente ou ser induzido por MUTÁGENOS.
Antibiótico antiviral produzido por "Cephalosporium aphidicola" e outros fungos. Inibe o crescimento de células eucarióticas e de alguns vírus animais por inibição seletiva da replicação celular da DNA polimerase II ou DNA polimerases induzidas por vírus. A droga pode ser útil no controle da proliferação celular excessiva em pacientes com câncer, psoríase ou outras dermatites com pouco ou nenhum efeito colateral sobre as células não multiplicadoras.
Grupo de bactérias anaeróbias, em forma de bastonete, que aparecem em rosa (negativo) quando tratadas pelo método de coloração de Gram.
Nucleotídeos da uracila que contêm desoxirribose como molécula de açúcar.
RNA polimerase dependente de DNA, presente em células bacterianas, vegetais e animais. Funciona na estrutura nucleoplásmica, onde transcreve DNA em RNA. Tem requerimentos específicos para cátions e sal, e mostrou sensibilidade intermediária à alfa-amanitina em comparação com a RNA polimerase I e II. EC 2.7.7.6.
Proteínas que se ligam ao DNA. A família inclui proteínas que se ligam às fitas dupla e simples do DNA e também inclui proteínas de ligação específica ao DNA no soro, as quais podem ser utilizadas como marcadores de doenças malignas.
Presença de uma base não complementar no DNA de dupla fita, causado por desaminação espontânea da citosina ou adenina. O pareamento incorreto ocorre durante a recombinação homóloga, ou por erros na replicação do DNA. Vários pares de bases incorretas levam à formação de DNA heteroduplexes (ÁCIDOS NUCLEICOS HETERODUPLEXES).
Nucleótidos de citosina referem-se a moléculas formadas por uma base nitrogenada de citosina unida a um açúcar de ribose (ou desoxirribose) e um ou mais grupos fosfato, desempenhando um papel fundamental na composição do DNA e ARN.
Oligoelemento com símbolo atômico Mn, número atômico 25 e peso atômico 54,94. Está concentrado na mitocôndria celular, principalmente na hipófise, fígado, pâncreas, rim e ossos. Influencia a síntese de mucopolissacarídeos, estimula a síntese de colesterol e ácidos graxos no fígado, além de ser um cofator de muitas enzimas, incluindo as enzimas arginase e fosfatase alcalina hepáticas.(Tradução livre do original: AMA Drug Evaluations Annual 1992, p2035)
Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster no interior do DNA.
Região distinta localizada no interior da maior parte dos NÚCLEOS CELULARES eucarióticos, não delimitada por uma membrana, na qual algumas espécies de RNAr (RNA RIBOSSÔMICO) são sintetizados e reunidos em subunidades de ribonucleoproteínas ribossômicas. No nucléolo, o RNAr é transcrito a partir de um organizador nucleolar, isto é, um grupo de genes cromossômicos repetidos que decodificam o RNAr e que são transcritos pela RNA polimerase I.
Lesões no DNA que introduzem desvios em relação a sua conformação normal e que, se não reparadas, resultam em uma MUTAÇÃO ou bloqueio da REPLICAÇÃO DO DNA. Esses desvios podem ser causados por agentes físicos ou químicos e ocorrem tanto em circunstâncias naturais ou não. Incluem a introdução de bases erradas durante a replicação, seja por desaminação ou outras modificações de bases, perda de uma base da cadeia do DNA, deixando um local sem base, quebras da fita simples, quebra da dupla hélice e ligações intrafita (DÍMEROS DE PIRIMIDINA) ou interfita. Na maioria das vezes, o dano pode ser reparado (REPARO DO DNA). Se o dano for extenso, pode induzir APOPTOSE.
Antígeno nuclear com a função de síntese de DNA, reparo de DNA, e progressão de ciclo celular. O PCNA é necessário para a síntese coordenada tanto na condução quanto revestimento das fitas na forquilha de replicação durante a replicação do DNA. A expressão do PCNA correlaciona-se com a atividade proliferativa em diversos tipos de células malignas e não malignas.
Soma do peso de todos os átomos em uma molécula.
Processo pelo qual substâncias endógenas ou exógenas ligam-se a proteínas, peptídeos, enzimas, precursores proteicos ou compostos relacionados. Medidas específicas de ligantes de proteínas são usadas frequentemente como ensaios em avaliações diagnósticas.
Modelos usados experimentalmente ou teoricamente para estudar a forma das moléculas, suas propriedades eletrônicas ou interações [com outras moléculas]; inclui moléculas análogas, gráficos gerados por computador e estruturas mecânicas.
Guanina é uma base nitrogenada presente no DNA e RNA, formando pares de bases com citosina por meio de ligações Wasserman.
Propriedade de objetos que determina a direção do fluxo de calor quando eles são posicionados em contato térmico direto. A temperatura é a energia dos movimentos microscópicos (translacionais e de vibração) das partículas dos átomos.
Proteínas obtidas de ESCHERICHIA COLI.
Arranjo espacial dos átomos de um ácido nucleico (ou de um polinucleotídeo) que resulta em sua forma tridimensional característica.
Grupo de enzimas que catalisam a clivagem endonucleolítica do DNA. Incluem membros de EC 3.1.21.-, EC 3.1.22.-, EC 3.1.23.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), EC 3.1.24.- (ENZIMAS DE RESTRIÇÃO DO DNA), e EC 3.1.25.-.
Bacteriófago (família PODOVIRIDAE) virulento e representante do gênero fagos similares ao T7 que infecta E. coli. Consiste em DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e não permutado.
Qualquer uma das moléculas de DNA fechado covalentemente encontrado em bactérias, diversos vírus, mitocôndria, plastídios e plasmídeos. Os DNAs pequenos, circulares polidispersos também têm sido observados numa variedade de organismos eucariotos e que supostamente possuem homologia com DNA cromossômico e a capacidade de ser inserido e retirado do DNA cromossômico. É um fragmento do DNA formado por processo de looping e deleção, contendo uma região constante da cadeia pesada mu e a parte 3' da região virada mu. O DNA circular é um produto normal do rearranjo de segmentos do gene encodificando as regiões variáveis das cadeias leves e pesadas das imunoglobulinas, bem como as do receptor de célula T.
Uso de endonucleases de restrição para analisar e gerar um mapa físico de genomas, genes ou outros segmentos de DNA.
Proteínas que catalisam o desenrolamento do DNA de fita dupla durante a replicação, ligando-se cooperativamente a regiões do DNA de fita única ou as regiões curtas de DNA de fita dupla que estão sofrendo uma abertura transitória. Além disso, as DNA helicases são ATPases dependentes de DNA que utilizam a energia livre da hidrólise do ATP para translocar as fitas de DNA.
Facilitação de uma reação química por um material (catalisador) que não é consumido na reação.
Eletroforese na qual um gel de poliacrilamida é utilizado como meio de difusão.
5-Bromo-2,4(1H,3H)-pirimidinodiona. Derivado bromado de uracila que age como antimetabólito, substituindo a timina no DNA. É usado principalmente como mutagênico experimental, mas seu desoxirribosídeo (BROMODESOXIURIDINA) é usado para tratar neoplasias.
Proteínas encontradas em quaisquer espécies de vírus.
Dímeros encontrados em cadeias de DNA danificadas por RAIOS ULTRAVIOLETA. Consistem em dois NUCLEOTÍDEOS DE PIRIMIDINA adjacentes, geralmente nucleotídeos de TIMINA, nos quais os resíduos pirimidina estão covalentemente unidos por um anel ciclobutano. Esses dímeros bloqueiam a REPLICAÇÃO DO DNA.
Grau de similaridade entre sequências de aminoácidos. Esta informação é útil para analisar a relação genética de proteínas e espécies.
Espécie-tipo de ALPHARETROVIRUS, que produz leucose linfoide latente ou manifesta em aves.
Ribonuclease que cliva especificamente o resíduo de RNA dos híbridos RNA:DNA. Tem sido isolada de vários organismos procariotos e eucariotos bem como RETROVÍRUS.
Elemento metálico que possui o símbolo atômico Mg, número atômico 12 e massa atômica 24,31. É importante para a atividade de muitas enzimas, especialmente aquelas que se ocupam com a FOSFORILAÇÃO OXIDATIVA.
Sequências de DNA reconhecidas (direta ou indiretamente) e ligadas por uma RNA polimerase dependente de DNA durante a iniciação da transcrição. Sequências altamente conservadas dentro do promotor incluem a caixa de Pribnow nem bactérias e o TATA BOX em eucariotos.
Desorganização da estrutura secundária dos ácidos nucleicos por calor, pH ou tratamento químico. A dupla fita de DNA é desnaturada por quebra das ligações de hidrogênio e interações hidrofóbicas. O DNA desnaturado parece ser uma estrutura flexível de fita simples. Os efeitos da desnaturação sobre o RNA são semelhantes, entretanto menos pronunciado e facilmente reversível.
Mecanismo propenso a erro ou conjunto de funções para reparar o DNA microbiano danificado. As funções de SOS (um conceito derivado do SOS do sinal internacional de perigo) estão envolvidas no reparo e na mutagênese do DNA, na inibição da divisão celular, na recuperação das condições fisiológicas normais depois do reparo do DNA e, possivelmente, na morte celular quando o dano no DNA é extenso.
Proteínas encontradas em qualquer espécie de bactéria.
Poli(desoxirribonucleotídeo): poli(desoxirribonucleotídeo)ligases. Enzimas que catalisam a união de desoxirribonucleotídeos pré-formados em ligação fosfodiéster durante o reparo de uma quebra de fita simples no DNA de fita dupla. A classe inclui tanto EC 6.5.1.1.(ATP) quanto EC 6.5.1.2.(NAD).
Unidades hereditárias funcionais das BACTERIAS.
Ácido 5-timidílico. Nucleotídeo timina que contém um grupo fosfato esterificado na molécula de desoxirribose.
Efeitos de radiação ionizante e não ionizante sobre os organismos vivos, órgãos, tecidos e seus constituintes, e sobre os processos fisiológicos. Inclui os efeitos da radiação sobre comidas, medicamentos e compostos químicos.
Tipo de mutação em que vários NUCLEOTÍDEOS deletados ou inseridos em uma sequência de codificação de proteínas não são divisíveis por três, causando assim uma alteração nas FASES DE LEITURA de toda a sequência do código, além da mutação. Estas mutações podem ser induzidas por certos tipos de MUTÁGENOS, ou podem ocorrer espontaneamente.
Pareamento das bases purinas e pirimidinas através de PONTE DE HIDROGÊNIO em DNA (ou RNA) bicatenário.
Polinucleotídeo que consiste essencialmente em cadeias contendo unidades repetidas de uma estrutura de fosfato e ribose às quais as bases nitrogenadas encontram-se unidas. O RNA é único entre as macromoléculas biológicas pelo fato de codificar informação genética, servir como um componente celular estrutural abundante e também possuir atividade catalítica. (Tradução livre do original: Rieger et al., Glossary of Genética: Classical and Molecualr, 5th ed)
Composto organofosforado simples utilizado como agente antiviral por inibir a DNA polimerase, particularmente em vírus.
Hidrolisado de DNA no qual as bases purina foram removidas.
MUTAGÊNESE geneticamente construída em um ponto específico na molécula de DNA que introduz uma substituição, inserção ou deleção de uma base.
Enzima que catalisa a síntese de ácido poliadenílico a partir de ATP. Pode ser devido à ação da RNA polimerase (EC 2.7.7.6) ou polinucleotídeo adenililtransferase (EC 2.7.7.19). EC 2.7.7.19.
Trítio, também conhecido como hidrogénio-3, é um isótopo radioativo do hidrogênio com dois neutrons e um próton em seu núcleo, naturalmente presente em pequenas quantidades na água do mar e geralmente produzido como subproduto na indústria nuclear.
Técnica amplamente usada que explora a capacidade de sequências complementares de DNAs ou RNAs de fita simples para parear entre si formando uma dupla hélice. A hibridização pode ocorrer entre duas sequências complementares de DNA, entre DNA de fita simples e um RNA complementar, ou entre duas sequências de RNA. A técnica é usada para detectar e isolar sequências específicas, medir homologia, ou definir outras características de uma ou ambas as cadeias. (Tradução livre do original: Kendrew, Encyclopedia of Molecular Biology, 1994, p503)
Categoria de sequências de ácidos nucleicos que agem como unidades da hereditariedade e que codificam as instruções básicas para o desenvolvimento, reprodução e manutenção dos organismos.
Produtos de reações químicas que resultam na adição de grupos de substâncias químicas estranhas ao DNA.
Forma tridimensional característica de uma proteína, incluindo as estruturas secundária, supersecundária (motivos), terciária (domínios) e quaternária das cadeias peptídicas. A ESTRUTURA QUATERNÁRIA DE PROTEÍNA descreve a conformação assumida por proteínas multiméricas (agregados com mais de uma cadeia polipeptídica).
Determinadas culturas de células que têm o potencial de se propagarem indefinidamente.
Compostos e complexos moleculares que consistem de grandes quantidades de átomos e possuem geralmente tamanho superior a 500 kDa. Em sistemas biológicos, substâncias macromoleculares geralmente podem ser visualizadas através de MICROSCOPIA ELETRÔNICA e são diferenciadas de ORGANELAS pela ausência de uma estrutura de membrana.
Nucleosídeo que consiste na base guanina e no açúcar desoxirribose.
Relação entre a estrutura química de um composto e sua atividade biológica ou farmacológica. Os compostos são frequentemente classificados juntos por terem características estruturais em comum, incluindo forma, tamanho, arranjo estereoquímico e distribuição de grupos funcionais.
A primeira LINHAGEM CELULAR humana maligna continuamente cultivada, derivada do carcinoma cervical de Henrietta Lacks. Estas células são utilizadas para a CULTURA DE VÍRUS e em ensaios de mapeamento de drogas antitumorais.
Corpo, limitado por uma membrana, localizado no interior das células eucarióticas. Contém cromossomos e um ou mais nucléolos (NUCLÉOLO CELULAR). A membrana nuclear consiste de uma membrana dupla que se apresenta perfurada por certo número de poros; e a membrana mais externa continua-se com o RETÍCULO ENDOPLÁSMICO. Uma célula pode conter mais que um núcleo.
Alquilante na terapia contra o câncer, podendo atuar como mutagênico por interferência com/e causando prejuízo ao DNA.
Enzimas que são parte dos sistemas de restrição-modificação. Catalisam a clivagem endonucleolítica de sequências de DNA que não possuem o padrão de metilação da espécie no DNA da célula hospedeira. A clivagem produz fragmentos ao acaso, ou específicos de fita dupla, com 5'-fosfatos terminais. A função das enzimas de restrição é destruir qualquer DNA estranho que invada a célula hospedeira. A maioria tem sido estudada em sistemas bacterianos, mas poucos foram encontradas em organismos eucariotos. Também são usadas como ferramentas na dissecção sistemática e no mapeamento dos cromossomos, na determinação da sequência de bases do DNA, e tornaram possível cortar e recombinar genes de um organismo no genoma de outro. EC 3.21.1.
Proteínas preparadas através da tecnologia de DNA recombinante.
Substâncias endógenas, usualmente proteínas, que são efetivas na iniciação, estimulação ou terminação do processo de transcrição genética.
DNA biologicamente ativo que tenha sido formado por ligações de segmentos de DNA de diferentes fontes in vitro. Isso inclui a recombinação de uma junta ou bordo de uma região heterodupla onde duas moléculas de DNA recombinante estão conectadas.
Sais inorgânicos do ácido fosfórico que contêm dois grupos fosfato.
Peptídeos cíclicos extraídos do carpóforo (talo) de várias espécies de cogumelos. São potentes inibidores de RNA polimerases na maioria das espécies eucarióticas (bloqueando a produção de RNAm e a síntese proteica), sendo importantes no estudo da transcrição. A alfa-amanitina (venenosa se ingerida por humanos ou animais) é a principal toxina das espécies de Amanitia phalloides.
Animais bovinos domesticados (do gênero Bos) geralmente são mantidos em fazendas ou ranchos e utilizados para produção de carne, derivados do leite ou para trabalho pesado.
Proteínas obtidas da espécie SACCHAROMYCES CEREVISIAE. A função de proteínas específicas deste organismo são objeto de intenso interesse científico e têm sido usadas para obter a compreensão básica sobre o funcionamento de proteínas semelhantes em eucariontes superiores.
Restrição de um comportamento característico, estrutura anatômica ou sistema físico, como resposta imunológica, resposta metabólica ou gene ou variante gênico dos membros de uma espécie. Refere-se às propriedades que diferenciam uma espécie de outra, mas também se usa para níveis filogenéticos superiores ou inferiores ao nível de espécie.
Órgão linfoide primário, único e não pareado, situado no MEDIASTINO, estendendo-se superiormente para dentro do pescoço até a borda inferior da GLÂNDULA TIREOIDE e inferiormente até a quarta cartilagem costal. É necessário para o desenvolvimento normal da função imunológica no início da vida. Na puberdade, o timo começa a involuir e grande parte do tecido é substituída por gordura.
Nível de estrutura proteica em que estruturas das proteínas secundárias (alfa hélices, folhas beta, regiões de alça e motivos) se combinam dando origem a formas dobradas denominadas domínios. Pontes dissulfetos entre cisteínas em duas partes diferentes da cadeia polipeptídica juntamente com outras interações entre as cadeias desempenham um papel na formação e estabilização da estrutura terciária. As proteínas pequenas, geralmente são constituídas de um único domínio, porém as proteínas maiores podem conter vários domínios conectados por segmentos da cadeia polipeptídica que perdeu uma estrutura secundária regular.
Moléculas de adenosina que podem ser substituídas em qualquer posição, mas que são destituídas de um grupo hidroxila na parte ribose da molécula.
Produção de novos arranjos de DNA por vários mecanismos, como agrupamento e segregação, INTERCÂMBIO, CONVERSÃO GÊNICA, TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA, CONJUGAÇÃO GENÉTICA, TRADUÇÃO GENÉTICA ou infecção de vírus mistos.
Plasmídeos que codificam exotoxinas bacterianas (BACTERIOCINAS).
Enzima que catalisa a clivagem endonucleolítica das ligações fosfodiester de sítios purínicos ou apirimidínicos (sítios AP) para formar como produtos finais, 5'-Fosfo-Oligonucleotídeos. Esta enzima tem preferência pelo DNA monocatenário (ssDNA) e foi anteriormente classificada como EC 3.1.4.30.
Ácido desoxirribonucléico que forma o material genético de fungos.
Família de recombinases identificadas inicialmente em BACTÉRIAS. Catalisam a troca de fitas de DNA dirigida por ATP durante a RECOMBINAÇÃO GENÉTICA. O produto da reação consiste em um duplex e uma alça de fita simples deslocada, que tem a forma da letra D, razão pela qual é denominada estrutura em alça D.
Uracil nucleotides are chemical compounds consisting of a uracil base, a sugar molecule (ribose), and one or more phosphate groups, primarily found in RNA as opposed to DNA.
Compostos de vinte carbonos derivados de ÁCIDO MEVALÔNICO ou desoxixilulose fosfato.
Sequências de RNA que servem como modelo para a síntese proteica. RNAm bacterianos são geralmente transcritos primários pelo fato de não requererem processamento pós-transcricional. O RNAm eucariótico é sintetizado no núcleo e necessita ser transportado para o citoplasma para a tradução. A maior parte dos RNAm eucarióticos têm uma sequência de ácido poliadenílico na extremidade 3', denominada de cauda poli(A). Não se conhece com certeza a função dessa cauda, mas ela pode desempenhar um papel na exportação de RNAm maduro a partir do núcleo, tanto quanto em auxiliar na estabilização de algumas moléculas de RNAm retardando a sua degradação no citoplasma.
Técnica cromatográfica que utiliza a habilidade das moléculas biológicas de se ligarem a certos ligantes especificamente e reversivelmente. É utilizada em bioquímica de proteínas.
Sequências do DNA reconhecidas como sinais para a finalização da TRANSCRIÇÃO GENÉTICA.
Espécie de BACTÉRIAS GRAM-POSITIVOS FORMADORES DE ENDOSPORO da família BACILLACEAE encontrada no solo, fontes quentes, águas árticas, sedimentos oceânicos e produtos alimentícios deteriorados.
Vírus cujo hospedeiro é Bacillus. Fagos bacilares frequentemente encontrados incluem o bacteriófago phi 29 e o bacteriófago phi 105.
Teste utilizado para determinar se ocorrerá ou não complementação (compensação na forma de dominância) em uma célula com um dado fenótipo mutante e quando outro genoma mutante, que codifica o mesmo fenótipo mutante, é introduzido naquela célula.
Extrato celular fracionado que preserva uma função biológica. Uma fração subcelular isolada por ultracentrifugação ou outras técnicas de separação deve primeiramente ser isolada para que um processo possa ser estudado livre de todas as reações colaterais complexas que ocorrem em uma célula. Por esta razão, o sistema livre de células é amplamente utilizado em biologia celular.
Bacteriófago virulento (representante do gênero de Fagos semelhantes ao T4, família MYOVIRIDAE) que infecta E. coli, sendo o fago T mais conhecido. Seu virion contém DNA linear, bicatenário, com terminação redundante e permuta circular.
Representação, geralmente em escala pequena, para mostrar a estrutura, construção ou aspecto de alguma coisa. (Tradução livre do original: From Random House Unabridged Dictionary, 2d ed)
Solvente industrial amplamente utilizado.
Região de uma enzima que interage com seu substrato causando uma reação enzimática.
Cadeias simples de aminoácidos que são as unidades das PROTEÍNAS multiméricas. As proteínas multiméricas podem ser compostas por subunidades idênticas ou não idênticas. Uma ou mais subunidades monoméricas podem compor um protômero, que em si é uma subunidade de um grupo maior.
Processo de vários estágios que inclui clonagem, mapeamento físico, subclonagem, determinação da SEQUÊNCIA DE DNA e análise de informação.
Proteína de ligação a DNA [que consiste em 5 polipeptídeos] que desempenha um papel essencial na REPLICAÇÃO DO DNA , em eucariotos. Liga as junções dos moldes PRIMERS DO DNA e recruta ANTÍGENO NUCLEAR DE CÉLULA EM PROLIFERAÇÃO e DNA POLIMERASES para o local da síntese de DNA.
Enzimas que catalisam a hidrólise de ligações internas e com isso formam polinucleotídeos ou oligonucleotídeos a partir das cadeias de ribo ou desoxirribonucleotídeos.
Enzima reparadora do DNA que catalisa a retirada de resíduos ribose de sitios apurínicos e apirimidínicos do DNA que podem resultar da ação de DNA GLICOSILASES. A enzima catalisa uma reação de beta-eliminação na qual a ligação 3' C-O-P ao sitio apurínico ou apirimidínico do DNA se rompe liberando um açúcar insaturado 3'-terminal e um produto com um 5'-fosfato terminal. Esta enzima foi classificada previamente como EC 3.1.25.2.
Região cromossômica a qual está ativa na formação do nucléolo e que funciona na síntese do RNA ribossômico.
Processo de multiplicação viral intracelular que consiste em síntese de PROTEÍNAS, ÁCIDOS NUCLEICOS, e às vezes LIPÍDEOS, e sua reunião em uma nova partícula infecciosa.
Timidina é um nucleosídeo formado pela união da base nitrogenada timina com a desoxirribose, encontrado no DNA e em algumas moléculas de RNA.
Nucleotídeo no qual a base purina ou pirimidina está combinada com ribose. (Dorland, 28a ed)
Espécie ARCHAEA termoacidófila (família Sulfolobaceae) encontrada em áreas vulcânicas onde a temperatura é cerca de 80 graus C e há a presença do ENXOFRE.
Ácido ribonucleico das bactérias, que tem papéis regulatórios e catalíticos, tanto quanto envolvimento na síntese proteica.
Nucleotídeo de adenina contendo três grupos fosfatos esterificados à porção de açúcar. Além dos seus papéis críticos no metabolismo, o trifosfato de adenosina é um neurotransmissor.
Presença de calor ou de uma temperatura notadamente maior do que a normal.
Ésteres de fosfato de DIDESOXINUCLEOSÍDEOS.
Isótopos de fósforo instáveis que se decompõem ou desintegram emitindo radiação. Átomos de fósforo com pesos atômicos de 28-34, exceto 31, são radioisótopos de fósforo.
Agentes químicos que aumentam a velocidade de mutação genética interferindo na função dos ácidos nucleicos. Um clastógeno é um mutágeno específico que causa quebras nos cromossomos.
Quantidades relativas de PURINAS e PIRIMIDINAS em um ácido nucleico.
Combinação de dois ou mais aminoácidos ou sequências de bases de um organismo ou organismos de tal forma a alinhar áreas das sequências de distribuição das propriedades comuns. O grau de correlação ou homologia entre as sequências é previsto computacionalmente ou estatisticamente, baseado nos pesos determinados dos elementos alinhados entre as sequências. Isto pode servir como um indicador potencial de correlação genética entre os organismos.
Ácido ribonucleico que constitui o material genético de vírus.
Representações teóricas que simulam o comportamento ou a atividade de processos ou fenômenos genéticos. Envolvem o uso de equações matemáticas, computadores e outros equipamentos eletrônicos.
Nucleotídeos contendo arabinose como molécula de açúcar.
Proteínas parciais formadas pela hidrólise parcial de proteínas completas ou geradas através de técnicas de ENGENHARIA DE PROTEÍNAS.
Tipo de cromatografia de troca iônica que utiliza dietilaminoetil celulose (DEAE-CELULOSE) como uma resina positivamente carregada.
Técnica de separação na qual a fase estacionária consiste de resinas de troca iônica. As resinas contém pequenos íons livres que facilmente trocam de lugar com outros íons pequenos de igual carga, presentes na solução que banha a resina.
Proteínas encontradas no núcleo de uma célula. Não se deve confundir com NUCLEOPROTEÍNAS, que são proteínas conjugadas com ácidos nucleicos, que não estão necessariamente no núcleo.
DNA polimerase não dirigida por molde, encontrada normalmente no timo e medula óssea de vertebrados. Catalisa a elongação das cadeias de oligo- ou polidesoxinucleotídeos e é amplamente usada como ferramenta no diagnóstico diferencial de leucemias agudas no homem. EC 2.7.7.31.
Grupo de enzimas que catalisa a hidrólise de ATP. A reação de hidrólise é geralmente acoplada com outra função, como transporte de Ca(2+) através de uma membrana. Estas enzimas podem ser dependentes de Ca(2+), Mg(2+), ânions, H+ ou DNA.
Variação da técnica de PCR na qual o cDNA é construído do RNA através de uma transcrição reversa. O cDNA resultante é então amplificado utililizando protocolos padrões de PCR.
Espécie de bactéria Gram-positiva que é um saprófita comum do solo e da água.
Fator de transcrição geral que desempenha um papel importante na ativação dos genes eucarióticos transcritos pelas RNA POLIMERASES. Ligam-se especificamente ao elemento promotor TATA BOX que se localiza próximo a posição de iniciação de transcrição em RNA transcrito pela RNA POLIMERASE II. Embora seja considerada um importante componente do FATOR DE TRANSCRIÇÃO TFIID, também faz parte dos complexos de fatores de transcrição geral relacionados com a transcrição pela RNA POLIMERASE I e RNA POLIMERASE III.
Composto formado por dois PEPTÍDEOS CÍCLICOS ligados a fenoxazina que é derivada da STREPTOMYCES parvullus. Liga-se ao DNA e inibe a síntese de RNA (transcrição), com uma elongação da cadeia mais sensível do que o início, término, ou mesmo, a liberação. Como resultado da deficiência da produção de RNAm, a síntese proteica também declina após a terapia por dactinomicina. (Tradução livre do original: AMA Drug Evaluations Annual, 1993, p2015)
Mutagênese onde a mutação é causada pela introdução de sequências estranhas de DNA em um gene ou sequência extragênica. Isto pode ocorrer espontaneamente in vivo ou ser experimentalmente induzido in vivo ou in vitro. As inserções do DNA pró-viral no, ou adjacente à, proto-oncogenes podem interromper a TRADUÇÃO GENÉTICA das sequências de codificação ou interferir com elementos regulatórios de reconhecimento, e causar expressão não regulada de proto-oncogenes resultando em formação de tumor.
Enzima que catalisa a extensão dirigida por RNA molde, de um terminal 3' de uma fita de RNA, um nucleotídeo de cada vez, e pode iniciar uma cadeia de novo.
Reagentes com dois grupos reativos, geralmente em extremidades opostas da molécula, que são capazes de reagir e assim formar pontes entre as cadeias laterais de aminoácidos nas proteínas; os sítios naturalmente reativos nas proteínas podem assim ser identificados; podem ser usados também com outras macromoléculas, como as glicoproteínas, ácidos nucleicos ou outros.
Grupo de ribonucleotídeos citosina nos quais os resíduos fosfato de cada ribonucleotídeo citosina atuam como pontes formando ligações diéster entre as moléculas de ribose.
Unidades hereditárias funcionais dos FUNGOS.
Antiviral utilizado no tratamento da retinite por citomegalovírus. Foscarnet também demonstrou atividade contra vírus da herpes humano e HIV.
Biossíntese de PEPTÍDEOS e PROTEÍNAS que ocorre nos RIBOSSOMOS, dirigida pelo RNA MENSAGEIRO, via RNA DE TRANSFERÊNCIA, que é carregado com AMINOÁCIDOS proteinogênicos padrão.
Sistemas de enzimas que funcionam sequencialmente catalisando reações consecutivas ligadas por intermediários metabólicos comuns. Podem envolver simplesmente uma transferência de átomos de hidrogênio ou moléculas de água e podem estar associados com grandes estruturas supramoleculares, como as MITOCÔNDRIAS ou os RIBOSSOMOS.
Enzimas que catalisam a transferência de múltiplos grupos ADP-RIBOSE da nicotinamida-adenina dinucleotídeo (NAD) para proteínas alvo, construindo assim um homopolímero de unidades repetitivas de ADP-ribose, i. é, POLI ADENOSINA DIFOSFATO RIBOSE.
Vírus cujos hospedeiros são células bacterianas.
Unidades hereditárias funcionais dos VÍRUS.
Gênero de vírus (família HERPESVIRIDAE, subfamília ALPHAHERPESVIRINAE) semelhantes ao herpes simples. Seu representante é o HERPEVIRUS HUMANO 1.
Fenômeno pelo qual um fago temperado se incorpora no DNA de um hospedeiro bacteriano estabelecendo um tipo de relação simbiótica entre o PRÓFAGO e a bactéria, resultando na perpetuação do prófago em todos os descendentes da bactéria. Sob indução (ATIVAÇÃO VIRAL) por vários agentes, como radiação ultravioleta, o fago é liberado e, então, se torna virulento e lisa a bactéria.
O material dos CROMOSSOMOS. É um complexo de DNA, HISTONAS e proteínas não histonas (PROTEÍNAS CROMOSSÔMICAS NÃO HISTONA) encontradas dentro do núcleo da célula.
Desoxicitidina (fosfato dihidrogênio). Nucleotídeo de desoxicitosina contendo um grupo fosfato esterificado na molécula de desoxiribose nas posições 2' ou 5.
Bacteriófago temperado do gênero INOVIRUS que infecta enterobactérias, especialmente E. coli. É um fago filamentoso que consiste de DNA de fita única e é circularmente permutado.
Localização dos átomos, grupos ou íons, em relação um ao outro, em uma molécula, bem como o número, tipo e localização das ligações covalentes.
Correspondência sequencial de nucleotídeos em uma molécula de ácido nucleico com os de outras moléculas de ácido nucleico. A homologia de sequência é uma indicação da relação genética de organismos diferentes e a função gênica.
Linhagem de VÍRUS DA LEUCEMIA MURINA associada com tumores de camundongo semelhantes aos causados pelos VÍRUS DA LEUCEMIA MURINA DE FRIEND. É um vírus da leucemia murina competente para replicação. Pode atuar como um vírus auxiliar quando complexado com um componente transformador defeituoso como o VÍRUS FORMADOR DE FOCO ESPLÊNICO DE RAUSCHER.